More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5000 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5000  replication protein A  100 
 
 		 420 aa  862    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4191  cobyrinic acid ac-diamide synthase  84.54 
 
 		 420 aa  701    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.901272  normal  0.680764 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3736  plasmid partitioning protein RepA  67.92 
 
 		 408 aa  539  9.999999999999999e-153  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4281  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  64.46 
 
 		 407 aa  535  1e-151  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5873  plasmid partitioning protein RepA  64.97 
 
 		 405 aa  529  1e-149  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.128849  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5377  plasmid partitioning protein RepA  63.04 
 
 		 405 aa  527  1e-148  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.408708  normal  0.131402 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9001  replication protein A  62.18 
 
 		 399 aa  524  1e-147  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4789  cobyrinic acid ac-diamide synthase  64.23 
 
 		 387 aa  524  1e-147  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.076168  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6317  plasmid partitioning protein RepA  62.47 
 
 		 405 aa  518  1e-146  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5555  plasmid partitioning protein RepA  62.22 
 
 		 405 aa  514  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.661673 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4543  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  61.67 
 
 		 404 aa  509  1e-143  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.250901  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9501  replication protein A  59.62 
 
 		 405 aa  508  9.999999999999999e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.222629  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4517  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  61.8 
 
 		 401 aa  498  1e-140  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7172  plasmid partitioning protein RepA  60.96 
 
 		 398 aa  492  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.300814 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6017  plasmid partitioning protein RepA  60.96 
 
 		 398 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0237613  normal  0.19813 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9800  replication protein A  58.87 
 
 		 409 aa  493  9.999999999999999e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7789  plasmid partitioning protein RepA  61.31 
 
 		 405 aa  492  9.999999999999999e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.45198  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6501  plasmid partitioning protein RepA  57.99 
 
 		 404 aa  489  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3276  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  60 
 
 		 410 aa  490  1e-137  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.572814  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0001  putative replication protein A  59.46 
 
 		 408 aa  485  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.323301 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4089  cobyrinic acid ac-diamide synthase  58.73 
 
 		 398 aa  481  1e-135  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.563893 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5193  plasmid partitioning protein RepA  59.75 
 
 		 397 aa  481  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0372499  normal  0.16282 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5463  plasmid partitioning protein RepA  59.24 
 
 		 397 aa  479  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.328009 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4023  ATPase, ParA type  60.2 
 
 		 392 aa  481  1e-134  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.845906  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3561  plasmid partitioning protein RepA  61.68 
 
 		 405 aa  478  1e-134  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0949194  normal  0.167025 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7000  replication protein A  59.95 
 
 		 408 aa  471  1e-132  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4186  RepA partitioning protein/ATPase, ParA type  59.11 
 
 		 394 aa  473  1e-132  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.04151  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4671  cobyrinic acid ac-diamide synthase  57.22 
 
 		 397 aa  471  1e-132  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6490  cobyrinic acid ac-diamide synthase  59.44 
 
 		 404 aa  470  1.0000000000000001e-131  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.305992  normal  0.932958 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4583  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  57.47 
 
 		 397 aa  469  1.0000000000000001e-131  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4023  cobyrinic acid ac-diamide synthase  60.15 
 
 		 395 aa  468  1.0000000000000001e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.03067  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4822  cobyrinic acid ac-diamide synthase  61.07 
 
 		 408 aa  466  9.999999999999999e-131  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0379935  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4190  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  57.29 
 
 		 400 aa  464  1e-129  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4354  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  58.73 
 
 		 405 aa  464  1e-129  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4104  cobyrinic acid ac-diamide synthase  56.78 
 
 		 397 aa  439  9.999999999999999e-123  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.324179  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1202  replication protein RepA  55.78 
 
 		 397 aa  437  1e-121  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0606445  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1104  replication protein RepA  55.78 
 
 		 397 aa  438  1e-121  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000233941  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5480  plasmid partitioning protein RepA  52.44 
 
 		 405 aa  431  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5912  plasmid partitioning protein RepA  55.45 
 
 		 408 aa  428  1e-119  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.334298  normal  0.0281794 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4689  plasmid partitioning protein RepA  55.53 
 
 		 402 aa  423  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.10454  normal  0.803552 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8703  plasmid partitioning protein RepA  52.64 
 
 		 403 aa  420  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8198  replication protein A  51.1 
 
 		 403 aa  419  1e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8000  replication protein A  53.81 
 
 		 371 aa  415  9.999999999999999e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4456  cobyrinic acid ac-diamide synthase  56.14 
 
 		 398 aa  414  1e-114  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6054  plasmid partitioning protein RepA  53.15 
 
 		 398 aa  414  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5615  plasmid partitioning protein RepA  52.57 
 
 		 408 aa  404  1e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.967203  normal  0.199114 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4571  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  49.87 
 
 		 404 aa  393  1e-108  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4711  cobyrinic acid ac-diamide synthase  48.46 
 
 		 404 aa  367  1e-100  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6162  plasmid partitioning protein RepA  47.15 
 
 		 404 aa  353  4e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.49965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5173  cobyrinic acid ac-diamide synthase  46.97 
 
 		 391 aa  332  9e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.381021 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4532  cobyrinic acid ac-diamide synthase  44.76 
 
 		 400 aa  325  8.000000000000001e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4955  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  33.76 
 
 		 383 aa  210  3e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3591  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  32.58 
 
 		 400 aa  206  9e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5337  cobyrinic acid ac-diamide synthase  32.98 
 
 		 401 aa  194  4e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.684044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3887  cobyrinic acid ac-diamide synthase  33.51 
 
 		 405 aa  189  5.999999999999999e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6108  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  32.35 
 
 		 411 aa  181  2.9999999999999997e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7204  cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.69 
 
 		 383 aa  180  4e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.442713 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3918  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  32.47 
 
 		 401 aa  180  4.999999999999999e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5035  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.9 
 
 		 399 aa  177  4e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0067  plasmid partition protein A  30.98 
 
 		 406 aa  175  1.9999999999999998e-42  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0035  putative protein sopA  30.89 
 
 		 406 aa  172  6.999999999999999e-42  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0002  hypothetical protein  30.15 
 
 		 402 aa  169  1e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  decreased coverage  0.00393773  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0078  partitioning protein, ParA  30.05 
 
 		 397 aa  168  2e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.980014  hitchhiker  0.00231687 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1423  ParA family ATPase  28.6 
 
 		 468 aa  166  5e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.273364  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3493  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.6 
 
 		 468 aa  166  8e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.770946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3692  hypothetical protein  28.6 
 
 		 468 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.576535  normal  0.38395 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4213  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.47 
 
 		 466 aa  162  1e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6315  plasmid partitioning ATPase ParA  29.88 
 
 		 396 aa  157  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4177  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  32.61 
 
 		 387 aa  155  1e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3406  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.3 
 
 		 487 aa  154  4e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.798032 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2913  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.51 
 
 		 434 aa  145  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.018827  normal  0.268848 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4322  hypothetical protein  27.88 
 
 		 435 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.131093 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_2483  RepA partitioning protein/ATPase, ParA type  27.88 
 
 		 435 aa  144  3e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.111676  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3773  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.29 
 
 		 469 aa  142  8e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200831  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6575  cobyrinic acid ac-diamide synthase  27.25 
 
 		 402 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.199192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6162  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  26.62 
 
 		 403 aa  138  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4242  hypothetical protein  27.46 
 
 		 484 aa  138  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.514474 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4693  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.67 
 
 		 397 aa  137  2e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0183804  normal  0.0975853 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4082  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.06 
 
 		 484 aa  137  5e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.525863  normal  0.173158 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3855  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.78 
 
 		 463 aa  136  8e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.743489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0009  plasmid-partitioning protein SopA  28.8 
 
 		 388 aa  135  9.999999999999999e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0766545 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4265  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.85 
 
 		 462 aa  134  1.9999999999999998e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.383224 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3840  ATPase, ParA type  26.73 
 
 		 484 aa  134  3e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.535208  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4250  plasmid-partitioning protein SopA  29.74 
 
 		 388 aa  133  6e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.100676 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0007  plasmid-partitioning protein SopA  30.79 
 
 		 391 aa  132  9e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0045  plasmid-partitioning protein SopA  30.1 
 
 		 385 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.257222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0073  plasmid-partitioning protein SopA  30.1 
 
 		 391 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000728582 
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0022  plasmid-partitioning protein SopA  30.1 
 
 		 388 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.19504  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1531  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  32.1 
 
 		 303 aa  117  5e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.265392  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3948  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  26.3 
 
 		 434 aa  117  5e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0159296  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1531  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  32.47 
 
 		 299 aa  116  7.999999999999999e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000837624 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1369  putative ParA-like partition protein  28.07 
 
 		 347 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14080  chromosome partitioning ATPase  35.04 
 
 		 327 aa  115  2.0000000000000002e-24  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15300  chromosome partitioning ATPase  32.58 
 
 		 290 aa  115  2.0000000000000002e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.087048  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000993  chromosome (plasmid) partitioning protein ParA  27.69 
 
 		 405 aa  113  7.000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3425  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.98 
 
 		 253 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4020  cobyrinic acid ac-diamide synthase  33.47 
 
 		 253 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5328  sporulation initiation inhibitor protein Soj  33.06 
 
 		 253 aa  110  6e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000106044 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5730  sporulation initiation inhibitor protein Soj  33.06 
 
 		 253 aa  110  6e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5607  sporulation initiation inhibitor protein Soj  33.06 
 
 		 253 aa  110  6e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.907427  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>