106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0754 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_0754  transcriptional regulator, MerR family  100 
 
 		 287 aa  590  1e-167  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00066154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3490  transcriptional regulator, MerR family  32.6 
 
 		 268 aa  107  3e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0478654 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14960  predicted transcriptional regulator  29.6 
 
 		 236 aa  104  2e-21  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0208149  normal  0.635485 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2519  MerR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 249 aa  101  2e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.94441  hitchhiker  0.00949223 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3401  MerR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 248 aa  99  8e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.144453  normal  0.535635 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2381  regulatory protein, MerR  30.47 
 
 		 249 aa  98.6  1e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.426132  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2338  transcriptional regulator, MerR family  25.9 
 
 		 244 aa  97.4  2e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2774  regulatory protein MerR  27.68 
 
 		 240 aa  97.8  2e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.251108  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1225  MerR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 245 aa  94.4  2e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.786651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2843  MerR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 252 aa  92.8  6e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2887  MerR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 252 aa  92.8  6e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.654736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2874  MerR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 252 aa  92.8  6e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4996  MerR family transcriptional regulator  52.44 
 
 		 271 aa  92  9e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3134  MerR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 244 aa  91.7  1e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0691359 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4009  transcriptional regulator, MerR family  46.51 
 
 		 246 aa  91.7  1e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.57553  normal  0.107591 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1542  MerR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 240 aa  90.9  2e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.598972  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2712  regulatory protein, MerR  27.59 
 
 		 246 aa  90.9  2e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.120713  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1543  transcriptional regulator, MerR family  27.27 
 
 		 238 aa  90.9  2e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000825086 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22580  predicted transcriptional regulator  28.57 
 
 		 252 aa  90.5  3e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.476391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3129  transcriptional regulator, MerR family  26.37 
 
 		 422 aa  88.6  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1469  MerR family transcriptional regulator  45.56 
 
 		 258 aa  87.4  2e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0887109 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5355  transcriptional regulator, MerR family  45.57 
 
 		 313 aa  87.4  2e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11858  hypothetical protein  26.37 
 
 		 247 aa  87  3e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.554166 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1694  MerR family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 218 aa  86.7  4e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0331871  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15530  predicted transcriptional regulator  55.56 
 
 		 230 aa  86.7  4e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3095  putative transcriptional regulator, MerR family  28.79 
 
 		 237 aa  85.9  7e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.66482  normal  0.0110703 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1126  transcriptional regulator, MerR family  30.57 
 
 		 262 aa  85.1  0.000000000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4003  putative transcriptional regulator, MerR family  44.58 
 
 		 225 aa  84.3  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.875778  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2101  transcriptional regulator, MerR family  27.45 
 
 		 260 aa  84  0.000000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.878958 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1433  MerR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 229 aa  83.6  0.000000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0281208  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18270  predicted transcriptional regulator  27.73 
 
 		 258 aa  78.2  0.0000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.437483 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1885  transcriptional regulator, MerR family  42.68 
 
 		 246 aa  78.2  0.0000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.036584 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1739  transcriptional regulator, MerR family  27.27 
 
 		 264 aa  78.2  0.0000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.174089  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2725  transcriptional regulator, MerR family  44.87 
 
 		 238 aa  77.8  0.0000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.914132  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2433  transcriptional regulator, MerR family  45.57 
 
 		 236 aa  77  0.0000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000601373  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13840  predicted transcriptional regulator  43.59 
 
 		 247 aa  76.6  0.0000000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1301  transcriptional regulator, MerR family  44.74 
 
 		 263 aa  74.7  0.000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.814813 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3746  MerR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 151 aa  51.2  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0895  MerR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 125 aa  51.2  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0912  MerR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 125 aa  51.2  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0901  MerR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 125 aa  51.2  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0327374 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4350  transcriptional regulator, MerR family  36.84 
 
 		 131 aa  49.3  0.00007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0608  zinc-responsive transcriptional regulator  31.34 
 
 		 144 aa  48.1  0.0002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000357731  normal  0.723537 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1596  transcriptional regulator, MerR family  27.27 
 
 		 237 aa  47.8  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5613  transcriptional regulator, MerR family  31.65 
 
 		 283 aa  47.8  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.395167  normal  0.0913658 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1764  transcriptional regulator GlnR  34.09 
 
 		 123 aa  47.4  0.0003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.105299  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3888  zinc-responsive transcriptional regulator  31.58 
 
 		 141 aa  47.4  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00039361  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4517  zinc-responsive transcriptional regulator  33.33 
 
 		 143 aa  47.4  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00152846  hitchhiker  0.0000330659 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0310  zinc-responsive transcriptional regulator  31.58 
 
 		 141 aa  47.4  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.44406  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0144  MerR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 158 aa  46.2  0.0005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0802  MerR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 165 aa  46.6  0.0005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0285806 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1415  transcriptional regulator, MerR family  31.5 
 
 		 143 aa  46.2  0.0006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.0000000599633  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2909  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 292 aa  46.2  0.0007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1752  glutamine synthetase transcriptional regulator  46.94 
 
 		 124 aa  46.2  0.0007  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.000396501  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5067  MerR family transcriptional regulator  32 
 
 		 351 aa  45.4  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.424066  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5793  MerR family transcriptional regulator  32 
 
 		 351 aa  45.4  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.998817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1160  MerR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 133 aa  45.1  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.392851 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1862  putative heat shock protein HspR  34.65 
 
 		 125 aa  45.1  0.001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000982592  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4386  MerR family transcriptional regulator  32 
 
 		 340 aa  45.4  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7693  transcriptional regulator MerR family  35 
 
 		 271 aa  45.1  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.56372  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4357  transcriptional regulator, MerR family  30.77 
 
 		 269 aa  45.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00580847 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3653  transcriptional regulator, MerR family  34.78 
 
 		 234 aa  45.1  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.885436  normal  0.0353896 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0980  MerR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 243 aa  45.4  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3072  MerR family transcriptional regulator  32 
 
 		 341 aa  44.7  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2173  regulatory protein, MerR  38.1 
 
 		 147 aa  44.7  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 292 aa  44.7  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1066  cation-efflux system membrane protein  44.44 
 
 		 124 aa  44.3  0.002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000356416  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4027  transcriptional regulator, MerR family  30.77 
 
 		 269 aa  44.3  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2059  transcriptional regulator, MerR family  28.7 
 
 		 145 aa  44.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.477962 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05520  predicted transcriptional regulator  36.59 
 
 		 144 aa  45.1  0.002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2116  transcriptional regulator, MerR family  37.5 
 
 		 133 aa  44.7  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3712  MerR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 251 aa  43.9  0.003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1642  transcriptional regulator, MerR family  30.1 
 
 		 143 aa  43.9  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.349097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3620  transcriptional regulator, MerR family  27.27 
 
 		 148 aa  43.9  0.003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5283  transcriptional regulator, MerR family  30.1 
 
 		 143 aa  43.9  0.003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2494  transcriptional regulator, MerR family  27.27 
 
 		 148 aa  43.9  0.003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.453842  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0822  transcriptional regulator, MerR family  34.12 
 
 		 327 aa  44.3  0.003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.528612  normal  0.372171 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2278  MerR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 273 aa  43.5  0.004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.408305  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1443  MerR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 179 aa  43.5  0.004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.278253  normal  0.0519631 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24960  predicted transcriptional regulator  29.92 
 
 		 270 aa  43.5  0.004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2364  MerR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 188 aa  43.1  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0143687  normal  0.157085 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3486  transcriptional regulator, MerR family  34.62 
 
 		 135 aa  43.1  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0525  putative transcriptional regulator, MerR family  38.16 
 
 		 147 aa  43.1  0.005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0178502 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1287  MerR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 155 aa  43.1  0.005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.422706  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1436  transcriptional regulator, MerR family  36.51 
 
 		 140 aa  43.1  0.005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1234  transcriptional regulator, MerR family  47.22 
 
 		 134 aa  43.1  0.005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000829315  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1614  transcriptional regulator, MerR family  46.51 
 
 		 295 aa  43.1  0.005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.256957  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1444  transcriptional regulator, MerR family  39.73 
 
 		 243 aa  43.1  0.005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0102884  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0464  transcriptional regulator, MerR family  35.63 
 
 		 254 aa  43.1  0.005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0531  transcriptional regulator, MerR family  36.11 
 
 		 155 aa  43.1  0.005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1244  MerR family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 124 aa  42.7  0.006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000592234  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3346  transcriptional regulator, MerR family  39.66 
 
 		 252 aa  43.1  0.006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00536383  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0777  transcriptional regulator, MerR family  40 
 
 		 124 aa  42.7  0.006  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5351  transcriptional regulator, MerR family  35.71 
 
 		 144 aa  43.1  0.006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0379309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3972  MerR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 149 aa  42.7  0.007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0495  MerR family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 124 aa  42.7  0.007  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.127683  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1365  MerR family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 124 aa  42.4  0.008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3925  MerR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 147 aa  42.4  0.008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.847498  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1823  transcriptional regulator, MerR family  36.36 
 
 		 183 aa  42.4  0.008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.8156  normal  0.10618 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1222  transcriptional regulator, MerR family  36.99 
 
 		 254 aa  42.4  0.008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.867665  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>