87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1469 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1469  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 258 aa  496  1e-139  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0887109 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4996  MerR family transcriptional regulator  72.49 
 
 		 271 aa  327  8e-89  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1225  MerR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 245 aa  210  2e-53  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.786651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2712  regulatory protein, MerR  49.57 
 
 		 246 aa  200  1.9999999999999998e-50  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.120713  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2519  MerR family transcriptional regulator  53.57 
 
 		 249 aa  187  2e-46  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.94441  hitchhiker  0.00949223 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22580  predicted transcriptional regulator  46.41 
 
 		 252 aa  186  3e-46  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.476391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4003  putative transcriptional regulator, MerR family  49.76 
 
 		 225 aa  186  5e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.875778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2381  regulatory protein, MerR  53.12 
 
 		 249 aa  182  3e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.426132  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1694  MerR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 218 aa  178  8e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0331871  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13840  predicted transcriptional regulator  48.18 
 
 		 247 aa  177  2e-43  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3095  putative transcriptional regulator, MerR family  48.25 
 
 		 237 aa  173  1.9999999999999998e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.66482  normal  0.0110703 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3401  MerR family transcriptional regulator  42 
 
 		 248 aa  173  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.144453  normal  0.535635 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2843  MerR family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 252 aa  170  3e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4009  transcriptional regulator, MerR family  45.89 
 
 		 246 aa  169  3e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.57553  normal  0.107591 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2887  MerR family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 252 aa  170  3e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.654736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2874  MerR family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 252 aa  170  3e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2338  transcriptional regulator, MerR family  45.18 
 
 		 244 aa  169  4e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2725  transcriptional regulator, MerR family  47.92 
 
 		 238 aa  168  7e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.914132  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2774  regulatory protein MerR  40.82 
 
 		 240 aa  164  1.0000000000000001e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.251108  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3134  MerR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 244 aa  162  7e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0691359 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1542  MerR family transcriptional regulator  43.17 
 
 		 240 aa  159  6e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.598972  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11858  hypothetical protein  40.77 
 
 		 247 aa  156  3e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.554166 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1543  transcriptional regulator, MerR family  42.73 
 
 		 238 aa  154  1e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000825086 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2433  transcriptional regulator, MerR family  46.9 
 
 		 236 aa  145  8.000000000000001e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000601373  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5355  transcriptional regulator, MerR family  39.73 
 
 		 313 aa  144  1e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18270  predicted transcriptional regulator  41.7 
 
 		 258 aa  138  1e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.437483 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1739  transcriptional regulator, MerR family  40.99 
 
 		 264 aa  138  1e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.174089  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1885  transcriptional regulator, MerR family  39.38 
 
 		 246 aa  137  2e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.036584 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15530  predicted transcriptional regulator  40.87 
 
 		 230 aa  136  3.0000000000000003e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14960  predicted transcriptional regulator  38.89 
 
 		 236 aa  130  2.0000000000000002e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0208149  normal  0.635485 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2101  transcriptional regulator, MerR family  39.65 
 
 		 260 aa  126  4.0000000000000003e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.878958 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3490  transcriptional regulator, MerR family  39.21 
 
 		 268 aa  116  3e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0478654 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1126  transcriptional regulator, MerR family  35.15 
 
 		 262 aa  104  1e-21  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1301  transcriptional regulator, MerR family  32.9 
 
 		 263 aa  103  2e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.814813 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3129  transcriptional regulator, MerR family  53.16 
 
 		 422 aa  98.2  1e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0754  transcriptional regulator, MerR family  45.56 
 
 		 287 aa  87.4  2e-16  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00066154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1433  MerR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 229 aa  86.3  4e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0281208  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1566  MerR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 229 aa  58.2  0.0000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000201032  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1311  MerR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 243 aa  49.7  0.00005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0144  MerR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 158 aa  49.3  0.00006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0080  transcriptional regulator, MerR family  34.33 
 
 		 137 aa  48.1  0.0001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.671013 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4357  transcriptional regulator, MerR family  41.27 
 
 		 269 aa  47.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00580847 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0531  transcriptional regulator, MerR family  39.29 
 
 		 155 aa  47  0.0003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3746  MerR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 151 aa  47.4  0.0003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2818  transcriptional regulator, MerR family  31.4 
 
 		 171 aa  46.6  0.0004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000370461  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4027  transcriptional regulator, MerR family  40 
 
 		 269 aa  46.6  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1189  MerR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 156 aa  45.8  0.0007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2165  MerR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 156 aa  45.8  0.0007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0369388  normal  0.524788 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4295  MerR family transcriptional regulator  39.76 
 
 		 130 aa  45.4  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0954  MerR family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 146 aa  44.7  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0450773  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4464  MerR family transcriptional regulator  39.76 
 
 		 130 aa  45.4  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4195  MerR family transcriptional regulator  39.76 
 
 		 130 aa  45.4  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1494  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  32.2 
 
 		 165 aa  45.1  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.163233 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4350  transcriptional regulator, MerR family  40.54 
 
 		 131 aa  44.7  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1752  glutamine synthetase transcriptional regulator  42.31 
 
 		 124 aa  44.3  0.002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.000396501  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2453  transcriptional regulator, MerR family  48.48 
 
 		 155 aa  44.7  0.002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00000100878  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1099  transcriptional regulator, MerR family  27.96 
 
 		 151 aa  44.3  0.002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1596  transcriptional regulator, MerR family  28.45 
 
 		 237 aa  44.7  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4517  zinc-responsive transcriptional regulator  37.33 
 
 		 143 aa  43.9  0.003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00152846  hitchhiker  0.0000330659 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16670  putative transcriptional regulator CadR  34.21 
 
 		 156 aa  43.5  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2129  MerR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 150 aa  43.5  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.802398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4421  MerR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 139 aa  43.9  0.003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0298638  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3495  MerR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 133 aa  43.1  0.004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.444785 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9086  putative transcriptional regulator, MerR family  30.23 
 
 		 162 aa  43.1  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0408  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  33.91 
 
 		 153 aa  42.7  0.005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.381542  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3676  transcriptional regulator, MerR family  46.77 
 
 		 143 aa  43.1  0.005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.511555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1346  MerR family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 136 aa  43.1  0.005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.24451 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4811  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 144 aa  43.1  0.005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.229804  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0028  transcriptional regulator, MerR family  41.82 
 
 		 143 aa  43.1  0.005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.234521  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0310  zinc-responsive transcriptional regulator  37.33 
 
 		 141 aa  42.7  0.005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.44406  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0608  zinc-responsive transcriptional regulator  36.84 
 
 		 144 aa  42.7  0.005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000357731  normal  0.723537 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3888  zinc-responsive transcriptional regulator  37.33 
 
 		 141 aa  42.7  0.005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00039361  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2116  transcriptional regulator, MerR family  37.7 
 
 		 133 aa  42.4  0.007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18550  predicted transcriptional regulator  40.91 
 
 		 244 aa  42.4  0.007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2489  putative transcriptional regulator, MerR family  26.51 
 
 		 162 aa  42.4  0.008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00633728 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4100  MerR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 127 aa  42.4  0.008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.686135  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1449  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  37.93 
 
 		 156 aa  42.4  0.008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3005  MerR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 144 aa  42  0.009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.44472  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4536  transcriptional regulator, MerR family  43.94 
 
 		 146 aa  42  0.009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.228678  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2009  transcriptional regulator, MerR family  38.98 
 
 		 152 aa  42  0.009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3642  transcriptional regulator, MerR family  32.14 
 
 		 158 aa  42  0.009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1701  transcriptional regulator, MerR family  38.98 
 
 		 152 aa  42  0.009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.201474  normal  0.917872 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5668  transcriptional regulator, MerR family  34.15 
 
 		 146 aa  42  0.01  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0186  MerR family transcriptional regulator  25 
 
 		 250 aa  42  0.01  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0070729  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13367  MerR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 146 aa  42  0.01  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.272142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3404  MerR family transcriptional regulator  48.94 
 
 		 155 aa  42  0.01  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0442  zinc-responsive transcriptional regulator  36.36 
 
 		 157 aa  42  0.01  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>