81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_2972 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_2972  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 245 aa  482  1e-135  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3498  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  56.49 
 
 		 248 aa  270  2e-71  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.503466  hitchhiker  0.000525778 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3722  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  56.12 
 
 		 246 aa  240  1e-62  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0190729 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0252  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  52.94 
 
 		 248 aa  238  8e-62  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0574  xylose isomerase domain-containing protein  51.68 
 
 		 254 aa  230  1e-59  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3397  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  57.5 
 
 		 251 aa  228  5e-59  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.843177  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2336  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  52.92 
 
 		 245 aa  224  1e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.791708  normal  0.26673 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03870  xylose isomerase-like enzyme  49.58 
 
 		 244 aa  215  5e-55  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2541  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  44.08 
 
 		 252 aa  195  5.000000000000001e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5339  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  47.54 
 
 		 250 aa  184  2.0000000000000003e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00377604  normal  0.870166 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27510  sugar phosphate isomerase/epimerase  39.69 
 
 		 274 aa  166  2.9999999999999998e-40  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2156  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.92 
 
 		 241 aa  107  2e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1735  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.04 
 
 		 286 aa  103  3e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.340783  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1892  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.86 
 
 		 296 aa  102  5e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.866168 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00428  Twin-arginine translocation pathway signal  31.16 
 
 		 334 aa  95.5  7e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4110  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.93 
 
 		 324 aa  94.7  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.719196  hitchhiker  0.00235403 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0747  xylose isomerase domain-containing protein  35.55 
 
 		 250 aa  94.4  1e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.123525  normal  0.466968 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1192  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.02 
 
 		 284 aa  93.6  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.78026  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2332  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.78 
 
 		 253 aa  91.7  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0395  xylose isomerase domain-containing protein  32 
 
 		 252 aa  91.3  1e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0482433 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5169  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29 
 
 		 294 aa  91.3  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.193202  normal  0.0119355 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0527  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.22 
 
 		 289 aa  90.5  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000000820487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1628  xylose isomerase domain-containing protein  30.66 
 
 		 319 aa  89.7  3e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4327  xylose isomerase domain-containing protein  31.35 
 
 		 249 aa  89  6e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.543415 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3435  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.36 
 
 		 289 aa  88.6  7e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1543  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.03 
 
 		 245 aa  88.6  9e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.482416  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1075  xylose isomerase domain-containing protein  28.04 
 
 		 249 aa  87.8  1e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2333  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.06 
 
 		 255 aa  87  2e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3458  xylose isomerase domain-containing protein  30.86 
 
 		 248 aa  87.8  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.463794  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1723  xylose isomerase domain-containing protein  32.72 
 
 		 253 aa  87.4  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.186177  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1695  sugar phosphate isomerases/epimerases  29.7 
 
 		 285 aa  86.7  3e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0560599 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.59 
 
 		 292 aa  86.7  3e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.142923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0136  xylose isomerase domain-containing protein  31.85 
 
 		 250 aa  87  3e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.937365  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4404  xylose isomerase domain-containing protein  34.6 
 
 		 250 aa  86.3  4e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.658574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0432  xylose isomerase domain-containing protein  28.11 
 
 		 258 aa  85.9  5e-16  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2692  twin-arginine translocation pathway signal  28.04 
 
 		 300 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6351  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.72 
 
 		 279 aa  84  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3337  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.4 
 
 		 287 aa  82  0.000000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.562048  normal  0.679518 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4611  xylose isomerase domain-containing protein  34.3 
 
 		 325 aa  80.9  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.805097  normal  0.241232 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0886  xylose isomerase domain-containing protein  29.31 
 
 		 254 aa  80.5  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.490019 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2093  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.86 
 
 		 253 aa  80.5  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.446343  normal  0.467472 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2188  xylose isomerase domain-containing protein  28.91 
 
 		 290 aa  79.3  0.00000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.686752  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11160  sugar phosphate isomerase/epimerase  32.2 
 
 		 275 aa  78.6  0.00000000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0839384 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4661  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.96 
 
 		 243 aa  77  0.0000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1158  xylose isomerase-like TIM barrel  28.02 
 
 		 253 aa  75.9  0.0000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5021  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.32 
 
 		 297 aa  76.3  0.0000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.672095  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2406  hypothetical protein  32.56 
 
 		 253 aa  76.3  0.0000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0720427  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1272  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.67 
 
 		 287 aa  74.3  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1046  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.06 
 
 		 287 aa  73.6  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1595  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.32 
 
 		 284 aa  73.6  0.000000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1198  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.97 
 
 		 255 aa  72  0.000000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3167  twin-arginine translocation pathway signal  28.26 
 
 		 326 aa  71.2  0.00000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3062  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.44 
 
 		 287 aa  70.9  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0365  xylose isomerase domain-containing protein  31.58 
 
 		 284 aa  69.7  0.00000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1938  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.1 
 
 		 256 aa  68.6  0.00000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.00000239688  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3285  xylose isomerase domain-containing protein  27.59 
 
 		 287 aa  67.8  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.515332 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1739  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.11 
 
 		 271 aa  67.4  0.0000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.125041  normal  0.800521 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0784  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.9 
 
 		 278 aa  67  0.0000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.838141 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4324  xylose isomerase domain-containing protein  25.79 
 
 		 309 aa  65.5  0.0000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2652  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.48 
 
 		 283 aa  64.7  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.000000000202898  normal  0.140843 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0425  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.89 
 
 		 243 aa  64.7  0.000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3491  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.36 
 
 		 281 aa  64.7  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.642855  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3701  hypothetical protein  30.16 
 
 		 259 aa  62.8  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20260  sugar phosphate isomerase/epimerase  25 
 
 		 293 aa  59.7  0.00000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.239255  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2705  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.67 
 
 		 287 aa  59.7  0.00000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.917825  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1429  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.44 
 
 		 284 aa  57.4  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.000000000000502947  normal  0.0400752 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1912  xylose isomerase domain-containing protein  27.43 
 
 		 271 aa  57  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.193983  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1893  xylose isomerase domain-containing protein  33.33 
 
 		 304 aa  53.9  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0559869  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1892  xylose isomerase domain-containing protein  32.43 
 
 		 304 aa  53.5  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0241791  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17470  sugar phosphate isomerase/epimerase  30.07 
 
 		 325 aa  52.4  0.000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.105049  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0334  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.44 
 
 		 318 aa  52  0.000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.212034  normal  0.78899 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1346  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.46 
 
 		 301 aa  50.1  0.00004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0088  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.27 
 
 		 341 aa  48.9  0.00008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0986  xylose isomerase domain-containing protein  27.4 
 
 		 273 aa  47  0.0003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4781  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.81 
 
 		 270 aa  46.2  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.269917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4312  sugar phosphate isomerases/epimerases  25.54 
 
 		 283 aa  45.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.517232  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3328  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.87 
 
 		 346 aa  44.7  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.273118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4656  xylose isomerase domain-containing protein  27.45 
 
 		 298 aa  45.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.335563 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4013  Myo-inosose-2 dehydratase  25.31 
 
 		 297 aa  42.4  0.007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0303  myo-inositol catabolism protein  29 
 
 		 298 aa  42.4  0.008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3839  xylose isomerase domain-containing protein  22.92 
 
 		 300 aa  42  0.009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>