More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xcel_0002 on replicon NC_013530
Organism: Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_00020  DNA polymerase III, beta subunit  84.57 
 
 
376 aa  639    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 
377 aa  743    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  80.11 
 
 
376 aa  610  1e-173  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000849521  normal  0.168185 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0002  DNA polymerase III, beta subunit  80.59 
 
 
376 aa  606  9.999999999999999e-173  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0002  DNA polymerase III, beta subunit  70.37 
 
 
378 aa  523  1e-147  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0002  DNA polymerase III, beta subunit  64.27 
 
 
374 aa  476  1e-133  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00020  DNA polymerase III, beta subunit  63.2 
 
 
374 aa  471  1e-132  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.218776  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  63.73 
 
 
374 aa  468  9.999999999999999e-131  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000000025514 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0002  DNA polymerase III, beta subunit  64.46 
 
 
383 aa  457  9.999999999999999e-129  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00435185 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0002  DNA polymerase III, beta subunit  57.67 
 
 
375 aa  426  1e-118  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000684448  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00020  DNA polymerase III, beta subunit  58.51 
 
 
374 aa  426  1e-118  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00020  DNA polymerase III, beta subunit  57.14 
 
 
378 aa  419  1e-116  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0002  DNA polymerase III, beta subunit  60.1 
 
 
379 aa  417  9.999999999999999e-116  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.000269969  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0002  DNA polymerase III subunit beta  53.69 
 
 
396 aa  417  9.999999999999999e-116  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0135269  normal  0.401999 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0002  DNA-directed DNA polymerase  55.29 
 
 
379 aa  414  1e-114  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000640008  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0002  DNA polymerase III subunit beta  57.33 
 
 
380 aa  412  1e-114  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000000143991  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0002  DNA polymerase III subunit beta  56.69 
 
 
408 aa  409  1e-113  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0002  DNA polymerase III subunit beta  56.23 
 
 
378 aa  407  1.0000000000000001e-112  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0259305  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0086  DNA polymerase III subunit beta  50.79 
 
 
379 aa  362  5.0000000000000005e-99  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0003  DNA polymerase III, beta subunit  52.11 
 
 
377 aa  356  3.9999999999999996e-97  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000000000316606  hitchhiker  0.00386911 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1435  DNA polymerase III subunit beta  48.94 
 
 
374 aa  355  6.999999999999999e-97  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.674698  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0002  DNA polymerase III, beta subunit  49.87 
 
 
386 aa  353  2.9999999999999997e-96  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  51.79 
 
 
387 aa  353  4e-96  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  47.69 
 
 
388 aa  351  1e-95  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0002  DNA polymerase III, beta subunit  52.23 
 
 
377 aa  350  2e-95  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  hitchhiker  0.00244113  unclonable  0.0000000186271 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0003  DNA polymerase III, beta subunit  51.55 
 
 
386 aa  350  2e-95  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.301808 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0003  DNA polymerase III, beta subunit  47.65 
 
 
402 aa  349  6e-95  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.0000138278  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5295  DNA polymerase III, beta subunit  49.48 
 
 
384 aa  344  2e-93  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0044  DNA polymerase III, beta subunit  44.56 
 
 
374 aa  343  2.9999999999999997e-93  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0002  DNA polymerase III subunit beta  47.04 
 
 
398 aa  343  2.9999999999999997e-93  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.298765  normal  0.252015 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9328  DNA-directed DNA polymerase  49.07 
 
 
365 aa  343  4e-93  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.608924  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0002  DNA polymerase III subunit beta  47.77 
 
 
378 aa  337  9.999999999999999e-92  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.065739  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0002  DNA polymerase III subunit beta  46.39 
 
 
398 aa  333  4e-90  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.042032 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0002  DNA polymerase III subunit beta  48.55 
 
 
380 aa  333  4e-90  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.000348637  normal  0.134322 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0003  DNA polymerase III, beta subunit  46.27 
 
 
396 aa  332  6e-90  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0002  DNA polymerase III subunit beta  46.39 
 
 
398 aa  332  6e-90  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0010  DNA polymerase III subunit beta  46.39 
 
 
398 aa  332  6e-90  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.716793  normal  0.123554 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10002  DNA polymerase III subunit beta  45.66 
 
 
402 aa  332  8e-90  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0826  DNA polymerase III subunit beta  46.27 
 
 
398 aa  328  9e-89  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00020  DNA polymerase III subunit beta  49.21 
 
 
379 aa  328  1.0000000000000001e-88  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00000000251098  normal  0.535088 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  45.41 
 
 
408 aa  315  9.999999999999999e-85  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3544  DNA polymerase III subunit beta  44.3 
 
 
364 aa  296  5e-79  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.908435  normal  0.835762 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5871  DNA polymerase III, beta subunit  41.52 
 
 
404 aa  250  3e-65  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.24159  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0738  DNA polymerase III beta subunit family protein  39.49 
 
 
433 aa  241  1e-62  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.911699 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.86 
 
 
375 aa  194  2e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000418991  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.63 
 
 
369 aa  177  3e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00020  DNA polymerase III, beta subunit  30.61 
 
 
365 aa  171  1e-41  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000592113  decreased coverage  0.0000599685 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.3 
 
 
366 aa  157  3e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.3 
 
 
366 aa  157  3e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00020  DNA polymerase III, beta subunit  26.51 
 
 
365 aa  155  1e-36  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.443906  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.25 
 
 
378 aa  155  1e-36  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000189832  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.38 
 
 
365 aa  154  2e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.08 
 
 
378 aa  150  4e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0003  DNA polymerase III, beta subunit  27.75 
 
 
366 aa  149  9e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000553224  hitchhiker  0.000000389013 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.67 
 
 
379 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00656712  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.67 
 
 
379 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.478099 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0002  DNA polymerase III subunit beta  27.67 
 
 
379 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0872061  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0002  DNA polymerase III subunit beta  27.27 
 
 
379 aa  147  3e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.341639  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.27 
 
 
379 aa  147  3e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0132884  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0002  DNA polymerase III subunit beta  27.67 
 
 
379 aa  146  6e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000820509  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.85 
 
 
381 aa  146  7.0000000000000006e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000678483  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.27 
 
 
379 aa  145  8.000000000000001e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0173994  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.85 
 
 
381 aa  145  1e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.95 
 
 
378 aa  142  7e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000167002  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5318  DNA polymerase III subunit beta  26.58 
 
 
381 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.00172021  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0002  DNA polymerase III subunit beta  26.58 
 
 
381 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000341772  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0815  DNA polymerase III, beta subunit  27.86 
 
 
375 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  unclonable  0.000000015774  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.09 
 
 
376 aa  141  1.9999999999999998e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.42 
 
 
377 aa  140  3e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0177596  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.42 
 
 
377 aa  140  3e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00213885  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2552  DNA polymerase III subunit beta  27.91 
 
 
377 aa  140  3.9999999999999997e-32  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0587336  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0001  DNA polymerase III subunit beta  28.29 
 
 
390 aa  139  7e-32  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.174171  normal  0.105878 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1045  DNA polymerase III subunit beta  29.68 
 
 
393 aa  138  1e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000409555  unclonable  0.00000000281863 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1016  DNA polymerase III subunit beta  29.68 
 
 
393 aa  138  1e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2372  DNA polymerase III subunit beta  25.93 
 
 
366 aa  138  1e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0003  DNA polymerase III, beta subunit  26.7 
 
 
366 aa  138  1e-31  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0340  DNA polymerase III subunit beta  27.89 
 
 
394 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1769  DNA polymerase III, beta subunit  33.51 
 
 
391 aa  137  3.0000000000000003e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.371708  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03584  DNA polymerase III subunit beta  27.97 
 
 
366 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.120571  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.97 
 
 
366 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000276402  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0001  DNA polymerase III, beta subunit  27.25 
 
 
365 aa  135  1.9999999999999998e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.336764  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5129  DNA polymerase III subunit beta  27.97 
 
 
366 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000402669  normal  0.135624 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4066  DNA polymerase III subunit beta  27.97 
 
 
366 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0145467  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.3 
 
 
372 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000259068  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4224  DNA polymerase III subunit beta  27.97 
 
 
366 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000133889  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.25 
 
 
365 aa  135  1.9999999999999998e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.0000318907  decreased coverage  0.000394754 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.97 
 
 
366 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0647653  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03528  hypothetical protein  27.97 
 
 
366 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0779462  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3914  DNA polymerase III subunit beta  27.97 
 
 
366 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000199842  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4211  DNA polymerase III subunit beta  27.97 
 
 
366 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000853421  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.45 
 
 
380 aa  134  3e-30  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0002  DNA polymerase III subunit beta  26.85 
 
 
378 aa  133  3.9999999999999996e-30  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3032  DNA polymerase III, beta subunit  29.09 
 
 
366 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2082  DNA polymerase IF1 subunit beta  27.42 
 
 
382 aa  132  1.0000000000000001e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0161872  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0001  DNA polymerase III subunit beta  28.75 
 
 
385 aa  132  1.0000000000000001e-29  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4122  DNA polymerase III subunit beta  27.7 
 
 
366 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.381174  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0953  DNA polymerase III, beta subunit  28.94 
 
 
374 aa  132  1.0000000000000001e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4171  DNA polymerase III subunit beta  27.7 
 
 
366 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.264257  normal  0.345578 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4229  DNA polymerase III subunit beta  27.7 
 
 
366 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4049  DNA polymerase III subunit beta  27.7 
 
 
366 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.22368  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>