More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_1769 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_1769  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 		 391 aa  775    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.371708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.83 
 
 		 383 aa  157  2e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00435185 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00020  DNA polymerase III, beta subunit  34.55 
 
 		 376 aa  157  3e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0002  DNA polymerase III, beta subunit  34.38 
 
 		 376 aa  154  2e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.89 
 
 		 374 aa  154  4e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.32 
 
 		 377 aa  150  5e-35  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.37 
 
 		 374 aa  149  7e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000000025514 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.63 
 
 		 376 aa  145  1e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000849521  normal  0.168185 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.02 
 
 		 378 aa  143  5e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.89 
 
 		 375 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000684448  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00020  DNA polymerase III, beta subunit  31.65 
 
 		 374 aa  140  3.9999999999999997e-32  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.81 
 
 		 408 aa  135  9.999999999999999e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0086  DNA polymerase III subunit beta  31.79 
 
 		 379 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0002  DNA-directed DNA polymerase  32.64 
 
 		 379 aa  134  3e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000640008  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0002  DNA polymerase III subunit beta  34.12 
 
 		 378 aa  134  3.9999999999999996e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0259305  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00020  DNA polymerase III, beta subunit  31.93 
 
 		 374 aa  128  1.0000000000000001e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.218776  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00020  DNA polymerase III, beta subunit  31.48 
 
 		 378 aa  129  1.0000000000000001e-28  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5295  DNA polymerase III, beta subunit  30.13 
 
 		 384 aa  125  1e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.62 
 
 		 380 aa  124  4e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.000348637  normal  0.134322 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.81 
 
 		 379 aa  123  5e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.000269969  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.57 
 
 		 380 aa  123  5e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000000143991  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.75 
 
 		 388 aa  122  9.999999999999999e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0003  DNA polymerase III, beta subunit  30.87 
 
 		 377 aa  119  9e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000000000316606  hitchhiker  0.00386911 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.61 
 
 		 377 aa  119  9e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  hitchhiker  0.00244113  unclonable  0.0000000186271 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.9 
 
 		 408 aa  117  3.9999999999999997e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.9 
 
 		 369 aa  114  4.0000000000000004e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.18 
 
 		 387 aa  112  9e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.59 
 
 		 398 aa  111  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.298765  normal  0.252015 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.84 
 
 		 378 aa  110  4.0000000000000004e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.065739  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.85 
 
 		 398 aa  110  5e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0010  DNA polymerase III subunit beta  30.85 
 
 		 398 aa  110  5e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.716793  normal  0.123554 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.85 
 
 		 398 aa  109  7.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.042032 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1435  DNA polymerase III subunit beta  28.01 
 
 		 374 aa  109  7.000000000000001e-23  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.674698  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0003  DNA polymerase III, beta subunit  28.54 
 
 		 396 aa  108  1e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0826  DNA polymerase III subunit beta  30.26 
 
 		 398 aa  108  2e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0044  DNA polymerase III, beta subunit  25.19 
 
 		 374 aa  108  2e-22  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.1 
 
 		 396 aa  106  7e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0135269  normal  0.401999 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.39 
 
 		 386 aa  105  1e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2456  DNA polymerase III subunit beta  22.63 
 
 		 376 aa  104  2e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0115889  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3544  DNA polymerase III subunit beta  30.43 
 
 		 364 aa  103  5e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.908435  normal  0.835762 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9328  DNA-directed DNA polymerase  28.73 
 
 		 365 aa  103  6e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.608924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0002  DNA polymerase sliding clamp subunit  24.34 
 
 		 376 aa  102  9e-21  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000188302  unclonable  1.4129e-28 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2750  DNA polymerase III subunit beta  22.38 
 
 		 376 aa  102  1e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000190996  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0003  DNA polymerase III, beta subunit  29.06 
 
 		 402 aa  100  4e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.0000138278  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.93 
 
 		 375 aa  100  6e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000418991  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.61 
 
 		 372 aa  99  1e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2430  DNA polymerase III subunit beta  22.61 
 
 		 376 aa  98.6  2e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000841235  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2699  DNA polymerase III subunit beta  22.16 
 
 		 376 aa  98.6  2e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000020623 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.61 
 
 		 378 aa  98.6  2e-19  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000189832  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.61 
 
 		 372 aa  97.4  4e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120269  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00020  DNA polymerase III subunit beta  28.23 
 
 		 379 aa  97.4  4e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00000000251098  normal  0.535088 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2706  DNA polymerase III subunit beta  21 
 
 		 376 aa  96.7  7e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2499  DNA polymerase III subunit beta  22.07 
 
 		 376 aa  95.5  1e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000103767  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2684  DNA polymerase III subunit beta  22.07 
 
 		 376 aa  95.5  1e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2604  DNA polymerase III subunit beta  20.53 
 
 		 376 aa  95.9  1e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.756021  hitchhiker  0.0000491978 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2720  DNA polymerase III subunit beta  22.77 
 
 		 376 aa  95.1  2e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.001463  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0003  DNA polymerase III, beta subunit  24.32 
 
 		 366 aa  95.1  2e-18  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.42 
 
 		 372 aa  94  4e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0003  DNA polymerase III, beta subunit  28.57 
 
 		 386 aa  93.6  6e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.301808 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2460  DNA polymerase III subunit beta  21.54 
 
 		 376 aa  92.8  1e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000810658  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.28 
 
 		 380 aa  91.7  2e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  24 
 
 		 366 aa  92  2e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  24 
 
 		 366 aa  92  2e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10002  DNA polymerase III subunit beta  26.97 
 
 		 402 aa  90.5  4e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.8 
 
 		 372 aa  90.5  5e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.81 
 
 		 372 aa  89.4  9e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.67 
 
 		 372 aa  89.4  1e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0730917  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0003  DNA polymerase III, beta subunit  24.46 
 
 		 366 aa  89  1e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000553224  hitchhiker  0.000000389013 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2239  DNA polymerase III subunit beta  28.12 
 
 		 373 aa  88.6  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0102545  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.98 
 
 		 373 aa  87  5e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0861969  hitchhiker  0.000000929484 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5871  DNA polymerase III, beta subunit  33.77 
 
 		 404 aa  86.7  6e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.24159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.8 
 
 		 372 aa  85.5  0.000000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.474691  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.45 
 
 		 378 aa  84  0.000000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1016  DNA polymerase III subunit beta  30.36 
 
 		 393 aa  83.6  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1045  DNA polymerase III subunit beta  30.36 
 
 		 393 aa  83.6  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000409555  unclonable  0.00000000281863 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.27 
 
 		 372 aa  83.6  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00020  DNA polymerase III, beta subunit  22.11 
 
 		 367 aa  82  0.00000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0001  DNA polymerase III subunit beta  26.86 
 
 		 385 aa  82  0.00000000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0001  DNA polymerase III subunit beta  26.33 
 
 		 385 aa  81.6  0.00000000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.392011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.25 
 
 		 373 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.63 
 
 		 377 aa  81.3  0.00000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00213885  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1343  DNA polymerase III subunit beta  25.33 
 
 		 372 aa  81.3  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0162  DNA polymerase III subunit beta  25.54 
 
 		 372 aa  80.9  0.00000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281652  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.63 
 
 		 377 aa  81.3  0.00000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0177596  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3374  DNA polymerase III subunit beta  24.47 
 
 		 372 aa  80.9  0.00000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0002  DNA polymerase III subunit beta  25.47 
 
 		 397 aa  80.5  0.00000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.41342  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0003  DNA polymerase III subunit beta  24.47 
 
 		 372 aa  80.1  0.00000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  hitchhiker  0.00000350231 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.47 
 
 		 397 aa  79.7  0.00000000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00789927  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0004  DNA polymerase III subunit beta  24.8 
 
 		 372 aa  79.3  0.0000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000114385  unclonable  5.12755e-25 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0351  DNA polymerase III subunit beta  25.27 
 
 		 412 aa  79.3  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3047  DNA polymerase III subunit beta  26.44 
 
 		 371 aa  79.3  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.579013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0002  DNA polymerase III subunit beta  20.69 
 
 		 379 aa  79  0.0000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000820509  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0003  DNA polymerase III subunit beta  27.39 
 
 		 373 aa  79.3  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174848  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.79 
 
 		 373 aa  79.3  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0823829  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0012  DNA polymerase III subunit beta  24.8 
 
 		 372 aa  79.3  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.28 
 
 		 372 aa  79.3  0.0000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000275643  normal  0.722211 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0816  DNA polymerase III, beta subunit  22.34 
 
 		 366 aa  79  0.0000000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.731986  normal  0.187979 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0002  DNA polymerase III subunit beta  20.69 
 
 		 379 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0872061  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0002  DNA polymerase III subunit beta  25.2 
 
 		 372 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00001  DNA polymerase III subunit beta  24.68 
 
 		 397 aa  78.2  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.284448  normal  0.0167825 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>