More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1071 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1071  general secretion pathway protein F  100 
 
 		 411 aa  801    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.299024  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5703  general secretion pathway protein F  75.43 
 
 		 408 aa  590  1e-167  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0555477  normal  0.0587373 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1331  general secretion pathway protein F  76.4 
 
 		 410 aa  590  1e-167  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.466659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0544  general secretion pathway protein F  71.94 
 
 		 411 aa  579  1e-164  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0642  general secretion pathway protein F  76.4 
 
 		 409 aa  562  1.0000000000000001e-159  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.662272  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0663  general secretion pathway protein F  76.4 
 
 		 409 aa  562  1.0000000000000001e-159  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.7077 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0754  general secretion pathway protein F  70.5 
 
 		 412 aa  563  1.0000000000000001e-159  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0769832 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3974  general secretion pathway protein F  74.76 
 
 		 411 aa  549  1e-155  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1631  general secretion pathway protein F  71.67 
 
 		 412 aa  542  1e-153  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3429  general secretion pathway protein F  69.59 
 
 		 405 aa  541  1e-153  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000239637 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3138  general secretory pathway protein F  69.83 
 
 		 404 aa  526  1e-148  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000899303 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3072  general secretion pathway protein F  54.26 
 
 		 405 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000734436 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4499  putative general secretory pathway protein F  54.26 
 
 		 405 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.151931 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3938  general secretion pathway protein F  53.53 
 
 		 405 aa  397  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.147565 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1888  general secretion pathway protein F  53.53 
 
 		 405 aa  395  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.266018  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2784  general secretion pathway protein F  53.53 
 
 		 405 aa  395  1e-109  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0222  general secretion pathway protein F  53.53 
 
 		 405 aa  395  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2664  general secretion pathway protein F  53.53 
 
 		 405 aa  395  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0009  general secretion pathway protein F  53.53 
 
 		 405 aa  395  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0009  general secretion pathway protein F  53.53 
 
 		 405 aa  397  1e-109  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0009  general secretion pathway protein F  53.53 
 
 		 405 aa  396  1e-109  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3516  general secretion pathway protein F  53.53 
 
 		 405 aa  395  1e-109  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.632046  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0061  general secretion pathway protein F  53.28 
 
 		 405 aa  393  1e-108  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0079  general secretion pathway protein F  52.8 
 
 		 405 aa  385  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3242  general secretion pathway protein F  52.8 
 
 		 405 aa  387  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.458785 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0010  general secretion pathway protein F  52.8 
 
 		 405 aa  385  1e-106  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0060  general secretion pathway protein F  52.8 
 
 		 405 aa  385  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.211909  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0060  general secretion pathway protein F  52.55 
 
 		 405 aa  384  1e-105  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0050  general secretion pathway protein F  52.55 
 
 		 405 aa  384  1e-105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.899692  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1071  general secretion pathway protein F  52.31 
 
 		 405 aa  381  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.545064 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3394  general secretion pathway protein F  51.93 
 
 		 405 aa  365  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.955056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3231  general secretion pathway protein F  52.77 
 
 		 405 aa  363  4e-99  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0101612  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3116  general secretory pathway F transmembrane protein  53.27 
 
 		 403 aa  362  8e-99  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.205783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3401  general secretion pathway protein F  52.78 
 
 		 403 aa  362  1e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.54461 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3054  general secretion pathway protein F  52.54 
 
 		 403 aa  359  4e-98  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2209  general secretion pathway protein F  48.18 
 
 		 399 aa  348  1e-94  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.616736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3173  general secretion pathway protein F  46.72 
 
 		 403 aa  325  1e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.131882  normal  0.0228377 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4823  putative type II secretion system protein  45.26 
 
 		 404 aa  302  7.000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0274243  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55430  putative type II secretion system protein  45.26 
 
 		 404 aa  302  9e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000716105  normal  0.0429131 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0005  general secretion pathway protein F  41.5 
 
 		 407 aa  292  9e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.138499 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3617  general secretion pathway protein F  38.93 
 
 		 406 aa  290  2e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3565  general secretion pathway protein F  38.29 
 
 		 407 aa  290  3e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0227  general secretion pathway protein F  41.5 
 
 		 404 aa  290  3e-77  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4356  general secretion pathway protein F  38.35 
 
 		 407 aa  290  4e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0146  general secretion pathway protein F  38.98 
 
 		 407 aa  288  1e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0143  general secretion pathway protein F  43.31 
 
 		 407 aa  283  4.0000000000000003e-75  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4732  general secretion pathway protein F  37.96 
 
 		 407 aa  281  1e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0181431  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0123  general secretion pathway protein F  38.29 
 
 		 407 aa  278  9e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0151  general secretion pathway protein F  38.05 
 
 		 407 aa  278  1e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4204  general secretion pathway protein F  38.05 
 
 		 407 aa  278  1e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0155  general secretion pathway protein F  38.05 
 
 		 407 aa  278  1e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0573694 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0155  general secretion pathway protein F  38.05 
 
 		 407 aa  278  1e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1301  general secretion pathway protein F  39.56 
 
 		 408 aa  276  3e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1350  general secretion pathway protein F  38.98 
 
 		 403 aa  277  3e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0233  general secretion pathway protein F  37.23 
 
 		 406 aa  272  9e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2858  general secretion pathway protein F  39.95 
 
 		 408 aa  271  1e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1472  general secretion pathway protein F  40.44 
 
 		 408 aa  271  2e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.655662  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0107  general secretion pathway protein F  37.07 
 
 		 410 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24010  general secretion pathway protein F  39.02 
 
 		 405 aa  268  2e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2031  general secretion pathway protein F  39.02 
 
 		 405 aa  266  5.999999999999999e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0153  general secretion pathway protein F  37.07 
 
 		 407 aa  265  8e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4589  general secretion pathway protein F  35.99 
 
 		 413 aa  265  8.999999999999999e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1414  general secretion pathway protein F  39.95 
 
 		 405 aa  264  2e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0648646  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2922  general secretion pathway protein F  35.52 
 
 		 405 aa  264  3e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0158  general secretion pathway protein F  37.56 
 
 		 407 aa  263  3e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0153  general secretion pathway protein F  37.56 
 
 		 407 aa  263  3e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00603  general secretion pathway protein F  35.28 
 
 		 406 aa  263  4.999999999999999e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2371  general secretion pathway protein F  41.11 
 
 		 410 aa  263  6e-69  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.371859  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1414  general secretion pathway protein F  39.71 
 
 		 408 aa  262  6.999999999999999e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0168  general secretion pathway protein F  37.56 
 
 		 407 aa  262  1e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0171  general secretion pathway protein F  37.07 
 
 		 407 aa  258  2e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03958  general secretion pathway protein F  36.74 
 
 		 408 aa  258  2e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001890  general secretion pathway protein F  35.12 
 
 		 405 aa  255  1.0000000000000001e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2392  general secretion pathway protein F  40.29 
 
 		 404 aa  255  1.0000000000000001e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000517266 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1904  general secretion pathway protein F  41.12 
 
 		 401 aa  254  2.0000000000000002e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3136  general secretion pathway protein F  36.5 
 
 		 407 aa  253  3e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3425  general secretion pathway protein F  36.25 
 
 		 407 aa  252  7e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2304  general secretion pathway protein F  34.63 
 
 		 406 aa  251  1e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02836  hypothetical type II secretion protein GspF  35.61 
 
 		 407 aa  249  8e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000156909  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02786  hypothetical protein  35.61 
 
 		 407 aa  249  8e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000209561  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1317  type II secretory pathway protein LspF  35.04 
 
 		 399 aa  248  1e-64  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3245  general secretion pathway protein GspF  35.61 
 
 		 407 aa  248  1e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.750263 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2924  general secretion pathway protein F  40.73 
 
 		 405 aa  247  3e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.646431  normal  0.200315 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3410  general secretion pathway protein GspF  35.12 
 
 		 407 aa  247  3e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1314  type II secretory pathway protein LspF  34.79 
 
 		 399 aa  245  9e-64  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0728  general secretion pathway protein F  36.87 
 
 		 409 aa  243  7e-63  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.164597  normal  0.206561 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1279  general secretion pathway protein F  36.08 
 
 		 403 aa  239  9e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0252  general secretion pathway protein F  33.9 
 
 		 404 aa  237  3e-61  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4249  general secretion pathway protein F  35.63 
 
 		 403 aa  236  6e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0204352 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2531  general secretion pathway protein F  41.4 
 
 		 410 aa  235  1.0000000000000001e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.356657  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0099  general secretion pathway protein F  34.83 
 
 		 396 aa  234  2.0000000000000002e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0256  general secretion pathway protein F  39.17 
 
 		 400 aa  231  2e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.726784 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0684  general secretion pathway protein F  37.47 
 
 		 409 aa  229  5e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1045  general secretion pathway protein F  35.41 
 
 		 409 aa  228  2e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4178  general secretion pathway protein F  37.75 
 
 		 400 aa  223  4e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.363514  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3578  TonB-dependent siderophore receptor  35.12 
 
 		 411 aa  223  7e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.477901 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03178  general secretory pathway component, cryptic  33.58 
 
 		 398 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0386  general secretion pathway protein F  33.58 
 
 		 398 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0719  general secretion pathway protein F  37.8 
 
 		 409 aa  221  1.9999999999999999e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.975907  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0386  general secretion pathway protein F  33.58 
 
 		 398 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.120721 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>