More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1415 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_1415  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  100 
 
 
520 aa  1017    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  53.8 
 
 
479 aa  416  9.999999999999999e-116  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  51.97 
 
 
489 aa  386  1e-106  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3547  RND efflux system outer membrane lipoprotein  51.76 
 
 
477 aa  387  1e-106  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.138729  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3184  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  48.76 
 
 
475 aa  384  1e-105  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.52 
 
 
486 aa  382  1e-104  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  48.35 
 
 
493 aa  372  1e-101  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  45.63 
 
 
494 aa  358  1.9999999999999998e-97  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  43.54 
 
 
503 aa  350  5e-95  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  41.94 
 
 
502 aa  348  1e-94  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2826  RND efflux system outer membrane lipoprotein  50.11 
 
 
475 aa  326  6e-88  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.349908  normal  0.4485 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2315  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  50.11 
 
 
475 aa  326  6e-88  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.43 
 
 
497 aa  319  7e-86  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3604  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  50.45 
 
 
483 aa  311  2e-83  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  40.25 
 
 
512 aa  307  3e-82  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  42.19 
 
 
509 aa  307  4.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1481  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.24 
 
 
491 aa  306  5.0000000000000004e-82  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.290116  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4060  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.27 
 
 
492 aa  303  4.0000000000000003e-81  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  38.54 
 
 
569 aa  301  2e-80  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  38.35 
 
 
520 aa  297  2e-79  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3706  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.57 
 
 
498 aa  294  3e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0175295 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  40.7 
 
 
504 aa  292  1e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  38.19 
 
 
479 aa  288  1e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  41.06 
 
 
518 aa  288  2e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  42.09 
 
 
483 aa  286  5e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.27 
 
 
525 aa  286  8e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1914  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.43 
 
 
531 aa  285  1.0000000000000001e-75  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000272629  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  35.31 
 
 
479 aa  283  4.0000000000000003e-75  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  37.53 
 
 
479 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1666  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.79 
 
 
546 aa  283  6.000000000000001e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.13133 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  35.05 
 
 
489 aa  281  3e-74  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  41.05 
 
 
501 aa  280  3e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0284  outer membrane efflux family protein  36.3 
 
 
518 aa  277  4e-73  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.552621  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1101  outer membrane protein  39.96 
 
 
470 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1362  outer membrane efflux family protein  36.8 
 
 
558 aa  273  5.000000000000001e-72  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3560  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.39 
 
 
493 aa  273  6e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.73 
 
 
482 aa  272  1e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.46 
 
 
513 aa  270  4e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2820  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.73 
 
 
517 aa  267  4e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.51 
 
 
517 aa  265  1e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.07 
 
 
512 aa  264  4e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2152  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.84 
 
 
503 aa  261  2e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2435  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.14 
 
 
500 aa  261  3e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164231 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4998  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.39 
 
 
515 aa  259  1e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.824643 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2159  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.32 
 
 
529 aa  256  6e-67  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3932  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.43 
 
 
491 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0868  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.56 
 
 
526 aa  255  2.0000000000000002e-66  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3581  outer membrane protein OprN precursor  41.24 
 
 
499 aa  253  6e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.03 
 
 
473 aa  251  3e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2451  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.67 
 
 
514 aa  249  1e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3443  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.29 
 
 
486 aa  249  1e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.267273  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2680  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.04 
 
 
490 aa  248  2e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.69 
 
 
483 aa  248  3e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4486  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.32 
 
 
512 aa  246  4.9999999999999997e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2670  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.33 
 
 
532 aa  245  9.999999999999999e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0133401  normal  0.268883 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0143  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.56 
 
 
541 aa  245  9.999999999999999e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.302016 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1155  MFS efflux system, outer membrane porin  36.29 
 
 
511 aa  244  3e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159689  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1006  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.7 
 
 
507 aa  243  6e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0211246  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5539  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.89 
 
 
503 aa  243  9e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.541532  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4744  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.59 
 
 
503 aa  242  1e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.918566  hitchhiker  0.00837312 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3623  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.59 
 
 
503 aa  242  1e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.392647  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.98 
 
 
511 aa  241  2e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3274  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.92 
 
 
495 aa  241  2e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0749  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.45 
 
 
504 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  39.72 
 
 
465 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1740  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.58 
 
 
517 aa  241  2.9999999999999997e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.37 
 
 
471 aa  240  4e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.72 
 
 
471 aa  240  5.999999999999999e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0034  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.72 
 
 
538 aa  239  8e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.677331 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44210  multidrug efflux pump outer membrane lipoprotein  36.6 
 
 
506 aa  239  9e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.489954  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.72 
 
 
471 aa  239  1e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2193  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.07 
 
 
495 aa  239  1e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126086  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1557  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.66 
 
 
495 aa  237  3e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.275301  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3793  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.11 
 
 
495 aa  237  3e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.351966 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.38 
 
 
483 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.6 
 
 
496 aa  236  6e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.6 
 
 
496 aa  236  6e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.96 
 
 
483 aa  236  8e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38 
 
 
465 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1570  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.22 
 
 
473 aa  235  2.0000000000000002e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3157  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.06 
 
 
480 aa  235  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2446  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.8 
 
 
471 aa  235  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177234  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1710  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  36.09 
 
 
519 aa  234  3e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.733437  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0563  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.83 
 
 
519 aa  234  3e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2283  outer membrane efflux protein  34.66 
 
 
501 aa  234  4.0000000000000004e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0628456 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0165  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.2 
 
 
477 aa  233  8.000000000000001e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3360  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.6 
 
 
494 aa  233  8.000000000000001e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.414328  hitchhiker  0.00000000121747 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3378  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.29 
 
 
470 aa  233  9e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.469197 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0715  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.01 
 
 
504 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.871689  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3208  putative drug efflux lipoprotein  37.84 
 
 
486 aa  231  2e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0332853  normal  0.0695421 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2139  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.46 
 
 
517 aa  231  2e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.971447 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.27 
 
 
484 aa  231  3e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2526  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.36 
 
 
504 aa  231  3e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2426  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.25 
 
 
487 aa  230  5e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.335348  normal  0.737188 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.73 
 
 
504 aa  230  5e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6455  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.03 
 
 
516 aa  230  5e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.220531 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.27 
 
 
484 aa  229  6e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1871  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.26 
 
 
485 aa  230  6e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.97882  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  34.82 
 
 
547 aa  229  8e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0753  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.7 
 
 
504 aa  228  2e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.13209  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>