More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0418 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0418  alpha amylase, catalytic region  100 
 
 		 577 aa  1195    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.537622  normal  0.197095 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1824  putative sucrose phosphorylase  74.26 
 
 		 587 aa  901    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.552548  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02161  putative sucrose phosphorylase  48.15 
 
 		 584 aa  591  1e-167  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3210  sucrose phosphorylase  49.91 
 
 		 596 aa  588  1e-167  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1771  alpha amylase catalytic region  48.69 
 
 		 585 aa  586  1e-166  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.232326  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2846  alpha amylase, catalytic region  51.62 
 
 		 581 aa  578  1e-164  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.218279  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2164  alpha amylase, catalytic region  51.03 
 
 		 586 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.659302  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2600  sucrose phosphorylase  47.64 
 
 		 591 aa  571  1e-161  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0436867 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2566  alpha amylase, catalytic region  46.54 
 
 		 578 aa  545  1e-154  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0104089  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2573  alpha amylase, catalytic region  46.54 
 
 		 578 aa  545  1e-154  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000337914  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2580  alpha amylase, catalytic region  46.54 
 
 		 578 aa  545  1e-154  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.008896  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0506  putative sucrose phosphorylase  49.72 
 
 		 544 aa  541  9.999999999999999e-153  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0774  Alpha amylase, catalytic region  45.08 
 
 		 589 aa  511  1e-143  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2588  alpha amylase  47.07 
 
 		 598 aa  499  1e-140  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1523  alpha amylase catalytic region  40.73 
 
 		 561 aa  447  1.0000000000000001e-124  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.346384  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0665  alpha amylase catalytic region  44.47 
 
 		 555 aa  443  1e-123  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.694695  normal  0.614349 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3029  alpha amylase catalytic subunit  43.47 
 
 		 556 aa  437  1e-121  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.172997 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1248  alpha amylase catalytic region  44.05 
 
 		 568 aa  426  1e-118  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.55232  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01286  predicted glucosyltransferase  39.82 
 
 		 559 aa  409  1e-113  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1519  alpha amylase family protein  39.82 
 
 		 559 aa  409  1e-113  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1813  alpha amylase family protein  39.69 
 
 		 559 aa  409  1e-113  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.653374 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2316  alpha amylase catalytic region  39.82 
 
 		 559 aa  409  1e-113  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.278573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1424  alpha amylase family protein  40 
 
 		 559 aa  409  1e-113  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2337  alpha amylase catalytic region  39.82 
 
 		 559 aa  408  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0459721  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2165  alpha amylase, catalytic region  35.75 
 
 		 565 aa  389  1e-106  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0993887 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2243  alpha amylase domain-containing protein  37.93 
 
 		 575 aa  384  1e-105  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_06751  glycoside hydrolase family protein  35.03 
 
 		 578 aa  373  1e-102  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.335085 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08951  glycoside hydrolase family protein  35.18 
 
 		 586 aa  366  1e-100  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.497034  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0246  alpha amylase domain-containing protein  34.97 
 
 		 583 aa  366  1e-100  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0838  alpha amylase domain-containing protein  35.6 
 
 		 586 aa  366  1e-100  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09141  glycoside hydrolase family protein  34.97 
 
 		 583 aa  366  1e-100  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000264002 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08971  glycoside hydrolase family protein  35.24 
 
 		 586 aa  366  1e-100  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.540308  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10441  glycoside hydrolase family protein  35.17 
 
 		 589 aa  369  1e-100  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2606  alpha amylase domain-containing protein  39.5 
 
 		 575 aa  361  2e-98  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.281377 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3361  alpha amylase catalytic region  30.91 
 
 		 491 aa  194  4e-48  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00605646 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0232  sucrose phosphorylase  31.12 
 
 		 493 aa  191  2e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.528502  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1779  glycosidase  27.43 
 
 		 489 aa  186  7e-46  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0061  sucrose phosphorylase  28.57 
 
 		 492 aa  180  7e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0065  sucrose phosphorylase  28.37 
 
 		 492 aa  179  2e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4288  sucrose phosphorylase  28.51 
 
 		 492 aa  178  2e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00965772  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0066  sucrose phosphorylase  28.17 
 
 		 492 aa  177  4e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.530318  hitchhiker  0.00316152 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0241  Sucrose phosphorylase  28.79 
 
 		 483 aa  177  7e-43  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1331  sucrose phosphorylase  28.54 
 
 		 508 aa  176  9e-43  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00201506  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3684  alpha amylase catalytic region  28.27 
 
 		 663 aa  172  2e-41  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0064  sucrose phosphorylase  28.95 
 
 		 494 aa  171  5e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000722293 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0066  sucrose phosphorylase  28.95 
 
 		 494 aa  170  7e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000218626 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0062  sucrose phosphorylase  28.95 
 
 		 494 aa  169  1e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0945971  unclonable  0.0000350237 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3990  sucrose phosphorylase  27.53 
 
 		 493 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00149762  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0651  sucrose phosphorylase  29.15 
 
 		 482 aa  165  3e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0824794  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01971  sucrose phosphorylase  27.53 
 
 		 498 aa  164  4.0000000000000004e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1799  alpha amylase catalytic region  25.53 
 
 		 534 aa  159  2e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00676  alpha-amylase, amylosucrase  25.81 
 
 		 649 aa  158  3e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.145273  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0384  glycosidase  26.79 
 
 		 492 aa  158  3e-37  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00983965  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3514  alpha amylase, catalytic region  28.7 
 
 		 651 aa  157  4e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.482546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1542  sucrose phosphorylase  26.88 
 
 		 485 aa  155  1e-36  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.296567  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0218  Alpha amylase, catalytic region  25.44 
 
 		 650 aa  155  2e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0572  alpha amylase, catalytic region  26.44 
 
 		 650 aa  154  2.9999999999999998e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0972  alpha amylase catalytic region  26.88 
 
 		 644 aa  152  2e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.216915 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3860  alpha amylase catalytic region  27.71 
 
 		 667 aa  150  6e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0305  alpha amylase, catalytic region  25.86 
 
 		 646 aa  150  7e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02416  alpha-amlyase  28.81 
 
 		 638 aa  150  9e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5490  trehalose synthase  30.65 
 
 		 1136 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.984156  hitchhiker  0.000243022 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1980  trehalose synthase  32.86 
 
 		 1109 aa  149  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0525025  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2022  trehalose synthase  32.03 
 
 		 1142 aa  148  2.0000000000000003e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3820  alpha amylase, catalytic region  26.2 
 
 		 645 aa  148  3e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.166544  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2835  trehalose synthase  31.29 
 
 		 1088 aa  146  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0758325  normal  0.0859996 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2160  trehalose synthase-like  32.03 
 
 		 1112 aa  146  1e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2611  alpha amylase, catalytic region  26.02 
 
 		 650 aa  145  2e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2828  trehalose synthase  32.07 
 
 		 548 aa  145  2e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3469  trehalose synthase/ maltokinase-like  30.99 
 
 		 1112 aa  144  4e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2940  trehalose synthase  31.29 
 
 		 1088 aa  144  6e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00795057 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2713  trehalose synthase  31.29 
 
 		 1088 aa  144  6e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.352676 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2935  trehalose synthase  34.07 
 
 		 1110 aa  144  6e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.820681  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1307  alpha amylase catalytic region  24.95 
 
 		 652 aa  143  7e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000323164 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2678  trehalose synthase  31.5 
 
 		 1115 aa  143  8e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1544  alpha-glucosidase  32.97 
 
 		 1131 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0821  alpha amylase family protein  32.97 
 
 		 1131 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.145364  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1172  alpha amylase domain-containing protein  32.03 
 
 		 1095 aa  143  9.999999999999999e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0534  trehalose synthase/putative maltokinase  32.97 
 
 		 1131 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1883  trehalose synthase  31.14 
 
 		 1100 aa  143  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.12501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1567  trehalose synthase/putative maltokinase  32.97 
 
 		 1131 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0621  trehalose synthase/putative maltokinase  32.97 
 
 		 1131 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1340  trehalose synthase/putative maltokinase  32.97 
 
 		 1131 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2914  alpha amylase catalytic region  25.68 
 
 		 650 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1797  Alpha amylase, catalytic region  25.76 
 
 		 651 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000126302  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6087  trehalose synthase  31.5 
 
 		 1137 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0830562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1331  trehalose synthase-like  31.5 
 
 		 1137 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6498  trehalose synthase  31.5 
 
 		 1137 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.388171  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6321  trehalose synthase  31.14 
 
 		 1137 aa  141  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0765728  normal  0.0985799 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0324  alpha amylase catalytic region  23.16 
 
 		 641 aa  141  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5591  trehalose synthase  31.14 
 
 		 1137 aa  141  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00664495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2353  alpha amylase domain-containing protein  31.01 
 
 		 1110 aa  140  4.999999999999999e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.544253  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6822  trehalose synthase  30.74 
 
 		 1154 aa  140  6e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.615207 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1598  trehalose synthase  30.58 
 
 		 1092 aa  140  6e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0248685 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5098  trehalose synthase  32.36 
 
 		 1093 aa  140  7e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.436768  decreased coverage  0.00978496 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4164  trehalose synthase  24.86 
 
 		 1100 aa  140  8.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2862  putative trehalose synthase  30.74 
 
 		 1154 aa  140  8.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5383  trehalose synthase  32 
 
 		 1093 aa  140  8.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0116468  normal  0.915163 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4051  trehalose synthase  31.85 
 
 		 1164 aa  139  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3938  trehalose synthase  31.85 
 
 		 1164 aa  139  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.278548 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>