More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_0023 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_2003  choline/carnitine/betaine transport family protein  63.16 
 
 
535 aa  687  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0237  choline/carnitine/betaine transporter  69.34 
 
 
550 aa  734  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000527978  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4336  choline/carnitine/betaine transporter  59.66 
 
 
529 aa  643  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2045  choline/carnitine/betaine transporter  60.27 
 
 
554 aa  640  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0189191  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0023  choline/carnitine/betaine transporter  100 
 
 
539 aa  1065  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.16107 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0098  transporter, BCCT family  61.64 
 
 
526 aa  632  1e-180  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1809  choline/carnitine/betaine transporter  61.25 
 
 
526 aa  625  1e-178  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0049  choline/carnitine/betaine transporter  61.64 
 
 
523 aa  626  1e-178  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.335489  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2648  choline/carnitine/betaine transporter  58.57 
 
 
534 aa  624  1e-177  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0898  BCCT family transporter  58.73 
 
 
540 aa  617  1e-175  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01883  choline/carnitine/betaine transporter  60.43 
 
 
529 aa  613  1e-174  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06429  hypothetical protein  60.12 
 
 
535 aa  608  1e-173  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0969  choline/carnitine/betaine transporter  60.47 
 
 
525 aa  605  1e-172  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.375142  normal  0.0777887 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003545  choline-glycine betaine transporter  59.27 
 
 
526 aa  608  1e-172  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0433  transporter, BCCT family  57.73 
 
 
531 aa  593  1e-168  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2323  glycine betaine transporter  58.6 
 
 
525 aa  589  1e-167  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.100678  hitchhiker  0.00817837 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003138  High-affinity choline uptake protein BetT  64.3 
 
 
450 aa  574  1e-162  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  4.29409e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2125  choline/carnitine/betaine transport  54.25 
 
 
549 aa  555  1e-156  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0835  choline/carnitine/betaine transporter  55.37 
 
 
574 aa  539  1e-152  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.475223  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3038  choline/carnitine/betaine transporter  54.18 
 
 
554 aa  535  1e-151  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3807  choline/carnitine/betaine transporter  54.15 
 
 
551 aa  535  1e-150  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00825508  normal  0.301611 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3080  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  54.15 
 
 
551 aa  535  1e-150  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02455  choline/carnitine/betaine transporter  50.73 
 
 
582 aa  532  1e-150  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4552  choline/carnitine/betaine transporter  54.63 
 
 
555 aa  535  1e-150  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3129  choline/carnitine/betaine transporter  54.32 
 
 
554 aa  529  1e-149  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.32452  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2505  choline/carnitine/betaine transporter  52.82 
 
 
541 aa  531  1e-149  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003606  High-affinity choline uptake protein BetT  50.82 
 
 
553 aa  524  1e-147  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1282  transporter, BCCT family  48.95 
 
 
534 aa  519  1e-146  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3929  hypothetical protein  54.15 
 
 
551 aa  513  1e-144  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.720842  normal  0.613133 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0980  choline/carnitine/betaine transport  51.83 
 
 
548 aa  506  1e-142  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4548  choline/carnitine/betaine transporter  54.53 
 
 
551 aa  506  1e-142  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  47.57 
 
 
606 aa  469  1e-131  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  46.56 
 
 
545 aa  436  1e-121  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  47.91 
 
 
659 aa  432  1e-120  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  47.91 
 
 
659 aa  432  1e-120  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0600  choline/carnitine/betaine transporter  44.01 
 
 
584 aa  427  1e-118  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  8.57259e-11  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4819  choline/carnitine/betaine transporter  46.58 
 
 
538 aa  423  1e-117  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0648582  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1003  choline/carnitine/betaine transporter  44.24 
 
 
553 aa  422  1e-117  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.399191 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0066  choline/carnitine/betaine transporter  46.84 
 
 
583 aa  418  1e-115  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.432279  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  43.45 
 
 
551 aa  403  1e-111  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  44.11 
 
 
657 aa  404  1e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  44.29 
 
 
667 aa  401  1e-110  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1505  choline/carnitine/betaine transporter  45.03 
 
 
668 aa  395  1e-109  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2741  choline/carnitine/betaine transporter  45.59 
 
 
661 aa  396  1e-109  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0421  choline/carnitine/betaine transporter  46.84 
 
 
661 aa  398  1e-109  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.45567  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  44.47 
 
 
661 aa  392  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3164  choline/carnitine/betaine transporter  45.35 
 
 
660 aa  393  1e-108  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3532  choline/carnitine/betaine transporter  42.51 
 
 
556 aa  389  1e-107  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1384  choline/carnitine/betaine transporter  44.81 
 
 
524 aa  391  1e-107  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.095402  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2804  choline/carnitine/betaine transporter  45.65 
 
 
658 aa  390  1e-107  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1576  choline/carnitine/betaine transporter  45.65 
 
 
658 aa  390  1e-107  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.823699 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1542  choline/carnitine/betaine transporter  45.65 
 
 
658 aa  390  1e-107  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.869304  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  44.66 
 
 
661 aa  386  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4324  choline/carnitine/betaine transporter  40.48 
 
 
494 aa  386  1e-106  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1546  choline/carnitine/betaine transporter  45.3 
 
 
658 aa  386  1e-106  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3576  choline/carnitine/betaine transporter  45.38 
 
 
567 aa  388  1e-106  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.440158  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1441  choline/carnitine/betaine transporter  43.73 
 
 
658 aa  384  1e-105  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1055  choline/carnitine/betaine transporter  46.69 
 
 
520 aa  382  1e-105  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.144567  normal  0.0392371 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1362  choline/carnitine/betaine transport  45.21 
 
 
673 aa  384  1e-105  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000623924  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4027  BCCT family transporter  40.85 
 
 
530 aa  379  1e-104  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1805  choline/carnitine/betaine transporter  43.43 
 
 
664 aa  380  1e-104  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.376035  hitchhiker  0.00814736 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  42.89 
 
 
542 aa  378  1e-103  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  1.08541e-06 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2552  choline/carnitine/betaine transporter  43.99 
 
 
658 aa  376  1e-103  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000125111  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  42.63 
 
 
660 aa  378  1e-103  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0174  choline/carnitine/betaine transporter  44.83 
 
 
541 aa  376  1e-103  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.525828  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4042  choline/carnitine/betaine transporter  39.34 
 
 
526 aa  377  1e-103  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04111  hypothetical protein  43.44 
 
 
667 aa  374  1e-102  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1175  choline/carnitine/betaine transport  45.05 
 
 
658 aa  374  1e-102  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0833615  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  44.16 
 
 
550 aa  373  1e-102  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  40.64 
 
 
637 aa  374  1e-102  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1765  choline/carnitine/betaine transporter  42.74 
 
 
573 aa  372  1e-102  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.582743 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2719  choline/carnitine/betaine transporter  43.71 
 
 
658 aa  372  1e-102  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0764  transporter, BCCT family  43.25 
 
 
667 aa  373  1e-102  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.846408  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04148  secondary glycine betaine transporter BetU  43.44 
 
 
667 aa  374  1e-102  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4850  BCCT family transporter  43.05 
 
 
667 aa  372  1e-101  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0154  choline/carnitine/betaine transporter  41.9 
 
 
682 aa  371  1e-101  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2475  choline/carnitine/betaine transporter  39.23 
 
 
538 aa  372  1e-101  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.172611  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5310  choline/carnitine/betaine transporter  44.07 
 
 
698 aa  369  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.910175  normal  0.618905 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1301  BCCT family betaine/choline/carnitine/glycine transporter  43.18 
 
 
682 aa  370  1e-101  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2619  choline/carnitine/betaine transporter  43.99 
 
 
658 aa  372  1e-101  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  9.08403e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1390  choline/carnitine/betaine transporter  40.14 
 
 
582 aa  366  1e-100  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.211195 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1374  choline/carnitine/betaine transporter  40.14 
 
 
582 aa  367  1e-100  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.796407  normal  0.760016 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1356  choline/carnitine/betaine transport  40.14 
 
 
582 aa  367  1e-100  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.379286  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01813  Choline-glycine betaine transporter  41.47 
 
 
656 aa  366  1e-100  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000594064  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0160  choline/carnitine/betaine transporter  43.03 
 
 
497 aa  368  1e-100  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13950  choline/carnitine/betaine transport  38.72 
 
 
568 aa  364  2e-99  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.626795  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1610  hypothetical protein  39.1 
 
 
646 aa  364  2e-99  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00096761  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  43.46 
 
 
503 aa  363  3e-99  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2364  choline/carnitine/betaine transporter  43.06 
 
 
685 aa  363  4e-99  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4702  choline/carnitine/betaine transporter  40.37 
 
 
583 aa  363  4e-99  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.911193  decreased coverage  0.0031512 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4430  choline/carnitine/betaine transporter  43.39 
 
 
691 aa  360  2e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2376  choline/carnitine/betaine transporter  40.71 
 
 
508 aa  361  2e-98  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0157817  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3308  choline/carnitine/betaine transporter  45.84 
 
 
698 aa  360  4e-98  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.634741 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1512  choline transport protein BetT  39.11 
 
 
679 aa  360  4e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0971262  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3107  choline/carnitine/betaine transporter  42.5 
 
 
539 aa  360  5e-98  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2676  choline/carnitine/betaine transporter  38.73 
 
 
582 aa  358  1e-97  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2288  choline/carnitine/betaine transporter  40.04 
 
 
582 aa  358  1e-97  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.529795 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3628  choline/carnitine/betaine transporter  39.84 
 
 
581 aa  358  1e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2105  choline/carnitine/betaine transporter  39.84 
 
 
581 aa  358  1e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  42.51 
 
 
573 aa  358  1e-97  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>