More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_2258 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009718  Fnod_0508  type I restriction-modification system, M subunit  54.18 
 
 		 814 aa  779    Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1072  type I restriction-modification system, M subunit  52.84 
 
 		 815 aa  758    Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2258  type I restriction-modification system, M subunit  100 
 
 		 891 aa  1821    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0563  type I restriction-modification system, M subunit  40.71 
 
 		 908 aa  629  1e-179  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0170311  hitchhiker  0.0000000000000803096 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4014  N-6 DNA methylase  45.8 
 
 		 816 aa  614  9.999999999999999e-175  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05613  type I restriction-modification system specificity subunit  42.27 
 
 		 873 aa  604  1.0000000000000001e-171  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4043  N-6 DNA methylase  41.08 
 
 		 824 aa  588  1e-166  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0499  type I restriction-modification system, M subunit  45.69 
 
 		 808 aa  580  1e-164  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.115412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0097  type I restriction-modification system M subunit  43.56 
 
 		 822 aa  568  1e-160  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.836051  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2389  type I restriction-modification system, M subunit  50 
 
 		 574 aa  512  1e-143  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48944  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2903  Type I restriction-modification system M subunit  49.48 
 
 		 574 aa  504  1e-141  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3794  type I restriction-modification system, M subunit  48.95 
 
 		 574 aa  502  1e-141  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5009  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  38.52 
 
 		 860 aa  504  1e-141  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.235997 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1792  N-6 adenine-specific DNA methylase  49.04 
 
 		 587 aa  502  1e-140  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0383  type I restriction-modification system, M subunit  51.87 
 
 		 585 aa  458  1e-127  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2599  type I restriction-modification system, M subunit  47.67 
 
 		 505 aa  408  1.0000000000000001e-112  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0274218  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2791  type I restriction-modification system, M subunit  45.56 
 
 		 633 aa  403  1e-111  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04440  type I restriction-modification system, M subunit  44.47 
 
 		 495 aa  400  9.999999999999999e-111  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2980  type I restriction-modification system, M subunit  61.84 
 
 		 309 aa  366  1e-100  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0005  type I restriction-modification system, M subunit, putative  43.02 
 
 		 568 aa  362  2e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0840  type I restriction-modification system, M subunit  42.5 
 
 		 508 aa  353  7e-96  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.10678  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0788  type I restriction-modification system, M subunit  42.5 
 
 		 523 aa  353  7e-96  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.237272  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0614  type I restriction-modification system, M subunit  40.89 
 
 		 494 aa  338  2.9999999999999997e-91  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0763672  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0990  type I restriction-modification system, M subunit  41.01 
 
 		 501 aa  333  7.000000000000001e-90  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.555022  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0942  Type I restriction-modification system M subunit  40.81 
 
 		 495 aa  332  2e-89  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.100571  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0606  type I restriction-modification system subunit M  39.88 
 
 		 523 aa  331  3e-89  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4623  type I restriction-modification system, M subunit  33.69 
 
 		 810 aa  320  9e-86  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.218097 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0369  type I restriction-modification system, M subunit  32.02 
 
 		 871 aa  319  1e-85  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2853  N-6 DNA methylase  31.22 
 
 		 810 aa  311  2e-83  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0991376 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2927  type I restriction-modification system, M subunit  38.95 
 
 		 504 aa  311  5e-83  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0251  type I restriction-modification system, M subunit  31.63 
 
 		 808 aa  309  1.0000000000000001e-82  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1779  type I restriction-modification system specificity subunit  31.99 
 
 		 799 aa  308  2.0000000000000002e-82  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4819  N-6 DNA methylase  37.7 
 
 		 499 aa  307  6e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0405  type I restriction-modification system, M subunit  33.68 
 
 		 799 aa  305  2.0000000000000002e-81  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3981  N-6 DNA methylase  36.9 
 
 		 499 aa  304  6.000000000000001e-81  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.625863  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3429  type I restriction-modification system, M subunit  37.82 
 
 		 505 aa  302  2e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3155  N-6 DNA methylase  38.11 
 
 		 498 aa  298  2e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0952  type I restriction-modification system, M subunit  31.02 
 
 		 809 aa  296  2e-78  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000609916 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0427  type I restriction-modification system, M subunit  29.35 
 
 		 827 aa  295  3e-78  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0865  type I restriction-modification system, M subunit  33.23 
 
 		 814 aa  295  3e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173727  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0850  N-6 DNA methylase  38.28 
 
 		 496 aa  293  1e-77  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3610  N-6 DNA methylase  38.78 
 
 		 500 aa  291  5.0000000000000004e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.578876  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2672  N-6 DNA methylase  31.11 
 
 		 814 aa  290  6e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.29252  normal  0.213379 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3551  type I restriction-modification system, M subunit  38.23 
 
 		 499 aa  290  1e-76  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.795147  normal  0.253327 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06810  type I restriction enzyme M protein  37.53 
 
 		 526 aa  289  2e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3178  N-6 DNA methylase  38.73 
 
 		 498 aa  288  4e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0125713  hitchhiker  0.0000000000157011 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3536  type I restriction-modification system, M subunit  29.66 
 
 		 863 aa  286  1.0000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2550  type I restriction-modification system, M subunit  37.68 
 
 		 527 aa  285  2.0000000000000002e-75  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.19461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2348  type I restriction-modification system, M subunit  37.05 
 
 		 505 aa  285  3.0000000000000004e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.427504  hitchhiker  0.00993981 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2193  type I restriction-modification system, M subunit  30.05 
 
 		 847 aa  284  4.0000000000000003e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.184981  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3672  type I restriction-modification system, M subunit  29.05 
 
 		 910 aa  284  5.000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3609  N-6 DNA methylase  35.67 
 
 		 508 aa  281  4e-74  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4458  type I restriction-modification system, M subunit  30.27 
 
 		 863 aa  281  5e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4082  type I restriction-modification system, M subunit  30.67 
 
 		 863 aa  281  6e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0161  type I restriction-modification system, M subunit  37.32 
 
 		 506 aa  280  8e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3154  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  35.95 
 
 		 508 aa  280  8e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1843  type I restriction-modification system, M subunit  37.5 
 
 		 554 aa  278  4e-73  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4262  type I restriction-modification system, M subunit  34.82 
 
 		 527 aa  278  4e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0849  N-6 DNA methylase  35.54 
 
 		 492 aa  277  8e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01115  type I restriction-modification system, methyltransferase subunit  28.9 
 
 		 862 aa  276  1.0000000000000001e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3176  N-6 DNA methylase  35.82 
 
 		 503 aa  276  1.0000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00238415  unclonable  0.0000000000000309055 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3354  type I restriction-modification system, M subunit  37.18 
 
 		 528 aa  271  5e-71  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.501947  normal  0.0329699 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1888  type I restriction-modification system, M subunit  35.41 
 
 		 526 aa  268  2.9999999999999995e-70  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2925  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  32.19 
 
 		 708 aa  267  5e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3427  type I restriction-modification system methylation subunit-like  34.84 
 
 		 504 aa  265  4e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2273  N-6 DNA methylase  34.43 
 
 		 522 aa  264  6.999999999999999e-69  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.443565  hitchhiker  0.00000125043 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2472  type I restriction-modification system, M subunit  37.01 
 
 		 518 aa  263  8e-69  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0275864  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1959  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  28.23 
 
 		 855 aa  260  7e-68  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0103  N-6 DNA methylase  34.89 
 
 		 493 aa  260  9e-68  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1896  N-6 DNA methylase  33.4 
 
 		 511 aa  259  2e-67  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.836046  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2210  N-6 DNA methylase  33.74 
 
 		 522 aa  257  5e-67  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2691  N-6 DNA methylase  34.85 
 
 		 523 aa  257  8e-67  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1159  N-6 DNA methylase  33.6 
 
 		 516 aa  254  3e-66  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000301602  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1211  N-6 DNA methylase  33.4 
 
 		 522 aa  254  4.0000000000000004e-66  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1895  type I restriction-modification system, M subunit  36.01 
 
 		 518 aa  254  5.000000000000001e-66  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.646372  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1860  type I restriction-modification system, M subunit  36.01 
 
 		 518 aa  254  5.000000000000001e-66  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.876278  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03120  type I restriction system adenine methylase HsdM  29.44 
 
 		 856 aa  254  6e-66  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0118515  hitchhiker  7.147270000000001e-18 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0466  type I restriction-modification system, M subunit  36.01 
 
 		 518 aa  253  1e-65  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0454  type I restriction-modification system, M subunit  36.01 
 
 		 518 aa  253  1e-65  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1672  N-6 DNA methylase  32.99 
 
 		 516 aa  248  3e-64  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.179457  hitchhiker  0.001187 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3954  type I restriction-modification system, M subunit  34.04 
 
 		 525 aa  246  9.999999999999999e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3984  N-6 DNA methylase  34.2 
 
 		 505 aa  246  1.9999999999999999e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1089  N-6 DNA methylase  33.33 
 
 		 527 aa  245  3e-63  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4820  N-6 DNA methylase  34.22 
 
 		 496 aa  244  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0826  type I restriction-modification system, M subunit  32.74 
 
 		 520 aa  244  6e-63  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.580356  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0964  N-6 DNA methylase  32.74 
 
 		 520 aa  244  6e-63  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.311438  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1915  type I restriction-modification system, M subunit  27.01 
 
 		 853 aa  241  5.999999999999999e-62  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.93858  hitchhiker  0.00587021 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1097  N-6 DNA methylase  32.38 
 
 		 513 aa  240  8e-62  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.34986 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0439  Type I restriction-modification system M subunit  34.92 
 
 		 534 aa  238  4e-61  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00153392  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0306  N-6 DNA methylase  31.72 
 
 		 547 aa  238  4e-61  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0895835 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1220  type I restriction-modification system, M subunit  34.33 
 
 		 540 aa  237  6e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.107175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0750  type I restriction-modification system, M subunit  33.33 
 
 		 544 aa  234  5e-60  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0869  N-6 DNA methylase  33.06 
 
 		 510 aa  234  7.000000000000001e-60  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0224  Type I restriction-modification system, M subunit  32.86 
 
 		 519 aa  233  1e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2925  N-6 DNA methylase  34.64 
 
 		 680 aa  231  7e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3546  type I restriction-modification system, M subunit  33.27 
 
 		 535 aa  230  8e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.831972  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2003  type I restriction-modification system, M subunit  33.4 
 
 		 537 aa  229  2e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2372  type I restriction-modification system, M subunit  33.4 
 
 		 537 aa  229  2e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.728855  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1644  N-6 DNA methylase  33.2 
 
 		 498 aa  227  7e-58  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0333  N-6 DNA methylase  31.35 
 
 		 547 aa  227  9e-58  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.175232 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>