More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_2925 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008782  Ajs_3609  N-6 DNA methylase  64.88 
 
 		 508 aa  682    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2925  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  100 
 
 		 708 aa  1481    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3427  type I restriction-modification system methylation subunit-like  93.71 
 
 		 504 aa  962    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3176  N-6 DNA methylase  65.21 
 
 		 503 aa  681    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00238415  unclonable  0.0000000000000309055 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0849  N-6 DNA methylase  67.55 
 
 		 492 aa  700    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3154  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  63.35 
 
 		 508 aa  669    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4820  N-6 DNA methylase  58.85 
 
 		 496 aa  602  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3984  N-6 DNA methylase  57.46 
 
 		 505 aa  595  1e-169  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2927  type I restriction-modification system, M subunit  51.72 
 
 		 504 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3429  type I restriction-modification system, M subunit  52.46 
 
 		 505 aa  511  1e-143  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3155  N-6 DNA methylase  53.22 
 
 		 498 aa  502  1e-141  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0850  N-6 DNA methylase  50.52 
 
 		 496 aa  493  9.999999999999999e-139  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3610  N-6 DNA methylase  53.44 
 
 		 500 aa  488  1e-136  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.578876  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3178  N-6 DNA methylase  52.11 
 
 		 498 aa  484  1e-135  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0125713  hitchhiker  0.0000000000157011 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3981  N-6 DNA methylase  45.38 
 
 		 499 aa  452  1e-125  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.625863  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4819  N-6 DNA methylase  45.15 
 
 		 499 aa  439  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04440  type I restriction-modification system, M subunit  39.5 
 
 		 495 aa  360  6e-98  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2791  type I restriction-modification system, M subunit  41.85 
 
 		 633 aa  357  2.9999999999999997e-97  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0788  type I restriction-modification system, M subunit  39.87 
 
 		 523 aa  332  1e-89  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.237272  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0840  type I restriction-modification system, M subunit  39.87 
 
 		 508 aa  331  2e-89  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.10678  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2903  Type I restriction-modification system M subunit  40.38 
 
 		 574 aa  330  4e-89  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1792  N-6 adenine-specific DNA methylase  40.08 
 
 		 587 aa  330  6e-89  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2389  type I restriction-modification system, M subunit  40.38 
 
 		 574 aa  329  1.0000000000000001e-88  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48944  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2599  type I restriction-modification system, M subunit  38.41 
 
 		 505 aa  328  2.0000000000000001e-88  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0274218  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3794  type I restriction-modification system, M subunit  39.96 
 
 		 574 aa  323  5e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0942  Type I restriction-modification system M subunit  38.04 
 
 		 495 aa  320  7e-86  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.100571  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0005  type I restriction-modification system, M subunit, putative  37.34 
 
 		 568 aa  317  3e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4014  N-6 DNA methylase  39.96 
 
 		 816 aa  313  6.999999999999999e-84  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0508  type I restriction-modification system, M subunit  40.51 
 
 		 814 aa  310  4e-83  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0499  type I restriction-modification system, M subunit  40.25 
 
 		 808 aa  308  2.0000000000000002e-82  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.115412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0606  type I restriction-modification system subunit M  35.6 
 
 		 523 aa  300  7e-80  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0383  type I restriction-modification system, M subunit  39.51 
 
 		 585 aa  299  1e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06810  type I restriction enzyme M protein  36 
 
 		 526 aa  294  3e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0161  type I restriction-modification system, M subunit  38.88 
 
 		 506 aa  292  1e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1072  type I restriction-modification system, M subunit  38.81 
 
 		 815 aa  291  2e-77  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0990  type I restriction-modification system, M subunit  35 
 
 		 501 aa  289  1e-76  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.555022  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0097  type I restriction-modification system M subunit  37.11 
 
 		 822 aa  286  5.999999999999999e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.836051  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1896  N-6 DNA methylase  34.99 
 
 		 511 aa  285  2.0000000000000002e-75  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.836046  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2348  type I restriction-modification system, M subunit  34.2 
 
 		 505 aa  285  3.0000000000000004e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.427504  hitchhiker  0.00993981 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5009  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  35.9 
 
 		 860 aa  283  8.000000000000001e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.235997 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4043  N-6 DNA methylase  40.22 
 
 		 824 aa  281  2e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0103  N-6 DNA methylase  35.1 
 
 		 493 aa  281  4e-74  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1672  N-6 DNA methylase  36.19 
 
 		 516 aa  280  6e-74  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.179457  hitchhiker  0.001187 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1211  N-6 DNA methylase  34.46 
 
 		 522 aa  280  9e-74  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3551  type I restriction-modification system, M subunit  37.31 
 
 		 499 aa  277  5e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.795147  normal  0.253327 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0614  type I restriction-modification system, M subunit  34.21 
 
 		 494 aa  276  7e-73  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0763672  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1089  N-6 DNA methylase  35.04 
 
 		 527 aa  275  3e-72  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2691  N-6 DNA methylase  33.98 
 
 		 523 aa  271  4e-71  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1888  type I restriction-modification system, M subunit  32.36 
 
 		 526 aa  270  7e-71  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4262  type I restriction-modification system, M subunit  33.65 
 
 		 527 aa  268  2.9999999999999995e-70  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2550  type I restriction-modification system, M subunit  33.08 
 
 		 527 aa  268  2.9999999999999995e-70  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.19461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2258  type I restriction-modification system, M subunit  32.19 
 
 		 891 aa  267  4e-70  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1097  N-6 DNA methylase  33.75 
 
 		 513 aa  267  5.999999999999999e-70  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.34986 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1159  N-6 DNA methylase  34.83 
 
 		 516 aa  263  1e-68  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000301602  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2273  N-6 DNA methylase  34.32 
 
 		 522 aa  259  8e-68  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.443565  hitchhiker  0.00000125043 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2210  N-6 DNA methylase  34.32 
 
 		 522 aa  258  2e-67  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05613  type I restriction-modification system specificity subunit  36.72 
 
 		 873 aa  251  3e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0964  N-6 DNA methylase  33.68 
 
 		 520 aa  244  5e-63  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.311438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0826  type I restriction-modification system, M subunit  33.68 
 
 		 520 aa  244  5e-63  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.580356  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0563  type I restriction-modification system, M subunit  35.6 
 
 		 908 aa  240  5.999999999999999e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0170311  hitchhiker  0.0000000000000803096 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2925  N-6 DNA methylase  32.2 
 
 		 680 aa  236  8e-61  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0952  type I restriction-modification system, M subunit  32.26 
 
 		 809 aa  236  2.0000000000000002e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000609916 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0306  N-6 DNA methylase  31.74 
 
 		 547 aa  231  3e-59  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0895835 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0333  N-6 DNA methylase  30.91 
 
 		 547 aa  229  1e-58  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.175232 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1779  type I restriction-modification system specificity subunit  32.7 
 
 		 799 aa  229  2e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0405  type I restriction-modification system, M subunit  33.12 
 
 		 799 aa  226  1e-57  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1895  type I restriction-modification system, M subunit  33.33 
 
 		 518 aa  224  3e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.646372  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1860  type I restriction-modification system, M subunit  33.33 
 
 		 518 aa  224  3e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.876278  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0454  type I restriction-modification system, M subunit  33.33 
 
 		 518 aa  223  9e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0466  type I restriction-modification system, M subunit  33.33 
 
 		 518 aa  223  9e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0865  type I restriction-modification system, M subunit  31.9 
 
 		 814 aa  221  5e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173727  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4623  type I restriction-modification system, M subunit  31.55 
 
 		 810 aa  219  2e-55  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.218097 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7556  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  32.34 
 
 		 544 aa  219  2e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0251  type I restriction-modification system, M subunit  30.47 
 
 		 808 aa  219  2e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2472  type I restriction-modification system, M subunit  31.43 
 
 		 518 aa  216  9.999999999999999e-55  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0275864  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0869  N-6 DNA methylase  31.97 
 
 		 510 aa  216  9.999999999999999e-55  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2193  type I restriction-modification system, M subunit  30.91 
 
 		 847 aa  216  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.184981  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1644  N-6 DNA methylase  32.75 
 
 		 498 aa  213  7e-54  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0286  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  32.97 
 
 		 497 aa  213  1e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0427  type I restriction-modification system, M subunit  31.45 
 
 		 827 aa  209  1e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0753  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  32.86 
 
 		 534 aa  209  1e-52  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0369  type I restriction-modification system, M subunit  29.54 
 
 		 871 aa  209  2e-52  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2853  N-6 DNA methylase  30.24 
 
 		 810 aa  209  2e-52  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0991376 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3080  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  31.93 
 
 		 549 aa  208  4e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.801077 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2743  type I restriction system adenine methylase  32.56 
 
 		 518 aa  207  5e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0750  type I restriction-modification system, M subunit  31.41 
 
 		 544 aa  206  1e-51  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2003  type I restriction-modification system, M subunit  31.41 
 
 		 537 aa  206  1e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2372  type I restriction-modification system, M subunit  31.41 
 
 		 537 aa  206  1e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.728855  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0005  type I restriction-modification system, M subunit  32.52 
 
 		 528 aa  205  2e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1177  XRE family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 519 aa  206  2e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.602323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1085  type I restriction-modification system, M subunit  30.64 
 
 		 547 aa  205  2e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.103049  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2453  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  31.73 
 
 		 538 aa  204  3e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.53896  normal  0.845275 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3108  N-6 DNA methylase  31.22 
 
 		 610 aa  203  8e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2908  N-6 DNA methylase  31.77 
 
 		 523 aa  203  9e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3006  N-6 DNA methylase  31.38 
 
 		 520 aa  203  9e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.809429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17670  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  30.48 
 
 		 503 aa  203  9e-51  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1086  type I restriction-modification system, M subunit  32.64 
 
 		 576 aa  202  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1539  type I restriction-modification system, M subunit  31.2 
 
 		 500 aa  202  1.9999999999999998e-50  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00000000154488  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4777  N-6 DNA methylase  31.57 
 
 		 517 aa  202  1.9999999999999998e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.797401  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2789  N-6 DNA methylase  30.97 
 
 		 532 aa  201  3e-50  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.206405 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>