More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3176 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_3176  N-6 DNA methylase  100 
 
 		 503 aa  1048    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00238415  unclonable  0.0000000000000309055 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2925  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  65.21 
 
 		 708 aa  681    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3427  type I restriction-modification system methylation subunit-like  66.33 
 
 		 504 aa  688    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3154  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  84.63 
 
 		 508 aa  892    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0849  N-6 DNA methylase  81.34 
 
 		 492 aa  830    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3609  N-6 DNA methylase  91.57 
 
 		 508 aa  961    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107088  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4820  N-6 DNA methylase  55.67 
 
 		 496 aa  561  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3984  N-6 DNA methylase  54.94 
 
 		 505 aa  553  1e-156  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2927  type I restriction-modification system, M subunit  55.29 
 
 		 504 aa  505  9.999999999999999e-143  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3429  type I restriction-modification system, M subunit  55.46 
 
 		 505 aa  499  1e-140  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0850  N-6 DNA methylase  51.98 
 
 		 496 aa  485  1e-136  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3155  N-6 DNA methylase  52.33 
 
 		 498 aa  478  1e-133  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3610  N-6 DNA methylase  52.76 
 
 		 500 aa  471  1.0000000000000001e-131  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.578876  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3178  N-6 DNA methylase  52.21 
 
 		 498 aa  467  9.999999999999999e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0125713  hitchhiker  0.0000000000157011 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4819  N-6 DNA methylase  47.3 
 
 		 499 aa  441  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3981  N-6 DNA methylase  47.61 
 
 		 499 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.625863  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2791  type I restriction-modification system, M subunit  43.3 
 
 		 633 aa  374  1e-102  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04440  type I restriction-modification system, M subunit  40.66 
 
 		 495 aa  365  1e-99  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2599  type I restriction-modification system, M subunit  40.43 
 
 		 505 aa  355  6.999999999999999e-97  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0274218  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2903  Type I restriction-modification system M subunit  40.92 
 
 		 574 aa  355  7.999999999999999e-97  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2389  type I restriction-modification system, M subunit  41.05 
 
 		 574 aa  353  5e-96  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48944  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3794  type I restriction-modification system, M subunit  40.17 
 
 		 574 aa  352  8e-96  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1792  N-6 adenine-specific DNA methylase  40.43 
 
 		 587 aa  351  2e-95  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0788  type I restriction-modification system, M subunit  39.59 
 
 		 523 aa  337  3.9999999999999995e-91  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.237272  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0840  type I restriction-modification system, M subunit  39.59 
 
 		 508 aa  336  5e-91  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.10678  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0005  type I restriction-modification system, M subunit, putative  39.84 
 
 		 568 aa  329  7e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4014  N-6 DNA methylase  40.55 
 
 		 816 aa  322  9.999999999999999e-87  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0383  type I restriction-modification system, M subunit  40.41 
 
 		 585 aa  321  1.9999999999999998e-86  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0499  type I restriction-modification system, M subunit  40.34 
 
 		 808 aa  320  5e-86  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.115412  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5009  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  39.63 
 
 		 860 aa  320  6e-86  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.235997 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0508  type I restriction-modification system, M subunit  38.84 
 
 		 814 aa  314  2.9999999999999996e-84  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0942  Type I restriction-modification system M subunit  35.21 
 
 		 495 aa  311  2e-83  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.100571  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4043  N-6 DNA methylase  39.43 
 
 		 824 aa  305  2.0000000000000002e-81  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0097  type I restriction-modification system M subunit  37.71 
 
 		 822 aa  302  9e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.836051  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1072  type I restriction-modification system, M subunit  36.99 
 
 		 815 aa  296  4e-79  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0990  type I restriction-modification system, M subunit  34.85 
 
 		 501 aa  294  3e-78  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.555022  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2348  type I restriction-modification system, M subunit  36.36 
 
 		 505 aa  289  1e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.427504  hitchhiker  0.00993981 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0606  type I restriction-modification system subunit M  35.49 
 
 		 523 aa  285  1.0000000000000001e-75  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0563  type I restriction-modification system, M subunit  36.53 
 
 		 908 aa  283  7.000000000000001e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0170311  hitchhiker  0.0000000000000803096 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0161  type I restriction-modification system, M subunit  34.65 
 
 		 506 aa  280  3e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4262  type I restriction-modification system, M subunit  34.96 
 
 		 527 aa  278  2e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3551  type I restriction-modification system, M subunit  38.12 
 
 		 499 aa  277  3e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.795147  normal  0.253327 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0103  N-6 DNA methylase  35.21 
 
 		 493 aa  277  4e-73  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06810  type I restriction enzyme M protein  35.45 
 
 		 526 aa  276  5e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2258  type I restriction-modification system, M subunit  35.82 
 
 		 891 aa  276  8e-73  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2550  type I restriction-modification system, M subunit  35.51 
 
 		 527 aa  273  4.0000000000000004e-72  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.19461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0614  type I restriction-modification system, M subunit  31.94 
 
 		 494 aa  270  4e-71  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0763672  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05613  type I restriction-modification system specificity subunit  37.14 
 
 		 873 aa  269  7e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1896  N-6 DNA methylase  34.62 
 
 		 511 aa  268  2e-70  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.836046  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1888  type I restriction-modification system, M subunit  33.89 
 
 		 526 aa  265  2e-69  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1211  N-6 DNA methylase  34.59 
 
 		 522 aa  265  2e-69  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1097  N-6 DNA methylase  34.57 
 
 		 513 aa  263  6.999999999999999e-69  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.34986 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2691  N-6 DNA methylase  35.4 
 
 		 523 aa  260  3e-68  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1672  N-6 DNA methylase  34.55 
 
 		 516 aa  260  5.0000000000000005e-68  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.179457  hitchhiker  0.001187 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2273  N-6 DNA methylase  34.04 
 
 		 522 aa  258  3e-67  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.443565  hitchhiker  0.00000125043 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0952  type I restriction-modification system, M subunit  31.83 
 
 		 809 aa  256  5e-67  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000609916 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2210  N-6 DNA methylase  33.83 
 
 		 522 aa  256  7e-67  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1779  type I restriction-modification system specificity subunit  34.01 
 
 		 799 aa  255  1.0000000000000001e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1089  N-6 DNA methylase  34.09 
 
 		 527 aa  252  1e-65  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1159  N-6 DNA methylase  33.83 
 
 		 516 aa  251  3e-65  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000301602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0964  N-6 DNA methylase  34.39 
 
 		 520 aa  241  1e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.311438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0826  type I restriction-modification system, M subunit  34.39 
 
 		 520 aa  241  1e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.580356  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0865  type I restriction-modification system, M subunit  32.54 
 
 		 814 aa  242  1e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173727  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4623  type I restriction-modification system, M subunit  30.74 
 
 		 810 aa  239  5.999999999999999e-62  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.218097 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2853  N-6 DNA methylase  31.68 
 
 		 810 aa  237  3e-61  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0991376 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0333  N-6 DNA methylase  33.07 
 
 		 547 aa  235  1.0000000000000001e-60  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.175232 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0405  type I restriction-modification system, M subunit  32.76 
 
 		 799 aa  235  1.0000000000000001e-60  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2193  type I restriction-modification system, M subunit  31.25 
 
 		 847 aa  235  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.184981  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0369  type I restriction-modification system, M subunit  31.2 
 
 		 871 aa  233  8.000000000000001e-60  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2925  N-6 DNA methylase  32.13 
 
 		 680 aa  232  1e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0251  type I restriction-modification system, M subunit  30.49 
 
 		 808 aa  232  1e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0306  N-6 DNA methylase  32.34 
 
 		 547 aa  229  9e-59  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0895835 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0427  type I restriction-modification system, M subunit  31.34 
 
 		 827 aa  226  8e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1860  type I restriction-modification system, M subunit  31.97 
 
 		 518 aa  221  1.9999999999999999e-56  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.876278  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1895  type I restriction-modification system, M subunit  31.97 
 
 		 518 aa  221  1.9999999999999999e-56  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.646372  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2672  N-6 DNA methylase  31.69 
 
 		 814 aa  221  3e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.29252  normal  0.213379 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0224  Type I restriction-modification system, M subunit  33.12 
 
 		 519 aa  220  5e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2908  N-6 DNA methylase  32.64 
 
 		 523 aa  219  6e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0869  N-6 DNA methylase  31.45 
 
 		 510 aa  219  7.999999999999999e-56  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1644  N-6 DNA methylase  34.16 
 
 		 498 aa  219  1e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3354  type I restriction-modification system, M subunit  29.83 
 
 		 528 aa  219  1e-55  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.501947  normal  0.0329699 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0466  type I restriction-modification system, M subunit  31.56 
 
 		 518 aa  218  2e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0454  type I restriction-modification system, M subunit  31.56 
 
 		 518 aa  218  2e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0286  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  33.71 
 
 		 497 aa  216  7e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3006  N-6 DNA methylase  33.55 
 
 		 520 aa  216  9e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.809429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0005  type I restriction-modification system, M subunit  32.81 
 
 		 528 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2789  N-6 DNA methylase  31.32 
 
 		 532 aa  214  2.9999999999999995e-54  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.206405 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4777  N-6 DNA methylase  32.78 
 
 		 517 aa  214  3.9999999999999995e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.797401  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2372  type I restriction-modification system, M subunit  30.31 
 
 		 537 aa  213  5.999999999999999e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.728855  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0036  type I restriction enzyme  31.01 
 
 		 510 aa  213  5.999999999999999e-54  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.27058  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2003  type I restriction-modification system, M subunit  30.31 
 
 		 537 aa  213  5.999999999999999e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0039  N-6 DNA methylase  30.36 
 
 		 501 aa  213  7.999999999999999e-54  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.250679  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4931  type I restriction-modification system, M subunit  29.42 
 
 		 539 aa  211  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.748503  normal  0.593383 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0019  N-6 DNA methylase  30.36 
 
 		 501 aa  211  3e-53  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00151011 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2017  N-6 DNA methylase  32.77 
 
 		 517 aa  210  4e-53  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.54323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0034  N-6 DNA methylase  31.88 
 
 		 544 aa  210  4e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.966218 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2418  N-6 DNA methylase  31.54 
 
 		 525 aa  210  5e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.572428  normal  0.0719197 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2793  type I restriction-modification system, M subunit  31.54 
 
 		 525 aa  210  5e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17670  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  31.07 
 
 		 503 aa  210  6e-53  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1858  N-6 DNA methylase  30.77 
 
 		 540 aa  209  8e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>