More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1935 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1935  MATE efflux family protein  100 
 
 		 460 aa  892    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.18016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3141  MATE efflux family protein  55.9 
 
 		 472 aa  489  1e-137  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.565795  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1709  MATE efflux family protein  55.96 
 
 		 470 aa  488  1e-137  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.578822 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0440  MATE efflux family protein  52.26 
 
 		 470 aa  477  1e-133  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.589921  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0339  multidrug resistance protein NorM, putative  51.44 
 
 		 471 aa  470  1.0000000000000001e-131  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0355  putative multidrug resistance protein NorM  51.22 
 
 		 471 aa  468  9.999999999999999e-131  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.277827  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1298  MATE efflux family protein  55.23 
 
 		 467 aa  462  1e-129  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0697  multi anti extrusion protein MatE  53.51 
 
 		 468 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.596572  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2521  multi anti extrusion protein MatE  52.95 
 
 		 490 aa  447  1.0000000000000001e-124  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0454  MATE efflux family protein  53.79 
 
 		 477 aa  422  1e-117  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0033  MATE efflux family protein  45.59 
 
 		 463 aa  345  1e-93  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0259659  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0664  MATE efflux family protein  42.38 
 
 		 472 aa  306  4.0000000000000004e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.253686 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0643  MATE efflux family protein  42.83 
 
 		 477 aa  306  5.0000000000000004e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.26876 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0676  MATE efflux family protein  42.38 
 
 		 472 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.441843  normal  0.0136882 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1263  MATE efflux family protein  40.77 
 
 		 467 aa  300  4e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0813234  normal  0.914064 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3112  multidrug efflux protein  37.95 
 
 		 465 aa  292  8e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2708  MATE efflux family protein  41.2 
 
 		 467 aa  285  9e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0755  MATE efflux family protein  40.49 
 
 		 456 aa  285  1.0000000000000001e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0124459  normal  0.621342 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2967  MATE efflux family protein  40.09 
 
 		 467 aa  280  4e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0284207 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1930  MATE efflux family protein  38.12 
 
 		 460 aa  278  2e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.135248  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4308  MATE efflux family protein  40.44 
 
 		 470 aa  274  3e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.462877 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4462  MATE efflux family protein  40.32 
 
 		 470 aa  271  2e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1736  MATE efflux family protein  36.55 
 
 		 472 aa  269  8e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.282832  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1019  MATE efflux family protein  38.96 
 
 		 474 aa  262  8e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0650  MATE efflux family protein  37.36 
 
 		 458 aa  255  1.0000000000000001e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2423  MATE efflux family protein  37.61 
 
 		 451 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0441886  normal  0.25868 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0764  MATE family efflux pump NorM  37.61 
 
 		 451 aa  252  8.000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0014  putative multidrug resistance protein norM  37.9 
 
 		 460 aa  251  3e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0797  MATE efflux family protein  38.72 
 
 		 463 aa  249  7e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.158372 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1686  multidrug resistance protein NorM, putative  39.41 
 
 		 464 aa  246  6e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.712622  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0411  MATE efflux family protein  36.85 
 
 		 453 aa  244  3e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2939  multidrug resistance protein  38.96 
 
 		 468 aa  243  5e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000251457  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0502  multidrug resistance protein NorM, putative  39 
 
 		 468 aa  242  9e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00841305  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2885  multidrug efflux pump NorM  39 
 
 		 468 aa  242  9e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.132426  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1835  multidrug efflux pump NorM  39 
 
 		 468 aa  242  9e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.143849  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2770  multidrug efflux pump NorM  39 
 
 		 468 aa  242  9e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00327808  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2511  multidrug efflux pump NorM  39 
 
 		 468 aa  242  9e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0112614  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1146  MATE efflux family protein  37.64 
 
 		 469 aa  242  1e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.890459  normal  0.943452 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2824  Na+-driven multidrug efflux pump  39 
 
 		 468 aa  242  1e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.338684  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2943  MATE efflux family protein  37.36 
 
 		 470 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.223425  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1041  multi anti extrusion protein MatE  37.59 
 
 		 470 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5314  multidrug efflux protein NorA  35.43 
 
 		 462 aa  232  9e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.133881 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2212  MATE efflux family protein  36.51 
 
 		 462 aa  230  4e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.520618  normal  0.988059 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4204  multi anti extrusion protein MatE  36.28 
 
 		 462 aa  229  5e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0638116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0967  MATE efflux family protein  37.7 
 
 		 462 aa  229  8e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.932307  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0971  MATE efflux family protein  37.7 
 
 		 462 aa  228  1e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.500099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1050  MATE efflux family protein  37.19 
 
 		 462 aa  228  2e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.456746 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0612  MATE efflux family protein  37.19 
 
 		 462 aa  228  2e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1091  MATE efflux family protein  37.19 
 
 		 462 aa  228  2e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.427191  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5262  multidrug efflux protein NorA  35.65 
 
 		 462 aa  225  1e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00407645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1699  MATE efflux family protein  33.71 
 
 		 462 aa  219  7.999999999999999e-56  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.4571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5172  multidrug efflux protein NorA  35.43 
 
 		 462 aa  218  2e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.204458 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5517  multidrug efflux protein NorA  34.07 
 
 		 464 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2515  MATE efflux family protein  32.68 
 
 		 442 aa  213  3.9999999999999995e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0208  multidrug efflux protein NorA  34.98 
 
 		 462 aa  213  7e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0521775 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0255  multidrug efflux protein NorA  34.53 
 
 		 461 aa  211  3e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3887  multi anti extrusion protein MatE  32.97 
 
 		 466 aa  209  1e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0845713 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1783  multidrug efflux protein  32.08 
 
 		 457 aa  206  7e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00383484 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6519  MATE efflux family protein  33.77 
 
 		 466 aa  204  4e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.510371  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2156  MATE efflux family protein  30.58 
 
 		 451 aa  203  6e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.540946 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1680  multidrug efflux protein  31.79 
 
 		 457 aa  202  9e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0073  multidrug efflux protein NorA  32.88 
 
 		 460 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1750  multidrug efflux protein  31.11 
 
 		 457 aa  202  9.999999999999999e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000919244  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2579  multidrug efflux protein  31.11 
 
 		 457 aa  201  1.9999999999999998e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.966509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1856  multidrug efflux protein  31.11 
 
 		 457 aa  201  1.9999999999999998e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.372072  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69890  multidrug efflux protein NorA  35.48 
 
 		 488 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2189  multidrug efflux protein  31.15 
 
 		 458 aa  200  6e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00321419  hitchhiker  0.00000631963 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2346  MATE efflux family protein  28.38 
 
 		 460 aa  199  1.0000000000000001e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00458496 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1382  multidrug efflux protein  28.82 
 
 		 460 aa  197  3e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.13512  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2117  MATE efflux family protein  30.22 
 
 		 458 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0110658  normal  0.0465778 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1535  multidrug efflux protein  31.42 
 
 		 457 aa  196  9e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.153308  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1918  multidrug efflux protein  31.42 
 
 		 457 aa  195  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00462926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1558  multidrug efflux protein  31.42 
 
 		 457 aa  195  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.554893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1521  multidrug efflux protein  31.42 
 
 		 457 aa  195  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0251273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1749  multidrug efflux protein  31.42 
 
 		 457 aa  195  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000456858  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2236  multidrug efflux protein  34.38 
 
 		 453 aa  194  4e-48  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6069  multidrug efflux protein NorA  34.98 
 
 		 462 aa  193  4e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2146  multidrug efflux protein  34.38 
 
 		 453 aa  193  6e-48  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0723  multidrug resistance protein  27.77 
 
 		 454 aa  192  1e-47  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1907  MATE efflux family protein  32.44 
 
 		 457 aa  191  2e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0742597  normal  0.100602 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7238  MATE efflux family protein  30.22 
 
 		 450 aa  191  2.9999999999999997e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.866766  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2675  multidrug efflux protein  31.33 
 
 		 457 aa  190  5.999999999999999e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0162  MATE efflux family protein  34 
 
 		 486 aa  189  7e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0115  multidrug resistance protein NorM, putative  32.16 
 
 		 460 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1767  MATE efflux family protein  28.41 
 
 		 462 aa  185  1.0000000000000001e-45  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2391  multidrug efflux protein  31.56 
 
 		 457 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.346064  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09173  MATE efflux family protein  29.11 
 
 		 457 aa  184  3e-45  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2494  MATE efflux family protein  30.82 
 
 		 458 aa  183  5.0000000000000004e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.121522  hitchhiker  0.0012501 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02236  multidrug efflux protein  30.26 
 
 		 456 aa  183  6e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1856  multidrug efflux protein  29.3 
 
 		 455 aa  183  7e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.30191  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1501  multidrug efflux protein  28.01 
 
 		 454 aa  182  1e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003524  multidrug efflux protein NorM  30.04 
 
 		 456 aa  182  1e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2376  multidrug efflux protein  30.09 
 
 		 457 aa  182  1e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000568736  normal  0.0171948 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1743  multidrug efflux protein  29.87 
 
 		 457 aa  181  2e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000609014  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1861  multidrug efflux protein  30.09 
 
 		 457 aa  181  2e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000216071  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01634  multidrug efflux protein NorM  30.09 
 
 		 457 aa  182  2e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.900215  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2915  multidrug resistance protein NorM  29.21 
 
 		 472 aa  181  2e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.706169  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1877  multidrug efflux protein  30.09 
 
 		 457 aa  181  2e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000154294  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2037  MATE efflux family protein  30.04 
 
 		 461 aa  181  2e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.01185  hitchhiker  0.00138183 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1966  multidrug efflux protein  29.87 
 
 		 457 aa  181  2e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000267108 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>