More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5619 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_5619  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
526 aa  1083    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.4089  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0062  ABC nickel transporter, periplasmic ligand binding protein  43.9 
 
 
511 aa  428  1e-118  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1321  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  32.42 
 
 
513 aa  250  4e-65  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000477414  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0351  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  32.01 
 
 
532 aa  248  3e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0804  nickel ABC transporter, nickel-binding protein, putative  31.17 
 
 
526 aa  238  3e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0754  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  31.17 
 
 
526 aa  238  3e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2402  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  32.28 
 
 
538 aa  229  1e-58  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2277  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding  32.2 
 
 
553 aa  226  8e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0883096  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7613  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  29.92 
 
 
526 aa  226  9e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6076  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  34.69 
 
 
524 aa  220  6e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.814144  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3005  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  31.89 
 
 
488 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.441724 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0542  extracellular solute-binding protein family 5  29.94 
 
 
537 aa  211  2e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.578152 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3342  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  32.1 
 
 
524 aa  208  2e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0020  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  29.42 
 
 
539 aa  204  5e-51  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.00232018  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1032  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  31.4 
 
 
544 aa  203  6e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000591223  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0273  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  29.72 
 
 
525 aa  194  4e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03325  nickel transporter subunit  27.97 
 
 
524 aa  189  9e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03278  hypothetical protein  27.97 
 
 
524 aa  189  9e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0239  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  27.97 
 
 
524 aa  189  1e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1518  peptide ABC transporter, peptide-binding protein  27.5 
 
 
538 aa  189  1e-46  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000374669  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4816  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  27.97 
 
 
524 aa  188  2e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3675  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  27.97 
 
 
524 aa  188  2e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3958  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  27.97 
 
 
524 aa  188  2e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0240  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  27.97 
 
 
524 aa  188  2e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3760  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  30.83 
 
 
524 aa  187  4e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3845  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  27.54 
 
 
524 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2033  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  27.81 
 
 
530 aa  180  4.999999999999999e-44  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1834  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  27.58 
 
 
523 aa  179  1e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.250373  hitchhiker  0.0023879 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2543  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  28.73 
 
 
532 aa  172  1e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0657942  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2494  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  28.73 
 
 
532 aa  172  1e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0259695  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2761  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  27.15 
 
 
524 aa  171  4e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0902479  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2372  peptide ABC transporter, peptide-binding protein  28.16 
 
 
532 aa  170  5e-41  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0473  nickel ABC transporter, solute-binding protein  27.46 
 
 
538 aa  169  1e-40  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0753  extracellular solute-binding protein  29.19 
 
 
490 aa  165  2.0000000000000002e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.139724  normal  0.17962 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0450  extracellular solute-binding protein family 5  27.25 
 
 
519 aa  160  6e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.15126 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1771  extracellular solute-binding protein family 5  30.37 
 
 
547 aa  158  2e-37  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0689  extracellular solute-binding protein family 5  30.37 
 
 
544 aa  157  5.0000000000000005e-37  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2678  extracellular solute-binding protein  28.72 
 
 
500 aa  157  6e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00233729  normal  0.64261 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2626  extracellular solute-binding protein family 5  29.11 
 
 
503 aa  151  2e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.253128  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1988  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  31.16 
 
 
505 aa  149  1.0000000000000001e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.693495  normal  0.584075 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2032  ABC transporter, periplasmic binding protein  29.33 
 
 
524 aa  149  2.0000000000000003e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.662418  normal  0.30348 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3973  extracellular solute-binding protein family 5  25.72 
 
 
549 aa  147  4.0000000000000006e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6651  extracellular solute-binding protein  28.92 
 
 
498 aa  144  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.45162  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  27.59 
 
 
516 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4103  extracellular solute-binding protein family 5  28.6 
 
 
502 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  27.07 
 
 
528 aa  139  8.999999999999999e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0365  extracellular solute-binding protein family 5  31.58 
 
 
517 aa  138  2e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0453  4-phytase  28.67 
 
 
526 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000132073  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5299  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  29.76 
 
 
556 aa  133  6.999999999999999e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4455  extracellular solute-binding protein  26.98 
 
 
509 aa  132  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.661138  hitchhiker  0.000234808 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2767  extracellular solute-binding protein  30.49 
 
 
555 aa  132  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.26917  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5083  4-phytase  27.87 
 
 
495 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.116329 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0723  hypothetical protein  27.53 
 
 
527 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.703564  normal  0.46015 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0645  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  28.08 
 
 
524 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0391  extracellular solute-binding protein  30.11 
 
 
522 aa  130  8.000000000000001e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1440  extracellular solute-binding protein family 5  25.62 
 
 
514 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.136539  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3804  extracellular solute-binding protein  28.92 
 
 
509 aa  128  3e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00625229  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  27.5 
 
 
534 aa  127  3e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2847  4-phytase  28.07 
 
 
495 aa  127  3e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.640082  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5357  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  26.56 
 
 
502 aa  127  5e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0991682  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4832  putative ABC transporter (substrate binding protein)  27.87 
 
 
551 aa  126  7e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.264059  normal  0.92248 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2850  putative ABC transporter substrate-binding protein  26.8 
 
 
490 aa  126  8.000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.938621  normal  0.738445 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0780  extracellular solute-binding protein family 5  27.31 
 
 
511 aa  126  8.000000000000001e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.142319 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3479  extracellular solute-binding protein family 5  28.15 
 
 
541 aa  126  9e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5184  ABC-type transporter, substrate binding protein  28.54 
 
 
550 aa  126  1e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.532866  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0360  extracellular solute-binding protein family 5  27.72 
 
 
506 aa  125  2e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4201  extracellular solute-binding protein family 5  29.81 
 
 
508 aa  124  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1873  extracellular solute-binding protein  26.3 
 
 
526 aa  124  3e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.021803  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12220  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  30.43 
 
 
550 aa  124  3e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1224  extracellular solute-binding protein family 5  27.51 
 
 
544 aa  124  4e-27  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0137957 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4491  extracellular solute-binding protein family 5  28.67 
 
 
509 aa  123  8e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7328  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  29.09 
 
 
517 aa  122  9.999999999999999e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.399444  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  30.23 
 
 
544 aa  122  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2645  4-phytase  28.61 
 
 
532 aa  122  1.9999999999999998e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.292677  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1313  extracellular solute-binding protein  29.59 
 
 
493 aa  122  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2648  extracellular solute-binding protein  28.64 
 
 
524 aa  122  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4225  extracellular solute-binding protein  30.69 
 
 
520 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3383  extracellular solute-binding protein family 5  27.69 
 
 
533 aa  121  3e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1284  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  28.03 
 
 
545 aa  121  3.9999999999999996e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000669385  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.44 
 
 
510 aa  121  3.9999999999999996e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  28.76 
 
 
505 aa  121  3.9999999999999996e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0310  extracellular solute-binding protein family 5  27.54 
 
 
509 aa  120  6e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0611  extracellular solute-binding protein family 5  27.02 
 
 
527 aa  120  6e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3130  extracellular solute-binding protein family 5  29.44 
 
 
520 aa  120  6e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.777715  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3603  extracellular solute-binding protein family 5  27.79 
 
 
542 aa  119  9e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2564  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.25 
 
 
542 aa  119  9.999999999999999e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0172077  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3706  extracellular solute-binding protein family 5  26.1 
 
 
533 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2356  extracellular solute-binding protein  28.6 
 
 
529 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.458822  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0210  extracellular solute-binding protein  25.05 
 
 
512 aa  119  9.999999999999999e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0873116  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1652  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  23.76 
 
 
511 aa  119  9.999999999999999e-26  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.2387  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  29.13 
 
 
530 aa  119  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1599  extracellular solute-binding protein family 5  28.34 
 
 
535 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.525219 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  29.38 
 
 
535 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3678  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.98 
 
 
525 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0885273 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1039  extracellular solute-binding protein family 5  28.88 
 
 
503 aa  119  1.9999999999999998e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.78614  normal  0.0480029 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  30.34 
 
 
544 aa  119  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4320  extracellular solute-binding protein family 5  29.05 
 
 
554 aa  118  3e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1445  extracellular solute-binding protein family 5  27.94 
 
 
495 aa  117  3.9999999999999997e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.777078 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5641  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  28.98 
 
 
508 aa  117  3.9999999999999997e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2405  extracellular solute-binding protein family 5  28.95 
 
 
518 aa  117  5e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>