More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2277 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03325  nickel transporter subunit  60.08 
 
 		 524 aa  652    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0239  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  59.88 
 
 		 524 aa  650    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3845  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  59.5 
 
 		 524 aa  646    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0804  nickel ABC transporter, nickel-binding protein, putative  68.8 
 
 		 526 aa  746    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0240  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  59.88 
 
 		 524 aa  650    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4816  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  59.69 
 
 		 524 aa  647    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1834  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  59.46 
 
 		 523 aa  640    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.250373  hitchhiker  0.0023879 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2277  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding  100 
 
 		 553 aa  1126    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0883096  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0754  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  68.8 
 
 		 526 aa  746    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3760  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  58.97 
 
 		 524 aa  649    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7613  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  69.59 
 
 		 526 aa  752    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03278  hypothetical protein  60.08 
 
 		 524 aa  652    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3958  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  59.88 
 
 		 524 aa  650    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3675  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  59.88 
 
 		 524 aa  650    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6076  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  57.85 
 
 		 524 aa  603  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.814144  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2402  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  56.91 
 
 		 538 aa  589  1e-167  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3005  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  54.36 
 
 		 488 aa  544  1e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.441724 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1321  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  50.48 
 
 		 513 aa  543  1e-153  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000477414  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3342  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  54.62 
 
 		 524 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0351  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  49.7 
 
 		 532 aa  529  1e-149  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1032  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  48.5 
 
 		 544 aa  486  1e-136  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000591223  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0273  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  47.68 
 
 		 525 aa  444  1e-123  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2761  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  44.68 
 
 		 524 aa  431  1e-119  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0902479  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0020  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  43.48 
 
 		 539 aa  429  1e-119  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.00232018  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2033  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  42.31 
 
 		 530 aa  423  1e-117  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1518  peptide ABC transporter, peptide-binding protein  40.12 
 
 		 538 aa  386  1e-106  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000374669  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2494  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  33.6 
 
 		 532 aa  331  2e-89  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0259695  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2543  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  33.6 
 
 		 532 aa  331  2e-89  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0657942  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2372  peptide ABC transporter, peptide-binding protein  33.9 
 
 		 532 aa  327  5e-88  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5619  extracellular solute-binding protein  32.2 
 
 		 526 aa  241  2.9999999999999997e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.4089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0473  nickel ABC transporter, solute-binding protein  31.2 
 
 		 538 aa  212  2e-53  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0062  ABC nickel transporter, periplasmic ligand binding protein  30.77 
 
 		 511 aa  210  4e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0542  extracellular solute-binding protein family 5  29.6 
 
 		 537 aa  209  8e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.578152 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3973  extracellular solute-binding protein family 5  29.03 
 
 		 549 aa  207  5e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0689  extracellular solute-binding protein family 5  30.63 
 
 		 544 aa  197  4.0000000000000005e-49  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1771  extracellular solute-binding protein family 5  30.26 
 
 		 547 aa  197  4.0000000000000005e-49  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2032  ABC transporter, periplasmic binding protein  30.64 
 
 		 524 aa  189  1e-46  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.662418  normal  0.30348 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  28 
 
 		 516 aa  176  9.999999999999999e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1652  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  27.47 
 
 		 511 aa  168  2e-40  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.2387  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2930  extracellular solute-binding protein family 5  30.06 
 
 		 531 aa  164  3e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.892948  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2645  4-phytase  28.51 
 
 		 532 aa  163  8.000000000000001e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.292677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1284  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  29.67 
 
 		 545 aa  163  8.000000000000001e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000669385  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1531  extracellular solute-binding protein family 5  29.86 
 
 		 531 aa  162  2e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3603  extracellular solute-binding protein family 5  29.57 
 
 		 542 aa  160  4e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0645  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  28.33 
 
 		 524 aa  158  2e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2767  extracellular solute-binding protein  28.6 
 
 		 555 aa  158  2e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.26917  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3906  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  27.24 
 
 		 526 aa  157  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.938997 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3950  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  27.24 
 
 		 526 aa  157  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1977  extracellular solute-binding protein  29.09 
 
 		 506 aa  157  4e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.719795 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3842  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  27.24 
 
 		 526 aa  157  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0381  extracellular solute-binding protein  28.93 
 
 		 531 aa  157  4e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.265556 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3828  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  27.24 
 
 		 526 aa  157  6e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.808847  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  28.12 
 
 		 559 aa  156  7e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4098  extracellular solute-binding protein family 5  27.27 
 
 		 535 aa  156  8e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.711695  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4010  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  26.86 
 
 		 526 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2938  extracellular solute-binding protein  29.77 
 
 		 531 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2309  extracellular solute-binding protein  29.77 
 
 		 534 aa  155  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2923  extracellular solute-binding protein  29.77 
 
 		 534 aa  155  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6266  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  29.35 
 
 		 531 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.857663  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1797  extracellular solute-binding protein family 5  29.94 
 
 		 551 aa  154  4e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.645119  normal  0.0256709 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3479  extracellular solute-binding protein  29.05 
 
 		 546 aa  154  5.9999999999999996e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.116614  normal  0.0951056 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  27.19 
 
 		 520 aa  153  5.9999999999999996e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0507  extracellular solute-binding protein family 5  27.8 
 
 		 537 aa  153  7e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2972  extracellular solute-binding protein  29.29 
 
 		 531 aa  153  8.999999999999999e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0468  extracellular solute-binding protein family 5  27.94 
 
 		 528 aa  152  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_49168  predicted protein  29.97 
 
 		 597 aa  152  1e-35  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0428  extracellular solute-binding protein family 5  27.8 
 
 		 537 aa  152  1e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.970035  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3907  extracellular solute-binding protein family 5  27.5 
 
 		 535 aa  151  4e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2835  extracellular solute-binding protein  29.29 
 
 		 531 aa  151  4e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.827526 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0453  4-phytase  27.01 
 
 		 526 aa  150  4e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000132073  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0184  extracellular solute-binding protein  26.29 
 
 		 535 aa  150  4e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.507506 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12220  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  29.32 
 
 		 550 aa  150  6e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1599  extracellular solute-binding protein family 5  28.78 
 
 		 535 aa  150  7e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.525219 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1319  extracellular solute-binding protein family 5  28.74 
 
 		 521 aa  149  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0396363  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03395  dipeptide transporter  26.1 
 
 		 535 aa  148  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0168  4-phytase  26.1 
 
 		 535 aa  148  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3744  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  26.1 
 
 		 535 aa  148  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1253  extracellular solute-binding protein family 5  28.46 
 
 		 517 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.245274  normal  0.49371 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0049  extracellular solute-binding protein family 5  26.81 
 
 		 535 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.46848  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4037  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  26.1 
 
 		 535 aa  148  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1450  peptide ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.11 
 
 		 511 aa  149  2.0000000000000003e-34  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000000430411  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0210  extracellular solute-binding protein  24.75 
 
 		 512 aa  149  2.0000000000000003e-34  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0873116  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03346  hypothetical protein  26.1 
 
 		 535 aa  148  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3863  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  26.1 
 
 		 535 aa  148  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0171  4-phytase  26.1 
 
 		 535 aa  148  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  25.92 
 
 		 541 aa  148  3e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0044  extracellular solute-binding protein family 5  26.81 
 
 		 535 aa  148  3e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4912  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  26.1 
 
 		 535 aa  148  3e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  27.44 
 
 		 509 aa  147  5e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0183  extracellular solute-binding protein  27.68 
 
 		 532 aa  146  8.000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1935  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.5 
 
 		 511 aa  146  1e-33  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0584  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  27.04 
 
 		 528 aa  145  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.542939  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0450  extracellular solute-binding protein family 5  25.22 
 
 		 519 aa  145  2e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.15126 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6171  4-phytase  28.46 
 
 		 546 aa  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.194184 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7328  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  35.15 
 
 		 517 aa  145  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.399444  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0836  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  29.22 
 
 		 520 aa  145  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.385717  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4250  peptide ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.13 
 
 		 528 aa  145  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.146199 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1266  extracellular solute-binding protein  28.46 
 
 		 546 aa  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.335203  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6565  extracellular solute-binding protein  28.46 
 
 		 546 aa  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0953437  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1380  substate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  28.68 
 
 		 517 aa  144  3e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.630202  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>