More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2069 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2069  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 326 aa  663    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.18458  hitchhiker  0.00114846 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  30.53 
 
 		 325 aa  143  5e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6089  transcriptional regulator, LysR family  31.01 
 
 		 299 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.631201  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8659  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 		 304 aa  134  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  31.32 
 
 		 331 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 351 aa  129  7.000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 317 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 316 aa  126  5e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0396  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.07 
 
 		 298 aa  125  8.000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00118  galactose-binding protein regulator  33.33 
 
 		 302 aa  125  1e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.260191  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32700  transcriptional regulator  31.98 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685887  hitchhiker  0.0000452911 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2915  transcriptional regulator, LysR family  29.9 
 
 		 335 aa  123  5e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0114903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1826  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 316 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0150451  hitchhiker  0.00784297 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1633  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 331 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.749714  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1596  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 321 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.49  normal  0.186614 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1042  transcriptional regulator, LysR family  32.63 
 
 		 319 aa  120  3e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.429419  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2769  transcriptional regulator  31.8 
 
 		 304 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4926  LysR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 316 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 316 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3176  transcriptional regulator, LysR family  29.75 
 
 		 334 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.356855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.45 
 
 		 302 aa  119  6e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.45 
 
 		 302 aa  119  7e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.45 
 
 		 302 aa  119  7e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0040  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 316 aa  119  7e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  30.45 
 
 		 302 aa  119  7e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.45 
 
 		 302 aa  119  7e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.45 
 
 		 302 aa  119  7e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.45 
 
 		 302 aa  119  7e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3375  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 314 aa  119  9e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.477325  normal  0.253133 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  30.45 
 
 		 302 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0642  transcriptional regulator PcaQ  31.44 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2000  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 299 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.40236  normal  0.73412 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0604  pca operon transcription factor PcaQ  31.44 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5645  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0239097  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4144  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 314 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.11543  normal  0.0506604 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4584  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000974851 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2667  LysR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 320 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4222  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 314 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.638032  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5214  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.04 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0222  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 307 aa  116  5e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3272  transcriptional regulator, LysR family  31.28 
 
 		 302 aa  116  5e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.592818 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2435  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 318 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0713  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 328 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.730012  normal  0.411699 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0515  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.67 
 
 		 298 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.523289  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0886  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 338 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0376917  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1890  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 314 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.329804 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0068  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 318 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0889  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 338 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0145  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685524 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5497  LysR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 315 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2257  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 320 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206337  hitchhiker  0.000000365434 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 307 aa  114  3e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4199  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.95 
 
 		 298 aa  114  3e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1620  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 312 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2632  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 306 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.724671  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2608  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 303 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5542  transcriptional regulator, LysR family  28.24 
 
 		 316 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0196792  hitchhiker  0.00000723817 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5915  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 303 aa  113  5e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4443  LysR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 314 aa  112  9e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.917968 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4205  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 316 aa  112  9e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2584  LysR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 303 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0798399  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 320 aa  112  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0705436 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1974  LysR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 303 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  28.79 
 
 		 299 aa  110  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2816  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 383 aa  111  2.0000000000000002e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0493129  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3514  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 321 aa  111  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.17891  normal  0.0678834 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2503  LysR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 306 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.89546 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4103  LysR family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 316 aa  110  3e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000348034 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0704  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 338 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.271413  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0863  LysR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 322 aa  110  5e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.267188 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1368  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 303 aa  110  5e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0323343 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4296  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 295 aa  108  1e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3004  transcriptional regulator, LysR family  29.91 
 
 		 314 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0837  LysR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 308 aa  108  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.033112  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54710  putative transcriptional regulator  36.02 
 
 		 304 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0282629  hitchhiker  0.000000212849 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2594  transcriptional regulator, LysR family  29.49 
 
 		 314 aa  108  2e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.437006  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1495  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 299 aa  108  2e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0603097  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1807  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 299 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2110  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 299 aa  108  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.136267  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0377  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 299 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0793  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 299 aa  108  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0475  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 299 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5865  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 313 aa  107  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813492  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  27.64 
 
 		 300 aa  107  3e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8309  transcriptional regulator, LysR family  30.25 
 
 		 318 aa  107  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.207125  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 300 aa  106  5e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0270  putative transcriptional regulator  30.74 
 
 		 305 aa  106  5e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 305 aa  106  6e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 299 aa  106  6e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6156  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 308 aa  106  6e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3724  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 304 aa  105  7e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3807  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 326 aa  105  7e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0092  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 298 aa  106  7e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0215492  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2479  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 298 aa  106  7e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  27.54 
 
 		 300 aa  106  7e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 300 aa  105  8e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0345  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 332 aa  105  8e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0644  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 332 aa  105  8e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0772357  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0457  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 328 aa  105  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.973452  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>