More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_4296 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_4296  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 295 aa  583  1.0000000000000001e-165  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1765  LysR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 315 aa  166  5e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.111845 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1299  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 300 aa  152  5e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.713495  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4432  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 300 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3970  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 300 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4103  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 300 aa  149  4e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5758  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 300 aa  148  8e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0665563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3822  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 300 aa  148  8e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.563678  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4546  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 300 aa  148  8e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.471439  normal  0.18075 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3700  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 332 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0546971  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1244  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 300 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1940  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 300 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0957  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 300 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2219  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 300 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0296  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0206  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1663  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 338 aa  139  7e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1826  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 316 aa  138  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0150451  hitchhiker  0.00784297 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5159  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 318 aa  137  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.169813 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0218  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 300 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2956  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 316 aa  136  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.2285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2168  transcriptional regulator, LysR family  30.99 
 
 		 310 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2711  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 306 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0515  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.54 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.523289  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1518  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 		 316 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2585  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 306 aa  133  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2910  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 309 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0396  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.18 
 
 		 298 aa  128  9.000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4199  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.51 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6604  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 315 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0610737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3344  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 329 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0604334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4171  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 305 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.632041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4822  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 329 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3819  LysR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 316 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.166193  normal  0.37605 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5236  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 311 aa  125  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.61001  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0222  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 307 aa  123  3e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3555  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 302 aa  122  7e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1301  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 301 aa  121  9.999999999999999e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.828365  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5134  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 342 aa  119  4.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.178908  normal  0.868057 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0068  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 318 aa  119  7e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5141  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 317 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.730925 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3205  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 317 aa  117  3e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0988994 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2599  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 319 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888741  normal  0.833483 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6670  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 311 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.128722  normal  0.169753 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2069  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 326 aa  115  7.999999999999999e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.18458  hitchhiker  0.00114846 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7451  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.07 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7090  transcriptional regulator, LysR family  29.28 
 
 		 306 aa  113  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6961  transcriptional regulator, LysR family  28.32 
 
 		 316 aa  114  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5811  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 303 aa  112  6e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.638559  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.72 
 
 		 302 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.72 
 
 		 302 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.72 
 
 		 302 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.96 
 
 		 302 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.72 
 
 		 302 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  29.72 
 
 		 302 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  29.72 
 
 		 302 aa  109  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.37 
 
 		 302 aa  109  5e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0207  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 306 aa  109  5e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0795  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 316 aa  109  5e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.556779 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6018  LysR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 320 aa  109  6e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4197  LysR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 310 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6318  LysR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 320 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.988548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0947  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 305 aa  108  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.401348 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0793  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2110  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.136267  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0475  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1495  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0603097  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1807  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0377  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5895  LysR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 304 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0445545 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0229  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 306 aa  105  8e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.983112 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0146  transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 		 296 aa  105  8e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4768  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 304 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.533402 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5515  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 304 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.664098  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3599  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 304 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.601039  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5417  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 302 aa  102  5e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.826157  normal  0.396347 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5423  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 306 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0829573  normal  0.0352079 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4846  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 306 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5439  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 306 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5307  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 306 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0037216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4764  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 306 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3111  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.69 
 
 		 300 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3348  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 306 aa  100  4e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0103811 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1450  transcriptional regulator, LysR family  27.61 
 
 		 305 aa  98.6  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.756367  normal  0.270362 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3275  transcriptional regulator, LysR family  26.07 
 
 		 300 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0115346  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26270  putative transcriptional regulator  28.67 
 
 		 329 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.338283  normal  0.903696 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4446  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 306 aa  96.7  5e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.553142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1408  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 312 aa  96.3  5e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0263821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5865  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 313 aa  93.6  4e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813492  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6089  transcriptional regulator, LysR family  30.04 
 
 		 299 aa  93.2  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.631201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3287  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 316 aa  92.4  7e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1368  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 303 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0323343 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0254  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 306 aa  88.2  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.56957 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1366  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 481 aa  85.9  8e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8309  transcriptional regulator, LysR family  26.56 
 
 		 318 aa  85.1  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.207125  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2373  LysR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 300 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0629728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0704  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 338 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.271413  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2093  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 408 aa  84  0.000000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.883671  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32700  transcriptional regulator  30.31 
 
 		 304 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685887  hitchhiker  0.0000452911 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>