111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_0420 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008554  Sfum_0420  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 
255 aa  520  1e-147  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.554509  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0722  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.89 
 
 
243 aa  119  3e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.000366193  normal  0.731263 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2616  cyclic nucleotide-binding protein  34.58 
 
 
219 aa  62.8  0.000000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1598  hypothetical protein  33.04 
 
 
407 aa  59.7  0.00000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.303519  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.94 
 
 
225 aa  59.7  0.00000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0841  cyclic nucleotide-binding protein  33.98 
 
 
160 aa  56.6  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.108052 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4569  putative cyclic nucleotide binding protein  33.04 
 
 
161 aa  55.8  0.0000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0617  cyclic nucleotide-binding protein  37.5 
 
 
577 aa  55.8  0.0000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.340501  normal 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_82287  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit (PKA regulatory subunit)  29.35 
 
 
441 aa  55.5  0.0000009  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.770378 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1298  cyclic nucleotide binding domain-containing protein  30.77 
 
 
177 aa  54.7  0.000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000825589  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  30 
 
 
224 aa  55.1  0.000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.23 
 
 
225 aa  52.8  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4020  cyclic nucleotide-binding  38.16 
 
 
367 aa  52.4  0.000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.109231  normal  0.727114 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.37 
 
 
228 aa  52.4  0.000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.02 
 
 
219 aa  52.4  0.000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2607  cyclic nucleotide-binding protein  30.09 
 
 
215 aa  52.4  0.000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
225 aa  52  0.000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0262  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.95 
 
 
231 aa  51.6  0.00001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0343  cyclic nucleotide-binding protein  27.84 
 
 
811 aa  51.6  0.00001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0783507  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0238  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.95 
 
 
231 aa  51.6  0.00001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.85 
 
 
228 aa  51.2  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  31.4 
 
 
214 aa  50.4  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1256  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  32.71 
 
 
215 aa  50.8  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2700  cyclic nucleotide-binding protein  30.09 
 
 
215 aa  51.2  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.00108848  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2905  cyclic nucleotide-binding protein  30.19 
 
 
157 aa  50.1  0.00004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0600936 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0161  cyclic nucleotide-binding protein  34.34 
 
 
161 aa  49.7  0.00005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.35 
 
 
226 aa  49.7  0.00005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.9 
 
 
225 aa  49.3  0.00007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2316  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  33.66 
 
 
428 aa  49.3  0.00007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000260717  hitchhiker  0.000176219 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0664  cyclic nucleotide-binding  29.9 
 
 
449 aa  48.9  0.00008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0101822  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4620  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.06 
 
 
237 aa  48.9  0.00008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.128051 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  30.39 
 
 
228 aa  48.5  0.00009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1557  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.62 
 
 
234 aa  48.1  0.0001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.986178 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3166  cyclic nucleotide-binding protein  26.19 
 
 
482 aa  48.1  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00363184  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1878  cyclic nucleotide-binding protein  28.04 
 
 
275 aa  48.5  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.116046  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  32.08 
 
 
225 aa  48.5  0.0001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1527  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  25.64 
 
 
167 aa  47.8  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000128576  hitchhiker  0.00383137 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2775  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
232 aa  47.8  0.0002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.9012  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0067  cyclic nucleotide-binding protein  33.98 
 
 
153 aa  47.8  0.0002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.821564  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6450  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.23 
 
 
253 aa  47.4  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8981  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.11 
 
 
222 aa  47.8  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  31.43 
 
 
225 aa  47.4  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1954  putative Crp/Fnr family transcriptional regulator  32 
 
 
141 aa  47  0.0003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2894  cyclic nucleotide-binding protein  26.04 
 
 
482 aa  47.4  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00660929  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3804  MscS Mechanosensitive ion channel  26.55 
 
 
495 aa  47  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4601  cyclic nucleotide-binding protein  29.81 
 
 
154 aa  46.6  0.0004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.930738 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.19 
 
 
220 aa  46.6  0.0004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5506  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.52 
 
 
246 aa  46.2  0.0005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.324567  normal  0.438631 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3301  cyclic nucleotide-binding protein  29.73 
 
 
229 aa  46.2  0.0005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00259627 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5783  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.85 
 
 
212 aa  46.2  0.0005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00268451  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2750  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.36 
 
 
222 aa  46.2  0.0005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000000354449  normal  0.602467 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.56 
 
 
225 aa  46.2  0.0006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 
231 aa  45.8  0.0006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4796  cyclic nucleotide-binding (cNMP-bd) protein  26.67 
 
 
263 aa  45.8  0.0007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000370555  unclonable  0.0000216721 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2419  cyclic nucleotide-binding protein  28.57 
 
 
563 aa  45.4  0.0009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.871595  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0506  cyclic nucleotide-binding protein, putative  28.71 
 
 
137 aa  45.1  0.001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.191962  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0144  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  31.82 
 
 
227 aa  44.7  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.993696  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3692  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  31.91 
 
 
146 aa  45.1  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  29.41 
 
 
225 aa  44.7  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  29.06 
 
 
222 aa  44.7  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6276  CRP/FNR family transcriptional regulator  26 
 
 
231 aa  44.7  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.298402  normal  0.17195 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1135  cyclic nucleotide-binding protein  30 
 
 
158 aa  45.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0214278  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4460  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.45 
 
 
171 aa  45.1  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.72 
 
 
225 aa  44.7  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2593  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.83 
 
 
254 aa  44.3  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.431237  normal  0.296758 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1444  Crp/Fnr family transcriptional regulator  34.29 
 
 
236 aa  44.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.920255  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0070  cyclic nucleotide-binding protein  33.33 
 
 
227 aa  44.7  0.002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.376283 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.45 
 
 
225 aa  43.9  0.002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3626  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  40.62 
 
 
489 aa  43.9  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2303  MscS Mechanosensitive ion channel  32.22 
 
 
512 aa  43.9  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.697138  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_11563  predicted protein  23.62 
 
 
238 aa  44.7  0.002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.684972  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2573  cyclic nucleotide-binding protein  26.72 
 
 
132 aa  44.3  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2357  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.41 
 
 
212 aa  44.3  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3066  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.42 
 
 
232 aa  43.5  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.52 
 
 
231 aa  43.5  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63653  Leucine rich repeat protein, contains F-box  28.3 
 
 
868 aa  43.5  0.003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.422768  normal  0.952681 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10073  glutamine ABC transporter ATP-binding protein  30.67 
 
 
330 aa  43.5  0.003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0512571 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4351  cyclic nucleotide-binding protein  38.36 
 
 
948 aa  43.5  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2884  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.47 
 
 
218 aa  43.9  0.003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.161359  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4621  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 
236 aa  43.5  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  28.85 
 
 
226 aa  43.9  0.003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3421  Crp/Fnr family transcriptional regulator  25.64 
 
 
232 aa  43.9  0.003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2587  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.72 
 
 
163 aa  43.9  0.003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.658452  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1465  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
236 aa  43.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.342125  normal  0.439299 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0754  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.72 
 
 
236 aa  43.1  0.004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000212493  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1780  cyclic nucleotide-binding protein  32.35 
 
 
156 aa  43.5  0.004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.489231  normal 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_3120  predicted protein  23.58 
 
 
241 aa  43.1  0.004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2732  cyclic nucleotide-binding protein  33.33 
 
 
425 aa  43.5  0.004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1494  cyclic nucleotide-binding protein  25.96 
 
 
119 aa  43.1  0.004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00548568  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3370  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 
425 aa  43.5  0.004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_12211  predicted protein  34.85 
 
 
528 aa  42.7  0.005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4598  cyclic nucleotide-binding protein  32.43 
 
 
581 aa  42.7  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0649502  normal  0.461096 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0840  cyclic nucleotide-binding protein  28.3 
 
 
350 aa  42.7  0.005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.126759 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0860  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.36 
 
 
234 aa  42.4  0.006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.693979  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0781  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.45 
 
 
236 aa  42.7  0.006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0113537  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1250  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.95 
 
 
236 aa  42.7  0.006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.403908  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0161  cyclic nucleotide-binding protein  31.62 
 
 
583 aa  42.7  0.006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.102095  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1108  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.24 
 
 
1075 aa  42.4  0.006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000733786  normal  0.267995 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0097  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.52 
 
 
329 aa  42.7  0.006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000120969  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3345  cyclic nucleotide-binding protein  40 
 
 
417 aa  42.7  0.006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.254717  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>