More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2693 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2693  LysR, substrate-binding  100 
 
 		 313 aa  646    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.426832  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2868  transcriptional regulator, LysR family protein  92.97 
 
 		 313 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0376307  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2485  LysR family transcriptional regulator  90.73 
 
 		 313 aa  592  1e-168  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.434999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3034  LysR family transcriptional regulator  89.46 
 
 		 313 aa  587  1e-167  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  89.42 
 
 		 312 aa  584  1e-166  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3048  LysR family transcriptional regulator  89.46 
 
 		 313 aa  587  1e-166  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0118588  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1330  transcriptional regulator, LysR family  89.46 
 
 		 313 aa  587  1e-166  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00626709  hitchhiker  0.000619665 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1186  LysR family transcriptional regulator  89.14 
 
 		 313 aa  585  1e-166  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3191  LysR family transcriptional regulator  89.46 
 
 		 313 aa  587  1e-166  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0504852  normal  0.2192 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  89.46 
 
 		 313 aa  586  1e-166  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1256  LysR family transcriptional regulator  89.14 
 
 		 313 aa  585  1e-166  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1128  LysR family transcriptional regulator  89.78 
 
 		 313 aa  585  1e-166  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  89.78 
 
 		 313 aa  581  1.0000000000000001e-165  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1185  LysR family transcriptional regulator  88.82 
 
 		 313 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0305189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1224  carbonate dehydratase  88.82 
 
 		 313 aa  579  1e-164  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000421173  normal  0.31799 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2695  LysR family transcriptional regulator  88.64 
 
 		 337 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.933352  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1233  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  48.14 
 
 		 311 aa  300  3e-80  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.573429  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1542  LysR family transcriptional regulator  46.13 
 
 		 315 aa  290  3e-77  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00182355  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01389  transcriptional regulator  43.77 
 
 		 306 aa  281  9e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004083  transcriptional regulator  43.43 
 
 		 314 aa  281  1e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0120713  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1586  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  43.77 
 
 		 303 aa  268  5.9999999999999995e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.274123  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2676  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 323 aa  261  8.999999999999999e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.562403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0999  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 315 aa  256  3e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3379  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 315 aa  256  3e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0984  transcriptional regulator, LysR family  42.09 
 
 		 315 aa  255  8e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2503  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 315 aa  253  3e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.464672  normal  0.275989 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0964  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 315 aa  252  4.0000000000000004e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 303 aa  229  5e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 307 aa  223  2e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 304 aa  223  3e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  37.71 
 
 		 307 aa  216  2.9999999999999998e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 309 aa  216  5e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 298 aa  209  5e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 295 aa  209  7e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 299 aa  209  7e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  36.15 
 
 		 302 aa  208  1e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 296 aa  208  1e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 298 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 298 aa  206  3e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 298 aa  205  8e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 		 298 aa  205  9e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0120  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 297 aa  204  2e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 310 aa  204  2e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  37.22 
 
 		 306 aa  204  2e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 310 aa  202  7e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4581  LysR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 315 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 304 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 302 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 328 aa  200  1.9999999999999998e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  36 
 
 		 335 aa  198  9e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 307 aa  198  9e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 307 aa  198  9e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1480  transcriptional regulator, LysR family  36.64 
 
 		 294 aa  197  3e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000191498 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 301 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  33.78 
 
 		 300 aa  194  1e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  33.33 
 
 		 309 aa  194  2e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 301 aa  192  7e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 305 aa  192  7e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  35.34 
 
 		 300 aa  192  8e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  34.74 
 
 		 308 aa  191  1e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0824  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 309 aa  191  1e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 305 aa  190  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  36.95 
 
 		 297 aa  191  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 313 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3620  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 291 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 313 aa  189  4e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 319 aa  189  5e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 302 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 		 306 aa  189  5.999999999999999e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 313 aa  189  7e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 301 aa  188  8e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 313 aa  188  1e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4422  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 302 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.481788 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 302 aa  188  1e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  35.49 
 
 		 301 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  37.09 
 
 		 309 aa  187  3e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1361  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 304 aa  186  3e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.260614  hitchhiker  0.0085825 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1210  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 298 aa  186  4e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.467633  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.47 
 
 		 304 aa  186  5e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 304 aa  186  6e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 309 aa  185  7e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 299 aa  185  8e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 304 aa  185  9e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1391  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 302 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 294 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4333  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 302 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.207282 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1031  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 292 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 294 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  32.98 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 292 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4138  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 		 296 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2936  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 292 aa  184  2.0000000000000003e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 313 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  34.72 
 
 		 292 aa  183  3e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 292 aa  183  3e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>