More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0008 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_3939  tRNA modification GTPase TrmE  87.64 
 
 
453 aa  810  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  1.14268e-09 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4070  tRNA modification GTPase TrmE  74.28 
 
 
467 aa  691  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.125734  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4234  tRNA modification GTPase TrmE  74.28 
 
 
467 aa  691  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0002  tRNA modification GTPase TrmE  72.19 
 
 
455 aa  671  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5136  tRNA modification GTPase TrmE  74.94 
 
 
454 aa  696  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.041745  normal  0.0619684 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4256  tRNA modification GTPase TrmE  86.09 
 
 
453 aa  796  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.257081  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3612  tRNA modification GTPase TrmE  72.44 
 
 
455 aa  674  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4324  tRNA modification GTPase TrmE  88.08 
 
 
453 aa  814  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0616134  unclonable  4.30527e-12 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2515  tRNA modification GTPase TrmE  73.73 
 
 
464 aa  690  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  3.10293e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0027  tRNA modification GTPase TrmE  74.12 
 
 
454 aa  696  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.151422 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0008  tRNA modification GTPase TrmE  100 
 
 
453 aa  916  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.185087  hitchhiker  0.000721309 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4288  tRNA modification GTPase TrmE  74.72 
 
 
454 aa  694  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0001  tRNA modification GTPase TrmE  84.11 
 
 
453 aa  790  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201746  hitchhiker  3.23985e-09 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4216  tRNA modification GTPase TrmE  74.28 
 
 
454 aa  689  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.021791  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4073  tRNA modification GTPase TrmE  74.72 
 
 
454 aa  694  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.420944  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4001  tRNA modification GTPase TrmE  87.42 
 
 
453 aa  808  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.73411  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4055  tRNA modification GTPase TrmE  74.28 
 
 
454 aa  691  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.765231  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4219  tRNA modification GTPase TrmE  74.72 
 
 
454 aa  694  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.99545  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4310  tRNA modification GTPase TrmE  70.44 
 
 
460 aa  655  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.671502  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4031  tRNA modification GTPase TrmE  87.2 
 
 
453 aa  807  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.608873  hitchhiker  0.001302 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4520  tRNA modification GTPase TrmE  87.86 
 
 
453 aa  812  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.30842  hitchhiker  0.000795549 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4062  tRNA modification GTPase TrmE  86.53 
 
 
453 aa  806  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.112278  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3865  tRNA modification GTPase TrmE  86.75 
 
 
453 aa  800  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  unclonable  3.63316e-06 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4148  tRNA modification GTPase TrmE  72.95 
 
 
454 aa  684  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3774  tRNA modification GTPase TrmE  86.09 
 
 
466 aa  797  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0161001  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0005  tRNA modification GTPase TrmE  87.2 
 
 
453 aa  808  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.135343  hitchhiker  1.4804e-07 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4928  tRNA modification GTPase TrmE  83.89 
 
 
453 aa  786  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0035842  hitchhiker  2.48868e-06 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4379  tRNA modification GTPase TrmE  87.42 
 
 
479 aa  809  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000434128  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4127  tRNA modification GTPase TrmE  74.28 
 
 
454 aa  691  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.357729  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4177  tRNA modification GTPase TrmE  74.28 
 
 
467 aa  691  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.357651  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4245  tRNA modification GTPase TrmE  72.35 
 
 
454 aa  682  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00411948  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4034  tRNA modification GTPase TrmE  72.73 
 
 
453 aa  667  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.461545  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3920  tRNA modification GTPase TrmE  74.5 
 
 
454 aa  692  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.189642  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4292  tRNA modification GTPase TrmE  72.35 
 
 
454 aa  677  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.10556  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00435  tRNA modification GTPase TrmE  72.85 
 
 
453 aa  686  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4263  tRNA modification GTPase TrmE  74.06 
 
 
454 aa  681  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.226045  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4183  tRNA modification GTPase TrmE  72.12 
 
 
454 aa  681  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  3.80111e-06  normal  0.0649437 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4158  tRNA modification GTPase TrmE  72.12 
 
 
454 aa  681  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.96641e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4615  tRNA modification GTPase TrmE  72.12 
 
 
454 aa  676  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394021  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0003  tRNA modification GTPase TrmE  87.42 
 
 
457 aa  810  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002017  GTPase and tRNA-U34 5-formylation enzyme TrmE  72.63 
 
 
453 aa  682  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0189213  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03590  tRNA modification GTPase  74.5 
 
 
454 aa  692  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4260  tRNA modification GTPase TrmE  74.72 
 
 
454 aa  694  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03534  hypothetical protein  74.5 
 
 
454 aa  692  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.948294  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4378  tRNA modification GTPase TrmE  88.08 
 
 
453 aa  814  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0292979  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0132  tRNA modification GTPase TrmE  68.43 
 
 
452 aa  627  1e-179  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.849325  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04098  tRNA modification GTPase  68.27 
 
 
462 aa  628  1e-179  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3894  tRNA modification GTPase TrmE  64.68 
 
 
456 aa  600  1e-170  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4484  tRNA modification GTPase TrmE  66.44 
 
 
459 aa  597  1e-169  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  1.79125e-09 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4013  tRNA modification GTPase TrmE  64.68 
 
 
456 aa  593  1e-168  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.205295  normal  0.289015 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3315  tRNA modification GTPase TrmE  64.67 
 
 
458 aa  589  1e-167  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5049  tRNA modification GTPase TrmE  63.96 
 
 
471 aa  580  1e-164  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0840037  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4619  tRNA modification GTPase TrmE  62.31 
 
 
455 aa  565  1e-160  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73400  tRNA modification GTPase TrmE  62.39 
 
 
455 aa  563  1e-159  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000503354  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5443  tRNA modification GTPase TrmE  62.69 
 
 
456 aa  563  1e-159  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2195  tRNA modification GTPase TrmE  62.39 
 
 
475 aa  563  1e-159  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5611  tRNA modification GTPase TrmE  61.06 
 
 
456 aa  558  1e-158  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0005  tRNA modification GTPase TrmE  61.95 
 
 
456 aa  558  1e-158  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.273487  hitchhiker  0.00022418 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5742  tRNA modification GTPase TrmE  61.59 
 
 
456 aa  560  1e-158  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.206283  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5308  tRNA modification GTPase TrmE  61.95 
 
 
456 aa  558  1e-158  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.832252  normal  0.0803697 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52440  tRNA modification GTPase TrmE  62.25 
 
 
455 aa  555  1e-157  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5133  tRNA modification GTPase TrmE  61.28 
 
 
456 aa  556  1e-157  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5212  tRNA modification GTPase TrmE  61.81 
 
 
456 aa  556  1e-157  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6368  tRNA modification GTPase TrmE  61.76 
 
 
455 aa  547  1e-154  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0199  tRNA modification GTPase TrmE  56 
 
 
473 aa  504  1e-141  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2124  tRNA modification GTPase TrmE  56 
 
 
452 aa  504  1e-141  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3073  tRNA modification GTPase TrmE  55.95 
 
 
446 aa  494  1e-138  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2929  tRNA modification GTPase TrmE  56.17 
 
 
446 aa  493  1e-138  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0137  tRNA modification GTPase TrmE  54.07 
 
 
457 aa  483  1e-135  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.210433  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3086  tRNA modification GTPase TrmE  53.88 
 
 
458 aa  470  1e-131  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.924716  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3038  tRNA modification GTPase TrmE  54.44 
 
 
448 aa  465  1e-130  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.38062  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4791  tRNA modification GTPase TrmE  52.62 
 
 
482 aa  453  1e-126  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4138  tRNA modification GTPase TrmE  54.01 
 
 
486 aa  455  1e-126  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.619376  normal  0.415942 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3495  tRNA modification GTPase TrmE  53.68 
 
 
467 aa  449  1e-125  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6055  tRNA modification GTPase TrmE  53.4 
 
 
473 aa  445  1e-124  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2881  tRNA modification GTPase TrmE  55.46 
 
 
444 aa  448  1e-124  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.470737  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3317  tRNA modification GTPase TrmE  53.19 
 
 
446 aa  443  1e-123  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4904  tRNA modification GTPase TrmE  51.37 
 
 
478 aa  443  1e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.586964 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4200  tRNA modification GTPase TrmE  54.41 
 
 
448 aa  444  1e-123  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0153583 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2410  tRNA modification GTPase TrmE  52.75 
 
 
448 aa  435  1e-121  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.749558  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5298  tRNA modification GTPase TrmE  51.38 
 
 
471 aa  437  1e-121  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414752  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2757  tRNA modification GTPase TrmE  50.22 
 
 
446 aa  436  1e-121  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3152  tRNA modification GTPase TrmE  51.84 
 
 
464 aa  434  1e-120  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  2.46642e-07 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3755  tRNA modification GTPase TrmE  51.63 
 
 
481 aa  432  1e-120  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2775  tRNA modification GTPase TrmE  49.12 
 
 
452 aa  431  1e-120  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3456  tRNA modification GTPase TrmE  53.42 
 
 
475 aa  434  1e-120  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3179  tRNA modification GTPase TrmE  51.84 
 
 
464 aa  429  1e-119  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0373252  hitchhiker  0.000409063 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3161  tRNA modification GTPase TrmE  51.84 
 
 
464 aa  430  1e-119  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.399046  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4112  tRNA modification GTPase TrmE  49.68 
 
 
478 aa  431  1e-119  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.712648  normal  0.105122 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3610  tRNA modification GTPase TrmE  52.03 
 
 
475 aa  429  1e-119  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2547  tRNA modification GTPase TrmE  51.84 
 
 
464 aa  430  1e-119  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0461446  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4241  tRNA modification GTPase TrmE  50.64 
 
 
469 aa  425  1e-118  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.207719  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3213  tRNA modification GTPase TrmE  51.4 
 
 
489 aa  426  1e-118  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4089  tRNA modification GTPase TrmE  52.22 
 
 
448 aa  426  1e-118  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3456  tRNA modification GTPase TrmE  50.98 
 
 
481 aa  427  1e-118  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3096  tRNA modification GTPase TrmE  49.89 
 
 
466 aa  422  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  1.34747e-08 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0005  tRNA modification GTPase TrmE  50.98 
 
 
481 aa  425  1e-117  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.75194  normal  0.209412 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3984  tRNA modification GTPase TrmE  50.11 
 
 
464 aa  422  1e-117  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3097  tRNA modification GTPase TrmE  51.4 
 
 
464 aa  425  1e-117  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.151562  normal  0.0117151 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6518  tRNA modification GTPase TrmE  51.4 
 
 
464 aa  424  1e-117  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>