More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0369 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 295 aa  608  1e-173  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  92.83 
 
 		 298 aa  559  1e-158  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  91.81 
 
 		 298 aa  559  1e-158  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  89.46 
 
 		 296 aa  543  1e-153  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  86.99 
 
 		 298 aa  527  1e-148  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  82.99 
 
 		 298 aa  508  1e-143  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  82.65 
 
 		 298 aa  508  1e-143  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  82.99 
 
 		 298 aa  507  1e-143  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  80.95 
 
 		 299 aa  496  1e-139  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  57.19 
 
 		 302 aa  362  5.0000000000000005e-99  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  58.02 
 
 		 307 aa  361  7.0000000000000005e-99  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  55.63 
 
 		 303 aa  360  1e-98  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  56.46 
 
 		 335 aa  356  2.9999999999999997e-97  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 299 aa  315  8e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  47.44 
 
 		 305 aa  296  4e-79  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  46.28 
 
 		 304 aa  286  4e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  45.61 
 
 		 297 aa  266  2.9999999999999995e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  42.86 
 
 		 305 aa  257  2e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 309 aa  252  6e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 307 aa  249  3e-65  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 302 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  41.84 
 
 		 293 aa  243  3e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  38.31 
 
 		 307 aa  237  2e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  42.66 
 
 		 301 aa  237  2e-61  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  38.31 
 
 		 307 aa  237  2e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  40.83 
 
 		 306 aa  236  3e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.36 
 
 		 295 aa  236  4e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.12 
 
 		 299 aa  235  9e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0257  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 299 aa  234  1.0000000000000001e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4262  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 350 aa  232  6e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.294051  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 301 aa  231  1e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  40.83 
 
 		 300 aa  231  1e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3304  transcriptional regulator, LysR family  41.52 
 
 		 306 aa  229  3e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0406781  hitchhiker  0.00949003 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  39.38 
 
 		 299 aa  229  4e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001225  transcriptional regulator LysR family  40.99 
 
 		 299 aa  229  5e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.338504  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  40.83 
 
 		 300 aa  229  6e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  40.14 
 
 		 308 aa  228  7e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  38.31 
 
 		 299 aa  226  2e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4504  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 304 aa  226  3e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  40.42 
 
 		 317 aa  226  4e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000050  transcriptional regulator LysR family  43.77 
 
 		 300 aa  226  4e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.385466  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 		 298 aa  226  4e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 302 aa  225  6e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 306 aa  225  7e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3853  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 306 aa  225  7e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.134116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 328 aa  225  7e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 289 aa  225  8e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 313 aa  225  9e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 292 aa  224  1e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 301 aa  224  1e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 298 aa  224  1e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2326  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 317 aa  224  1e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.231935  normal  0.808229 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 289 aa  224  1e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0980  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 304 aa  224  2e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.926396 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 293 aa  224  2e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 301 aa  223  3e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  38.44 
 
 		 290 aa  223  3e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 292 aa  223  3e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4350  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 311 aa  223  4e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5534  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 305 aa  223  4e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0434  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 305 aa  223  4e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.22418  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  36.79 
 
 		 309 aa  222  4.9999999999999996e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 298 aa  222  4.9999999999999996e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 302 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 310 aa  222  4.9999999999999996e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 292 aa  222  4.9999999999999996e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 292 aa  222  6e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1860  transcriptional regulator, LysR family  39.72 
 
 		 318 aa  222  6e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00131217  normal  0.14029 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 316 aa  222  6e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 296 aa  222  7e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5774  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 305 aa  221  8e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.963827 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 306 aa  221  9e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 289 aa  221  9e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 305 aa  221  9e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 294 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4684  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.58 
 
 		 318 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 292 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 304 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 309 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 300 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  39.78 
 
 		 298 aa  220  1.9999999999999999e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 304 aa  220  3e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3222  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 305 aa  220  3e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.937901 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 313 aa  219  3e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  36.61 
 
 		 297 aa  219  3e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5917  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 305 aa  220  3e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 299 aa  220  3e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4938  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 305 aa  220  3e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5552  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 305 aa  220  3e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 313 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 399 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  37.15 
 
 		 295 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6421  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 305 aa  219  5e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 313 aa  219  6e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 292 aa  219  6e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2936  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 292 aa  218  7e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1423  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  39.79 
 
 		 311 aa  218  7e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2666  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 299 aa  218  7e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 324 aa  218  7e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 313 aa  218  1e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>