More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A4290 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010658  SbBS512_E4347  GTP-binding protein  96.7 
 
 
607 aa  1211  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2150  GTP-binding protein TypA  53.67 
 
 
606 aa  668  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  5.61063e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3782  GTP-binding protein TypA  53.72 
 
 
614 aa  685  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00018087  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1265  GTP-binding protein TypA  55.78 
 
 
608 aa  662  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.879722  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0032  GTP-binding protein TypA/BipA  89.27 
 
 
607 aa  1120  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1063  GTP-binding protein TypA/BipA  67.61 
 
 
602 aa  838  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1748  GTP-binding protein TypA  65.51 
 
 
608 aa  806  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.846744  normal  0.0136263 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2993  GTP-binding protein TypA  58.72 
 
 
608 aa  736  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0818072  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3484  GTP-binding protein TypA  52.07 
 
 
608 aa  639  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  2.44002e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0312  GTP-binding protein TypA  76.12 
 
 
603 aa  961  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10011  tyrosine binding protein  54.41 
 
 
599 aa  644  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.157886 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4575  GTP-binding protein TypA  53.82 
 
 
607 aa  657  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0154436  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3915  GTP-binding protein TypA  74.75 
 
 
609 aa  948  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4880  GTP-binding protein TypA  90.76 
 
 
607 aa  1136  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000131447 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0293  GTP-binding protein TypA  74.59 
 
 
607 aa  949  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0644132  hitchhiker  1.10369e-05 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5096  GTP-binding protein TypA  70.58 
 
 
606 aa  879  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4188  GTP-binding protein TypA  89.27 
 
 
607 aa  1120  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.428207  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0573  GTP-binding protein TypA  52.91 
 
 
612 aa  635  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.179658 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1722  GTP-binding protein TypA  66.17 
 
 
608 aa  813  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0454  GTP-binding protein TypA  55.81 
 
 
606 aa  658  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0387032 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0487  GTP-binding protein TypA  69.26 
 
 
609 aa  860  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1429  GTP-binding protein TypA  64.51 
 
 
608 aa  795  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.329575 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1704  GTP-binding protein TypA  59.31 
 
 
606 aa  731  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.5376e-06 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0552  GTP-binding elongation factor protein  69.26 
 
 
609 aa  860  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2264  GTP-binding protein TypA  57.45 
 
 
607 aa  684  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00687417 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1483  GTP-binding protein TypA  64.34 
 
 
608 aa  792  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.394271 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4642  GTP-binding protein TypA  75.25 
 
 
603 aa  954  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.787157  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3369  GTP-binding protein TypA  56.2 
 
 
607 aa  665  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.157626 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0420  GTP-binding protein TypA  70.91 
 
 
606 aa  883  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.710155 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4256  GTP-binding protein  96.54 
 
 
607 aa  1211  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.953086 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4145  GTP-binding protein  96.54 
 
 
607 aa  1211  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.342274 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1124  GTP-binding protein TypA/BipA  54.33 
 
 
600 aa  667  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.143451  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4394  GTP-binding protein  96.54 
 
 
607 aa  1211  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0380  GTP-binding protein TypA  68.74 
 
 
615 aa  870  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  2.38787e-05  hitchhiker  1.36232e-06 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0100  GTP-binding protein TypA  54.42 
 
 
613 aa  651  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.148242  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0637  GTP-binding protein TypA  52.92 
 
 
614 aa  665  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  1.55128e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4918  GTP-binding protein TypA  70.74 
 
 
606 aa  882  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0262  GTP-binding protein TypA  55.41 
 
 
607 aa  660  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.263497  normal  0.0373567 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0821  GTP-binding protein TypA/BipA  56.38 
 
 
608 aa  672  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1169  GTP-binding protein TypA  53.94 
 
 
615 aa  674  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0173416  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0260  GTP-binding protein typA/bipA (tyrosine phosphorylated protein A)  56.41 
 
 
608 aa  676  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.181812  normal  0.792051 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1307  GTP-binding protein TypA  53.16 
 
 
610 aa  637  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.992713  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4008  GTP-binding protein TypA  56.26 
 
 
599 aa  681  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  4.75691e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2316  GTP-binding protein TypA  76.32 
 
 
609 aa  962  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4138  GTP-binding protein TypA  71.24 
 
 
606 aa  892  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.781613  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0413  GTP-binding protein TypA  76.45 
 
 
603 aa  970  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4094  GTP-binding protein TypA  91.6 
 
 
607 aa  1146  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1191  GTP-binding protein TypA  53.94 
 
 
615 aa  674  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0472002  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2976  GTP-binding protein TypA  55.59 
 
 
608 aa  657  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.393631  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4098  GTP-binding protein  96.54 
 
 
607 aa  1211  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00590  GTPase  75.5 
 
 
609 aa  953  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0339  GTP-binding protein TypA  53.92 
 
 
627 aa  642  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.034053  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0948  GTP-binding protein  67.94 
 
 
602 aa  843  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2798  GTP-binding protein TypA  55.03 
 
 
609 aa  640  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.642081  normal  0.430779 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2046  GTP-binding protein TypA/BipA  54.67 
 
 
600 aa  669  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0433299  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1757  GTP-binding protein TypA/BipA  54.97 
 
 
602 aa  668  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0028  GTP-binding protein TypA/BipA  89.27 
 
 
607 aa  1120  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0053  GTP-binding protein TypA  54.05 
 
 
602 aa  671  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2658  GTP-binding protein TypA  53.88 
 
 
614 aa  687  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0030836  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3304  GTP-binding protein TypA  56.13 
 
 
608 aa  672  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0308  GTP-binding protein TypA  75.95 
 
 
609 aa  959  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.196053  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5850  GTP-binding protein TypA/BipA  71.19 
 
 
605 aa  893  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0948932  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0738  GTP-binding protein TypA  71.05 
 
 
606 aa  891  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1224  GTP-binding protein TypA  63.61 
 
 
605 aa  768  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0318  GTP-binding protein TypA  54.87 
 
 
595 aa  639  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3958  GTP-binding protein TypA  89.29 
 
 
607 aa  1126  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.41781  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1217  GTP-binding protein TypA  64.77 
 
 
606 aa  790  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4031  GTP-binding protein TypA  55.43 
 
 
606 aa  636  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0969  GTP-binding protein TypA  55.59 
 
 
613 aa  681  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2751  GTP-binding protein TypA  59.01 
 
 
611 aa  736  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45830  small GTP-binding protein TypA  71.57 
 
 
606 aa  895  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1516  GTP-binding protein TypA  54.05 
 
 
602 aa  668  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0732  GTP-binding protein TypA  51.73 
 
 
616 aa  650  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1250  GTP-binding protein TypA  57.66 
 
 
609 aa  724  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0809475  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4156  GTP-binding tyrosin phosphorylated protein  54.28 
 
 
621 aa  657  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0435584  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3148  GTP-binding protein TypA  70.98 
 
 
605 aa  887  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.284484  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1471  GTP-binding protein TypA  55.61 
 
 
605 aa  679  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.885287  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0343  GTP-binding protein TypA  56.62 
 
 
607 aa  674  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.476433  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1716  GTP-binding protein TypA  53.33 
 
 
596 aa  638  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0151298  hitchhiker  0.00768442 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03705  hypothetical protein  96.54 
 
 
607 aa  1211  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4155  GTP-binding protein TypA  89.13 
 
 
607 aa  1125  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.785099  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0204  GTP-binding protein TypA  70.48 
 
 
605 aa  897  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.672165  normal  0.152752 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2472  GTP-binding protein TypA  54.89 
 
 
603 aa  697  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0692  GTP-binding protein TypA  54.87 
 
 
604 aa  676  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2287  GTP-binding protein TypA  53.4 
 
 
599 aa  663  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001903  GTP-binding protein TypA/BipA  75.5 
 
 
609 aa  952  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00233609  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4267  GTP-binding protein TypA  56.28 
 
 
615 aa  674  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0798314 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0383  GTP-binding protein TypA  72.7 
 
 
613 aa  920  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4502  GTP-binding protein TypA  90.92 
 
 
607 aa  1141  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.622829  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1843  GTP-binding protein TypA  55.05 
 
 
614 aa  686  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1790  GTP-binding protein TypA  52.57 
 
 
608 aa  650  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0279363  normal  0.247565 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1430  GTP-binding protein TypA  53.73 
 
 
609 aa  650  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000885386  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4241  GTP-binding protein TypA  54.17 
 
 
597 aa  637  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.972345  hitchhiker  0.000558258 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0491  GTP-binding protein TypA  56.98 
 
 
601 aa  687  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.65728e-05 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4219  GTP-binding protein TypA  91.42 
 
 
607 aa  1144  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2726  GTP-binding protein TypA  56.21 
 
 
610 aa  695  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  4.16376e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3971  GTP-binding protein TypA  53.55 
 
 
614 aa  686  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4240  GTP-binding protein  99.84 
 
 
607 aa  1241  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.7005  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0474  GTP-binding protein TypA  56.81 
 
 
601 aa  685  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01592  BipA protein  75.17 
 
 
610 aa  947  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>