More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_0301 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03756  GTP-binding protein  77.11 
 
 
607 aa  975    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4115  GTP-binding protein TypA  77.11 
 
 
607 aa  975    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1298  GTP-binding protein TypA  54.76 
 
 
609 aa  639    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0500  GTP-binding protein TypA  60.93 
 
 
598 aa  722    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5044  GTP-binding protein TypA  67.61 
 
 
606 aa  840    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0770  GTP-binding protein TypA  69.27 
 
 
603 aa  879    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.872449  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0696  GTP-binding protein TypA  55.5 
 
 
615 aa  693    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2852  GTP-binding protein TypA  72.43 
 
 
606 aa  904    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.011881  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0227  elongation factor Tu family protein  53.73 
 
 
609 aa  642    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1296  GTP-binding elongation factor protein  66.45 
 
 
606 aa  790    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.609673  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4003  GTP-binding protein TypA  56.98 
 
 
614 aa  718    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0449963  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0606  GTP-binding protein TypA  75.79 
 
 
605 aa  962    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.226291  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0038  GTP-binding protein TypA  55.98 
 
 
602 aa  683    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.368844  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0473  elongation factor Tu family protein  56.41 
 
 
613 aa  709    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0875  GTP-binding protein TypA  56.69 
 
 
608 aa  662    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.367799  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4408  virulence regulator BipA  97.68 
 
 
603 aa  1207    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0361  GTP-binding protein TypA  68.82 
 
 
606 aa  851    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3868  GTP-binding protein TypA  56.98 
 
 
614 aa  718    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3701  GTP-binding protein  56.98 
 
 
614 aa  718    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000145642  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3716  GTP-binding protein  56.81 
 
 
614 aa  716    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.134306  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1053  GTP-binding protein TypA  66.33 
 
 
608 aa  808    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2875  hypothetical protein  71.59 
 
 
608 aa  895    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2737  hypothetical protein  71.59 
 
 
608 aa  895    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4815  GTP-binding protein TypA  68.16 
 
 
606 aa  837    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0339  putative regulatory protein TypA or elongation factor Tu  68.86 
 
 
615 aa  881    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.597633  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1998  GTP-binding protein TypA  61.78 
 
 
613 aa  751    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.472185  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3506  GTP-binding protein TypA  61.53 
 
 
601 aa  725    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000140002  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0166  GTP-binding protein TypA  55.72 
 
 
598 aa  671    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0168881  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2021  GTP-binding protein TypA  66.67 
 
 
606 aa  793    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.487667  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2746  GTP-binding protein TypA  59.97 
 
 
607 aa  726    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.163334  normal  0.214192 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0772  GTP-binding protein TypA  63.65 
 
 
610 aa  795    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.260784 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0554  small GTP-binding protein  56.72 
 
 
614 aa  667    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.478934  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08211  tyrosine binding protein  56.05 
 
 
600 aa  670    Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.96814  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1923  GTP-binding protein TypA  66.33 
 
 
608 aa  808    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.289402  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0720  GTP-binding protein TypA  71.26 
 
 
609 aa  892    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000568805  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0347  GTP-binding protein TypA  67.44 
 
 
606 aa  835    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0077  GTP-binding protein TypA  55.81 
 
 
602 aa  681    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1211  GTP-binding protein TypA  59.04 
 
 
602 aa  725    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000229587  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4648  GTP-binding protein TypA  65.51 
 
 
608 aa  798    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0457537  normal  0.313247 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2558  GTP-binding protein TypA  60.46 
 
 
609 aa  744    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.551008  hitchhiker  0.00829209 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1236  GTP-binding protein TypA  55.56 
 
 
600 aa  665    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.292914  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0153  GTP-binding protein TypA  65.4 
 
 
605 aa  821    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.143377  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1243  GTP-binding protein TypA  56.75 
 
 
602 aa  676    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.590892 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3013  GTP-binding protein TypA  60.43 
 
 
598 aa  719    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00684443  normal  0.862296 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3380  GTP-binding protein TypA  60.86 
 
 
608 aa  740    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.465428  normal  0.866362 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0169  GTP-binding protein TypA  70.72 
 
 
607 aa  879    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4166  GTP-binding protein TypA  56.98 
 
 
614 aa  718    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00701473  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0006  GTP-binding protein TypA  55.07 
 
 
600 aa  670    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0770  tyrosine binding protein  55.78 
 
 
598 aa  669    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1525  GTP-binding protein TypA  55.56 
 
 
597 aa  649    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00490404 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1770  GTP-binding protein TypA  64.84 
 
 
603 aa  808    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0712941  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4025  GTP-binding protein TypA  53.07 
 
 
606 aa  637    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.759535 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2008  GTP-binding protein TypA  60.5 
 
 
607 aa  730    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.511019 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1894  GTP-binding protein TypA  54.41 
 
 
592 aa  660    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00474713  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2557  GTP-binding protein TypA  66.5 
 
 
608 aa  806    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3483  GTP-binding virulence regulator protein BipA  79.9 
 
 
607 aa  1005    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.325344 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3415  virulence regulator BipA  93.19 
 
 
604 aa  1155    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.349187 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4378  GTP-binding protein TypA  54.7 
 
 
596 aa  636    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2542  GTP-binding protein TypA  53.96 
 
 
614 aa  643    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0446151  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08241  tyrosine binding protein  55.78 
 
 
598 aa  668    Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1499  GTP-binding protein TypA  66.33 
 
 
608 aa  808    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.584386  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2137  GTP-binding protein TypA  60.33 
 
 
607 aa  734    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.011912  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0511  regulatory protein TypA  70.28 
 
 
608 aa  882    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2526  GTP-binding protein TypA  55.32 
 
 
607 aa  648    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0540885 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1259  GTP-binding protein TypA  64.45 
 
 
602 aa  783    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.273411 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2429  GTP-binding protein TypA  60.5 
 
 
607 aa  728    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.456233  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2813  GTP-binding protein TypA  65.17 
 
 
608 aa  793    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.472576 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3455  GTP-binding protein TypA  93.02 
 
 
603 aa  1158    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000132117  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0699  GTP-binding protein TypA  55.65 
 
 
607 aa  636    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.170083  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0239  GTP-binding protein TypA  69.36 
 
 
608 aa  890    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0644  GTP-binding protein TypA  56.72 
 
 
627 aa  659    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.770181  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0373  GTP-binding protein TypA  68.53 
 
 
615 aa  879    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0554499  normal  0.0314222 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2024  GTP-binding protein TypA  66.83 
 
 
607 aa  791    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.213403 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4404  GTP-binding protein TypA  54.09 
 
 
605 aa  651    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0864  GTP-binding protein TypA  55.14 
 
 
593 aa  639    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.490555 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1235  GTP-binding protein TypA  52.65 
 
 
606 aa  639    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.684296  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2303  GTP-binding protein TypA  54.05 
 
 
610 aa  648    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0308778  normal  0.797114 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1027  GTP-binding protein TypA  65.67 
 
 
608 aa  798    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1024  GTP-binding protein TypA  82 
 
 
623 aa  1035    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3364  GTP-binding protein TypA  55.59 
 
 
607 aa  656    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2027  GTP-binding protein TypA  57.1 
 
 
610 aa  657    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1744  GTP-binding protein TypA  56.76 
 
 
610 aa  655    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0417  GTP-binding protein  74.38 
 
 
616 aa  913    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0525699  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4442  GTP-binding protein TypA  55.04 
 
 
596 aa  644    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0306  GTP-binding protein TypA  98.18 
 
 
603 aa  1211    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.562357  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3718  GTP-binding protein TypA  98.18 
 
 
603 aa  1211    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0253074 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0941  GTP-binding protein TypA  73.92 
 
 
602 aa  929    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0324  GTP-binding protein TypA  92.21 
 
 
603 aa  1149    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000010951  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0339  GTP-binding protein TypA  70.05 
 
 
608 aa  890    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0649933 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1389  GTP-binding protein TypA  65.34 
 
 
608 aa  797    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67560  GTP-binding protein TypA/BipA  69.27 
 
 
605 aa  875    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.24734  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2298  membrane GTPase for stress response  55.98 
 
 
613 aa  697    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0807  stress response membrane GTPase  51 
 
 
611 aa  652    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0319085  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1181  stress response membrane GTPase  54.23 
 
 
618 aa  674    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0076831  hitchhiker  0.00656826 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1342  stress response membrane GTPase  51.58 
 
 
613 aa  652    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0910775  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0771  GTP-binding protein TypA/BipA (tyrosine phosphorylated protein A)  56.81 
 
 
615 aa  712    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0726544  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1507  GTP-binding protein TypA  65.67 
 
 
608 aa  798    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0330  GTP-binding protein TypA/BipA  55.69 
 
 
608 aa  649    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1545  GTP-binding protein TypA  69.88 
 
 
611 aa  865    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0301  GTP-binding protein TypA  100 
 
 
603 aa  1229    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00567265 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>