More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3554 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3554  Lytic transglycosylase catalytic  100 
 
 		 343 aa  686    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.278452  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3051  lytic transglycosylase, catalytic  79.28 
 
 		 347 aa  484  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2399  lytic transglycosylase, catalytic  78.41 
 
 		 330 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.537476 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3321  lytic transglycosylase, catalytic  76.76 
 
 		 341 aa  442  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1423  lytic transglycosylase, catalytic  70.68 
 
 		 380 aa  425  1e-118  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.371346  normal  0.777047 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2453  lytic transglycosylase, catalytic  73.36 
 
 		 313 aa  422  1e-117  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4762  hypothetical protein  63.27 
 
 		 359 aa  412  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.190126 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1822  Lytic transglycosylase catalytic  48.38 
 
 		 307 aa  238  8e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.725987 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2207  Lytic transglycosylase catalytic  48.24 
 
 		 328 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1931  lytic transglycosylase catalytic  47.54 
 
 		 328 aa  232  6e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.338077  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5136  Lytic transglycosylase catalytic  48.48 
 
 		 291 aa  229  5e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4519  lytic transglycosylase catalytic  48.33 
 
 		 291 aa  229  6e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.821488 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3156  lytic transglycosylase catalytic  43.82 
 
 		 321 aa  212  9e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0205593  normal  0.0158011 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0812  lytic transglycosylase catalytic  45.24 
 
 		 318 aa  208  9e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.280959 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8692  Lytic transglycosylase catalytic  38.79 
 
 		 340 aa  207  2e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.570522  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1642  Lytic transglycosylase catalytic  44.11 
 
 		 318 aa  186  5e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.517952 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5561  lytic transglycosylase catalytic  39.03 
 
 		 340 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1651  lytic transglycosylase catalytic  44.83 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.857102  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1459  Lytic transglycosylase catalytic  45.25 
 
 		 318 aa  184  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0788277  normal  0.09229 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1512  lytic transglycosylase, catalytic  42.28 
 
 		 286 aa  178  1e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.219216  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1242  lytic transglycosylase catalytic  44.06 
 
 		 328 aa  175  9e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.270703  normal  0.374797 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0083  lytic transglycosylase catalytic  56.46 
 
 		 363 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.928607  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0165  lytic transglycosylase catalytic  56.46 
 
 		 363 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1908  lytic transglycosylase catalytic  55.3 
 
 		 340 aa  158  1e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3004  lytic transglycosylase catalytic  58.52 
 
 		 278 aa  157  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.210468 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2102  Lytic transglycosylase catalytic  57.04 
 
 		 239 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.67123  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0809  lytic transglycosylase, catalytic  37.22 
 
 		 303 aa  143  4e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1463  transglycosylase  53.09 
 
 		 262 aa  137  3.0000000000000003e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2733  lytic transglycosylase, catalytic  55.91 
 
 		 246 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.187494  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1277  Lytic transglycosylase catalytic  57.03 
 
 		 264 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0029  Lytic transglycosylase catalytic  47.33 
 
 		 276 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.240678  normal  0.132165 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3807  lytic transglycosylase, catalytic  42.86 
 
 		 215 aa  87.8  2e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1627  Lytic transglycosylase catalytic  33.99 
 
 		 207 aa  84  0.000000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2981  lytic transglycosylase, catalytic  41.88 
 
 		 438 aa  79.7  0.00000000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0452  lytic transglycosylase, catalytic  41.8 
 
 		 204 aa  79.7  0.00000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0428943 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1605  lytic murein transglycosylase  43.65 
 
 		 202 aa  79.3  0.0000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.914455  normal  0.613396 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1364  lytic transglycosylase, catalytic  38.4 
 
 		 140 aa  79  0.0000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0515588  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1794  putative lytic transglycosylase  40.98 
 
 		 204 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.391793  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0443  lytic transglycosylase, catalytic  38.26 
 
 		 218 aa  78.2  0.0000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.270121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0440  lytic transglycosylase, catalytic  40.98 
 
 		 204 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0754  lytic transglycosylase, catalytic  39.67 
 
 		 291 aa  77.8  0.0000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.970703  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2210  lytic transglycosylase, catalytic  38.26 
 
 		 218 aa  76.3  0.0000000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.270311  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2149  lytic transglycosylase, catalytic  31.87 
 
 		 191 aa  76.3  0.0000000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.213234  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3535  Lytic transglycosylase catalytic  39.52 
 
 		 1160 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0815  Lytic transglycosylase catalytic  38.52 
 
 		 235 aa  74.7  0.000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.328303  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2331  lytic transglycosylase, catalytic  36.89 
 
 		 242 aa  74.7  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.194183  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0050  lytic transglycosylase, catalytic  29.51 
 
 		 211 aa  75.1  0.000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6404  lytic transglycosylase catalytic  39.68 
 
 		 362 aa  75.1  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0649822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4119  Lytic transglycosylase catalytic  37.6 
 
 		 280 aa  73.9  0.000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000767564  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2486  lytic murein transglycosylase, putative  39.32 
 
 		 241 aa  73.2  0.000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0517  lytic transglycosylase, catalytic  42.37 
 
 		 208 aa  72.8  0.000000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1028  Lytic transglycosylase catalytic  39.2 
 
 		 233 aa  73.2  0.000000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7737  putative soluble lytic murein transglycosylase precursor  38.89 
 
 		 257 aa  72.8  0.000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.473194 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0772  Lytic transglycosylase catalytic  36.24 
 
 		 196 aa  72.8  0.000000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2492  lytic transglycosylase, catalytic  37.4 
 
 		 242 aa  72.8  0.000000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.931024 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9819  type IV system transglycosylase  37.86 
 
 		 362 aa  72.4  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0973  Lytic transglycosylase catalytic  40.16 
 
 		 318 aa  72.4  0.00000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1919  Lytic transglycosylase catalytic  35.9 
 
 		 199 aa  71.2  0.00000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2959  lytic transglycosylase catalytic  39.23 
 
 		 280 aa  70.9  0.00000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1608  lytic transglycosylase, catalytic  36.3 
 
 		 206 aa  71.2  0.00000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1100  soluble lytic murein transglycosylase and related regulatory protein  38.17 
 
 		 174 aa  70.9  0.00000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0142  NLP/P60 protein  37.6 
 
 		 370 aa  70.5  0.00000000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1424  lytic transglycosylase, catalytic  41.8 
 
 		 191 aa  70.1  0.00000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0284128  normal  0.0259883 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1800  lytic transglycosylase, catalytic  37.88 
 
 		 242 aa  69.7  0.00000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.272775  normal  0.55672 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0827  lytic transglycosylase, catalytic  37.98 
 
 		 206 aa  68.9  0.0000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3191  lytic transglycosylase catalytic  34.68 
 
 		 254 aa  67.8  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.1009  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1655  Lytic transglycosylase catalytic  38.52 
 
 		 368 aa  68.6  0.0000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.055455  normal  0.208807 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1321  lytic murein transglycosylase, putative  40.32 
 
 		 188 aa  68.2  0.0000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3905  lytic transglycosylase, catalytic  34.44 
 
 		 301 aa  68.2  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2105  Lytic transglycosylase catalytic  38.46 
 
 		 212 aa  67.8  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0670803  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4417  lytic transglycosylase, catalytic  35.94 
 
 		 251 aa  68.2  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4023  Lytic transglycosylase catalytic  38.1 
 
 		 260 aa  68.2  0.0000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.34117e-17 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1036  Lytic transglycosylase catalytic  38.1 
 
 		 202 aa  67.4  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.962851 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2251  lytic transglycosylase catalytic  36.15 
 
 		 276 aa  67.4  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.417194  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6881  Lytic transglycosylase catalytic  39.83 
 
 		 271 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.987079  normal  0.0912273 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5361  lytic transglycosylase, catalytic  41.41 
 
 		 333 aa  67.4  0.0000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.716209 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4537  peptidase M15B and M15C DD-carboxypeptidase VanY/endolysin  47.52 
 
 		 448 aa  67  0.0000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9824  type IV system transglycosylase  34.33 
 
 		 322 aa  67  0.0000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3185  lytic transglycosylase, catalytic  37.72 
 
 		 268 aa  67  0.0000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3687  lytic transglycosylase, catalytic  35 
 
 		 300 aa  67  0.0000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28610  lytic transglycosylase  42.86 
 
 		 201 aa  66.6  0.0000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2926  putative transglycolase  41.58 
 
 		 278 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1070  Lytic transglycosylase catalytic  33.52 
 
 		 716 aa  66.6  0.0000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3375  lytic transglycosylase, catalytic  35.16 
 
 		 272 aa  66.6  0.0000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.877408  normal  0.240376 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2442  Lytic transglycosylase catalytic  38.98 
 
 		 245 aa  66.2  0.0000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4176  lytic transglycosylase, catalytic  37.01 
 
 		 354 aa  66.2  0.0000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0500833  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3939  lytic transglycosylase catalytic protein  37.3 
 
 		 260 aa  65.9  0.0000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.126837  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2744  lytic transglycosylase, catalytic  36.29 
 
 		 228 aa  66.2  0.0000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1491  putative lytic transglycosylase  37.72 
 
 		 338 aa  66.2  0.0000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.937536  normal  0.466263 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2003  Lytic transglycosylase catalytic  34.42 
 
 		 217 aa  65.9  0.0000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0976  Lytic transglycosylase catalytic  37.6 
 
 		 223 aa  65.9  0.000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4565  lytic transglycosylase catalytic  35.38 
 
 		 314 aa  65.5  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0155983  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1154  lytic transglycosylase, catalytic  36.07 
 
 		 283 aa  65.5  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.40288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2791  lytic transglycosylase catalytic  36.97 
 
 		 197 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.504732  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3262  lytic transglycosylase, catalytic  35.9 
 
 		 198 aa  65.1  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.205126  hitchhiker  0.000000000286118 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_4016  lytic transglycosylase, catalytic  37.5 
 
 		 239 aa  64.7  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0926261  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3631  Lytic transglycosylase catalytic  34.85 
 
 		 209 aa  64.7  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2464  lytic transglycosylase, catalytic  35 
 
 		 442 aa  64.7  0.000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329237 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3705  Lytic transglycosylase catalytic  34.85 
 
 		 209 aa  64.7  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0846  lytic transglycosylase, catalytic  38.98 
 
 		 325 aa  64.7  0.000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>