More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3051 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3051  lytic transglycosylase, catalytic  100 
 
 		 347 aa  696    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2399  lytic transglycosylase, catalytic  82.3 
 
 		 330 aa  543  1e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.537476 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3554  Lytic transglycosylase catalytic  80.33 
 
 		 343 aa  481  1e-135  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.278452  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3321  lytic transglycosylase, catalytic  70.81 
 
 		 341 aa  463  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1423  lytic transglycosylase, catalytic  65.67 
 
 		 380 aa  430  1e-119  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.371346  normal  0.777047 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2453  lytic transglycosylase, catalytic  77.36 
 
 		 313 aa  425  1e-118  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4762  hypothetical protein  61.47 
 
 		 359 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.190126 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1822  Lytic transglycosylase catalytic  45.89 
 
 		 307 aa  233  3e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.725987 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5136  Lytic transglycosylase catalytic  48.88 
 
 		 291 aa  231  1e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1931  lytic transglycosylase catalytic  44.78 
 
 		 328 aa  229  6e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.338077  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2207  Lytic transglycosylase catalytic  45.3 
 
 		 328 aa  229  7e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4519  lytic transglycosylase catalytic  47.96 
 
 		 291 aa  227  3e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.821488 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3156  lytic transglycosylase catalytic  43.66 
 
 		 321 aa  212  7e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0205593  normal  0.0158011 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8692  Lytic transglycosylase catalytic  41.23 
 
 		 340 aa  211  2e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.570522  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0812  lytic transglycosylase catalytic  44.3 
 
 		 318 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.280959 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5561  lytic transglycosylase catalytic  38.2 
 
 		 340 aa  185  8e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1642  Lytic transglycosylase catalytic  43.89 
 
 		 318 aa  186  8e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.517952 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1651  lytic transglycosylase catalytic  46.74 
 
 		 299 aa  185  9e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.857102  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1459  Lytic transglycosylase catalytic  41.64 
 
 		 318 aa  182  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0788277  normal  0.09229 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1512  lytic transglycosylase, catalytic  41.18 
 
 		 286 aa  175  9.999999999999999e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.219216  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1242  lytic transglycosylase catalytic  40.85 
 
 		 328 aa  171  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.270703  normal  0.374797 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3004  lytic transglycosylase catalytic  58.39 
 
 		 278 aa  159  6e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.210468 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0083  lytic transglycosylase catalytic  52.38 
 
 		 363 aa  159  8e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.928607  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0165  lytic transglycosylase catalytic  52.38 
 
 		 363 aa  158  1e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1908  lytic transglycosylase catalytic  53.73 
 
 		 340 aa  156  4e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2102  Lytic transglycosylase catalytic  42.61 
 
 		 239 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.67123  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0809  lytic transglycosylase, catalytic  35.56 
 
 		 303 aa  145  1e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2733  lytic transglycosylase, catalytic  52.82 
 
 		 246 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.187494  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1463  transglycosylase  55.94 
 
 		 262 aa  128  2.0000000000000002e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0029  Lytic transglycosylase catalytic  50 
 
 		 276 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.240678  normal  0.132165 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1277  Lytic transglycosylase catalytic  52.05 
 
 		 264 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3807  lytic transglycosylase, catalytic  42.22 
 
 		 215 aa  87.4  3e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1605  lytic murein transglycosylase  42.55 
 
 		 202 aa  82.4  0.00000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.914455  normal  0.613396 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1364  lytic transglycosylase, catalytic  37.6 
 
 		 140 aa  80.5  0.00000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0515588  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0050  lytic transglycosylase, catalytic  31.73 
 
 		 211 aa  79.7  0.00000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1627  Lytic transglycosylase catalytic  38.17 
 
 		 207 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0443  lytic transglycosylase, catalytic  38.52 
 
 		 218 aa  77.8  0.0000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.270121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6404  lytic transglycosylase catalytic  38.71 
 
 		 362 aa  76.6  0.0000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0649822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2210  lytic transglycosylase, catalytic  37.59 
 
 		 218 aa  75.9  0.0000000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.270311  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2959  lytic transglycosylase catalytic  41.35 
 
 		 280 aa  75.5  0.000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4119  Lytic transglycosylase catalytic  36.43 
 
 		 280 aa  74.7  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000767564  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0517  lytic transglycosylase, catalytic  41.88 
 
 		 208 aa  74.7  0.000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2149  lytic transglycosylase, catalytic  33.59 
 
 		 191 aa  74.7  0.000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.213234  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1028  Lytic transglycosylase catalytic  40 
 
 		 233 aa  73.9  0.000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100392  normal  1 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2981  lytic transglycosylase, catalytic  40.17 
 
 		 438 aa  73.9  0.000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0772  Lytic transglycosylase catalytic  32.92 
 
 		 196 aa  73.6  0.000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3535  Lytic transglycosylase catalytic  37.9 
 
 		 1160 aa  73.6  0.000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2003  Lytic transglycosylase catalytic  35.61 
 
 		 217 aa  73.6  0.000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0440  lytic transglycosylase, catalytic  39.67 
 
 		 204 aa  73.2  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1794  putative lytic transglycosylase  39.67 
 
 		 204 aa  73.2  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.391793  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0452  lytic transglycosylase, catalytic  39.67 
 
 		 204 aa  73.2  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0428943 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1608  lytic transglycosylase, catalytic  35.19 
 
 		 206 aa  73.2  0.000000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1424  lytic transglycosylase, catalytic  41.67 
 
 		 191 aa  72  0.00000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0284128  normal  0.0259883 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0754  lytic transglycosylase, catalytic  38.66 
 
 		 291 aa  72  0.00000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.970703  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2008  transglycosylase SLT domain-containing protein  35.77 
 
 		 214 aa  71.2  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2486  lytic murein transglycosylase, putative  38.46 
 
 		 241 aa  71.2  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2331  lytic transglycosylase, catalytic  36.07 
 
 		 242 aa  71.6  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.194183  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9819  type IV system transglycosylase  37.1 
 
 		 362 aa  71.6  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1919  Lytic transglycosylase catalytic  35.25 
 
 		 199 aa  70.9  0.00000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3562  transglycosylase SLT domain-containing protein  30.77 
 
 		 226 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1491  putative lytic transglycosylase  29.81 
 
 		 338 aa  70.5  0.00000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.937536  normal  0.466263 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3650  lytic transglycosylase, catalytic  40.17 
 
 		 243 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0846  lytic transglycosylase, catalytic  39.34 
 
 		 325 aa  70.9  0.00000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7737  putative soluble lytic murein transglycosylase precursor  38.89 
 
 		 257 aa  70.1  0.00000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.473194 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2791  lytic transglycosylase catalytic  34.97 
 
 		 197 aa  70.1  0.00000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.504732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2492  lytic transglycosylase, catalytic  36.59 
 
 		 242 aa  70.1  0.00000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.931024 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0976  Lytic transglycosylase catalytic  37.6 
 
 		 223 aa  69.7  0.00000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0181  lytic transglycosylase, catalytic  40.48 
 
 		 234 aa  69.7  0.00000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2464  lytic transglycosylase, catalytic  36.97 
 
 		 442 aa  69.7  0.00000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329237 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5361  lytic transglycosylase, catalytic  35.33 
 
 		 333 aa  69.7  0.00000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.716209 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4176  lytic transglycosylase, catalytic  35.57 
 
 		 354 aa  69.3  0.00000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0500833  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1248  Lytic transglycosylase catalytic  36.7 
 
 		 175 aa  69.3  0.0000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.00404625  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3687  lytic transglycosylase, catalytic  34.44 
 
 		 300 aa  68.9  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3191  lytic transglycosylase catalytic  36.29 
 
 		 254 aa  68.6  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.1009  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1154  lytic transglycosylase, catalytic  37.5 
 
 		 283 aa  68.9  0.0000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.40288  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1294  Lytic transglycosylase catalytic  41.6 
 
 		 199 aa  68.2  0.0000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0815  Lytic transglycosylase catalytic  35.61 
 
 		 235 aa  68.6  0.0000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.328303  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6881  Lytic transglycosylase catalytic  39.66 
 
 		 271 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.987079  normal  0.0912273 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3375  lytic transglycosylase, catalytic  35.07 
 
 		 272 aa  68.2  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.877408  normal  0.240376 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1100  soluble lytic murein transglycosylase and related regulatory protein  36.43 
 
 		 174 aa  67.4  0.0000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2744  lytic transglycosylase, catalytic  36.15 
 
 		 228 aa  67.4  0.0000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3565  Lytic transglycosylase catalytic  44.25 
 
 		 158 aa  67  0.0000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1886  lytic transglycosylase, catalytic  41.18 
 
 		 189 aa  67  0.0000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.158781  normal  0.249624 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4537  peptidase M15B and M15C DD-carboxypeptidase VanY/endolysin  47.52 
 
 		 448 aa  67.4  0.0000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2926  putative transglycolase  39.66 
 
 		 278 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0137  lytic transglycosylase, catalytic  33.58 
 
 		 231 aa  67  0.0000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.158623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4010  lytic transglycosylase catalytic  34.69 
 
 		 265 aa  66.6  0.0000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.132288 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0096  lytic transglycosylase, catalytic  38.46 
 
 		 249 aa  66.6  0.0000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0973  Lytic transglycosylase catalytic  39.17 
 
 		 318 aa  66.6  0.0000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1603  Lytic transglycosylase catalytic  38.26 
 
 		 217 aa  66.6  0.0000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0367  lytic transglycosylase, catalytic  30.72 
 
 		 215 aa  66.2  0.0000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0159  lytic transglycosylase, catalytic  38.46 
 
 		 245 aa  66.2  0.0000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1655  Lytic transglycosylase catalytic  39.17 
 
 		 368 aa  66.6  0.0000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.055455  normal  0.208807 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6207  Lytic transglycosylase catalytic  31.69 
 
 		 390 aa  66.2  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.287429  normal  0.127001 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0142  NLP/P60 protein  37.4 
 
 		 370 aa  66.2  0.0000000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4054  lytic transglycosylase catalytic  35.92 
 
 		 247 aa  66.2  0.0000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4023  Lytic transglycosylase catalytic  36.51 
 
 		 260 aa  65.5  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.34117e-17 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1321  lytic murein transglycosylase, putative  39.69 
 
 		 188 aa  65.5  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0139  lytic transglycosylase catalytic  38.46 
 
 		 299 aa  65.9  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3860  lytic transglycosylase, catalytic  37.17 
 
 		 329 aa  65.5  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>