More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_5136 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_5136  Lytic transglycosylase catalytic  100 
 
 		 291 aa  574  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4519  lytic transglycosylase catalytic  90.73 
 
 		 291 aa  454  1e-127  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.821488 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1822  Lytic transglycosylase catalytic  67.63 
 
 		 307 aa  363  2e-99  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.725987 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2207  Lytic transglycosylase catalytic  64.66 
 
 		 328 aa  355  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1931  lytic transglycosylase catalytic  64.66 
 
 		 328 aa  356  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.338077  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8692  Lytic transglycosylase catalytic  54.68 
 
 		 340 aa  323  3e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.570522  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0812  lytic transglycosylase catalytic  64.93 
 
 		 318 aa  322  4e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.280959 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0165  lytic transglycosylase catalytic  55.08 
 
 		 363 aa  315  8e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0083  lytic transglycosylase catalytic  53.37 
 
 		 363 aa  305  6e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.928607  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1908  lytic transglycosylase catalytic  55.31 
 
 		 340 aa  291  8e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3156  lytic transglycosylase catalytic  58.11 
 
 		 321 aa  288  6e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0205593  normal  0.0158011 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5561  lytic transglycosylase catalytic  54.66 
 
 		 340 aa  288  1e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1423  lytic transglycosylase, catalytic  47.2 
 
 		 380 aa  248  9e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.371346  normal  0.777047 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2453  lytic transglycosylase, catalytic  48.33 
 
 		 313 aa  248  1e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3321  lytic transglycosylase, catalytic  49.81 
 
 		 341 aa  241  9e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3051  lytic transglycosylase, catalytic  47.18 
 
 		 347 aa  239  5e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4762  hypothetical protein  50.19 
 
 		 359 aa  238  9e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.190126 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3554  Lytic transglycosylase catalytic  47.24 
 
 		 343 aa  236  3e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.278452  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2399  lytic transglycosylase, catalytic  46.32 
 
 		 330 aa  228  7e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.537476 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1651  lytic transglycosylase catalytic  45.85 
 
 		 299 aa  179  5.999999999999999e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.857102  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1459  Lytic transglycosylase catalytic  40.98 
 
 		 318 aa  178  7e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0788277  normal  0.09229 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1642  Lytic transglycosylase catalytic  42.25 
 
 		 318 aa  176  4e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.517952 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0809  lytic transglycosylase, catalytic  40.39 
 
 		 303 aa  166  5e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1512  lytic transglycosylase, catalytic  38.24 
 
 		 286 aa  162  5.0000000000000005e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.219216  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2733  lytic transglycosylase, catalytic  62.33 
 
 		 246 aa  159  5e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.187494  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1242  lytic transglycosylase catalytic  40 
 
 		 328 aa  156  4e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.270703  normal  0.374797 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2102  Lytic transglycosylase catalytic  57.46 
 
 		 239 aa  146  5e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.67123  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3004  lytic transglycosylase catalytic  58.21 
 
 		 278 aa  142  6e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.210468 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1463  transglycosylase  62.99 
 
 		 262 aa  138  1e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1277  Lytic transglycosylase catalytic  68.25 
 
 		 264 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0029  Lytic transglycosylase catalytic  64.46 
 
 		 276 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.240678  normal  0.132165 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0754  lytic transglycosylase, catalytic  47.46 
 
 		 291 aa  98.2  1e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.970703  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4023  Lytic transglycosylase catalytic  44.63 
 
 		 260 aa  93.2  5e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.34117e-17 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4119  Lytic transglycosylase catalytic  42.15 
 
 		 280 aa  93.2  5e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000767564  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3939  lytic transglycosylase catalytic protein  44.63 
 
 		 260 aa  92.8  6e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.126837  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4537  peptidase M15B and M15C DD-carboxypeptidase VanY/endolysin  59.38 
 
 		 448 aa  92.8  7e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6404  lytic transglycosylase catalytic  42.65 
 
 		 362 aa  91.7  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0649822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2486  lytic murein transglycosylase, putative  44.54 
 
 		 241 aa  91.3  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2003  Lytic transglycosylase catalytic  45.16 
 
 		 217 aa  89.7  5e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4417  lytic transglycosylase, catalytic  40.5 
 
 		 251 aa  88.6  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1627  Lytic transglycosylase catalytic  43.85 
 
 		 207 aa  88.6  1e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3009  lytic transglycosylase catalytic  41.98 
 
 		 238 aa  87  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1100  soluble lytic murein transglycosylase and related regulatory protein  42.5 
 
 		 174 aa  87  3e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6881  Lytic transglycosylase catalytic  44.72 
 
 		 271 aa  86.7  5e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.987079  normal  0.0912273 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0142  NLP/P60 protein  46.55 
 
 		 370 aa  86.3  6e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9819  type IV system transglycosylase  42.37 
 
 		 362 aa  86.3  6e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3535  Lytic transglycosylase catalytic  40.98 
 
 		 1160 aa  86.3  6e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0973  Lytic transglycosylase catalytic  50.96 
 
 		 318 aa  85.5  9e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1608  lytic transglycosylase, catalytic  37.87 
 
 		 206 aa  84.7  0.000000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4054  lytic transglycosylase catalytic  44.35 
 
 		 247 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2210  lytic transglycosylase, catalytic  46.09 
 
 		 218 aa  85.5  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.270311  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2926  putative transglycolase  43.9 
 
 		 278 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1583  Slt family transglycosylase  35.9 
 
 		 261 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00492296  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1548  soluble lytic murein transglycosylase  35.9 
 
 		 261 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000233422  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1537  soluble lytic murein transglycosylase  35.9 
 
 		 261 aa  84  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000696816  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2981  lytic transglycosylase, catalytic  44.64 
 
 		 438 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1321  lytic murein transglycosylase, putative  44.26 
 
 		 188 aa  84  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1707  Slt family transglycosylase  35.9 
 
 		 261 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1584  lytic transglycosylase catalytic  36.75 
 
 		 261 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.166498  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1364  lytic transglycosylase, catalytic  42.98 
 
 		 140 aa  84  0.000000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0515588  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2492  lytic transglycosylase, catalytic  42.86 
 
 		 242 aa  84  0.000000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.931024 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2149  lytic transglycosylase, catalytic  38.02 
 
 		 191 aa  83.6  0.000000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.213234  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3823  lytic transglycosylase catalytic  36.2 
 
 		 310 aa  83.6  0.000000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.78856  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1758  transglycosylase, SLT family  35.9 
 
 		 261 aa  83.2  0.000000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1836  transglycosylase, SLT family  35.9 
 
 		 259 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000000572163  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28610  lytic transglycosylase  48.62 
 
 		 201 aa  83.2  0.000000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2464  lytic transglycosylase, catalytic  39.74 
 
 		 442 aa  82.8  0.000000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329237 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1727  transglycosylase, SLT family  35.9 
 
 		 261 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000265036  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3262  lytic transglycosylase, catalytic  40.83 
 
 		 198 aa  82.8  0.000000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.205126  hitchhiker  0.000000000286118 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3617  transglycosylase, SLT family  35.9 
 
 		 261 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000281259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3978  lytic transglycosylase catalytic  35 
 
 		 384 aa  82.8  0.000000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1655  Lytic transglycosylase catalytic  45.13 
 
 		 368 aa  82.4  0.000000000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.055455  normal  0.208807 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2331  lytic transglycosylase, catalytic  36.77 
 
 		 242 aa  82.8  0.000000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.194183  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0443  lytic transglycosylase, catalytic  46.43 
 
 		 218 aa  82  0.000000000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.270121  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0517  lytic transglycosylase, catalytic  42.74 
 
 		 208 aa  82  0.00000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5361  lytic transglycosylase, catalytic  43.57 
 
 		 333 aa  82  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.716209 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0046  Lytic transglycosylase catalytic  43.7 
 
 		 244 aa  82  0.00000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.616891  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0301  lytic murein transglycosylase, putative  40.68 
 
 		 196 aa  81.3  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0367  lytic transglycosylase, catalytic  38.1 
 
 		 215 aa  80.9  0.00000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1376  lytic transglycosylase catalytic  36.75 
 
 		 238 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000477614  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1781  Slt family transglycosylase  38.32 
 
 		 261 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0369322  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1800  lytic transglycosylase, catalytic  45.92 
 
 		 242 aa  80.9  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.272775  normal  0.55672 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0815  Lytic transglycosylase catalytic  41.03 
 
 		 235 aa  81.3  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.328303  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3807  lytic transglycosylase, catalytic  45.13 
 
 		 215 aa  81.3  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0050  lytic transglycosylase, catalytic  44.12 
 
 		 211 aa  80.1  0.00000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3375  lytic transglycosylase, catalytic  39.07 
 
 		 272 aa  80.1  0.00000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.877408  normal  0.240376 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1974  lytic transglycosylase, catalytic  41.46 
 
 		 203 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.677118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2905  lytic transglycosylase, catalytic  41.38 
 
 		 237 aa  79.7  0.00000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.739036  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1036  Lytic transglycosylase catalytic  45.92 
 
 		 202 aa  79.7  0.00000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.962851 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1294  Lytic transglycosylase catalytic  45.45 
 
 		 199 aa  79.7  0.00000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0872  lytic transglycosylase, catalytic  38.81 
 
 		 258 aa  79.7  0.00000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0272824  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0772  Lytic transglycosylase catalytic  38.76 
 
 		 196 aa  79.3  0.00000000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3817  lytic transglycosylase, catalytic  34.5 
 
 		 384 aa  79.3  0.00000000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.315131  normal  0.0342532 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3643  lytic transglycosylase catalytic  35.53 
 
 		 384 aa  79  0.00000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0752757 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0159  lytic transglycosylase, catalytic  40.68 
 
 		 245 aa  79  0.00000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3191  lytic transglycosylase catalytic  41.18 
 
 		 254 aa  78.2  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.1009  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2744  lytic transglycosylase, catalytic  38.52 
 
 		 228 aa  78.6  0.0000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2410  lytic transglycosylase, catalytic  39.84 
 
 		 208 aa  78.6  0.0000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2811  Lytic transglycosylase catalytic  39.84 
 
 		 282 aa  78.2  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0975  Lytic transglycosylase catalytic  42.74 
 
 		 261 aa  78.6  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.615186 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>