More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_2102 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_2102  Lytic transglycosylase catalytic  100 
 
 
239 aa  476  1e-133  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.67123  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3004  lytic transglycosylase catalytic  75.14 
 
 
278 aa  272  4.0000000000000004e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.210468 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5561  lytic transglycosylase catalytic  56.67 
 
 
340 aa  157  1e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4762  hypothetical protein  57.45 
 
 
359 aa  155  4e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.190126 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1908  lytic transglycosylase catalytic  56 
 
 
340 aa  154  8e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8692  Lytic transglycosylase catalytic  55.33 
 
 
340 aa  154  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.570522  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3321  lytic transglycosylase, catalytic  56.25 
 
 
341 aa  149  3e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4519  lytic transglycosylase catalytic  59.38 
 
 
291 aa  148  8e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.821488 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3554  Lytic transglycosylase catalytic  57.04 
 
 
343 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.278452  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1423  lytic transglycosylase, catalytic  55.47 
 
 
380 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.371346  normal  0.777047 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2733  lytic transglycosylase, catalytic  62.1 
 
 
246 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.187494  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0029  Lytic transglycosylase catalytic  62.88 
 
 
276 aa  146  3e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.240678  normal  0.132165 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2453  lytic transglycosylase, catalytic  54.74 
 
 
313 aa  146  3e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0083  lytic transglycosylase catalytic  58.14 
 
 
363 aa  144  1e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.928607  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3051  lytic transglycosylase, catalytic  54.74 
 
 
347 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5136  Lytic transglycosylase catalytic  57.46 
 
 
291 aa  144  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0165  lytic transglycosylase catalytic  58.14 
 
 
363 aa  144  2e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2399  lytic transglycosylase, catalytic  54.74 
 
 
330 aa  143  3e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.537476 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2207  Lytic transglycosylase catalytic  57.25 
 
 
328 aa  142  4e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1931  lytic transglycosylase catalytic  55.64 
 
 
328 aa  142  6e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.338077  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1822  Lytic transglycosylase catalytic  56.49 
 
 
307 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.725987 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3156  lytic transglycosylase catalytic  58.27 
 
 
321 aa  135  7.000000000000001e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0205593  normal  0.0158011 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1277  Lytic transglycosylase catalytic  61.9 
 
 
264 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0812  lytic transglycosylase catalytic  59.23 
 
 
318 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.280959 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1463  transglycosylase  55.12 
 
 
262 aa  117  1.9999999999999998e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1459  Lytic transglycosylase catalytic  47.1 
 
 
318 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0788277  normal  0.09229 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1642  Lytic transglycosylase catalytic  52.8 
 
 
318 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.517952 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1651  lytic transglycosylase catalytic  52.38 
 
 
299 aa  106  3e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.857102  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1512  lytic transglycosylase, catalytic  51.54 
 
 
286 aa  106  4e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.219216  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0809  lytic transglycosylase, catalytic  50.82 
 
 
303 aa  105  8e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1242  lytic transglycosylase catalytic  50.78 
 
 
328 aa  99.8  4e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.270703  normal  0.374797 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3535  Lytic transglycosylase catalytic  43.75 
 
 
1160 aa  90.5  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_4016  lytic transglycosylase, catalytic  44.35 
 
 
239 aa  84.3  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0926261  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1655  Lytic transglycosylase catalytic  48.62 
 
 
368 aa  84  0.000000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.055455  normal  0.208807 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4417  lytic transglycosylase, catalytic  39.52 
 
 
251 aa  84  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0973  Lytic transglycosylase catalytic  44 
 
 
318 aa  81.6  0.000000000000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1608  lytic transglycosylase, catalytic  43.7 
 
 
206 aa  80.5  0.00000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4537  peptidase M15B and M15C DD-carboxypeptidase VanY/endolysin  52.08 
 
 
448 aa  80.1  0.00000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1100  soluble lytic murein transglycosylase and related regulatory protein  43.59 
 
 
174 aa  80.1  0.00000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2981  lytic transglycosylase, catalytic  42.48 
 
 
438 aa  79.3  0.00000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0754  lytic transglycosylase, catalytic  42.61 
 
 
291 aa  79.7  0.00000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.970703  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2492  lytic transglycosylase, catalytic  39.19 
 
 
242 aa  79.7  0.00000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.931024 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2331  lytic transglycosylase, catalytic  40.34 
 
 
242 aa  79.7  0.00000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.194183  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1584  lytic transglycosylase catalytic  38.33 
 
 
261 aa  79  0.00000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.166498  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1424  lytic transglycosylase, catalytic  46.67 
 
 
191 aa  79  0.00000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0284128  normal  0.0259883 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1605  lytic murein transglycosylase  43.22 
 
 
202 aa  79  0.00000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.914455  normal  0.613396 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3807  lytic transglycosylase, catalytic  45.05 
 
 
215 aa  79  0.00000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7737  putative soluble lytic murein transglycosylase precursor  41.09 
 
 
257 aa  78.6  0.00000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.473194 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1173  lytic transglycosylase catalytic  39.42 
 
 
195 aa  78.6  0.00000000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.79573  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0050  lytic transglycosylase, catalytic  36.43 
 
 
211 aa  78.6  0.00000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1294  Lytic transglycosylase catalytic  47.17 
 
 
199 aa  78.6  0.00000000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2442  Lytic transglycosylase catalytic  43.48 
 
 
245 aa  78.6  0.00000000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1583  Slt family transglycosylase  38.33 
 
 
261 aa  78.2  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00492296  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1548  soluble lytic murein transglycosylase  38.33 
 
 
261 aa  78.2  0.0000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000233422  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1537  soluble lytic murein transglycosylase  38.33 
 
 
261 aa  77.8  0.0000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000696816  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1321  lytic murein transglycosylase, putative  43.33 
 
 
188 aa  78.2  0.0000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1707  Slt family transglycosylase  38.33 
 
 
261 aa  78.2  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0815  Lytic transglycosylase catalytic  37.82 
 
 
235 aa  78.2  0.0000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.328303  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1758  transglycosylase, SLT family  38.33 
 
 
261 aa  77.8  0.0000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2149  lytic transglycosylase, catalytic  29.51 
 
 
191 aa  78.2  0.0000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.213234  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3617  transglycosylase, SLT family  38.33 
 
 
261 aa  78.2  0.0000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000281259  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4023  Lytic transglycosylase catalytic  39.32 
 
 
260 aa  77.8  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.34117e-17 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3939  lytic transglycosylase catalytic protein  39.32 
 
 
260 aa  77.4  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.126837  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1028  Lytic transglycosylase catalytic  40.8 
 
 
233 aa  77  0.0000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100392  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1836  transglycosylase, SLT family  38.33 
 
 
259 aa  77  0.0000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000000572163  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3191  lytic transglycosylase catalytic  39.5 
 
 
254 aa  76.6  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.1009  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2486  lytic murein transglycosylase, putative  38.66 
 
 
241 aa  76.6  0.0000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1376  lytic transglycosylase catalytic  37.9 
 
 
238 aa  77  0.0000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000477614  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1727  transglycosylase, SLT family  38.33 
 
 
261 aa  77  0.0000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000265036  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0301  lytic murein transglycosylase, putative  37.29 
 
 
196 aa  76.3  0.0000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4119  Lytic transglycosylase catalytic  34.88 
 
 
280 aa  76.3  0.0000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000767564  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1919  Lytic transglycosylase catalytic  35.94 
 
 
199 aa  76.3  0.0000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3009  lytic transglycosylase catalytic  41.8 
 
 
238 aa  75.9  0.0000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0452  lytic transglycosylase, catalytic  38.64 
 
 
204 aa  75.9  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0428943 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3565  lytic transglycosylase, catalytic  38.52 
 
 
209 aa  75.9  0.0000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1794  putative lytic transglycosylase  41.8 
 
 
204 aa  75.5  0.0000000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.391793  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2003  Lytic transglycosylase catalytic  40.16 
 
 
217 aa  75.1  0.0000000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0440  lytic transglycosylase, catalytic  41.8 
 
 
204 aa  75.5  0.0000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1781  Slt family transglycosylase  38.33 
 
 
261 aa  74.7  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0369322  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2620  lytic transglycosylase, catalytic  43.64 
 
 
262 aa  74.7  0.000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0142  NLP/P60 protein  40.68 
 
 
370 aa  74.3  0.000000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0976  Lytic transglycosylase catalytic  40.8 
 
 
223 aa  74.7  0.000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3687  lytic transglycosylase, catalytic  41.18 
 
 
300 aa  74.3  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3705  Lytic transglycosylase catalytic  38.52 
 
 
209 aa  73.9  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3631  Lytic transglycosylase catalytic  38.52 
 
 
209 aa  73.9  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0517  lytic transglycosylase, catalytic  41.32 
 
 
254 aa  73.6  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0493773  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1129  Lytic transglycosylase catalytic  39.67 
 
 
200 aa  73.9  0.000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0367  lytic transglycosylase, catalytic  41.12 
 
 
215 aa  73.2  0.000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0754  lytic transglycosylase catalytic  40.34 
 
 
253 aa  73.2  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.450427 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0443  lytic transglycosylase, catalytic  53.01 
 
 
218 aa  73.6  0.000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.270121  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3422  lytic transglycosylase  40.62 
 
 
197 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1886  lytic transglycosylase, catalytic  44.07 
 
 
189 aa  73.2  0.000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.158781  normal  0.249624 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2251  lytic transglycosylase catalytic  39.34 
 
 
276 aa  72.8  0.000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.417194  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3823  lytic transglycosylase catalytic  37.3 
 
 
310 aa  73.2  0.000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.78856  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2340  lytic transglycosylase, catalytic  40.62 
 
 
218 aa  72.8  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3847  lytic transglycosylase, catalytic  41.18 
 
 
240 aa  72.4  0.000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.081015  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3262  lytic transglycosylase, catalytic  34.75 
 
 
198 aa  72.4  0.000000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.205126  hitchhiker  0.000000000286118 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4010  lytic transglycosylase catalytic  35.17 
 
 
265 aa  72  0.000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.132288 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2518  lytic transglycosylase catalytic  39.84 
 
 
224 aa  72  0.000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.116955 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4351  lytic transglycosylase catalytic  36.07 
 
 
194 aa  71.6  0.000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.744622  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>