More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4617 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007511  Bcep18194_B1987  TonB-dependent siderophore receptor  73.07 
 
 		 769 aa  1120    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0723  TonB-dependent siderophore receptor  73.62 
 
 		 740 aa  1120    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0469238  normal  0.27958 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4617  TonB-dependent siderophore receptor  100 
 
 		 741 aa  1524    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4659  TonB-dependent siderophore receptor  43.98 
 
 		 747 aa  587  1e-166  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0108  TonB-dependent siderophore receptor  44.15 
 
 		 759 aa  572  1.0000000000000001e-162  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0101  TonB-dependent siderophore receptor  43.6 
 
 		 759 aa  571  1e-161  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58570  putative outer membrane ferric siderophore receptor  40.37 
 
 		 753 aa  543  1e-153  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.21459  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0198  outer membrane ferric siderophore receptor  44.91 
 
 		 748 aa  545  1e-153  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0160883  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1607  TonB-dependent siderophore receptor  44.91 
 
 		 748 aa  545  1e-153  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1688  TonB-dependent receptor  44.76 
 
 		 748 aa  543  1e-153  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0794  TonB-dependent siderophore receptor  43.37 
 
 		 749 aa  545  1e-153  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.038915  normal  0.895019 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5128  TonB-dependent receptor  39.9 
 
 		 766 aa  541  9.999999999999999e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.497755  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1203  outer membrane ferric siderophore receptor  43.9 
 
 		 772 aa  531  1e-149  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.83325  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0894  TonB-dependent siderophore receptor  41.34 
 
 		 747 aa  525  1e-148  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.744699  normal  0.840328 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0716  TonB-dependent siderophore receptor  38.73 
 
 		 731 aa  523  1e-147  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000695687  hitchhiker  0.000361428 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3635  TonB-dependent siderophore receptor  37.97 
 
 		 730 aa  523  1e-147  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000376942  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3914  TonB-dependent receptor, putative  39.97 
 
 		 730 aa  521  1e-146  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0740  TonB-dependent siderophore receptor  37.97 
 
 		 730 aa  521  1e-146  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000168203  hitchhiker  0.000000023146 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0720  TonB-dependent siderophore receptor  37.97 
 
 		 730 aa  522  1e-146  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000599666  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5475  TonB-dependent siderophore receptor  41.63 
 
 		 747 aa  521  1e-146  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.546607  normal  0.0926979 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3559  TonB-dependent siderophore receptor  41.5 
 
 		 747 aa  520  1e-146  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0697  TonB-dependent siderophore receptor  39.97 
 
 		 731 aa  520  1e-146  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000103778  hitchhiker  0.00047729 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0749  TonB-dependent siderophore receptor  39.53 
 
 		 730 aa  519  1e-146  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000266639  hitchhiker  0.000229655 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4808  TonB-dependent siderophore receptor  41.63 
 
 		 747 aa  521  1e-146  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.981163  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3795  TonB-dependent siderophore receptor  43.19 
 
 		 748 aa  518  1.0000000000000001e-145  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00506743 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4712  TonB-dependent siderophore receptor  40.94 
 
 		 747 aa  518  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.779821 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4190  TonB-dependent siderophore receptor  40.96 
 
 		 747 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.487534  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3245  TonB-dependent siderophore receptor  39.68 
 
 		 731 aa  515  1e-144  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000124115  hitchhiker  0.00000616268 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0861  TonB-dependent siderophore receptor  39.1 
 
 		 780 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4025  TonB-dependent siderophore receptor  37.27 
 
 		 826 aa  495  9.999999999999999e-139  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0904  TonB-dependent siderophore receptor  38.82 
 
 		 768 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0551593 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12430  TonB-dependent siderophore receptor  36.72 
 
 		 753 aa  492  9.999999999999999e-139  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.396509  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0891  TonB-dependent siderophore receptor  39.42 
 
 		 763 aa  491  1e-137  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.31218 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4317  TonB-dependent siderophore receptor  38.81 
 
 		 760 aa  488  1e-136  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00531839 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0992  TonB-dependent siderophore receptor  40.42 
 
 		 762 aa  486  1e-136  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.221466  normal  0.249222 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0798  TonB-dependent siderophore receptor  38.73 
 
 		 773 aa  481  1e-134  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.302135 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0044  TonB-dependent siderophore receptor  39.56 
 
 		 794 aa  473  1e-132  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.236212 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1173  TonB-dependent siderophore receptor  40.36 
 
 		 741 aa  473  1e-132  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2318  TonB-dependent siderophore receptor  38.34 
 
 		 724 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000356836  hitchhiker  0.000261806 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2044  TonB-dependent receptor  39.5 
 
 		 776 aa  465  1e-129  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4373  TonB-dependent siderophore receptor  34.51 
 
 		 751 aa  388  1e-106  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2088  TonB-dependent receptor  35.38 
 
 		 793 aa  389  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0823412 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3724  TonB-dependent receptor for iron transport  35.02 
 
 		 765 aa  381  1e-104  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3335  TonB-dependent receptor, plug  34.29 
 
 		 794 aa  378  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.364318 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3969  TonB-dependent siderophore receptor  34.67 
 
 		 793 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0805  TonB-dependent siderophore receptor  34.22 
 
 		 731 aa  372  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3297  TonB-dependent siderophore receptor  36.34 
 
 		 733 aa  371  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.14113 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47140  putative TonB-dependent receptor  32.44 
 
 		 732 aa  357  5e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2944  TonB-dependent siderophore receptor  34.57 
 
 		 733 aa  349  1e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3540  putative outer membrane TonB-dependent receptor  34.6 
 
 		 805 aa  348  2e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0614736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4068  putative TonB-dependent receptor  33.38 
 
 		 733 aa  343  4e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2837  TonB-dependent siderophore receptor  31.29 
 
 		 760 aa  341  4e-92  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0860  catecholate siderophore receptor Fiu  31.29 
 
 		 760 aa  341  4e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0954  catecholate siderophore receptor Fiu  31.16 
 
 		 760 aa  340  4e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.691601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2838  catecholate siderophore receptor Fiu  31.29 
 
 		 760 aa  341  4e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.167931 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0873  catecholate siderophore receptor Fiu  31.16 
 
 		 760 aa  340  5.9999999999999996e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00772  predicted iron outer membrane transporter  31.29 
 
 		 760 aa  340  8e-92  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00789  hypothetical protein  31.29 
 
 		 760 aa  340  8e-92  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0829  catecholate siderophore receptor Fiu  31.29 
 
 		 760 aa  339  9.999999999999999e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1513  TonB-dependent receptor  33.64 
 
 		 859 aa  337  5.999999999999999e-91  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.691941  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1314  putative TonB-dependent receptor protein  32.65 
 
 		 843 aa  329  1.0000000000000001e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.711074 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7101  TonB-dependent siderophore receptor  33.29 
 
 		 732 aa  327  4.0000000000000003e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1637  catecholate siderophore receptor Fiu  31.78 
 
 		 763 aa  327  5e-88  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.824429  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1708  catecholate siderophore receptor Fiu  31.41 
 
 		 779 aa  326  1e-87  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2996  TonB-dependent siderophore receptor  33.23 
 
 		 733 aa  324  3e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.18602  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2859  TonB-dependent siderophore receptor  33.09 
 
 		 733 aa  323  9.000000000000001e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.335633 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0218  TonB-dependent siderophore receptor  32.62 
 
 		 732 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0376  TonB-dependent siderophore receptor  30.96 
 
 		 769 aa  321  3e-86  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0576  catecholate siderophore receptor Fiu  31.84 
 
 		 754 aa  319  1e-85  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.0000714833  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5373  TonB-dependent siderophore receptor  31.64 
 
 		 745 aa  317  4e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.834495  normal  0.604125 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3225  TonB-dependent siderophore receptor  30.42 
 
 		 803 aa  317  6e-85  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0588544 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3915  TonB-dependent siderophore receptor  32.43 
 
 		 742 aa  315  1.9999999999999998e-84  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3802  TonB-dependent siderophore receptor  32.43 
 
 		 742 aa  315  1.9999999999999998e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.799699  normal  0.136718 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0802  TonB-dependent siderophore receptor  30.73 
 
 		 764 aa  312  1e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3638  TonB-dependent siderophore receptor  31.25 
 
 		 821 aa  310  5.9999999999999995e-83  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3077  TonB-dependent siderophore receptor  31.41 
 
 		 753 aa  308  2.0000000000000002e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2813  molybdate ABC transporter permease  30.84 
 
 		 743 aa  307  5.0000000000000004e-82  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000103561  decreased coverage  0.000000463153 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2876  TonB-dependent siderophore receptor  32.04 
 
 		 751 aa  306  7e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3574  TonB-dependent siderophore receptor  30.75 
 
 		 734 aa  304  3.0000000000000004e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.647008 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7102  TonB-dependent siderophore receptor  31.48 
 
 		 790 aa  304  3.0000000000000004e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1523  TonB-dependent siderophore receptor  32.28 
 
 		 727 aa  301  2e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.249023  normal  0.758259 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0095  TonB-dependent siderophore receptor  31.41 
 
 		 823 aa  300  8e-80  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0700  TonB-dependent receptor  31.28 
 
 		 785 aa  296  1e-78  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.241055 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2878  TonB-dependent siderophore receptor  29.58 
 
 		 707 aa  292  1e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4480  TonB-dependent siderophore receptor  31.67 
 
 		 734 aa  291  4e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.938344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5005  TonB-dependent siderophore receptor  31.79 
 
 		 736 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2275  TonB-dependent receptor  28.72 
 
 		 779 aa  289  1e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00175316  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12330  TonB-dependent siderophore receptor  29.48 
 
 		 769 aa  285  2.0000000000000002e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0530  TonB-dependent receptor  30.32 
 
 		 767 aa  284  5.000000000000001e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.898854  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0514  TonB-dependent receptor  30.32 
 
 		 768 aa  283  6.000000000000001e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.400369  normal  0.0201615 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1524  TonB-dependent siderophore receptor  27 
 
 		 847 aa  275  2.0000000000000002e-72  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0611  TonB-dependent receptor  28.36 
 
 		 773 aa  267  5e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000075991  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3612  TonB-dependent siderophore receptor  28.27 
 
 		 770 aa  265  3e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.565753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2303  TonB-dependent siderophore receptor  28.69 
 
 		 710 aa  263  6.999999999999999e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.470584  normal  0.447365 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3109  TonB-dependent siderophore receptor  28.13 
 
 		 710 aa  263  8e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0238  TonB-dependent siderophore receptor  29.56 
 
 		 777 aa  260  6e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0584339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5058  TonB-dependent siderophore receptor  30.34 
 
 		 715 aa  260  7e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00424318  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3980  TonB-dependent siderophore receptor  30.75 
 
 		 719 aa  259  1e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.348977  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1948  TonB-dependent receptor plug  26.99 
 
 		 815 aa  258  2e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03559  putative outer membrane receptor for iron transport  28.3 
 
 		 761 aa  256  7e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.143456  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>