109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_4720 on replicon NC_012848
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012848  Rleg_4720  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 
284 aa  575  1.0000000000000001e-163  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4691  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  86.62 
 
 
284 aa  504  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0345  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.43 
 
 
312 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1076  xylose isomerase domain-containing protein  29.58 
 
 
308 aa  150  3e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1485  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.4 
 
 
310 aa  147  3e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2792  xylose isomerase domain-containing protein  32.58 
 
 
305 aa  138  1e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1085  xylose isomerase domain-containing protein  31.94 
 
 
305 aa  131  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.230737 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0991  xylose isomerase domain-containing protein  29.87 
 
 
304 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2962  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.62 
 
 
304 aa  124  2e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1807  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.34 
 
 
277 aa  124  2e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1167  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.87 
 
 
306 aa  121  9.999999999999999e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.100222 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5338  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.31 
 
 
306 aa  120  3e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0218973  normal  0.666758 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0582  xylose isomerase domain-containing protein  30.18 
 
 
305 aa  119  6e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0101642  normal  0.477879 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1462  xylose isomerase-like  28.8 
 
 
304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0792814  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2917  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.65 
 
 
304 aa  109  6e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.409323  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2155  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.67 
 
 
322 aa  93.6  3e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0204  xylose isomerase domain-containing protein  27.95 
 
 
322 aa  81.6  0.00000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0210  xylose isomerase domain-containing protein  27.95 
 
 
322 aa  81.6  0.00000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0249  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.72 
 
 
333 aa  82  0.00000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0571  xylose isomerase domain-containing protein  28.38 
 
 
333 aa  80.5  0.00000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2948  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.31 
 
 
323 aa  80.1  0.00000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1909  xylose isomerase domain-containing protein  28.04 
 
 
333 aa  79.3  0.00000000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0008  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.78 
 
 
322 aa  77.4  0.0000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0086  xylose isomerase domain-containing protein  27.15 
 
 
334 aa  74.7  0.000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0391  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.84 
 
 
338 aa  73.9  0.000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.639101  normal  0.0346444 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2880  xylose isomerase domain-containing protein  26.33 
 
 
335 aa  72.4  0.000000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10540  sugar phosphate isomerase/epimerase  27.42 
 
 
333 aa  72  0.00000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2764  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.8 
 
 
332 aa  70.5  0.00000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.455459  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33700  hypothetical protein  24.66 
 
 
313 aa  68.6  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2881  xylose isomerase domain-containing protein  25.42 
 
 
332 aa  67.8  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2615  xylose isomerase domain-containing protein  26.33 
 
 
332 aa  68.2  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3195  xylose isomerase domain-containing protein  25.33 
 
 
313 aa  68.2  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.975656  normal  0.799705 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2397  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.05 
 
 
333 aa  67.8  0.0000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2300  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.41 
 
 
334 aa  67  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000000686385  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1849  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.7 
 
 
322 aa  67.4  0.0000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0049  xylose isomerase domain-containing protein  26.03 
 
 
315 aa  67  0.0000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4061  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.75 
 
 
334 aa  66.2  0.0000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11150  sugar phosphate isomerase/epimerase  26.15 
 
 
335 aa  66.6  0.0000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.750375  normal  0.0940368 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2256  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.7 
 
 
321 aa  66.6  0.0000000005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.480899 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3264  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.78 
 
 
331 aa  65.9  0.0000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.26961  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1620  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.76 
 
 
323 aa  65.5  0.0000000009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.652805 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1812  xylose isomerase domain-containing protein  26.58 
 
 
329 aa  65.5  0.000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.617745 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1355  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.47 
 
 
335 aa  65.1  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.4275  normal  0.774655 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8255  xylose isomerase domain-containing protein  26.71 
 
 
335 aa  64.7  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.018151 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3847  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.82 
 
 
335 aa  64.3  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0393  xylose isomerase-like TIM barrel  25.84 
 
 
333 aa  63.9  0.000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0897336  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1733  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.93 
 
 
339 aa  63.2  0.000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6571  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.42 
 
 
300 aa  62.8  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00340356  normal  0.297177 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5396  hypothetical protein  23.85 
 
 
312 aa  62.8  0.000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0868602  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1980  xylose isomerase domain-containing protein  25.08 
 
 
274 aa  62.4  0.000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6155  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.28 
 
 
300 aa  62.4  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.905747  hitchhiker  0.000288206 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0155  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.83 
 
 
332 aa  62  0.00000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4651  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  24.92 
 
 
334 aa  61.2  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000654958 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4327  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.84 
 
 
337 aa  60.8  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.239694 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4917  xylose isomerase domain-containing protein  23.87 
 
 
300 aa  60.1  0.00000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.460594  normal  0.462134 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1498  xylose isomerase domain-containing protein  34.91 
 
 
290 aa  58.2  0.0000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  0.0000000000176809  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15580  sugar phosphate isomerase/epimerase  24.22 
 
 
333 aa  57  0.0000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5751  xylose isomerase domain-containing protein  21.65 
 
 
304 aa  56.6  0.0000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.611047  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4767  xylose isomerase domain-containing protein  27.44 
 
 
350 aa  55.1  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.222121  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3268  xylose isomerase domain-containing protein  24.83 
 
 
333 aa  55.1  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.60758 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4616  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.03 
 
 
332 aa  55.1  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5223  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.19 
 
 
281 aa  54.3  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.539656  normal  0.643563 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0476  xylose isomerase domain-containing protein  24.65 
 
 
262 aa  53.5  0.000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0344  AP endonuclease  23.56 
 
 
299 aa  53.1  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0413  xylose isomerase domain-containing protein  23.56 
 
 
299 aa  53.1  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3434  xylose isomerase domain-containing protein  22.55 
 
 
303 aa  52.8  0.000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.194005  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1842  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.81 
 
 
287 aa  52.4  0.000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6358  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.35 
 
 
316 aa  52  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1232  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.8 
 
 
279 aa  52.4  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.523448  hitchhiker  0.00338141 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1048  Myo-inosose-2 dehydratase  25 
 
 
307 aa  51.2  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.513171  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4567  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.72 
 
 
317 aa  50.4  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.181708  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0779  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.56 
 
 
276 aa  50.4  0.00003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1458  xylose isomerase domain-containing protein  22.09 
 
 
255 aa  50.1  0.00004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.931629 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1682  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.53 
 
 
287 aa  49.7  0.00005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3704  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 
350 aa  49.7  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3406  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 
350 aa  49.7  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.548805 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3869  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 
274 aa  49.3  0.00007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0966717  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4312  sugar phosphate isomerases/epimerases  31.2 
 
 
283 aa  48.1  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.517232  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0545  hypothetical protein  24.88 
 
 
350 aa  48.1  0.0002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.685975  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0547  hypothetical protein  24.88 
 
 
350 aa  47.8  0.0002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3763  xylose isomerase domain-containing protein  26.94 
 
 
278 aa  48.1  0.0002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.189394 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4058  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.53 
 
 
278 aa  47.4  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.939722  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3436  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 
288 aa  47.4  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2001  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.78 
 
 
659 aa  47.4  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0197966  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3831  hypothetical protein  24.75 
 
 
350 aa  47  0.0004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0160671  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3409  xylose isomerase domain-containing protein  23.88 
 
 
350 aa  46.2  0.0006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.822122  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2874  oxidoreductase domain protein  26.69 
 
 
699 aa  46.2  0.0007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0568  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.4 
 
 
272 aa  45.8  0.0008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1912  xylose isomerase domain-containing protein  24.45 
 
 
271 aa  45.8  0.0009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.193983  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5486  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.3 
 
 
281 aa  45.8  0.0009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.248686 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1496  xylose isomerase domain-containing protein  24.88 
 
 
279 aa  45.4  0.001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00334669  normal  0.969169 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2929  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.88 
 
 
327 aa  44.7  0.002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.712071  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3333  Myo-inosose-2 dehydratase  25.93 
 
 
296 aa  44.3  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1909  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.32 
 
 
280 aa  44.3  0.002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2826  xylose isomerase-like TIM barrel  22.85 
 
 
338 aa  43.9  0.003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.112108  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1722  xylose isomerase-like TIM barrel  23.57 
 
 
299 aa  43.9  0.003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.688264  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2681  xylose isomerase domain-containing protein  24.63 
 
 
352 aa  43.9  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.586843  normal  0.71626 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5095  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  26.12 
 
 
604 aa  43.9  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0443788 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0449  xylose isomerase-like TIM barrel  24.1 
 
 
352 aa  43.5  0.004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3195  hydroxypyruvate isomerase  24.01 
 
 
263 aa  43.5  0.004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.568718  normal  0.0120723 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>