More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSp1398 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RSp1398  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 315 aa  624  1e-178  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000150041  normal  0.643629 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0118  shikimate 5-dehydrogenase  72.63 
 
 		 291 aa  376  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.758312  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4664  shikimate 5-dehydrogenase  69.18 
 
 		 284 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.589898  normal  0.583924 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0483  shikimate 5-dehydrogenase  73.11 
 
 		 284 aa  349  5e-95  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0580  shikimate 5-dehydrogenase  72.73 
 
 		 284 aa  348  8e-95  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1897  shikimate 5-dehydrogenase  72.73 
 
 		 284 aa  347  1e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0893  shikimate 5-dehydrogenase  72.73 
 
 		 284 aa  348  1e-94  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.171328  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2208  shikimate 5-dehydrogenase  72.73 
 
 		 284 aa  348  1e-94  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1754  shikimate 5-dehydrogenase  72.73 
 
 		 284 aa  348  1e-94  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.198827  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0850  shikimate 5-dehydrogenase  72.35 
 
 		 284 aa  346  3e-94  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2132  shikimate 5-dehydrogenase  65.59 
 
 		 284 aa  343  2e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.123171  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4965  shikimate 5-dehydrogenase  68.46 
 
 		 284 aa  340  2e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0261415 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3064  shikimate 5-dehydrogenase  68.46 
 
 		 284 aa  340  2e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5303  shikimate 5-dehydrogenase  68.46 
 
 		 284 aa  340  2e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0352079 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38080  shikimate 5-dehydrogenase  67.87 
 
 		 284 aa  339  2.9999999999999998e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.797056  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5192  shikimate 5-dehydrogenase  68.1 
 
 		 284 aa  339  5e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746305 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2057  shikimate 5-dehydrogenase  71.26 
 
 		 284 aa  338  5.9999999999999996e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2348  shikimate 5-dehydrogenase, putative  64.98 
 
 		 284 aa  335  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.43472  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4903  shikimate 5-dehydrogenase  63.54 
 
 		 284 aa  335  7.999999999999999e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4569  shikimate 5-dehydrogenase  65.34 
 
 		 304 aa  332  5e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.988976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0345  shikimate 5-dehydrogenase  68.46 
 
 		 284 aa  331  8e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.916967  normal  0.720007 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0329  shikimate 5-dehydrogenase  65.11 
 
 		 278 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3420  shikimate 5-dehydrogenase  68.66 
 
 		 289 aa  325  8.000000000000001e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0516943  normal  0.167185 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03020  shikimate 5-dehydrogenase  64.16 
 
 		 284 aa  322  5e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201937 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1912  shikimate 5-dehydrogenase  63.08 
 
 		 282 aa  320  9.999999999999999e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.820542  normal  0.253219 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2374  shikimate 5-dehydrogenase  63.25 
 
 		 289 aa  315  5e-85  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2040  shikimate 5-dehydrogenase  62.01 
 
 		 282 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.842464 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0884  shikimate 5-dehydrogenase  64.12 
 
 		 296 aa  312  3.9999999999999997e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2406  shikimate 5-dehydrogenase  62.09 
 
 		 282 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3289  shikimate 5-dehydrogenase  62.09 
 
 		 282 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.618073 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5454  shikimate 5-dehydrogenase  59.09 
 
 		 289 aa  304  1.0000000000000001e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.558316  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2247  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  64.03 
 
 		 292 aa  302  4.0000000000000003e-81  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.261853  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5698  shikimate 5-dehydrogenase  59.57 
 
 		 299 aa  302  5.000000000000001e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.341043  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3465  shikimate 5-dehydrogenase  58.97 
 
 		 286 aa  294  1e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.259749  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4426  shikimate 5-dehydrogenase  58.39 
 
 		 289 aa  280  3e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3856  shikimate 5-dehydrogenase  56.99 
 
 		 293 aa  278  7e-74  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4080  shikimate 5-dehydrogenase  56.54 
 
 		 293 aa  274  1.0000000000000001e-72  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5094  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  56.11 
 
 		 310 aa  271  9e-72  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0348844 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1590  shikimate 5-dehydrogenase  50.92 
 
 		 276 aa  228  1e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.494855  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5913  shikimate 5-dehydrogenase  53.68 
 
 		 304 aa  222  8e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.705052  decreased coverage  0.00175054 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  44.16 
 
 		 293 aa  192  9e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  46.92 
 
 		 285 aa  189  4e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0120  shikimate 5-dehydrogenase  44.07 
 
 		 296 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  31.25 
 
 		 278 aa  154  2e-36  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3919  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  34.22 
 
 		 289 aa  151  1e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.509677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  30.58 
 
 		 280 aa  147  3e-34  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0293  shikimate dehydrogenase  36.33 
 
 		 288 aa  146  4.0000000000000006e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  30.96 
 
 		 280 aa  146  5e-34  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  35.82 
 
 		 286 aa  144  3e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  34.7 
 
 		 286 aa  142  7e-33  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  34.7 
 
 		 286 aa  142  7e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  30.15 
 
 		 279 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  36.74 
 
 		 284 aa  139  6e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 284 aa  137  2e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  36.2 
 
 		 286 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  34.57 
 
 		 290 aa  135  8e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 		 289 aa  134  9.999999999999999e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  32.96 
 
 		 291 aa  134  3e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  36.94 
 
 		 278 aa  133  5e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  36.76 
 
 		 279 aa  132  6e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  36.76 
 
 		 279 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  27.96 
 
 		 284 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 276 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  32.97 
 
 		 277 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  35.42 
 
 		 292 aa  129  5.0000000000000004e-29  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  36.73 
 
 		 279 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  37.15 
 
 		 283 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  31.5 
 
 		 277 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  39.93 
 
 		 271 aa  127  2.0000000000000002e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  31.5 
 
 		 277 aa  127  3e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  31.14 
 
 		 277 aa  127  3e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  37.27 
 
 		 289 aa  127  3e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  32.14 
 
 		 277 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  29.06 
 
 		 269 aa  126  4.0000000000000003e-28  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  36.52 
 
 		 280 aa  126  5e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  31.5 
 
 		 277 aa  126  6e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  32 
 
 		 277 aa  125  8.000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  31.14 
 
 		 277 aa  125  1e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  32 
 
 		 308 aa  125  1e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  32 
 
 		 277 aa  125  1e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  31.43 
 
 		 277 aa  124  2e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  28.78 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  37.94 
 
 		 280 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  28.43 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 288 aa  124  2e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  36.26 
 
 		 292 aa  124  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  26.69 
 
 		 279 aa  124  3e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  35.93 
 
 		 278 aa  123  3e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  34.04 
 
 		 295 aa  123  3e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  30.37 
 
 		 277 aa  123  4e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  39.21 
 
 		 269 aa  122  7e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0483  shikimate 5-dehydrogenase  36.27 
 
 		 296 aa  122  9.999999999999999e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  33.94 
 
 		 293 aa  121  9.999999999999999e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  32.84 
 
 		 285 aa  122  9.999999999999999e-27  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  36.53 
 
 		 284 aa  121  1.9999999999999998e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2373  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  29.81 
 
 		 271 aa  120  3e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  29.85 
 
 		 271 aa  120  3e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  34.12 
 
 		 295 aa  119  4.9999999999999996e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  34.47 
 
 		 282 aa  119  6e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  34.21 
 
 		 287 aa  119  7e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>