More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_2374 on replicon NC_008010
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008010  Dgeo_2374  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 289 aa  576  1.0000000000000001e-163  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0118  shikimate 5-dehydrogenase  63.54 
 
 		 291 aa  318  5e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.758312  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4664  shikimate 5-dehydrogenase  59.93 
 
 		 284 aa  312  3.9999999999999997e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.589898  normal  0.583924 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4903  shikimate 5-dehydrogenase  59.42 
 
 		 284 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1398  shikimate 5-dehydrogenase  63.25 
 
 		 315 aa  300  1e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000150041  normal  0.643629 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0580  shikimate 5-dehydrogenase  61.35 
 
 		 284 aa  296  2e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0483  shikimate 5-dehydrogenase  61.7 
 
 		 284 aa  296  2e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1897  shikimate 5-dehydrogenase  61.35 
 
 		 284 aa  295  5e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0893  shikimate 5-dehydrogenase  61.35 
 
 		 284 aa  295  5e-79  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.171328  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1754  shikimate 5-dehydrogenase  61.35 
 
 		 284 aa  295  5e-79  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.198827  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2208  shikimate 5-dehydrogenase  61.35 
 
 		 284 aa  295  5e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0850  shikimate 5-dehydrogenase  60.99 
 
 		 284 aa  293  2e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5192  shikimate 5-dehydrogenase  59.62 
 
 		 284 aa  293  2e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746305 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3064  shikimate 5-dehydrogenase  59.62 
 
 		 284 aa  292  4e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5303  shikimate 5-dehydrogenase  59.62 
 
 		 284 aa  292  4e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0352079 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4965  shikimate 5-dehydrogenase  59.62 
 
 		 284 aa  292  4e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0261415 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2057  shikimate 5-dehydrogenase  61.7 
 
 		 284 aa  290  2e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0329  shikimate 5-dehydrogenase  59.06 
 
 		 278 aa  288  1e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03020  shikimate 5-dehydrogenase  58.63 
 
 		 284 aa  287  1e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201937 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0345  shikimate 5-dehydrogenase  60.75 
 
 		 284 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.916967  normal  0.720007 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38080  shikimate 5-dehydrogenase  57.61 
 
 		 284 aa  282  5.000000000000001e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.797056  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2348  shikimate 5-dehydrogenase, putative  54.35 
 
 		 284 aa  280  3e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.43472  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2132  shikimate 5-dehydrogenase  53.93 
 
 		 284 aa  278  8e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.123171  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3420  shikimate 5-dehydrogenase  58.89 
 
 		 289 aa  276  4e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0516943  normal  0.167185 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5698  shikimate 5-dehydrogenase  55.23 
 
 		 299 aa  273  3e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.341043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3289  shikimate 5-dehydrogenase  54.09 
 
 		 282 aa  273  3e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.618073 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2247  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  56.84 
 
 		 292 aa  272  4.0000000000000004e-72  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.261853  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2406  shikimate 5-dehydrogenase  54.09 
 
 		 282 aa  271  7e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4569  shikimate 5-dehydrogenase  54.87 
 
 		 304 aa  270  2e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.988976  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2040  shikimate 5-dehydrogenase  54.09 
 
 		 282 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.842464 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4426  shikimate 5-dehydrogenase  54.45 
 
 		 289 aa  267  2e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1912  shikimate 5-dehydrogenase  53.19 
 
 		 282 aa  264  1e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.820542  normal  0.253219 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3465  shikimate 5-dehydrogenase  52.46 
 
 		 286 aa  260  1e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.259749  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0884  shikimate 5-dehydrogenase  53.79 
 
 		 296 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5454  shikimate 5-dehydrogenase  51.39 
 
 		 289 aa  252  5.000000000000001e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.558316  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3856  shikimate 5-dehydrogenase  51.72 
 
 		 293 aa  250  1e-65  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4080  shikimate 5-dehydrogenase  51.37 
 
 		 293 aa  249  5e-65  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5094  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  54.21 
 
 		 310 aa  247  2e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0348844 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5913  shikimate 5-dehydrogenase  53.68 
 
 		 304 aa  226  2e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.705052  decreased coverage  0.00175054 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1590  shikimate 5-dehydrogenase  46.32 
 
 		 276 aa  214  1.9999999999999998e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.494855  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  42.65 
 
 		 293 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  40.35 
 
 		 285 aa  177  2e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0120  shikimate 5-dehydrogenase  43.45 
 
 		 296 aa  172  6.999999999999999e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3919  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  32.96 
 
 		 289 aa  147  1.0000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.509677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  31.73 
 
 		 268 aa  143  3e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  31.73 
 
 		 268 aa  143  3e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0293  shikimate dehydrogenase  35.16 
 
 		 288 aa  137  1e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  41.18 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  36.26 
 
 		 286 aa  136  3.0000000000000003e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  34.89 
 
 		 284 aa  137  3.0000000000000003e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  30.66 
 
 		 280 aa  135  7.000000000000001e-31  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  35.11 
 
 		 290 aa  133  3e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  37.31 
 
 		 279 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  34.94 
 
 		 280 aa  132  6e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  27.9 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  28.42 
 
 		 278 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  32.01 
 
 		 277 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  31.21 
 
 		 277 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  30.22 
 
 		 277 aa  127  1.0000000000000001e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  36.19 
 
 		 279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  28.01 
 
 		 280 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  30.96 
 
 		 277 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  34.06 
 
 		 276 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  30.33 
 
 		 308 aa  127  3e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  31.9 
 
 		 277 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  31.18 
 
 		 277 aa  126  5e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  30.45 
 
 		 286 aa  125  6e-28  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  30.96 
 
 		 277 aa  125  6e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  35.82 
 
 		 279 aa  125  7e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  30.96 
 
 		 277 aa  124  1e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  30.63 
 
 		 277 aa  124  2e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  29.66 
 
 		 284 aa  124  2e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  30.96 
 
 		 277 aa  124  2e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  28.78 
 
 		 279 aa  124  2e-27  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  34.56 
 
 		 292 aa  122  9e-27  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2016  shikimate 5-dehydrogenase  36.4 
 
 		 283 aa  121  9.999999999999999e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  30.8 
 
 		 286 aa  121  9.999999999999999e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  31.02 
 
 		 289 aa  122  9.999999999999999e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  29.58 
 
 		 286 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  27.07 
 
 		 271 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  27.07 
 
 		 271 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  25.94 
 
 		 284 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  38.26 
 
 		 295 aa  119  4.9999999999999996e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  32.84 
 
 		 278 aa  119  4.9999999999999996e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  29.78 
 
 		 269 aa  119  7e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  34.33 
 
 		 278 aa  117  3e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  27.78 
 
 		 277 aa  116  3e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  30.8 
 
 		 291 aa  116  3.9999999999999997e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  34.34 
 
 		 282 aa  115  6e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  37.82 
 
 		 283 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  32.96 
 
 		 289 aa  115  8.999999999999998e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  32.01 
 
 		 293 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0483  shikimate 5-dehydrogenase  35.59 
 
 		 296 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  25.47 
 
 		 279 aa  114  1.0000000000000001e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06730  shikimate 5-dehydrogenase  28.52 
 
 		 244 aa  114  2.0000000000000002e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1680  shikimate 5-dehydrogenase  32.37 
 
 		 292 aa  114  3e-24  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00934148  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  33.92 
 
 		 283 aa  113  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  31.75 
 
 		 276 aa  113  3e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  26.45 
 
 		 283 aa  114  3e-24  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  31.69 
 
 		 295 aa  113  4.0000000000000004e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>