More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2040 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2040  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 
282 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.842464 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2406  shikimate 5-dehydrogenase  97.16 
 
 
282 aa  522  1e-147  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3289  shikimate 5-dehydrogenase  97.16 
 
 
282 aa  520  1e-147  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.618073 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1912  shikimate 5-dehydrogenase  93.59 
 
 
282 aa  499  1e-140  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.820542  normal  0.253219 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2132  shikimate 5-dehydrogenase  78.93 
 
 
284 aa  422  1e-117  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.123171  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2348  shikimate 5-dehydrogenase, putative  78.34 
 
 
284 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.43472  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4903  shikimate 5-dehydrogenase  77.14 
 
 
284 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0329  shikimate 5-dehydrogenase  77.17 
 
 
278 aa  396  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03020  shikimate 5-dehydrogenase  77.34 
 
 
284 aa  395  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000201937 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38080  shikimate 5-dehydrogenase  76.26 
 
 
284 aa  386  1e-106  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.797056  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0118  shikimate 5-dehydrogenase  62.68 
 
 
291 aa  308  4e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.758312  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4569  shikimate 5-dehydrogenase  59.29 
 
 
304 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.988976  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4664  shikimate 5-dehydrogenase  58.36 
 
 
284 aa  297  2e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.589898  normal  0.583924 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0884  shikimate 5-dehydrogenase  59.16 
 
 
296 aa  288  1e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1398  shikimate 5-dehydrogenase  62.01 
 
 
315 aa  286  2.9999999999999996e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000150041  normal  0.643629 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5454  shikimate 5-dehydrogenase  55.48 
 
 
289 aa  280  2e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.558316  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5192  shikimate 5-dehydrogenase  57.2 
 
 
284 aa  276  3e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.746305 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3064  shikimate 5-dehydrogenase  57.95 
 
 
284 aa  276  3e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5303  shikimate 5-dehydrogenase  57.95 
 
 
284 aa  276  3e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0352079 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4965  shikimate 5-dehydrogenase  57.95 
 
 
284 aa  276  3e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0261415 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0345  shikimate 5-dehydrogenase  58.71 
 
 
284 aa  275  5e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.916967  normal  0.720007 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3420  shikimate 5-dehydrogenase  57.99 
 
 
289 aa  268  1e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0516943  normal  0.167185 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5698  shikimate 5-dehydrogenase  54.18 
 
 
299 aa  267  2e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.341043  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2057  shikimate 5-dehydrogenase  58.53 
 
 
284 aa  266  4e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0483  shikimate 5-dehydrogenase  58.24 
 
 
284 aa  265  8.999999999999999e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0580  shikimate 5-dehydrogenase  57.55 
 
 
284 aa  264  1e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1897  shikimate 5-dehydrogenase  57.85 
 
 
284 aa  263  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0893  shikimate 5-dehydrogenase  57.85 
 
 
284 aa  263  3e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.171328  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2208  shikimate 5-dehydrogenase  57.85 
 
 
284 aa  263  3e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1754  shikimate 5-dehydrogenase  57.85 
 
 
284 aa  263  3e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.198827  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0850  shikimate 5-dehydrogenase  57.47 
 
 
284 aa  261  8.999999999999999e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2374  shikimate 5-dehydrogenase  54.09 
 
 
289 aa  254  1.0000000000000001e-66  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3465  shikimate 5-dehydrogenase  51.44 
 
 
286 aa  250  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.259749  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2247  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  55.12 
 
 
292 aa  247  2e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.261853  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4080  shikimate 5-dehydrogenase  52.35 
 
 
293 aa  238  6.999999999999999e-62  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5913  shikimate 5-dehydrogenase  54.07 
 
 
304 aa  235  5.0000000000000005e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.705052  decreased coverage  0.00175054 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1590  shikimate 5-dehydrogenase  50.92 
 
 
276 aa  233  2.0000000000000002e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.494855  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4426  shikimate 5-dehydrogenase  49.11 
 
 
289 aa  232  6e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3856  shikimate 5-dehydrogenase  51.77 
 
 
293 aa  231  7.000000000000001e-60  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5094  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  49.33 
 
 
310 aa  223  3e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0348844 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  43.17 
 
 
293 aa  201  9.999999999999999e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  43.84 
 
 
285 aa  193  2e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0120  shikimate 5-dehydrogenase  44.16 
 
 
296 aa  185  6e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3919  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  37.45 
 
 
289 aa  174  1.9999999999999998e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.509677  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0293  shikimate dehydrogenase  37.6 
 
 
288 aa  152  5.9999999999999996e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  31.97 
 
 
294 aa  146  4.0000000000000006e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  34.69 
 
 
295 aa  145  8.000000000000001e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 
284 aa  140  3e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  37.69 
 
 
279 aa  139  6e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  29.79 
 
 
280 aa  138  8.999999999999999e-32  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  28.52 
 
 
278 aa  138  1e-31  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  38.52 
 
 
279 aa  138  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  38.52 
 
 
279 aa  137  2e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  27.54 
 
 
279 aa  136  3.0000000000000003e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  28.87 
 
 
280 aa  135  9.999999999999999e-31  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  32.72 
 
 
277 aa  134  9.999999999999999e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  30.34 
 
 
268 aa  134  1.9999999999999998e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  34.98 
 
 
290 aa  134  1.9999999999999998e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1797  shikimate 5-dehydrogenase  32.54 
 
 
295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.910555  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  30.34 
 
 
268 aa  134  1.9999999999999998e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  36.98 
 
 
284 aa  132  5e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  30.34 
 
 
271 aa  132  5e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  31.09 
 
 
271 aa  132  5e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  32.97 
 
 
276 aa  132  6e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  39.33 
 
 
280 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  33.57 
 
 
277 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  28.52 
 
 
279 aa  129  6e-29  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  31.73 
 
 
289 aa  128  8.000000000000001e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  32.85 
 
 
286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 
292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 
277 aa  127  3e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 
287 aa  127  3e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  36.19 
 
 
278 aa  127  3e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  32.73 
 
 
277 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2066  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 
283 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  37.22 
 
 
280 aa  126  5e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  38.11 
 
 
289 aa  126  5e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  27.86 
 
 
284 aa  126  5e-28  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2790  shikimate 5-dehydrogenase  39.21 
 
 
280 aa  125  6e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 
286 aa  125  6e-28  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  33.7 
 
 
276 aa  125  8.000000000000001e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  32.85 
 
 
288 aa  124  1e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  32.48 
 
 
288 aa  124  2e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.419065 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  32.48 
 
 
288 aa  124  3e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  32.48 
 
 
288 aa  124  3e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  34.08 
 
 
286 aa  123  3e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  32.48 
 
 
288 aa  124  3e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  32.48 
 
 
288 aa  124  3e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  31.75 
 
 
308 aa  123  3e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  32.48 
 
 
288 aa  124  3e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  32.48 
 
 
288 aa  124  3e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  31.75 
 
 
277 aa  123  4e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  31.75 
 
 
277 aa  123  4e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  31.75 
 
 
277 aa  123  4e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  38.81 
 
 
271 aa  123  4e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  27.82 
 
 
269 aa  122  5e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  31.75 
 
 
277 aa  122  6e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  32.12 
 
 
288 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 
277 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  31.65 
 
 
277 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>