More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2112 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc2112  metabolite transporter  100 
 
 
442 aa  868  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0151883  normal  0.38629 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1373  major facilitator transporter  77.5 
 
 
443 aa  658  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0434545 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4111  major facilitator transporter  71.69 
 
 
442 aa  619  1e-176  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09740  putative MFS transporter  72.62 
 
 
442 aa  595  1e-169  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00809883  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0730  General substrate transporter  45.85 
 
 
464 aa  358  1e-97  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2255  general substrate transporter  43.84 
 
 
446 aa  350  4e-95  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000684239  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4043  general substrate transporter  38.86 
 
 
452 aa  313  4e-84  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0578  general substrate transporter  40.27 
 
 
458 aa  311  2e-83  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2681  general substrate transporter  39.14 
 
 
438 aa  310  3e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.31051 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0051  major facilitator family transporter  39.37 
 
 
443 aa  309  7e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00048  hypothetical protein  39.37 
 
 
443 aa  309  7e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3610  major facilitator transporter  39.37 
 
 
443 aa  309  7e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0100231 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00049  predicted transporter  39.37 
 
 
443 aa  309  7e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3554  major facilitator superfamily MFS_1  39.37 
 
 
443 aa  309  7e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0049  major facilitator family transporter  39.14 
 
 
443 aa  308  9e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0049  major facilitator family transporter  39.14 
 
 
443 aa  307  2e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0047  major facilitator family transporter  39.14 
 
 
443 aa  306  3e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.454742 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3234  general substrate transporter  38.01 
 
 
445 aa  303  3e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1829  General substrate transporter  38.95 
 
 
480 aa  298  1e-79  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.392144  normal  0.18053 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0085  putative metabolite transport protein YaaU  38.01 
 
 
468 aa  296  7e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0085  putative metabolite transport protein YaaU  38.01 
 
 
468 aa  296  7e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0089  putative metabolite transport protein YaaU  37.78 
 
 
468 aa  295  9e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.343682  normal  0.458255 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0086  putative metabolite transport protein YaaU  37.78 
 
 
468 aa  295  9e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.509383  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0088  putative metabolite transport protein YaaU  37.78 
 
 
468 aa  295  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6930  major facilitator superfamily MFS_1  36.18 
 
 
460 aa  280  5e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.11506  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1543  major facilitator transporter  37.99 
 
 
452 aa  275  1e-72  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1652  general substrate transporter  37.99 
 
 
452 aa  275  1e-72  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1720  major facilitator transporter  37.99 
 
 
452 aa  274  2e-72  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0929915  hitchhiker  0.00114848 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2467  major facilitator transporter  36.53 
 
 
453 aa  271  1e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2828  major facilitator transporter  37.33 
 
 
457 aa  268  1e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3221  General substrate transporter  39.72 
 
 
457 aa  253  5e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2900  major facilitator family transporter  37.16 
 
 
445 aa  245  1e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0941  major facilitator transporter  37.16 
 
 
445 aa  244  2e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02579  hypothetical protein  37.16 
 
 
445 aa  244  2e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0917  major facilitator superfamily MFS_1  37.16 
 
 
469 aa  244  2e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3102  major facilitator family transporter  37.16 
 
 
445 aa  244  2e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  1.89575e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3073  major facilitator family transporter  37.16 
 
 
445 aa  244  2e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.392352  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02616  predicted transporter  37.16 
 
 
445 aa  244  2e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2911  major facilitator family transporter  37.16 
 
 
445 aa  243  5e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3321  major facilitator transporter  34.82 
 
 
439 aa  239  7e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0278  major facilitator transporter  33.49 
 
 
441 aa  218  2e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.672912  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3468  General substrate transporter  35.4 
 
 
468 aa  213  5e-54  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1884  D-xylose proton-symporter  30.39 
 
 
447 aa  182  8e-45  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.326848  hitchhiker  1.4456e-12 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1641  major facilitator transporter  28.64 
 
 
434 aa  174  2e-42  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0119358  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1633  general substrate transporter  28.17 
 
 
476 aa  166  8e-40  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.904084  normal  0.408822 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1094  major facilitator transporter  29.69 
 
 
427 aa  161  2e-38  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2277  major facilitator family transporter  30.94 
 
 
465 aa  147  5e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1924  major facilitator superfamily MFS_1  30.94 
 
 
465 aa  147  5e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3184  sugar transporter  30.12 
 
 
441 aa  146  8e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.137091  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4638  major facilitator superfamily MFS_1  26.46 
 
 
451 aa  141  2e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  1.78504e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3296  major facilitator family transporter  31.28 
 
 
458 aa  140  4e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2894  General substrate transporter  31.28 
 
 
458 aa  140  4e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.222038 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2863  major facilitator superfamily MFS_1  25.35 
 
 
423 aa  139  8e-32  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.82901  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8056  major facilitator superfamily MFS_1  26.98 
 
 
451 aa  139  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1482  major facilitator superfamily MFS_1  28.63 
 
 
451 aa  139  1e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  1.15751e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0694  General substrate transporter  28.28 
 
 
459 aa  138  3e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02027  metabolite transporter  27.87 
 
 
476 aa  130  4e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.158134 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2088  major facilitator superfamily MFS_1  25.28 
 
 
456 aa  130  5e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.565943 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5109  major facilitator transporter  26.83 
 
 
474 aa  129  1e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3311  major facilitator transporter  27.39 
 
 
474 aa  129  1e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.799238  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4860  major facilitator transporter  30.18 
 
 
487 aa  128  2e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0839463 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5172  major facilitator transporter  26.24 
 
 
474 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0809503 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19270  putative MFS transporter  27.27 
 
 
455 aa  127  3e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.149627  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2238  glucose transport protein  27.48 
 
 
471 aa  127  3e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.154375  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4651  major facilitator superfamily MFS_1  28.82 
 
 
470 aa  127  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0325  major facilitator superfamily MFS_1  27.76 
 
 
477 aa  127  4e-28  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.184754  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1660  MFS family transporter  27.01 
 
 
455 aa  127  5e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0025  major facilitator family transporter  26.56 
 
 
454 aa  126  7e-28  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0539  major facilitator transporter  27.01 
 
 
473 aa  126  7e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3259  major facilitator transporter  26.61 
 
 
474 aa  126  7e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.331503  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0712  general substrate transporter  26.98 
 
 
463 aa  126  1e-27  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0221085  hitchhiker  1.99551e-15 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2879  General substrate transporter  28.92 
 
 
465 aa  125  1e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2255  major facilitator superfamily MFS_1  28.29 
 
 
473 aa  125  2e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1484  major facilitator superfamily MFS_1  25.37 
 
 
474 aa  125  2e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.074526  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1809  major facilitator family protein  25.37 
 
 
499 aa  124  3e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1696  major facilitator transporter  30.45 
 
 
487 aa  124  4e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.4496  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1217  major facilitator transporter  30.45 
 
 
487 aa  124  4e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.207678  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0672  sugar transporter  26.95 
 
 
493 aa  123  7e-27  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1512  general substrate transporter  26.42 
 
 
467 aa  122  1e-26  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.925564  normal  0.774713 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1604  major facilitator transporter  30.6 
 
 
485 aa  122  1e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0920  General substrate transporter  26.65 
 
 
471 aa  121  2e-26  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1595  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  25.39 
 
 
472 aa  122  2e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1668  major facilitator transporter  29.95 
 
 
487 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.339414  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5053  major facilitator superfamily MFS_1  25.61 
 
 
472 aa  121  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.122247 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5283  major facilitator transporter  26.95 
 
 
463 aa  120  5e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.591426  normal  0.763827 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5178  major facilitator transporter  27.41 
 
 
457 aa  119  8e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0897  major facilitator superfamily MFS_1  30.73 
 
 
447 aa  119  8e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0894914  normal  0.147269 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0070  MFS permease  27.47 
 
 
460 aa  119  1e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1626  major facilitator transporter  30.69 
 
 
485 aa  119  1e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.408436  normal  0.668079 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0471  major facilitator family transporter  26.74 
 
 
478 aa  118  2e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1431  major facilitator family transporter  26.74 
 
 
478 aa  118  2e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.475934  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1841  major facilitator family transporter  26.74 
 
 
478 aa  118  2e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0602  major facilitator superfamily MFS_1  25.97 
 
 
459 aa  118  2e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1931  major facilitator superfamily permease  26.74 
 
 
478 aa  118  2e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0979116  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3533  major facilitator transporter  26.52 
 
 
473 aa  119  2e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0177  major facilitator family transporter  26.74 
 
 
478 aa  118  2e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0379  major facilitator family transporter  26.74 
 
 
478 aa  118  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0341  major facilitator superfamily MFS_1  26.21 
 
 
508 aa  117  3e-25  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0670  general substrate transporter  27.43 
 
 
459 aa  117  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.753041 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1718  phosphate transporter  27.43 
 
 
443 aa  117  5e-25  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.140032  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>