More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0258 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0258  putative beta lactamase protein  100 
 
 		 319 aa  640    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.11853  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0118  beta-lactamase domain protein  80.06 
 
 		 317 aa  520  1e-146  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.464415 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0111  beta-lactamase domain protein  80.06 
 
 		 317 aa  499  1e-140  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.524145  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0157  Beta-lactamase-like  60.26 
 
 		 314 aa  351  1e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0121  beta-lactamase-like protein  58.9 
 
 		 309 aa  344  1e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.381436  normal  0.658094 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4274  putative metallo-beta-lactamase superfamily protein  52.72 
 
 		 306 aa  322  6e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.050684 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0436  beta-lactamase domain protein  52.72 
 
 		 306 aa  318  9e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0161  beta-lactamase domain-containing protein  49.84 
 
 		 306 aa  298  1e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4202  beta-lactamase domain-containing protein  53.07 
 
 		 317 aa  287  2e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4770  beta-lactamase domain protein  48.87 
 
 		 309 aa  278  8e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1264  beta-lactamase domain-containing protein  49.84 
 
 		 319 aa  276  2e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0583  beta-lactamase domain-containing protein  51.34 
 
 		 307 aa  272  4.0000000000000004e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.266418 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0431  beta-lactamase domain-containing protein  46.28 
 
 		 309 aa  271  1e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4226  beta-lactamase-like  46.6 
 
 		 306 aa  270  2e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.733966  normal  0.609016 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3580  beta-lactamase-like  46.95 
 
 		 308 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0515  beta-lactamase domain-containing protein  50.97 
 
 		 308 aa  265  5.999999999999999e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0129365 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0531  beta-lactamase domain protein  50.65 
 
 		 308 aa  263  4e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0083  Beta-lactamase-like  46.95 
 
 		 304 aa  258  7e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2059  beta-lactamase domain-containing protein  47.12 
 
 		 310 aa  252  7e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0322253 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0756  beta-lactamase domain protein  43.87 
 
 		 306 aa  229  6e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1288  beta-lactamase-like protein  27.86 
 
 		 329 aa  85.1  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4696  beta-lactamase domain-containing protein  29.36 
 
 		 400 aa  68.9  0.0000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.750931  normal  0.0866563 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0467  metallo-beta-lactamase family protein  27.6 
 
 		 262 aa  64.7  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.56187 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0311  beta-lactamase domain-containing protein  23.19 
 
 		 291 aa  64.7  0.000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000202771  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2417  beta-lactamase domain-containing protein  29.6 
 
 		 371 aa  64.7  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.146205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0051  beta-lactamase domain-containing protein  32.61 
 
 		 334 aa  63.5  0.000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.361885 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1663  hydroxyacylglutathione hydrolase  28.19 
 
 		 242 aa  63.5  0.000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.44689 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0390  beta-lactamase domain protein  29.17 
 
 		 318 aa  63.2  0.000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0989  beta-lactamase domain-containing protein  22.96 
 
 		 249 aa  63.2  0.000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0213  beta-lactamase domain-containing protein  35.38 
 
 		 214 aa  62.8  0.000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.325973 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0199  beta-lactamase domain-containing protein  35.38 
 
 		 214 aa  62.4  0.000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.604325  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1522  Beta-lactamase-like  32.3 
 
 		 214 aa  62  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2821  beta-lactamase-like  33.69 
 
 		 237 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.97926  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0285  beta-lactamase domain-containing protein  34.22 
 
 		 214 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.394027  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04020  Zn-dependent hydrolase, glyoxylase  30.05 
 
 		 222 aa  62  0.00000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.626574 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0329  beta-lactamase domain-containing protein  23.27 
 
 		 291 aa  62.4  0.00000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000424657  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3388  Beta-lactamase-like  33.16 
 
 		 241 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0267  beta-lactamase domain-containing protein  33.69 
 
 		 214 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.497778 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2635  beta-lactamase domain protein  27.93 
 
 		 349 aa  60.1  0.00000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.963581 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2928  beta-lactamase domain-containing protein  32.08 
 
 		 251 aa  60.1  0.00000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.391468  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2186  beta-lactamase domain protein  31.43 
 
 		 210 aa  60.1  0.00000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.704345 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4113  beta-lactamase domain protein  28.12 
 
 		 355 aa  59.7  0.00000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.011437  normal  0.053603 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0089  beta-lactamase domain-containing protein  30.38 
 
 		 207 aa  59.7  0.00000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0194  beta-lactamase domain-containing protein  33.85 
 
 		 214 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.113604  hitchhiker  0.00000000306881 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2798  hydroxyacylglutathione hydrolase  26.83 
 
 		 272 aa  58.9  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.233678 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2629  Beta-lactamase-like  29.9 
 
 		 342 aa  58.5  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0069  hydroxyacylglutathione hydrolase  28.22 
 
 		 255 aa  58.9  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0093  hydroxyacylglutathione hydrolase  28.83 
 
 		 255 aa  58.5  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.117082 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3268  Beta-lactamase-like  33.87 
 
 		 216 aa  58.2  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4274  Beta-lactamase-like  29.05 
 
 		 357 aa  57.8  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1321  hydroxyacylglutathione hydrolase  25.35 
 
 		 254 aa  57.8  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.47741  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1731  beta-lactamase domain protein  30.11 
 
 		 208 aa  58.2  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00010066  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0253  metallo-beta-lactamase family protein  30.54 
 
 		 365 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.921693 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3768  beta-lactamase domain protein  29.12 
 
 		 209 aa  58.5  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0366381  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2142  metallo-beta-lactamase family protein  28.74 
 
 		 214 aa  57.8  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.84321  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0343  metallo-beta-lactamase family protein  29.21 
 
 		 256 aa  57  0.0000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1171  beta-lactamase domain protein  27.92 
 
 		 303 aa  57  0.0000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.361402  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2508  beta-lactamase domain protein  28.64 
 
 		 214 aa  57  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.523411 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1079  beta-lactamase domain protein  26.15 
 
 		 332 aa  56.6  0.0000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0383209  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5069  beta-lactamase domain protein  31.67 
 
 		 214 aa  57  0.0000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.137937  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5569  beta-lactamase domain-containing protein  29.24 
 
 		 363 aa  56.6  0.0000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0506555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0720  beta-lactamase domain-containing protein  32.47 
 
 		 210 aa  56.6  0.0000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.199097  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3822  metallo-beta-lactamase family protein  33.85 
 
 		 214 aa  56.2  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0044  metallo-beta-lactamase superfamily protein  33.85 
 
 		 214 aa  56.2  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1901  beta-lactamase-like  25 
 
 		 209 aa  56.2  0.0000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.647994  hitchhiker  0.00267047 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0387  beta-lactamase domain-containing protein  23.36 
 
 		 231 aa  56.2  0.0000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.084331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1632  metallo-beta-lactamase family protein  33.85 
 
 		 214 aa  55.8  0.0000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2909  metallo-beta-lactamase family protein  33.85 
 
 		 214 aa  55.8  0.0000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.457315  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2969  metallo-beta-lactamase family protein  33.85 
 
 		 214 aa  55.8  0.0000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3400  metallo-beta-lactamase family protein  33.85 
 
 		 214 aa  55.8  0.0000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00696268  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3903  metallo-beta-lactamase family protein  33.85 
 
 		 214 aa  55.8  0.0000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2769  metallo-beta-lactamase family protein  30.92 
 
 		 295 aa  55.5  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0269  Beta-lactamase-like  26.75 
 
 		 297 aa  55.1  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0120465  normal  0.961982 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5095  beta-lactamase domain protein  29.41 
 
 		 293 aa  55.8  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.046641  normal  0.029207 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1178  beta-lactamase domain-containing protein  27.64 
 
 		 290 aa  55.5  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1330  beta-lactamase domain-containing protein  25.1 
 
 		 205 aa  54.7  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.422414 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3151  metallo-beta-lactamase family protein  32.54 
 
 		 214 aa  54.3  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3479  Beta-lactamase-like  31.15 
 
 		 218 aa  54.3  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0680  beta-lactamase domain-containing protein  25 
 
 		 365 aa  55.1  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0614  hydroxyacylglutathione hydrolase  28.89 
 
 		 255 aa  54.7  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.362443  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0418  beta-lactamase domain protein  26.2 
 
 		 212 aa  54.7  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3058  beta-lactamase-like  25.43 
 
 		 329 aa  54.3  0.000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1588  beta-lactamase domain-containing protein  32.3 
 
 		 237 aa  54.7  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1306  metallo-beta-lactamase family protein  24.88 
 
 		 214 aa  54.3  0.000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4369  beta-lactamase domain protein  31.03 
 
 		 497 aa  53.9  0.000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0402  beta-lactamase domain protein  31.75 
 
 		 214 aa  53.9  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3270  hydroxyacylglutathione hydrolase  29.83 
 
 		 256 aa  54.3  0.000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2428  beta-lactamase domain-containing protein  30.06 
 
 		 214 aa  53.9  0.000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2799  beta-lactamase domain protein  27.41 
 
 		 214 aa  54.3  0.000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.130329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2576  beta-lactamase domain-containing protein  27.41 
 
 		 214 aa  54.3  0.000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.835238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1446  beta-lactamase domain-containing protein  27.78 
 
 		 215 aa  53.9  0.000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.746343  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3138  beta-lactamase domain protein  30.5 
 
 		 218 aa  54.3  0.000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5378  beta-lactamase domain protein  27.32 
 
 		 293 aa  54.3  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13255  normal  0.647715 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25370  Zn-dependent hydrolase, glyoxylase  26.24 
 
 		 207 aa  53.5  0.000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.555955 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0120  beta-lactamase domain-containing protein  34.16 
 
 		 214 aa  53.5  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_691  metallo-beta-lactamase  26.67 
 
 		 217 aa  53.9  0.000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.664332  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1493  beta-lactamase domain-containing protein  30 
 
 		 214 aa  53.5  0.000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2716  beta-lactamase domain protein  28.75 
 
 		 215 aa  53.5  0.000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.187181  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00938  hypothetical protein  28.75 
 
 		 215 aa  53.5  0.000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0114501  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2193  metallo-beta-lactamase family protein  29.38 
 
 		 215 aa  53.5  0.000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.700248  normal  0.270656 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>