246 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3580 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_3580  beta-lactamase-like  100 
 
 
308 aa  628  1e-179  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4226  beta-lactamase-like  59.74 
 
 
306 aa  367  1e-101  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.733966  normal  0.609016 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4202  beta-lactamase domain-containing protein  59.08 
 
 
317 aa  359  4e-98  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0515  beta-lactamase domain-containing protein  60.53 
 
 
308 aa  357  9e-98  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0129365 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2059  beta-lactamase domain-containing protein  59.03 
 
 
310 aa  354  7.999999999999999e-97  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0322253 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0431  beta-lactamase domain-containing protein  57.67 
 
 
309 aa  353  2e-96  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0531  beta-lactamase domain protein  59.87 
 
 
308 aa  352  4e-96  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4770  beta-lactamase domain protein  57.24 
 
 
309 aa  348  6e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1264  beta-lactamase domain-containing protein  55.37 
 
 
319 aa  340  2e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0583  beta-lactamase domain-containing protein  53.47 
 
 
307 aa  295  7e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.266418 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0157  Beta-lactamase-like  50.65 
 
 
314 aa  276  3e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4274  putative metallo-beta-lactamase superfamily protein  53.75 
 
 
306 aa  271  8.000000000000001e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.050684 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0118  beta-lactamase domain protein  48.84 
 
 
317 aa  271  1e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.464415 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0121  beta-lactamase-like protein  48.7 
 
 
309 aa  268  1e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.381436  normal  0.658094 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0436  beta-lactamase domain protein  52.78 
 
 
306 aa  264  1e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0258  putative beta lactamase protein  51.71 
 
 
319 aa  261  1e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.11853  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0111  beta-lactamase domain protein  49.83 
 
 
317 aa  259  3e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.524145  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0161  beta-lactamase domain-containing protein  49.19 
 
 
306 aa  241  1e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0756  beta-lactamase domain protein  43.14 
 
 
306 aa  232  5e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0083  Beta-lactamase-like  43.3 
 
 
304 aa  220  3e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1288  beta-lactamase-like protein  27.3 
 
 
329 aa  93.2  5e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0740  beta-lactamase domain protein  32.26 
 
 
304 aa  65.1  0.000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.635232  normal  0.429662 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2223  beta-lactamase domain protein  29.11 
 
 
310 aa  62  0.00000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0323902  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2964  beta-lactamase-like  28.91 
 
 
292 aa  60.8  0.00000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.410641  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2765  beta-lactamase domain protein  25 
 
 
304 aa  60.5  0.00000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00567584  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0269  Beta-lactamase-like  29.35 
 
 
297 aa  58.5  0.0000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0120465  normal  0.961982 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3342  beta-lactamase domain protein  29.9 
 
 
208 aa  58.2  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00014349  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1652  beta-lactamase domain-containing protein  26.13 
 
 
326 aa  57  0.0000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.685243  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0387  beta-lactamase domain-containing protein  27.32 
 
 
231 aa  57  0.0000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.084331  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1319  beta-lactamase domain protein  27.85 
 
 
302 aa  57  0.0000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2928  beta-lactamase domain-containing protein  29.82 
 
 
251 aa  56.2  0.0000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.391468  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0028  beta-lactamase domain-containing protein  35.59 
 
 
220 aa  56.2  0.0000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0137537  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0007  beta-lactamase domain protein  27.09 
 
 
306 aa  55.1  0.000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.963887 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0521  beta-lactamase domain protein  28.08 
 
 
258 aa  55.1  0.000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.0000535463  hitchhiker  0.000000708931 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1494  beta-lactamase domain-containing protein  26.21 
 
 
307 aa  54.7  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.321503  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1619  zinc-dependent hydrolase  25.13 
 
 
261 aa  53.9  0.000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0944  hypothetical protein  25.79 
 
 
213 aa  53.9  0.000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1819  metallo-beta-lactamase family protein  24.76 
 
 
333 aa  54.3  0.000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0544  beta-lactamase domain-containing protein  30.81 
 
 
208 aa  53.5  0.000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.591388  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0298  metallo-beta-lactamase family protein  28.37 
 
 
349 aa  53.1  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0185877  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0376  beta-lactamase domain protein  28.24 
 
 
308 aa  53.1  0.000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0213  beta-lactamase domain-containing protein  28.98 
 
 
214 aa  52.8  0.000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.325973 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0630  hypothetical protein  28.17 
 
 
214 aa  52.8  0.000008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0402  beta-lactamase domain protein  27.36 
 
 
214 aa  52.8  0.000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0418  beta-lactamase domain protein  25.12 
 
 
212 aa  52.4  0.000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18790  Zn-dependent hydrolase, glyoxylase  28.7 
 
 
208 aa  52.4  0.000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.659057 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2059  beta-lactamase domain protein  27.39 
 
 
350 aa  52.4  0.00001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.0000000271524  normal  0.300872 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01300  Zn-dependent hydrolase, glyoxylase  28.32 
 
 
329 aa  52  0.00001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.528285  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3306  beta-lactamase domain protein  25.7 
 
 
320 aa  52  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4562  Beta-lactamase-like  25.75 
 
 
354 aa  52.4  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.809352  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2185  beta-lactamase domain protein  27.27 
 
 
305 aa  52  0.00001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.714423  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0528  beta-lactamase-like protein  25.18 
 
 
317 aa  52  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000304282  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3235  metallo-beta-lactamase family protein  27.32 
 
 
213 aa  52.4  0.00001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1402  beta-lactamase domain-containing protein  31.94 
 
 
204 aa  51.6  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.147744  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0989  beta-lactamase domain-containing protein  23.04 
 
 
249 aa  51.6  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1777  beta-lactamase-like protein  25 
 
 
211 aa  51.2  0.00002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3876  beta-lactamase domain protein  28.38 
 
 
402 aa  51.2  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4932  beta-lactamase domain-containing protein  26.88 
 
 
335 aa  51.2  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00690  hypothetical protein  25.48 
 
 
295 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.696824  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0248  beta-lactamase domain-containing protein  23.16 
 
 
246 aa  51.2  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5818  beta-lactamase domain protein  25.87 
 
 
294 aa  51.6  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1910  beta-lactamase domain protein  27.14 
 
 
301 aa  51.6  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.107716  normal  0.197937 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4662  beta-lactamase domain protein  28.22 
 
 
313 aa  51.6  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1263  beta-lactamase domain protein  27.92 
 
 
231 aa  51.2  0.00002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.795749 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2482  beta-lactamase domain protein  24.81 
 
 
318 aa  51.6  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3471  beta-lactamase domain protein  26.45 
 
 
206 aa  51.6  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0250  beta-lactamase domain-containing protein  23.16 
 
 
246 aa  51.2  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5569  beta-lactamase domain-containing protein  25.89 
 
 
363 aa  50.8  0.00003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0506555  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4317  putative metallo-beta-lactamase family protein  25.9 
 
 
214 aa  50.4  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1991  beta-lactamase domain protein  28 
 
 
310 aa  50.8  0.00003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1079  beta-lactamase domain protein  26.51 
 
 
332 aa  50.4  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0383209  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0199  beta-lactamase domain-containing protein  28.82 
 
 
214 aa  50.8  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.604325  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3722  beta-lactamase domain-containing protein  27.1 
 
 
206 aa  50.4  0.00003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0314  beta-lactamase domain-containing protein  26.46 
 
 
214 aa  50.8  0.00003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0089  beta-lactamase domain-containing protein  26.67 
 
 
207 aa  50.8  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0194  beta-lactamase domain-containing protein  28.07 
 
 
214 aa  50.4  0.00004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.113604  hitchhiker  0.00000000306881 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0571  Zn-dependent hydrolase  26.29 
 
 
260 aa  50.4  0.00004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0660  beta-lactamase domain-containing protein  25.14 
 
 
279 aa  50.4  0.00004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000276126  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0057  hypothetical protein  25 
 
 
295 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0561  beta-lactamase-like  26.8 
 
 
260 aa  50.1  0.00005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0285  beta-lactamase domain-containing protein  28.31 
 
 
214 aa  50.1  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.394027  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2821  beta-lactamase-like  28.31 
 
 
237 aa  49.7  0.00006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.97926  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0339  beta-lactamase domain-containing protein  24.24 
 
 
396 aa  49.7  0.00006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.000206565  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0785  metallo-beta-lactamase family protein  29.37 
 
 
205 aa  48.9  0.00009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.721139  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1372  beta-lactamase domain protein  24.57 
 
 
328 aa  48.5  0.0001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.93843  normal  0.529651 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3268  Beta-lactamase-like  29.19 
 
 
216 aa  48.9  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2512  beta-lactamase domain protein  30.6 
 
 
214 aa  48.5  0.0001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.738891  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1522  Beta-lactamase-like  29.78 
 
 
214 aa  48.5  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1480  Zn-dependent hydrolases including glyoxylases-like protein  26.42 
 
 
292 aa  48.9  0.0001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2531  beta-lactamase domain protein  24.89 
 
 
312 aa  48.5  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3388  Beta-lactamase-like  27.54 
 
 
241 aa  48.5  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0368  beta-lactamase-like protein  27.18 
 
 
374 aa  48.1  0.0002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.967784  normal  0.392052 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2916  beta-lactamase-like protein  28.48 
 
 
239 aa  47.8  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0310  beta-lactamase-like  25 
 
 
348 aa  48.1  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2186  beta-lactamase domain protein  30.81 
 
 
210 aa  48.1  0.0002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.704345 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0016  beta-lactamase domain protein  25 
 
 
246 aa  47.8  0.0002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0000000373362  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1813  beta-lactamase domain protein  22.44 
 
 
318 aa  47.8  0.0002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000846092  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0619  beta-lactamase domain-containing protein  28.14 
 
 
273 aa  48.5  0.0002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1562  beta-lactamase domain-containing protein  24.37 
 
 
252 aa  48.1  0.0002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.20369  hitchhiker  0.0000036598 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2751  beta-lactamase domain-containing protein  30.12 
 
 
214 aa  47.8  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>