More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4012 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_4012  Alpha/beta hydrolase  100 
 
 
296 aa  583  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0123555 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3767  alpha/beta hydrolase fold  86.82 
 
 
296 aa  521  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0136912 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1698  magnesium chelatase accessory protein  81.08 
 
 
295 aa  483  1e-135  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.28396  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1260  alpha/beta hydrolase fold  74.58 
 
 
304 aa  434  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.92818  normal  0.0170464 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6446  putative Alpha/beta hydrolase, putative protoporphyrin IX magnesium chelatase bchO-like protein  64.71 
 
 
301 aa  343  2e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.606393 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0558  alpha/beta hydrolase fold  58.33 
 
 
338 aa  323  2e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0348  magnesium chelatase accessory protein  59.23 
 
 
322 aa  308  6.999999999999999e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80309  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0379  alpha/beta hydrolase fold  55.4 
 
 
327 aa  308  9e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3010  magnesium chelatase accessory protein  57.71 
 
 
299 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.219603  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3235  magnesium chelatase accessory protein  57.35 
 
 
301 aa  306  3e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1832  magnesium chelatase accessory protein  55.75 
 
 
302 aa  301  7.000000000000001e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0474032 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0476  Alpha/beta hydrolase  55.05 
 
 
330 aa  298  9e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3199  magnesium chelatase accessory protein  56.99 
 
 
309 aa  288  1e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.825802  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0487  Alpha/beta hydrolase fold  51.19 
 
 
310 aa  288  1e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2065  magnesium chelatase accessory protein  52.7 
 
 
384 aa  284  1.0000000000000001e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.178825 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3733  magnesium chelatase accessory protein  55.9 
 
 
293 aa  284  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.229293  normal  0.0818214 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1620  alpha/beta hydrolase fold  49.46 
 
 
303 aa  256  3e-67  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3504  magnesium-chelatase 30 kDa subunit  45.42 
 
 
302 aa  222  6e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.477882 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0147  alpha/beta hydrolase  43.17 
 
 
282 aa  217  2e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0275  magnesium-chelatase, BchO  43.26 
 
 
288 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.522227  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1918  alpha/beta hydrolase fold  42.91 
 
 
288 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.683828  normal  0.386783 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1020  alpha/beta hydrolase fold  42.12 
 
 
290 aa  188  7e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0139875  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0725  alpha/beta hydrolase fold protein  32.98 
 
 
286 aa  92.4  8e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1353  alpha/beta hydrolase fold  27.17 
 
 
339 aa  90.5  3e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.687878  normal  0.202512 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0316  alpha/beta hydrolase fold  30.28 
 
 
316 aa  86.3  5e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  hitchhiker  0.00660595 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3664  alpha/beta hydrolase fold protein  30.37 
 
 
350 aa  85.5  9e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1945  alpha/beta hydrolase fold  29.85 
 
 
346 aa  85.5  0.000000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4681  alpha/beta hydrolase fold protein  30.48 
 
 
333 aa  85.1  0.000000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3143  alpha/beta hydrolase fold  30.77 
 
 
309 aa  84.3  0.000000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.03403  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0952  alpha/beta hydrolase fold  30.69 
 
 
350 aa  84.7  0.000000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.167574  normal  0.194203 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0350  alpha/beta hydrolase fold protein  31.14 
 
 
308 aa  84.3  0.000000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.931364 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3241  putative hydrolase or acyltransferase  38.89 
 
 
296 aa  82.8  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3421  putative hydrolase or acyltransferase  37.96 
 
 
296 aa  81.6  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0121666 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2367  alpha/beta hydrolase fold  27.8 
 
 
291 aa  81.3  0.00000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.926143  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3325  putative hydrolase or acyltransferase  37.96 
 
 
296 aa  80.9  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0252993  normal  0.633189 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1217  alpha/beta hydrolase fold protein  25.44 
 
 
335 aa  80.5  0.00000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3655  alpha/beta hydrolase fold  27.46 
 
 
312 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3317  putative hydrolase or acyltransferase  37.04 
 
 
296 aa  80.1  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0627  Alpha/beta hydrolase  28.16 
 
 
289 aa  79.7  0.00000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.355065 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2565  alpha/beta hydrolase fold protein  29.17 
 
 
287 aa  79.3  0.00000000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0288912  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2769  alpha/beta hydrolase fold protein  27.5 
 
 
305 aa  79.3  0.00000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293551  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3776  alpha/beta hydrolase fold  30.1 
 
 
361 aa  78.6  0.0000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.904669  decreased coverage  0.00241214 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2645  Alpha/beta hydrolase  27.68 
 
 
289 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0678318 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0403  alpha/beta hydrolase fold  27.05 
 
 
291 aa  78.2  0.0000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3952  alpha/beta hydrolase fold  28.22 
 
 
340 aa  78.6  0.0000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.675872  normal  0.742045 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0412  alpha/beta hydrolase fold  27.05 
 
 
291 aa  78.2  0.0000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0866892  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0391  alpha/beta hydrolase fold  27.05 
 
 
291 aa  78.2  0.0000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.115733 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47210  alpha/beta fold hydrolase  37.7 
 
 
296 aa  77.8  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0547  twin-arginine translocation pathway signal  37.5 
 
 
356 aa  77.8  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4279  alpha/beta hydrolase fold  27.99 
 
 
290 aa  77.8  0.0000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0429244  normal  0.222336 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8642  hydrolase or acyltransferase (alpha/beta hydrolase superfamily)-like protein  30.94 
 
 
321 aa  77.4  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7003  alpha/beta hydrolase fold  44.76 
 
 
291 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00535586 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10135  epoxide hydrolase ephF  27.9 
 
 
300 aa  76.6  0.0000000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.890635 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1992  alpha/beta hydrolase fold  26.07 
 
 
314 aa  77  0.0000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1492  alpha/beta hydrolase fold  44.76 
 
 
291 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6337  alpha/beta hydrolase fold  44.76 
 
 
291 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4115  alpha/beta hydrolase fold  31.88 
 
 
280 aa  75.9  0.0000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2912  alpha/beta hydrolase fold  27.43 
 
 
295 aa  75.9  0.0000000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00287314  normal  0.0690104 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1429  Alpha/beta hydrolase fold  38.14 
 
 
267 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.495278  normal  0.160161 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2445  alpha/beta hydrolase fold  28.09 
 
 
340 aa  75.5  0.0000000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.54824  normal  0.191947 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7101  alpha/beta hydrolase fold protein  34.4 
 
 
289 aa  75.1  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.974573 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0672  alpha/beta hydrolase fold  27.78 
 
 
315 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.240082 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3361  alpha/beta hydrolase fold  26.77 
 
 
340 aa  75.1  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.013073  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2440  alpha/beta hydrolase fold  26.92 
 
 
287 aa  75.5  0.000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.329878 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2335  alpha/beta hydrolase fold  29.14 
 
 
315 aa  75.1  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53540  hydrolase  27.5 
 
 
313 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.187191  decreased coverage  0.0000594216 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2161  alpha/beta hydrolase fold  28.83 
 
 
340 aa  75.1  0.000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.170083  hitchhiker  0.00519685 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0087  alpha/beta hydrolase fold protein  29.97 
 
 
332 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1232  alpha/beta hydrolase fold protein  26.95 
 
 
277 aa  74.3  0.000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0971  alpha/beta hydrolase fold  36.67 
 
 
287 aa  74.7  0.000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.419723 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3475  3-oxoadipate enol-lactonase  26.16 
 
 
258 aa  74.7  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.651032  normal  0.517943 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0669  epoxide hydrolase, putative  26.52 
 
 
320 aa  74.3  0.000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.276082  normal  0.0385204 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6136  alpha/beta hydrolase fold protein  27.34 
 
 
294 aa  74.7  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.015637 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1793  alpha/beta hydrolase fold protein  27.41 
 
 
291 aa  73.9  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000234271  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2172  alpha/beta hydrolase fold  28.47 
 
 
340 aa  73.9  0.000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2218  alpha/beta hydrolase fold  28.47 
 
 
340 aa  73.9  0.000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.158046  normal  0.0966577 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3014  alpha/beta hydrolase fold protein  25.47 
 
 
340 aa  73.9  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0986  alpha/beta hydrolase fold protein  29.41 
 
 
279 aa  73.6  0.000000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.900551 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3537  hydroxymuconic semialdehyde hydrolase  29.79 
 
 
364 aa  73.6  0.000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0692853  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1188  alpha/beta hydrolase fold  39.02 
 
 
289 aa  73.2  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.971563  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1253  alpha/beta hydrolase fold  28.42 
 
 
298 aa  73.2  0.000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.188153  normal  0.590935 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3935  alpha/beta hydrolase fold protein  29.43 
 
 
371 aa  72.8  0.000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4334  alpha/beta hydrolase fold protein  38.94 
 
 
278 aa  72.8  0.000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0684332 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4197  alpha/beta hydrolase fold protein  28.36 
 
 
291 aa  72.4  0.000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.507155  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3466  alpha/beta hydrolase fold protein  26.03 
 
 
390 aa  72.4  0.000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2886  alpha/beta hydrolase fold  32.5 
 
 
290 aa  72.4  0.000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3235  alpha/beta hydrolase fold  25.82 
 
 
316 aa  72.4  0.000000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.423188  normal  0.602457 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1083  alpha/beta hydrolase fold  41.9 
 
 
291 aa  72  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0994  alpha/beta hydrolase fold  22.18 
 
 
281 aa  72  0.00000000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.795664 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6184  alpha/beta hydrolase fold  28.47 
 
 
374 aa  72  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.893606  normal  0.450025 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1083  alpha/beta hydrolase fold  41.9 
 
 
291 aa  72  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1765  alpha/beta hydrolase fold protein  27.03 
 
 
291 aa  72  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3335  alpha/beta hydrolase fold  28.15 
 
 
307 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.674591  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2918  alpha/beta hydrolase fold protein  27.44 
 
 
310 aa  71.2  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000917268  normal  0.0712608 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4328  alpha/beta hydrolase fold protein  42.31 
 
 
324 aa  70.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1402  alpha/beta hydrolase fold protein  29.21 
 
 
298 aa  70.9  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0653602  normal  0.476592 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4184  alpha/beta hydrolase fold  28.15 
 
 
307 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4182  alpha/beta hydrolase fold  28.15 
 
 
307 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.250212  normal  0.347082 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3930  alpha/beta hydrolase fold protein  36.28 
 
 
303 aa  71.2  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5449  alpha/beta hydrolase fold  40.62 
 
 
272 aa  70.9  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.343862 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>