More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1188 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1188  alpha/beta hydrolase fold  100 
 
 		 289 aa  591  1e-168  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.971563  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1049  Alpha/beta hydrolase  71.02 
 
 		 285 aa  418  1e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1181  alpha/beta hydrolase fold  71.73 
 
 		 300 aa  421  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0389  alpha/beta hydrolase fold  44.72 
 
 		 327 aa  267  2e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.362666  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1337  alpha/beta hydrolase fold  44.37 
 
 		 289 aa  245  6e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.432487  normal  0.100219 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0691  alpha/beta hydrolase  41.4 
 
 		 290 aa  228  8e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.363782  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2483  alpha/beta hydrolase fold  36.46 
 
 		 359 aa  171  1e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.436597  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3230  Alpha/beta hydrolase fold  36.07 
 
 		 289 aa  159  7e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.95582  normal  0.900687 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1074  alpha/beta hydrolase fold protein  35.12 
 
 		 305 aa  152  8e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.444129  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2400  alpha/beta hydrolase fold  40.14 
 
 		 309 aa  151  1e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.124702 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1098  Alpha/beta hydrolase fold  35.12 
 
 		 297 aa  149  4e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0978  alpha/beta hydrolase fold  34.8 
 
 		 305 aa  149  5e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.754776  normal  0.076368 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2011  alpha/beta hydrolase fold  36.7 
 
 		 296 aa  147  3e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000219515 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2138  alpha/beta hydrolase fold  36.36 
 
 		 296 aa  146  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1684  alpha/beta fold family hydrolase  35.55 
 
 		 300 aa  145  6e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.163104  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0363  Alpha/beta hydrolase fold  34.88 
 
 		 295 aa  145  6e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.176486  unclonable  0.0000000552802 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2704  alpha/beta fold family hydrolase  35.57 
 
 		 340 aa  145  6e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3131  alpha/beta fold family hydrolase  35.55 
 
 		 296 aa  145  6e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1459  alpha/beta fold family hydrolase  35.55 
 
 		 296 aa  145  6e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2625  alpha/beta fold family hydrolase  35.55 
 
 		 296 aa  145  6e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738195  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1900  alpha/beta fold family hydrolase  34.68 
 
 		 296 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2571  alpha/beta fold family hydrolase  35.57 
 
 		 349 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2186  alpha/beta fold family hydrolase  35.35 
 
 		 296 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1173  alpha/beta hydrolase fold  37.04 
 
 		 296 aa  144  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.95564  decreased coverage  0.000000135804 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5976  alpha/beta hydrolase fold  36.03 
 
 		 296 aa  142  6e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.609999  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2119  alpha/beta hydrolase fold  36.03 
 
 		 296 aa  142  6e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0124464 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2101  alpha/beta hydrolase fold  36.03 
 
 		 296 aa  142  6e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5407  Alpha/beta hydrolase  36.03 
 
 		 296 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.632759  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1433  alpha/beta hydrolase fold protein  36.82 
 
 		 302 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0437  alpha/beta hydrolase fold protein  34.29 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.885291  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4707  alpha/beta hydrolase fold protein  34.26 
 
 		 289 aa  138  1e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2554  alpha/beta hydrolase fold  34.55 
 
 		 294 aa  138  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000366635  normal  0.152292 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1135  putative hydrolase protein  34.68 
 
 		 307 aa  137  2e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1062  alpha/beta hydrolase fold  36.3 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00192187  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1579  putative hydrolase  34.22 
 
 		 294 aa  135  8e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.144323  normal  0.811141 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3775  alpha/beta hydrolase fold protein  34.2 
 
 		 309 aa  132  5e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2246  alpha/beta hydrolase fold protein  33.56 
 
 		 311 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.1275  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1153  alpha/beta hydrolase fold  34.15 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2756  alpha/beta hydrolase fold  33.56 
 
 		 311 aa  126  3e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.623251  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1074  alpha/beta hydrolase fold  32.46 
 
 		 313 aa  127  3e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.253414  normal  0.605092 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2772  putative hydrolase protein  33.9 
 
 		 312 aa  123  4e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2699  alpha/beta hydrolase  30.93 
 
 		 299 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4804  alpha/beta hydrolase fold  31.68 
 
 		 325 aa  116  3e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1767  alpha/beta hydrolase fold  33.45 
 
 		 339 aa  116  3.9999999999999997e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00963183 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3251  alpha/beta hydrolase fold  30.74 
 
 		 292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0874027  normal  0.232162 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1589  alpha/beta hydrolase fold  29.55 
 
 		 343 aa  113  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1874  Beta-ketoacyl synthase  29.47 
 
 		 2762 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.441588 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2387  alpha/beta hydrolase fold  30.48 
 
 		 288 aa  107  3e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0869571  normal  0.603358 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2178  alpha/beta hydrolase fold  29.85 
 
 		 288 aa  106  4e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.100362  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2255  alpha/beta hydrolase fold  29.85 
 
 		 288 aa  106  4e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.170585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1760  alpha/beta hydrolase fold  29.78 
 
 		 288 aa  100  2e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0231247  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2792  alpha/beta hydrolase fold protein  30.77 
 
 		 260 aa  100  3e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.377437 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4953  alpha/beta hydrolase fold  30.98 
 
 		 360 aa  99.8  5e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.544537 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0509  hypothetical protein  25.09 
 
 		 282 aa  99  7e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0533  hypothetical protein  25.09 
 
 		 282 aa  99  8e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2582  alpha/beta fold family hydrolase  28.22 
 
 		 288 aa  98.6  1e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0222  alpha/beta hydrolase fold  29.23 
 
 		 308 aa  96.7  4e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.267301 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2429  alpha/beta hydrolase fold protein  30.15 
 
 		 288 aa  96.3  6e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0133787  normal  0.21299 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1897  alpha/beta hydrolase fold  30.15 
 
 		 288 aa  96.3  6e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0651937  normal  0.589442 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1890  alpha/beta hydrolase fold  30.15 
 
 		 288 aa  95.5  8e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0538139  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2250  alpha/beta hydrolase fold protein  28.67 
 
 		 292 aa  95.1  1e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1863  alpha/beta hydrolase fold  30.15 
 
 		 288 aa  95.1  1e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.164632  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01343  hypothetical protein  31.09 
 
 		 255 aa  94.4  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0820  alpha/beta hydrolase fold protein  32.06 
 
 		 255 aa  93.2  4e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4162  alpha/beta hydrolase fold  27.97 
 
 		 283 aa  92.4  7e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.685661  normal  0.148607 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1572  alpha/beta hydrolase fold  31.69 
 
 		 306 aa  92.4  8e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0994  alpha/beta hydrolase fold  28.14 
 
 		 285 aa  92  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.131767  normal  0.180783 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1968  putative alpha/beta hydrolase fold  37.67 
 
 		 259 aa  90.9  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0153168  normal  0.143128 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004122  putative esterase/lipase ybfF  28.52 
 
 		 255 aa  89.7  5e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000112375  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1429  Alpha/beta hydrolase fold  27.05 
 
 		 267 aa  89  9e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.495278  normal  0.160161 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0837  putative esterase  27.9 
 
 		 258 aa  88.6  1e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1683  hydrolase  26.91 
 
 		 257 aa  88.6  1e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000746451  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6488  alpha/beta hydrolase fold  28.62 
 
 		 299 aa  88.2  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6723  alpha/beta hydrolase fold  28.62 
 
 		 299 aa  88.2  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2524  alpha/beta hydrolase fold  30.38 
 
 		 298 aa  87.4  2e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.29675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4458  alpha/beta hydrolase fold  29.12 
 
 		 302 aa  87.8  2e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3433  alpha/beta hydrolase fold protein  26.92 
 
 		 287 aa  87.8  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.819995 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1033  alpha/beta hydrolase fold  30.85 
 
 		 280 aa  87  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0702791 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6666  alpha/beta hydrolase fold  26.99 
 
 		 294 aa  87.4  3e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.203299  normal  0.734858 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0356  alpha/beta hydrolase fold  30.53 
 
 		 256 aa  87  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.122696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2831  Alpha/beta hydrolase fold  29.61 
 
 		 284 aa  87  4e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.871853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7313  Alpha/beta hydrolase fold  28.01 
 
 		 303 aa  86.7  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0736  alpha/beta hydrolase fold  26.46 
 
 		 297 aa  86.3  5e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.467787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5449  alpha/beta hydrolase fold  31.9 
 
 		 272 aa  86.3  5e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.343862 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0035  hypothetical protein  31.42 
 
 		 279 aa  86.7  5e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1035  alpha/beta hydrolase fold protein  27.95 
 
 		 303 aa  85.9  7e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.493601  normal  0.43821 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1571  hypothetical protein  28 
 
 		 284 aa  85.5  8e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0811227  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5377  alpha/beta hydrolase fold  28.84 
 
 		 298 aa  85.5  9e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5466  alpha/beta hydrolase fold  28.84 
 
 		 298 aa  85.5  9e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0306241 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2027  Alpha/beta hydrolase fold  29.89 
 
 		 284 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.56393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3776  alpha/beta hydrolase fold  41.73 
 
 		 361 aa  85.5  0.000000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.904669  decreased coverage  0.00241214 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2449  alpha/beta hydrolase fold  28.52 
 
 		 291 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.21931  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2124  alpha/beta hydrolase fold  31.72 
 
 		 294 aa  85.1  0.000000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00321379 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1991  alpha/beta hydrolase fold protein  33.59 
 
 		 323 aa  85.1  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.534257  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2445  alpha/beta hydrolase fold  38.35 
 
 		 340 aa  85.1  0.000000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.54824  normal  0.191947 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1553  alpha/beta hydrolase fold protein  26.67 
 
 		 286 aa  85.5  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000230075  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5753  alpha/beta hydrolase fold  28.46 
 
 		 298 aa  84.7  0.000000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.766272  normal  0.921974 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3858  alpha/beta hydrolase fold  29.37 
 
 		 304 aa  84  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3952  alpha/beta hydrolase fold  28.19 
 
 		 340 aa  84.3  0.000000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.675872  normal  0.742045 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1295  3-oxoadipate enol-lactonase  27.6 
 
 		 265 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.523958  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>