More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2620 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_2620  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  100 
 
 
476 aa  953    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.250647  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05806  putative outer membrane lipoprotein  53.36 
 
 
490 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.300905 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2969  RND efflux system outer membrane lipoprotein  53.02 
 
 
521 aa  394  1e-108  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0473901 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7487  nodulation protein T precursor  44.95 
 
 
490 aa  390  1e-107  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5661  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  45.09 
 
 
474 aa  360  4e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.434988 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3473  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.56 
 
 
525 aa  320  3e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0809824  normal  0.12883 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4545  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.56 
 
 
525 aa  320  3e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01780  outer membrane CHANEL lipoprotein  40.77 
 
 
522 aa  313  3.9999999999999997e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2135  putative outer membrane channel lipoprotein  45.71 
 
 
483 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0693732  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3371  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.27 
 
 
484 aa  298  1e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00556392  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4106  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  43.07 
 
 
485 aa  298  1e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0438089  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4662  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.14 
 
 
480 aa  283  7.000000000000001e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4021  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.56 
 
 
483 aa  278  2e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.227062  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3900  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.74 
 
 
488 aa  267  2.9999999999999995e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.362136  normal  0.120633 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2412  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.14 
 
 
498 aa  258  1e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.376385  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.4 
 
 
509 aa  218  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.2 
 
 
501 aa  205  1e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  29.29 
 
 
489 aa  204  2e-51  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  29.76 
 
 
479 aa  203  6e-51  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  32.16 
 
 
503 aa  202  9.999999999999999e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.73 
 
 
489 aa  200  3.9999999999999996e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  32.07 
 
 
504 aa  198  2.0000000000000003e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.48 
 
 
497 aa  198  2.0000000000000003e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.76 
 
 
518 aa  198  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3560  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.07 
 
 
493 aa  194  2e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.98 
 
 
465 aa  192  9e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  30.87 
 
 
520 aa  192  1e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2485  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.85 
 
 
487 aa  188  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.072827  normal  0.13209 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3547  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.63 
 
 
477 aa  188  2e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.138729  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.33 
 
 
482 aa  188  2e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2820  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.54 
 
 
517 aa  187  3e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2451  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.58 
 
 
514 aa  187  3e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.32 
 
 
517 aa  186  5e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2799  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.11 
 
 
495 aa  186  7e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4009  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.78 
 
 
486 aa  186  8e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0874069  normal  0.0174443 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.29 
 
 
496 aa  186  9e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28780  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.75 
 
 
512 aa  186  9e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.506262  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.29 
 
 
496 aa  186  9e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  34.22 
 
 
465 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.33 
 
 
493 aa  185  2.0000000000000003e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.55 
 
 
473 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2426  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.04 
 
 
487 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.335348  normal  0.737188 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4305  outer membrane efflux protein  31.54 
 
 
486 aa  180  4e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31920  putative outer membrane protein  29.76 
 
 
498 aa  180  4.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.964531  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2524  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.74 
 
 
489 aa  180  4.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.670028  normal  0.773524 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2606  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.69 
 
 
478 aa  180  5.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0037798  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2179  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.48 
 
 
462 aa  180  5.999999999999999e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.159854  normal  0.0708517 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2193  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.14 
 
 
495 aa  179  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126086  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1391  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.13 
 
 
485 aa  179  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.228401  normal  0.164456 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3717  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.19 
 
 
477 aa  179  1e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.87 
 
 
504 aa  178  2e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.15 
 
 
497 aa  178  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.238393  normal  0.954317 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.14 
 
 
484 aa  178  2e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.484622  normal  0.130102 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2711  outer membrane lipoprotein precursor  29.27 
 
 
499 aa  177  4e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299078  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5204  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.28 
 
 
495 aa  176  7e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1393  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.62 
 
 
461 aa  176  8e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0316  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.28 
 
 
481 aa  175  9.999999999999999e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.464824  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2428  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.79 
 
 
509 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.440095 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1101  outer membrane protein  30.43 
 
 
470 aa  176  9.999999999999999e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.82 
 
 
511 aa  176  9.999999999999999e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2756  outer membrane efflux protein  30.23 
 
 
490 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158368  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2663  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.67 
 
 
496 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1591  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.91 
 
 
481 aa  175  1.9999999999999998e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000292967 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0321  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.86 
 
 
480 aa  175  1.9999999999999998e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.877077 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5656  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.85 
 
 
501 aa  174  2.9999999999999996e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162521  normal  0.0223313 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.58 
 
 
502 aa  174  3.9999999999999995e-42  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4181  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.03 
 
 
501 aa  173  5e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.366543  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4293  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.03 
 
 
501 aa  173  5e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3442  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.32 
 
 
496 aa  173  5.999999999999999e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.811835  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0412  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.84 
 
 
477 aa  173  5.999999999999999e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.47 
 
 
486 aa  173  6.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1384  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.88 
 
 
484 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.285433 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1164  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.97 
 
 
473 aa  172  1e-41  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000188172  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6027  nodulation protein T precursor  29.49 
 
 
483 aa  172  1e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6520  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.72 
 
 
500 aa  172  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.128206 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4339  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.88 
 
 
484 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0952934  normal  0.254961 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.86 
 
 
471 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.55 
 
 
482 aa  171  2e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03144  putative outer membrane CHANEL lipoprotein transmembrane  30.13 
 
 
508 aa  171  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.330645 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3811  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.56 
 
 
476 aa  171  2e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.521708  normal  0.399123 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.64 
 
 
471 aa  171  3e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0499  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.4 
 
 
485 aa  171  3e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3793  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.93 
 
 
495 aa  171  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.351966 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.15 
 
 
494 aa  171  3e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.86 
 
 
471 aa  171  3e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3360  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.4 
 
 
494 aa  171  3e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.414328  hitchhiker  0.00000000121747 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  30.54 
 
 
569 aa  170  4e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2446  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.08 
 
 
471 aa  170  4e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177234  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  29.46 
 
 
479 aa  170  5e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2037  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.48 
 
 
489 aa  170  5e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.248346  normal  0.0238408 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2745  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.35 
 
 
500 aa  170  6e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1891  outer membrane efflux protein OprA  30.88 
 
 
513 aa  170  6e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.271004  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2885  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.61 
 
 
495 aa  169  7e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183945  normal  0.24109 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3157  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.55 
 
 
480 aa  169  7e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2522  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.35 
 
 
532 aa  169  7e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.116947  normal  0.154507 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1155  MFS efflux system, outer membrane porin  31.61 
 
 
511 aa  169  8e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159689  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2429  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.2 
 
 
467 aa  169  9e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.41681  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4429  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.8 
 
 
484 aa  169  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.305214  normal  0.0579633 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0105  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.46 
 
 
457 aa  169  1e-40  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.265235  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0745  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.96 
 
 
477 aa  169  1e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.321053 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>