More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4452 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  98.55 
 
 
484 aa  939    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  100 
 
 
484 aa  957    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  94.35 
 
 
483 aa  894    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  95.22 
 
 
483 aa  912    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  64.14 
 
 
483 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  56.81 
 
 
479 aa  503  1e-141  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  57.45 
 
 
479 aa  504  1e-141  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  52.43 
 
 
479 aa  447  1.0000000000000001e-124  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2305  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  47.35 
 
 
517 aa  424  1e-117  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0155955 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4486  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  46.94 
 
 
512 aa  417  9.999999999999999e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1702  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  46.5 
 
 
521 aa  416  9.999999999999999e-116  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2502  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.99 
 
 
533 aa  416  9.999999999999999e-116  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.568762  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  46.63 
 
 
512 aa  409  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4998  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.89 
 
 
515 aa  410  1e-113  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.824643 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  47.03 
 
 
513 aa  410  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3378  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  50.75 
 
 
470 aa  404  1e-111  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.469197 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1155  MFS efflux system, outer membrane porin  47.52 
 
 
511 aa  390  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159689  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.08 
 
 
511 aa  387  1e-106  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.24 
 
 
525 aa  379  1e-104  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2670  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  42.42 
 
 
532 aa  374  1e-102  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0133401  normal  0.268883 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2526  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  48.73 
 
 
504 aa  366  1e-100  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2435  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.86 
 
 
500 aa  361  2e-98  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164231 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1818  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.47 
 
 
482 aa  345  8.999999999999999e-94  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.332659  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  38.85 
 
 
547 aa  325  1e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0563  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.84 
 
 
519 aa  318  1e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.83 
 
 
497 aa  315  9.999999999999999e-85  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00901  multidrug resistance efflux pump protein  45.91 
 
 
495 aa  310  4e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.707111 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  38.4 
 
 
512 aa  288  1e-76  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  34.8 
 
 
489 aa  286  5.999999999999999e-76  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  34.59 
 
 
479 aa  285  2.0000000000000002e-75  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.42 
 
 
494 aa  282  1e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  36.23 
 
 
503 aa  280  4e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6272  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.54 
 
 
558 aa  279  9e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.397121 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  36.36 
 
 
520 aa  276  4e-73  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.31 
 
 
486 aa  273  4.0000000000000004e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5243  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.37 
 
 
537 aa  273  5.000000000000001e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.727139  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6156  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.85 
 
 
560 aa  271  2e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0572523 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  35.34 
 
 
569 aa  271  2e-71  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.26 
 
 
502 aa  270  2.9999999999999997e-71  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1281  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.66 
 
 
561 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.183207  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6550  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.48 
 
 
561 aa  265  8.999999999999999e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.984668  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1798  hypothetical protein  37.45 
 
 
569 aa  261  2e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1620  Outer membrane protein  37.55 
 
 
565 aa  261  2e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.61 
 
 
509 aa  261  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1641  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  37.45 
 
 
569 aa  261  2e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.03 
 
 
483 aa  259  7e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1666  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.38 
 
 
546 aa  259  8e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.13133 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6558  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.94 
 
 
591 aa  259  9e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1737  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.38 
 
 
509 aa  256  6e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5523  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.9 
 
 
576 aa  251  2e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1362  outer membrane efflux family protein  33.06 
 
 
558 aa  247  4e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.26 
 
 
501 aa  246  6e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  32.04 
 
 
504 aa  245  1.9999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2159  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.48 
 
 
529 aa  242  1e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2893  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.76 
 
 
516 aa  242  1e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0034  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.33 
 
 
538 aa  239  5.999999999999999e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.677331 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0143  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.03 
 
 
541 aa  237  4e-61  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.302016 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1099  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.16 
 
 
460 aa  236  7e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.17 
 
 
493 aa  234  2.0000000000000002e-60  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.33 
 
 
473 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  34.75 
 
 
479 aa  233  7.000000000000001e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.2 
 
 
518 aa  232  9e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.98 
 
 
465 aa  231  2e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.62 
 
 
482 aa  231  3e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2663  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.95 
 
 
496 aa  228  2e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.51 
 
 
496 aa  227  3e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2582  hypothetical protein  30.23 
 
 
520 aa  227  3e-58  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.51 
 
 
496 aa  227  3e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0511  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  33.75 
 
 
497 aa  227  3e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.310056  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4636  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.74 
 
 
521 aa  226  6e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00362376  normal  0.387542 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.54 
 
 
482 aa  226  7e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2179  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.69 
 
 
462 aa  226  8e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.159854  normal  0.0708517 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0284  outer membrane efflux family protein  30.7 
 
 
518 aa  225  1e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.552621  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1101  outer membrane protein  31.91 
 
 
470 aa  226  1e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.54 
 
 
471 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3581  outer membrane protein OprN precursor  35.71 
 
 
499 aa  224  2e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.54 
 
 
471 aa  225  2e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.62 
 
 
471 aa  225  2e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2820  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.43 
 
 
517 aa  224  4e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.22 
 
 
517 aa  223  6e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.02 
 
 
489 aa  222  9.999999999999999e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2903  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.62 
 
 
482 aa  222  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2436  hypothetical protein  29.88 
 
 
520 aa  221  1.9999999999999999e-56  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2446  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.83 
 
 
471 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177234  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5852  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.25 
 
 
523 aa  221  3e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.741914 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1914  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.72 
 
 
531 aa  221  3e-56  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000272629  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4072  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.26 
 
 
464 aa  221  3e-56  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.153495 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0105  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.54 
 
 
457 aa  220  3.9999999999999997e-56  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.265235  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03144  putative outer membrane CHANEL lipoprotein transmembrane  33.4 
 
 
508 aa  220  5e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.330645 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  33.41 
 
 
465 aa  220  5e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2428  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.17 
 
 
509 aa  220  5e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.440095 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31920  putative outer membrane protein  31.39 
 
 
498 aa  220  5e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.964531  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2485  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.98 
 
 
487 aa  220  6e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.072827  normal  0.13209 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2568  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.83 
 
 
482 aa  219  6e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0985785 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1811  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.47 
 
 
507 aa  219  1e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0412  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.05 
 
 
477 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.7 
 
 
486 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4293  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.97 
 
 
501 aa  217  4e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4181  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.97 
 
 
501 aa  217  4e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.366543  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3560  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.82 
 
 
493 aa  217  5e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>