More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1839 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_1839  3-dehydroquinate dehydratase, type I  100 
 
 		 517 aa  1072    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0172427  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_39392  predicted protein  38.27 
 
 		 526 aa  298  1e-79  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.541352 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4110  3-dehydroquinate dehydratase / shikimate dehydrogenase  33.86 
 
 		 613 aa  260  4e-68  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.471518  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1543  3-dehydroquinate dehydratase-like protein  28.54 
 
 		 485 aa  189  1e-46  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0773845  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1652  hypothetical protein  30.28 
 
 		 473 aa  176  9.999999999999999e-43  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00124545 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  33.8 
 
 		 298 aa  169  2e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  37.37 
 
 		 297 aa  161  3e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  31.62 
 
 		 278 aa  159  1e-37  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  38.83 
 
 		 286 aa  156  8e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  32.07 
 
 		 284 aa  155  1e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  32.16 
 
 		 280 aa  156  1e-36  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  30.21 
 
 		 294 aa  155  2e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  32.47 
 
 		 298 aa  152  1e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  32.64 
 
 		 288 aa  152  1e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  32.97 
 
 		 277 aa  152  2e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  32.62 
 
 		 277 aa  151  3e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  34.62 
 
 		 277 aa  150  4e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  32.26 
 
 		 289 aa  149  8e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  34.23 
 
 		 277 aa  149  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  35.79 
 
 		 271 aa  149  1.0000000000000001e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  37.36 
 
 		 278 aa  147  3e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  32.95 
 
 		 280 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  32.25 
 
 		 277 aa  147  6e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  31.38 
 
 		 280 aa  146  7.0000000000000006e-34  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  32.25 
 
 		 308 aa  146  7.0000000000000006e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  32.25 
 
 		 277 aa  147  7.0000000000000006e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  32.25 
 
 		 277 aa  146  8.000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  32.25 
 
 		 277 aa  146  9e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  31.88 
 
 		 277 aa  145  2e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  32.22 
 
 		 288 aa  144  3e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  32.61 
 
 		 277 aa  144  4e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  32.52 
 
 		 290 aa  141  1.9999999999999998e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 273 aa  141  3e-32  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  31.16 
 
 		 301 aa  141  3e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  34.32 
 
 		 301 aa  141  3e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1640  3-dehydroquinate dehydratase, type 1, putative/shikimate 5-dehydrogenase, putative  26.31 
 
 		 493 aa  140  3.9999999999999997e-32  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  31.62 
 
 		 273 aa  139  2e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2359  shikimate 5-dehydrogenase  38.46 
 
 		 277 aa  139  2e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  32.14 
 
 		 277 aa  138  3.0000000000000003e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  30.66 
 
 		 279 aa  138  3.0000000000000003e-31  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  30.15 
 
 		 284 aa  137  4e-31  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  30.74 
 
 		 311 aa  136  9e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  31.53 
 
 		 288 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 297 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  30.28 
 
 		 311 aa  135  1.9999999999999998e-30  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  33.83 
 
 		 279 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  31.53 
 
 		 288 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  32.34 
 
 		 279 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  32.86 
 
 		 315 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  31.13 
 
 		 276 aa  132  2.0000000000000002e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  29.02 
 
 		 300 aa  132  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  31.11 
 
 		 269 aa  130  4.0000000000000003e-29  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 279 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 279 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  34.57 
 
 		 285 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  30.58 
 
 		 289 aa  129  1.0000000000000001e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2721  shikimate 5-dehydrogenase  35.02 
 
 		 286 aa  129  1.0000000000000001e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  31.83 
 
 		 288 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  36.33 
 
 		 280 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  36.7 
 
 		 276 aa  128  2.0000000000000002e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  33.96 
 
 		 280 aa  129  2.0000000000000002e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  31.25 
 
 		 286 aa  128  3e-28  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  32.97 
 
 		 298 aa  128  3e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  32.95 
 
 		 278 aa  127  5e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2192  shikimate 5-dehydrogenase  35.4 
 
 		 277 aa  127  6e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1564  shikimate 5-dehydrogenase  35.82 
 
 		 283 aa  127  7e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0649  bifunctional 3-dehydroquinate dehydratase/shikimate dehydrogenase protein  25.26 
 
 		 478 aa  126  8.000000000000001e-28  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  31.74 
 
 		 291 aa  125  1e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  29.81 
 
 		 286 aa  126  1e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  29.52 
 
 		 271 aa  125  2e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  31.14 
 
 		 286 aa  125  2e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  31.87 
 
 		 462 aa  125  3e-27  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  29.56 
 
 		 286 aa  125  3e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  30.51 
 
 		 289 aa  124  4e-27  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  28.78 
 
 		 286 aa  124  4e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  32.46 
 
 		 288 aa  124  5e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  30.58 
 
 		 291 aa  123  6e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  34.98 
 
 		 284 aa  123  7e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1998  shikimate dehydrogenase  35.55 
 
 		 269 aa  123  7e-27  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  32.86 
 
 		 292 aa  123  8e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  36.68 
 
 		 280 aa  123  9e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  30.08 
 
 		 268 aa  122  9.999999999999999e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  30.08 
 
 		 268 aa  122  9.999999999999999e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  34.3 
 
 		 295 aa  122  9.999999999999999e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_002936  DET0466  3-dehydroquinate dehydratase, type I  34.65 
 
 		 222 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.248479  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  37.21 
 
 		 285 aa  122  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  29.52 
 
 		 271 aa  122  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  29.43 
 
 		 286 aa  122  1.9999999999999998e-26  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  34.6 
 
 		 270 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  33.98 
 
 		 276 aa  121  3e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2605  shikimate 5-dehydrogenase  35.23 
 
 		 457 aa  121  3e-26  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.776382 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  32.43 
 
 		 292 aa  120  6e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0120  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 296 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  32.53 
 
 		 293 aa  119  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  27.82 
 
 		 286 aa  119  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_409  3-dehydroquinate dehydratase, type I  35.53 
 
 		 222 aa  119  9.999999999999999e-26  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 289 aa  118  1.9999999999999998e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  28.52 
 
 		 289 aa  119  1.9999999999999998e-25  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  30.43 
 
 		 289 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1501  shikimate 5-dehydrogenase  38.29 
 
 		 269 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>