More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_4090 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_4090  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 349 aa  709    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01752  putative mechanosensitive channel protein (MscS family)  62.31 
 
 		 328 aa  431  1e-119  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.249612  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3168  MscS Mechanosensitive ion channel  38.83 
 
 		 311 aa  229  8e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0116515  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1496  MscS Mechanosensitive ion channel  38.43 
 
 		 295 aa  206  5e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13183  putative mechanosensitive channel protein (MscS family)  36.03 
 
 		 316 aa  171  1e-41  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4521  MscS Mechanosensitive ion channel  35.96 
 
 		 291 aa  169  8e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.958869 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1486  MscS Mechanosensitive ion channel  33.08 
 
 		 272 aa  154  2e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0890  MscS mechanosensitive ion channel  29.91 
 
 		 330 aa  154  2.9999999999999998e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000201965 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0108  MscS mechanosensitive ion channel  33.71 
 
 		 304 aa  142  9.999999999999999e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1189  MscS Mechanosensitive ion channel  30.59 
 
 		 445 aa  140  3e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0102  MscS mechanosensitive ion channel  34.98 
 
 		 537 aa  140  3.9999999999999997e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.102568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0015  MscS mechanosensitive ion channel  32.36 
 
 		 287 aa  137  3.0000000000000003e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4182  MscS mechanosensitive ion channel  34.08 
 
 		 324 aa  137  4e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.774704 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00500  MscS Mechanosensitive ion channel  29.81 
 
 		 334 aa  136  5e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1940  MscS mechanosensitive ion channel  30.13 
 
 		 489 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0476  MscS mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 279 aa  135  9.999999999999999e-31  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.139506  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0951  MscS Mechanosensitive ion channel  34.36 
 
 		 341 aa  133  5e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3659  MscS mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 439 aa  132  1.0000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.19276  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2422  MscS mechanosensitive ion channel  32.05 
 
 		 572 aa  132  1.0000000000000001e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0407  MscS mechanosensitive ion channel  34.06 
 
 		 315 aa  129  1.0000000000000001e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.323817  normal  0.0164618 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0014  MscS Mechanosensitive ion channel  31.49 
 
 		 289 aa  129  1.0000000000000001e-28  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1417  MscS Mechanosensitive ion channel  30.94 
 
 		 304 aa  128  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5986  MscS Mechanosensitive ion channel  32.2 
 
 		 337 aa  127  2.0000000000000002e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2771  MscS Mechanosensitive ion channel  29.41 
 
 		 296 aa  127  3e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2128  MscS mechanosensitive ion channel  28.85 
 
 		 270 aa  127  4.0000000000000003e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002898  small-conductance mechanosensitive channel  30.74 
 
 		 532 aa  125  8.000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.341732  n/a   
 
 
-
 
NC_014249  Aazo_5329  mechanosensitive ion channel protein MscS  29.31 
 
 		 331 aa  125  8.000000000000001e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3145  mechanosensitive ion channel  29.54 
 
 		 544 aa  124  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.187903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0663  MscS Mechanosensitive ion channel  30.23 
 
 		 336 aa  124  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0743  MscS Mechanosensitive ion channel  29.26 
 
 		 460 aa  124  3e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2989  Ricin B lectin  28.07 
 
 		 474 aa  122  9.999999999999999e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000129425 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2675  MscS mechanosensitive ion channel  34.02 
 
 		 275 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00133263  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03062  hypothetical protein  29.57 
 
 		 563 aa  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1797  mechanosensitive ion channel  29.32 
 
 		 561 aa  121  1.9999999999999998e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.433096  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2393  MscS Mechanosensitive ion channel  27.87 
 
 		 408 aa  120  3e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1036  putative mechanosensitive ion channel protein  28.85 
 
 		 534 aa  120  3.9999999999999996e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0444  MscS mechanosensitive ion channel  31.15 
 
 		 540 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1775  MscS mechanosensitive ion channel  30.6 
 
 		 283 aa  119  6e-26  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0514  MscS Mechanosensitive ion channel  32.44 
 
 		 288 aa  119  9e-26  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1350  hypothetical protein  32.07 
 
 		 292 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02489  putative mechanosensitive channel protein (MscS family)  26.38 
 
 		 367 aa  118  9.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4142  MscS mechanosensitive ion channel  29.29 
 
 		 384 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.93898  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0308  MscS mechanosensitive ion channel  26.69 
 
 		 459 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2229  MscS Mechanosensitive ion channel  30.93 
 
 		 400 aa  118  9.999999999999999e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.224666  normal  0.568068 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4603  mechanosensitive ion channel family protein  33.07 
 
 		 275 aa  118  1.9999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3171  MscS mechanosensitive ion channel  30.57 
 
 		 275 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000563606  hitchhiker  0.0000513684 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1350  MscS Mechanosensitive ion channel  30.57 
 
 		 275 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000676183  hitchhiker  0.0000000000523866 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2295  mechanosensitive ion channel family protein  27.88 
 
 		 289 aa  117  3.9999999999999997e-25  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1140  MscS mechanosensitive ion channel  29.55 
 
 		 274 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15609  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1689  MscS mechanosensitive ion channel  31.6 
 
 		 356 aa  116  5e-25  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10253  hypothetical protein  29.32 
 
 		 307 aa  116  5e-25  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  decreased coverage  0.00229932  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3028  MscS mechanosensitive ion channel  30.19 
 
 		 275 aa  116  5e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000445897  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3013  MscS mechanosensitive ion channel  30.19 
 
 		 275 aa  116  6e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000253066  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1093  MscS Mechanosensitive ion channel  28.42 
 
 		 389 aa  116  6.9999999999999995e-25  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.464677  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3468  MscS mechanosensitive ion channel  29.5 
 
 		 550 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3521  MscS mechanosensitive ion channel  29.72 
 
 		 547 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3719  MscS mechanosensitive ion channel  29.59 
 
 		 538 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00173633  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1701  phosphoglycerate mutase  30.77 
 
 		 310 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02755  mechanosensitive channel  31.6 
 
 		 286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0769  MscS Mechanosensitive ion channel  31.6 
 
 		 286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3251  mechanosensitive channel MscS  31.6 
 
 		 286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3061  mechanosensitive channel MscS  31.6 
 
 		 291 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.397816  normal  0.219365 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2465  putative small-conductance mechanosensitive channel  28.09 
 
 		 275 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.404234  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02718  hypothetical protein  31.6 
 
 		 286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3082  mechanosensitive channel MscS  31.6 
 
 		 286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4221  mechanosensitive channel MscS  31.6 
 
 		 286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0786  mechanosensitive channel MscS  31.6 
 
 		 286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1205  MscS mechanosensitive ion channel  30.57 
 
 		 275 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00184527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1276  MscS mechanosensitive ion channel  30.57 
 
 		 275 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000188457  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3349  mechanosensitive channel MscS  31.6 
 
 		 286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0561  MscS mechanosensitive ion channel  29.5 
 
 		 551 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03290  MscS Mechanosensitive ion channel  29.96 
 
 		 280 aa  114  3e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0562  MscS mechanosensitive ion channel  29.5 
 
 		 551 aa  114  3e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0592  small conductance mechanosensitive ion channel  33.6 
 
 		 305 aa  113  4.0000000000000004e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.311151  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0613  MscS mechanosensitive ion channel  29.09 
 
 		 547 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000873032  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1062  MscS Mechanosensitive ion channel  29 
 
 		 310 aa  113  5e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.771269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2803  MscS mechanosensitive ion channel  29.77 
 
 		 277 aa  113  5e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4338  MscS mechanosensitive ion channel  28.47 
 
 		 533 aa  113  6e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1074  MscS mechanosensitive ion channel  32.88 
 
 		 360 aa  112  8.000000000000001e-24  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.287098  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0359  MscS mechanosensitive ion channel  27.96 
 
 		 360 aa  112  9e-24  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.821631  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00921  small conductance mechanosensitive ion channel  30.68 
 
 		 322 aa  112  9e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.230623  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0360  MscS mechanosensitive ion channel  34.76 
 
 		 393 aa  112  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3340  small-conductance mechanosensitive channel  29.43 
 
 		 275 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0547  MscS mechanosensitive ion channel  33.47 
 
 		 305 aa  112  1.0000000000000001e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.881892  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0306  small-conductance mechanosensitive channel  32.33 
 
 		 284 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000279081  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1552  MscS mechanosensitive ion channel  28.95 
 
 		 359 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.101944 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1206  MscS mechanosensitive ion channel  29.43 
 
 		 275 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0281  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3620  MscS mechanosensitive ion channel  31.37 
 
 		 277 aa  110  4.0000000000000004e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.812148  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3778  MscS mechanosensitive ion channel  28.35 
 
 		 276 aa  110  5e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.981923 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01095  mechanosensitive ion channel family protein  27.72 
 
 		 280 aa  109  6e-23  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1245  MscS mechanosensitive ion channel  30.15 
 
 		 274 aa  109  6e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.016266  normal  0.622604 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5091  MscS Mechanosensitive ion channel  29.58 
 
 		 637 aa  109  6e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00148956  normal  0.0183068 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0914  MscS mechanosensitive ion channel  30.87 
 
 		 842 aa  108  1e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00707445 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2065  MscS mechanosensitive ion channel  32.08 
 
 		 359 aa  108  1e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1746  mechanosensitive ion channel family protein  27.2 
 
 		 531 aa  108  2e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0661  MscS Mechanosensitive ion channel  31.33 
 
 		 295 aa  108  2e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2981  hypothetical protein  31.73 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0759175  normal  0.0858863 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2355  MscS mechanosensitive ion channel  29.81 
 
 		 295 aa  107  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0549147  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2469  putative transport protein  30.19 
 
 		 269 aa  108  2e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0091  MscS Mechanosensitive ion channel  29.05 
 
 		 297 aa  108  2e-22  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>