174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_01738 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010717  PXO_01738  mRNA 3'-end processing factor  100 
 
 		 340 aa  697    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2959  mRNA 3'-end processing factor  76.45 
 
 		 332 aa  514  1.0000000000000001e-145  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.624115  hitchhiker  0.0000489273 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4860  putative mRNA 3-end processing factor  55.79 
 
 		 375 aa  352  5e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2916  mRNA 3'-end processing factor  52.91 
 
 		 362 aa  350  1e-95  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1042  exonuclease  54.35 
 
 		 328 aa  349  4e-95  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.251284  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4134  hypothetical protein  54.41 
 
 		 348 aa  346  4e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3872  hypothetical protein  54.1 
 
 		 348 aa  345  5e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1146  RNA procession exonuclease-like protein  57.14 
 
 		 338 aa  340  1e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.39024 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1106  RNA processing exonuclease  56.84 
 
 		 338 aa  340  2e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.599734 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0310  putative mRNA 3-end processing factor  54.71 
 
 		 366 aa  340  2e-92  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.169646 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0305  putative mRNA 3-end processing factor  54.57 
 
 		 366 aa  338  5.9999999999999996e-92  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3043  putative mRNA 3-end processing factor  54.6 
 
 		 346 aa  337  9.999999999999999e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0285628  normal  0.582199 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0374  putative mRNA 3-end processing factor  54.1 
 
 		 371 aa  337  9.999999999999999e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4306  RNA procession exonuclease-like protein  56.23 
 
 		 338 aa  335  5e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2196  RNA procession exonuclease-like protein  55.62 
 
 		 335 aa  331  9e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.260801  hitchhiker  0.00381998 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3896  hypothetical protein  51.35 
 
 		 368 aa  329  3e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170406  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1135  RNA procession exonuclease-like protein  54.19 
 
 		 338 aa  327  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775803  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5293  putative exonuclease involved in mRNA processing  55.35 
 
 		 382 aa  322  6e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1212  hypothetical protein  54.71 
 
 		 344 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766488 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1460  exonuclease involved in mRNA processing  54.18 
 
 		 328 aa  320  1.9999999999999998e-86  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.562175  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1519  hypothetical protein  54.43 
 
 		 340 aa  319  5e-86  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.244581 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4681  putative exonuclease involved in mRNA processing  55.83 
 
 		 350 aa  318  1e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388572  normal  0.0823984 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1582  RNA procession exonuclease-like protein  53.68 
 
 		 332 aa  318  1e-85  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1314  putative exonuclease involved in mRNA processing  55.52 
 
 		 383 aa  317  2e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0772701  normal  0.174474 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6856  hypothetical protein  45.91 
 
 		 340 aa  300  3e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.166328 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2665  putative mRNA 3-end processing factor  52.66 
 
 		 335 aa  297  2e-79  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14848 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1540  putative mRNA 3-end processing factor  50.62 
 
 		 345 aa  290  2e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3335  RNA procession exonuclease  45.06 
 
 		 383 aa  290  3e-77  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3431  putative mRNA 3-end processing factor  49.39 
 
 		 352 aa  289  4e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.194998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3523  RNA procession exonuclease  45.71 
 
 		 349 aa  289  5.0000000000000004e-77  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3560  putative mRNA 3-end processing factor  49.7 
 
 		 352 aa  289  6e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.146642  normal  0.26456 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3236  putative mRNA 3-end processing factor  49.7 
 
 		 352 aa  288  7e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0629  putative mRNA 3-end processing factor  50.15 
 
 		 365 aa  288  1e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  decreased coverage  0.00579405 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0794  putative mRNA 3-end processing factor  49.06 
 
 		 349 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.682803 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1568  RNA procession exonuclease-like protein  49.09 
 
 		 358 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.359999 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1754  RNA procession exonuclease-like protein  45.12 
 
 		 351 aa  279  4e-74  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2414  hypothetical protein  47.56 
 
 		 383 aa  279  6e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08581  RNA processing exonuclease  38.98 
 
 		 330 aa  278  1e-73  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0814782  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2561  putative mRNA 3-end processing factor  41.72 
 
 		 332 aa  277  2e-73  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3692  putative mRNA 3-end processing factor  48.77 
 
 		 351 aa  276  2e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1077  putative mRNA 3-end processing factor  47.26 
 
 		 383 aa  277  2e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02275  hypothetical protein  41.72 
 
 		 347 aa  276  3e-73  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2587  hypothetical protein  49.39 
 
 		 342 aa  276  5e-73  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00136385 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0260  putative mRNA 3-end processing factor  48.04 
 
 		 344 aa  275  6e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00946134 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07841  beta-lactamase fold exonuclease  39.54 
 
 		 328 aa  272  6e-72  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.110589  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4616  putative mRNA 3-end processing factor  48.12 
 
 		 351 aa  272  7e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1072  putative mRNA 3-end processing factor  47.68 
 
 		 344 aa  271  1e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0686869 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0031  putative mRNA 3-end processing factor  47.17 
 
 		 334 aa  271  2e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.321442  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00669  RNA procession exonuclease-like protein  45.4 
 
 		 338 aa  269  4e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0552  hypothetical protein  48.12 
 
 		 347 aa  269  5e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0871  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  47.5 
 
 		 348 aa  268  1e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0130781  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0411  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  46.33 
 
 		 329 aa  267  2e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.894409 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0799  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  47.19 
 
 		 348 aa  267  2e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187593  normal  0.0112138 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2803  putative mRNA 3-end processing factor  45.62 
 
 		 338 aa  266  4e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.196277 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0750  putative mRNA 3-end processing factor  47.19 
 
 		 356 aa  266  5e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07841  RNA processing exonuclease  37.3 
 
 		 328 aa  262  6e-69  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.160717  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0289  putative mRNA 3-end processing factor  48.7 
 
 		 337 aa  262  6.999999999999999e-69  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.640549 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1471  putative mRNA 3-end processing factor  46.84 
 
 		 348 aa  261  1e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4043  putative mRNA 3-end processing factor  44.75 
 
 		 337 aa  260  2e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0734  hypothetical protein  37.3 
 
 		 328 aa  258  7e-68  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.536853  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0913  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  43.65 
 
 		 336 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.228952 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0801  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  43.65 
 
 		 336 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6008  hypothetical protein  44.44 
 
 		 337 aa  253  5.000000000000001e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0150  exonuclease of the beta-lactamase fold involved in RNA processing-like protein  45.54 
 
 		 355 aa  251  1e-65  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0461  hypothetical protein  45.94 
 
 		 390 aa  251  1e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4896  putative mRNA 3-end processing factor  45.54 
 
 		 335 aa  248  1e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3978  RNA procession exonuclease-like protein  44.37 
 
 		 371 aa  237  2e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.107304  normal  0.652273 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1612  RNA procession exonuclease-like protein  43.91 
 
 		 354 aa  233  3e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0067  putative mRNA 3-end processing factor  43.61 
 
 		 357 aa  217  2e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1406  RNA procession exonuclease-like protein  30.86 
 
 		 313 aa  175  9.999999999999999e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0847473 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0060  putative mRNA 3'-end processing factor  34.52 
 
 		 330 aa  161  1e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0055  putative mRNA 3'-end processing factor  34.52 
 
 		 330 aa  161  1e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0072  putative mRNA 3'-end processing factor  34.52 
 
 		 330 aa  161  2e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  33.86 
 
 		 1017 aa  152  5.9999999999999996e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0057  putative mRNA 3'-end processing factor  33.33 
 
 		 330 aa  148  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.251824 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1113  hypothetical protein  24.54 
 
 		 321 aa  92.4  9e-18  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.704257 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1043  putative mRNA 3-end processing factor  28.35 
 
 		 319 aa  92.4  1e-17  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0008566 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1313  beta-lactamase domain-containing protein  30.79 
 
 		 315 aa  91.7  2e-17  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.143027  normal  0.259963 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0973  putative mRNA 3-end processing factor  27.95 
 
 		 314 aa  89  1e-16  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.289039 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1883  putative mRNA 3-end processing factor  26.2 
 
 		 327 aa  85.5  0.000000000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115808  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1169  conserved hypothetical protein  25.48 
 
 		 328 aa  68.6  0.0000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.561924  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0621  beta-lactamase domain-containing protein  25.2 
 
 		 317 aa  65.5  0.000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0149  RNA procession exonuclease-like protein  25.41 
 
 		 327 aa  65.9  0.000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.0104249 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00990  Endoribonuclease ysh1 (EC 3.1.27.-)(mRNA 3'-end-processing protein ysh1) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5BEP0]  26.45 
 
 		 884 aa  63.9  0.000000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3879  beta-lactamase-like  26.02 
 
 		 452 aa  62.4  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.486794  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0788  putative mRNA 3-end processing factor  23.81 
 
 		 317 aa  60.1  0.00000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1967  beta-lactamase-like  34.82 
 
 		 454 aa  59.7  0.00000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.166456  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3460  beta-lactamase domain-containing protein  34.26 
 
 		 452 aa  59.3  0.00000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.857931  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1028  beta-lactamase domain-containing protein  23.42 
 
 		 616 aa  59.3  0.00000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3493  metallo-beta-lactamase family protein  33.04 
 
 		 468 aa  59.3  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.828376  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2210  hypothetical protein  33.04 
 
 		 452 aa  57.8  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2182  hypothetical protein  33.04 
 
 		 452 aa  57.4  0.0000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2691  beta-lactamase domain-containing protein  24.9 
 
 		 452 aa  57  0.0000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.770917  normal  0.585542 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1105  beta-lactamase domain-containing protein  32.31 
 
 		 454 aa  56.2  0.0000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0192  beta-lactamase domain-containing protein  33.98 
 
 		 455 aa  56.2  0.0000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0462  metallo-beta-lactamase family protein  31.82 
 
 		 589 aa  56.2  0.0000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1382  beta-lactamase-like protein  25 
 
 		 455 aa  54.3  0.000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0168  metallo-beta-lactamase family protein  30.43 
 
 		 459 aa  53.5  0.000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6526  beta-lactamase domain-containing protein  25.86 
 
 		 468 aa  53.5  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2599  metallo-beta-lactamase family protein  30.43 
 
 		 472 aa  53.5  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>