More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2621 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6079  putative TonB-dependent receptor  66.18 
 
 		 680 aa  924    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0972806  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2219  TonB-dependent receptor  82.01 
 
 		 692 aa  1159    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2621  TonB-dependent receptor, plug  100 
 
 		 695 aa  1407    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6080  putative TonB-dependent receptor  68.12 
 
 		 690 aa  980    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.341343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0084  TonB-dependent receptor, plug  51.75 
 
 		 671 aa  616  1e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.380129  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5290  TonB-dependent receptor plug  51.66 
 
 		 673 aa  611  1e-173  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5676  TonB-dependent receptor plug  48.98 
 
 		 662 aa  591  1e-167  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3807  TonB-dependent receptor plug  49.92 
 
 		 655 aa  578  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6077  TonB-dependent receptor plug  49.17 
 
 		 656 aa  564  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.762724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1339  TonB-dependent receptor  33.47 
 
 		 714 aa  372  1e-101  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.368228 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  33.87 
 
 		 634 aa  336  7.999999999999999e-91  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1925  TonB-dependent receptor  33.54 
 
 		 642 aa  335  1e-90  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55144  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  34.44 
 
 		 646 aa  335  1e-90  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1957  TonB-dependent receptor, putative  33.33 
 
 		 638 aa  309  1.0000000000000001e-82  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0488183  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  31.3 
 
 		 634 aa  274  4.0000000000000004e-72  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0812  TonB-dependent receptor plug  31.88 
 
 		 659 aa  272  1e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.183722  normal  0.24775 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3340  TonB-dependent receptor, plug  31.69 
 
 		 613 aa  272  1e-71  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2092  TonB-dependent receptor  29.32 
 
 		 670 aa  255  2.0000000000000002e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3189  TonB-dependent receptor, plug  30.23 
 
 		 623 aa  241  2.9999999999999997e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3097  TonB-dependent receptor, plug  31.05 
 
 		 671 aa  239  9e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0488  TonB-dependent receptor  28.62 
 
 		 682 aa  226  1e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1110  TonB-dependent receptor  29.41 
 
 		 625 aa  226  1e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000459108  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2063  TonB-dependent receptor  28.04 
 
 		 645 aa  221  3.9999999999999997e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.785465  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1004  TonB-dependent receptor  28.15 
 
 		 618 aa  219  1e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0684927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2735  TonB-dependent receptor  30.08 
 
 		 641 aa  213  1e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00964506  normal  0.0993289 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3696  TonB-dependent receptor  28.97 
 
 		 620 aa  209  9e-53  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.405494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0628  Outer membrane cobalamin receptor protein-like  29.11 
 
 		 638 aa  206  1e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000288278  normal  0.81106 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2514  TonB-dependent receptor  26.54 
 
 		 632 aa  195  2e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0790  TonB-dependent receptor  28.62 
 
 		 614 aa  193  8e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.270148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1186  TonB-dependent receptor  28.05 
 
 		 634 aa  188  3e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.874956  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0198  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.86 
 
 		 631 aa  184  5.0000000000000004e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0194454  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1926  TonB-dependent receptor  28.38 
 
 		 627 aa  184  6e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.201933  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3845  TonB-dependent receptor, plug  28.62 
 
 		 628 aa  179  2e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529618  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2648  TonB-dependent receptor  27.62 
 
 		 602 aa  177  5e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4507  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.74 
 
 		 614 aa  177  6e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000315572  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4200  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.74 
 
 		 614 aa  177  6e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000101627  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4770  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.92 
 
 		 623 aa  177  7e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000262019  normal  0.0314633 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4020  TonB-dependent vitamin B12 receptor  26.74 
 
 		 614 aa  177  8e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00348064  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4050  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.74 
 
 		 614 aa  177  8e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00780594  decreased coverage  0.000540594 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4413  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.89 
 
 		 614 aa  177  8e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000903793  hitchhiker  0.00898611 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0123  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.38 
 
 		 631 aa  176  9.999999999999999e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000105264  normal  0.11479 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5008  TonB-dependent receptor  28.29 
 
 		 627 aa  176  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.877838 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33130  TonB-dependent vitamin B12 receptor  27.27 
 
 		 1023 aa  175  2.9999999999999996e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5430  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.23 
 
 		 614 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0043717  normal  0.0207602 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2667  TonB-dependent receptor  29.9 
 
 		 627 aa  174  3.9999999999999995e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0986558  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0192  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.75 
 
 		 631 aa  174  5e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.051851  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0250  TonB-dependent receptor plug  27.26 
 
 		 597 aa  174  6.999999999999999e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0132  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.57 
 
 		 631 aa  173  9e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00107286  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3783  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.37 
 
 		 615 aa  171  3e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000781057  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2402  putative TonB dependent vitamin B12 outer membrane receptor  27.45 
 
 		 611 aa  171  5e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47800  putative tonB-dependent receptor  26.13 
 
 		 616 aa  170  8e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.173562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0122  TonB-dependent receptor  27.85 
 
 		 624 aa  170  9e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4020  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.35 
 
 		 615 aa  169  1e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000194494  normal  0.015002 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1065  TonB-dependent receptor  27.29 
 
 		 611 aa  168  4e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.362217 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4462  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.31 
 
 		 614 aa  168  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0180001  hitchhiker  0.0000000000824718 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2209  TonB-dependent receptor  29.95 
 
 		 624 aa  167  5e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.400233 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1459  TonB-dependent receptor  24.19 
 
 		 647 aa  167  8e-40  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.208108  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2368  TonB-dependent receptor, plug  25.97 
 
 		 617 aa  165  3e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.848515  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0525  B12 family TonB-dependent receptor  26.44 
 
 		 641 aa  164  6e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1382  TonB-dependent receptor  26.86 
 
 		 655 aa  162  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00890122  normal  0.0713693 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0654  TonB-dependent receptor  27.79 
 
 		 638 aa  162  3e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.561107  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4119  TonB-dependent vitamin B12 receptor  25.96 
 
 		 616 aa  160  6e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2789  TonB-dependent receptor  26.62 
 
 		 698 aa  160  7e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.973502 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0142  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.93 
 
 		 630 aa  159  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000593825  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4073  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.93 
 
 		 630 aa  159  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000943492  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1347  iron compound TonB-dependent receptor, putative  28.46 
 
 		 620 aa  159  2e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3757  TonB-dependent receptor plug  27.52 
 
 		 612 aa  158  4e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1537  TonB-dependent receptor  26.58 
 
 		 593 aa  158  4e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00891985  normal  0.735799 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0571  TonB-dependent receptor plug  25.53 
 
 		 628 aa  157  6e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.487741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1306  putative iron compound TonB-dependent receptor  28.3 
 
 		 697 aa  156  1e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.986607  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07860  TonB-dependent vitamin B12 receptor  26.35 
 
 		 630 aa  156  1e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.239557  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1368  TonB-dependent receptor  28.06 
 
 		 627 aa  155  2e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.249969  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2815  TonB-dependent receptor  27.27 
 
 		 619 aa  155  2.9999999999999998e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.186668  normal  0.478128 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0578  TonB-dependent receptor plug  26.45 
 
 		 627 aa  154  5e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0461  TonB-dependent vitamin B12 receptor  25.97 
 
 		 613 aa  152  2e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00224002  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3502  putative outer membrane cobalamin receptor, TonB dependent  25.98 
 
 		 623 aa  150  6e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.86203  normal  0.929142 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4483  TonB-dependent receptor  24.62 
 
 		 737 aa  150  7e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.00000231942  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0834  vitamin B12 receptor BtuB, putative  27.51 
 
 		 680 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.162621  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2400  outer membrane receptor protein  29 
 
 		 621 aa  147  6e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.901841 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2720  iron complex outermembrane recepter protein  26.4 
 
 		 631 aa  147  6e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83965  normal  0.415567 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0995  TonB-dependent receptor  25.52 
 
 		 629 aa  147  8.000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.864049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4347  TonB-dependent receptor  26.5 
 
 		 642 aa  145  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0560  TonB-dependent receptor, plug  27.71 
 
 		 623 aa  145  3e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4773  TonB-dependent receptor  25.48 
 
 		 624 aa  145  3e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.386912  normal  0.53176 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0562  TonB-dependent receptor  26.45 
 
 		 634 aa  144  5e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.222662 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4382  TonB-dependent receptor  25.71 
 
 		 635 aa  143  8e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.429499  normal  0.246253 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1826  TonB-dependent receptor  26.4 
 
 		 621 aa  143  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.568285  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0509  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  26.12 
 
 		 614 aa  143  9.999999999999999e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.194967  normal  0.193806 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1012  TonB-dependent receptor  23.94 
 
 		 626 aa  142  1.9999999999999998e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0565  TonB-dependent receptor  24.79 
 
 		 613 aa  142  1.9999999999999998e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.228454 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1096  TonB-dependent receptor  23.86 
 
 		 626 aa  141  3e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3886  TonB-dependent receptor  25.93 
 
 		 642 aa  140  7e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.322303 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0969  outer membrane receptor for transport of vitamin B  27.03 
 
 		 645 aa  140  8.999999999999999e-32  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.01117 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1187  outer membrane receptor for transport of vitamin B  27.72 
 
 		 821 aa  139  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.096047  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2342  TonB-dependent receptor  25.86 
 
 		 611 aa  139  2e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.499314  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1035  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  27.72 
 
 		 685 aa  139  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.127064  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1028  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  27.72 
 
 		 685 aa  139  2e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.15146  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1639  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  27.55 
 
 		 685 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.18341  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2327  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  27.55 
 
 		 685 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.52571  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2959  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  27.55 
 
 		 685 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>