More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_5641 on replicon NC_010505
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_5641  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 		 334 aa  658    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0784245  normal  0.0662389 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  70.82 
 
 		 343 aa  445  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  70.52 
 
 		 343 aa  443  1e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  71.34 
 
 		 345 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6848  RluA family pseudouridine synthase  71.79 
 
 		 336 aa  424  1e-118  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  72.17 
 
 		 337 aa  421  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  63.52 
 
 		 326 aa  369  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2164  RluA family pseudouridine synthase  56.55 
 
 		 482 aa  357  1.9999999999999998e-97  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2431  pseudouridine synthase, RluD  57.43 
 
 		 351 aa  353  2e-96  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0293774 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  57.74 
 
 		 377 aa  353  2e-96  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  57.68 
 
 		 334 aa  351  1e-95  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  57.68 
 
 		 347 aa  350  2e-95  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  57.05 
 
 		 334 aa  349  4e-95  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  61.56 
 
 		 334 aa  346  3e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0288  RluA family pseudouridine synthase  54.23 
 
 		 336 aa  345  4e-94  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0359  pseudouridine synthase RluD  61.25 
 
 		 426 aa  340  2e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000104546 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0454  pseudouridine synthase RluD  60 
 
 		 324 aa  337  9.999999999999999e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.256268 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0606  pseudouridine synthase RluD  59.45 
 
 		 391 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.32929  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  56.31 
 
 		 341 aa  336  3.9999999999999995e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  56.48 
 
 		 341 aa  334  1e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  57.55 
 
 		 343 aa  332  5e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  56 
 
 		 342 aa  330  2e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2308  pseudouridine synthase, RluA family  61.78 
 
 		 342 aa  330  3e-89  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0234443 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  58.46 
 
 		 346 aa  326  4.0000000000000003e-88  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2859  pseudouridine synthase, RluD  65.75 
 
 		 264 aa  320  3e-86  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2613  RluA family pseudouridine synthase  56.78 
 
 		 343 aa  319  3.9999999999999996e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  58.01 
 
 		 321 aa  309  2.9999999999999997e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.82 
 
 		 343 aa  298  1e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0345  RluA family pseudouridine synthase  55.45 
 
 		 351 aa  296  2e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2118  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.89 
 
 		 337 aa  294  1e-78  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.52 
 
 		 335 aa  293  2e-78  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  50.31 
 
 		 322 aa  291  1e-77  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  54.19 
 
 		 376 aa  291  1e-77  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  50.16 
 
 		 323 aa  283  4.0000000000000003e-75  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.24 
 
 		 349 aa  282  5.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  55.25 
 
 		 332 aa  281  9e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1072  RluA family pseudouridine synthase  54.24 
 
 		 349 aa  281  1e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0863187  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1573  RluA family pseudouridine synthase  52.65 
 
 		 349 aa  279  4e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0105453  normal  0.522178 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  51.27 
 
 		 326 aa  279  5e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  49.04 
 
 		 313 aa  278  7e-74  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  52.87 
 
 		 332 aa  277  2e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3401  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.1 
 
 		 310 aa  276  5e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2610  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.99 
 
 		 347 aa  276  5e-73  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000916578 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  50.94 
 
 		 331 aa  275  9e-73  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  45.74 
 
 		 306 aa  269  4e-71  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.02 
 
 		 303 aa  268  7e-71  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  48.08 
 
 		 315 aa  264  2e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.17 
 
 		 332 aa  262  4.999999999999999e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  48.06 
 
 		 306 aa  261  8e-69  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  48.39 
 
 		 306 aa  261  1e-68  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  46.91 
 
 		 304 aa  256  3e-67  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2467  pseudouridine synthase, RluA family  51.13 
 
 		 322 aa  256  5e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.373438  normal  0.235173 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  45.95 
 
 		 305 aa  255  8e-67  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  45.28 
 
 		 302 aa  252  8.000000000000001e-66  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  47.4 
 
 		 320 aa  251  1e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.54 
 
 		 312 aa  251  1e-65  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2215  RluA family pseudouridine synthase  50.76 
 
 		 341 aa  251  1e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.550248  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  44.87 
 
 		 304 aa  251  2e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  44.59 
 
 		 314 aa  249  3e-65  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.96 
 
 		 303 aa  249  5e-65  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1621  pseudouridine synthase, RluA family  46.63 
 
 		 355 aa  248  7e-65  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  44.3 
 
 		 302 aa  247  2e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  44.3 
 
 		 302 aa  247  2e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.3 
 
 		 302 aa  246  3e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  44.3 
 
 		 302 aa  246  3e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  44.3 
 
 		 302 aa  246  3e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.3 
 
 		 302 aa  246  4e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  43.97 
 
 		 302 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  49.52 
 
 		 326 aa  244  9.999999999999999e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.36 
 
 		 313 aa  244  9.999999999999999e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  43.97 
 
 		 302 aa  243  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60210  pseudouridine synthase  47.12 
 
 		 320 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000135219 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  43.49 
 
 		 329 aa  243  3e-63  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  43.65 
 
 		 302 aa  243  3.9999999999999997e-63  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5183  pseudouridine synthase  46.82 
 
 		 320 aa  243  5e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.521194  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.56 
 
 		 319 aa  242  6e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.63 
 
 		 322 aa  242  7.999999999999999e-63  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  46.03 
 
 		 305 aa  241  2e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.17 
 
 		 313 aa  240  2e-62  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  42.31 
 
 		 304 aa  240  2.9999999999999997e-62  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  49.03 
 
 		 309 aa  239  4e-62  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  42.35 
 
 		 302 aa  239  4e-62  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  45.51 
 
 		 319 aa  238  9e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  46.91 
 
 		 325 aa  238  1e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0969  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.33 
 
 		 324 aa  238  1e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.466312 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.14 
 
 		 304 aa  238  1e-61  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0972  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.55 
 
 		 334 aa  237  2e-61  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  43.41 
 
 		 319 aa  237  2e-61  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  45.51 
 
 		 319 aa  237  3e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  42.47 
 
 		 348 aa  237  3e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.568078 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  42.99 
 
 		 305 aa  236  4e-61  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  42.99 
 
 		 305 aa  236  4e-61  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.4 
 
 		 318 aa  235  8e-61  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.85 
 
 		 325 aa  235  8e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  43.37 
 
 		 320 aa  235  9e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0778  pseudouridine synthase, RluA family  44.21 
 
 		 318 aa  235  9e-61  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.3 
 
 		 350 aa  234  1.0000000000000001e-60  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0749  pseudouridine synthase, RluA family  44.51 
 
 		 318 aa  234  2.0000000000000002e-60  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  41.9 
 
 		 313 aa  234  2.0000000000000002e-60  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.98 
 
 		 306 aa  234  2.0000000000000002e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>