More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_3979 on replicon NC_010505
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_3979  NusB antitermination factor  100 
 
 		 197 aa  392  1e-108  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000171022 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3357  NusB antitermination factor  80.89 
 
 		 172 aa  260  6.999999999999999e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3161  transcription antitermination factor NusB  77.58 
 
 		 171 aa  254  7e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.143808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3485  NusB antitermination factor  77.58 
 
 		 171 aa  254  7e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.982514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7540  NusB antitermination factor  79.05 
 
 		 156 aa  236  1e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00424485  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6801  NusB antitermination factor  79.73 
 
 		 156 aa  236  1e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.803318 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4644  transcription antitermination protein NusB  59.73 
 
 		 169 aa  186  2e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187095  normal  0.435075 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3009  transcription antitermination protein NusB  55.97 
 
 		 174 aa  186  3e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.802222  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2676  transcription antitermination protein NusB  55.97 
 
 		 174 aa  185  4e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0143299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2639  transcription antitermination protein NusB  57.82 
 
 		 169 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.093311  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1819  transcription antitermination protein NusB  57.14 
 
 		 160 aa  178  4e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.914657  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1722  transcription antitermination protein NusB  56.46 
 
 		 161 aa  177  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.23645  normal  0.0484184 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2664  transcription antitermination protein NusB  52.1 
 
 		 169 aa  175  3e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0957434  normal  0.774595 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0659  NusB antitermination factor  58.11 
 
 		 154 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0213495 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0207  NusB antitermination factor  54.25 
 
 		 155 aa  171  3.9999999999999995e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0827539 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4281  NusB antitermination factor  53.55 
 
 		 163 aa  171  5e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.996449  normal  0.0149277 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2525  transcription antitermination protein NusB  54.25 
 
 		 168 aa  168  5e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0770  transcription antitermination protein NusB  50.59 
 
 		 171 aa  168  6e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0763  transcription antitermination protein NusB  50.59 
 
 		 171 aa  168  6e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1620  transcription antitermination protein NusB  50.98 
 
 		 160 aa  162  3e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0634  transcription antitermination protein NusB  47.37 
 
 		 154 aa  153  2e-36  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0820707  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1280  transcription antitermination protein NusB  50 
 
 		 160 aa  151  5e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0822  transcription antitermination protein NusB  43.9 
 
 		 160 aa  150  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.932634  normal  0.317786 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1139  transcription antitermination protein NusB  53.15 
 
 		 167 aa  150  1e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1191  transcription antitermination protein NusB  49.3 
 
 		 160 aa  150  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2914  NusB antitermination factor  45.26 
 
 		 171 aa  124  6e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00764902  hitchhiker  0.00305914 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3044  transcription antitermination protein NusB  46.26 
 
 		 153 aa  123  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.102552  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1531  transcription antitermination protein NusB  42.96 
 
 		 160 aa  114  6e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0468647  normal  0.834868 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2025  NusB antitermination factor  39.86 
 
 		 149 aa  112  3e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0100858 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2127  NusB antitermination factor  39.73 
 
 		 160 aa  105  4e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2775  NusB antitermination factor  43.75 
 
 		 151 aa  105  6e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0422  NusB antitermination factor  40.54 
 
 		 157 aa  104  7e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0610672 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1821  NusB antitermination factor  41.88 
 
 		 185 aa  104  8e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2921  NusB antitermination factor  42.19 
 
 		 148 aa  102  4e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0755  NusB antitermination factor  38.51 
 
 		 155 aa  100  9e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2412  NusB antitermination factor  38.51 
 
 		 157 aa  100  9e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.325282 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2249  N utilization substance protein B-like protein  40.14 
 
 		 159 aa  96.7  2e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.561904 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2117  NusB antitermination factor  36.94 
 
 		 165 aa  96.7  2e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3412  NusB antitermination factor  38.75 
 
 		 165 aa  95.9  3e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.45885  normal  0.931428 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3536  NusB antitermination factor  34.29 
 
 		 183 aa  93.2  2e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1277  transcription antitermination protein NusB  35.51 
 
 		 134 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000199863  unclonable  0.0000000000534165 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1553  NusB antitermination factor  38.85 
 
 		 166 aa  83.2  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0479521 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1020  transcription antitermination protein NusB  39.29 
 
 		 134 aa  82  0.000000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0554704  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1386  transcription antitermination protein NusB  34.78 
 
 		 134 aa  80.9  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000224744  unclonable  0.0000000173343 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0846  NusB antitermination factor  35.12 
 
 		 158 aa  79  0.00000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.423141  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1191  transcription antitermination protein NusB  34.06 
 
 		 134 aa  79  0.00000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000719059  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0603  transcription antitermination protein NusB  35.17 
 
 		 139 aa  78.2  0.00000000000007  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.016248  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2582  NusB antitermination factor  35.58 
 
 		 166 aa  77.8  0.0000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4049  NusB antitermination factor  30.25 
 
 		 174 aa  77  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1148  transcription antitermination protein NusB  35.66 
 
 		 133 aa  77  0.0000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000166968  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1328  NusB antitermination factor  37.84 
 
 		 138 aa  75.5  0.0000000000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.732904  normal  0.808756 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0083  transcription termination factor  33.81 
 
 		 190 aa  75.5  0.0000000000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1039  transcription antitermination protein NusB  34.97 
 
 		 134 aa  75.5  0.0000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000044365  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1100  transcription antitermination protein NusB  35.17 
 
 		 134 aa  74.7  0.0000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000596608  normal  0.728168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1166  transcription antitermination protein NusB  35.17 
 
 		 134 aa  74.7  0.0000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00313304  normal  0.241653 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1100  transcription antitermination protein NusB  35.17 
 
 		 134 aa  74.7  0.0000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000020777  normal  0.579105 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1049  transcription antitermination protein NusB  33.33 
 
 		 159 aa  74.7  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3465  transcription antitermination protein NusB  35.17 
 
 		 134 aa  74.7  0.0000000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11450  transcription antitermination protein NusB  33.13 
 
 		 159 aa  74.7  0.0000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0546593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1166  transcription antitermination protein NusB  35.71 
 
 		 135 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000379162  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3853  transcription antitermination protein NusB  34.38 
 
 		 159 aa  73.6  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3504  NusB antitermination factor  28.87 
 
 		 148 aa  73.6  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000202631  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2937  NusB antitermination factor  35.47 
 
 		 171 aa  72.8  0.000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1449  transcription antitermination factor NusB  32.89 
 
 		 156 aa  72.8  0.000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.393092  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1680  NusB antitermination factor  35 
 
 		 187 aa  73.2  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.429573  normal  0.936323 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0584  transcription antitermination protein NusB  35.86 
 
 		 159 aa  72.8  0.000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.708112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2394  NusB antitermination factor  35.51 
 
 		 145 aa  72.8  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1215  transcription antitermination protein NusB  34.04 
 
 		 134 aa  72.4  0.000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000478736  normal  0.242008 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0803  NusB antitermination factor  35.17 
 
 		 148 aa  72.4  0.000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3299  transcription antitermination protein NusB  34.04 
 
 		 134 aa  72.4  0.000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000241409  decreased coverage  0.0000953408 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3156  transcription antitermination protein NusB  34.04 
 
 		 134 aa  72.4  0.000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000155816  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2774  transcription antitermination protein NusB  34.04 
 
 		 134 aa  72.4  0.000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000145309  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3154  transcription antitermination protein NusB  34.04 
 
 		 134 aa  72.4  0.000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000167856  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1053  transcription antitermination protein NusB  32.41 
 
 		 142 aa  72  0.000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0522  NusB antitermination factor  28.78 
 
 		 154 aa  72  0.000000000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.518761  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4292  transcription antitermination protein NusB  32.62 
 
 		 130 aa  71.6  0.000000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0942  transcription antitermination protein NusB  32.62 
 
 		 130 aa  71.6  0.000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0063504 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2830  NusB antitermination factor  32.86 
 
 		 142 aa  71.6  0.000000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0145632  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2738  NusB antitermination factor  32.86 
 
 		 142 aa  71.6  0.000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0276393  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2922  NusB antitermination factor  32.86 
 
 		 142 aa  71.6  0.000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.179752  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01170  transcription antitermination protein NusB  32.48 
 
 		 155 aa  71.6  0.000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12640  transcription antitermination factor NusB  34.81 
 
 		 150 aa  71.2  0.000000000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0196868  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2727  NusB antitermination factor  33.57 
 
 		 143 aa  71.2  0.000000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1692  N utilization substance protein B  38.64 
 
 		 138 aa  70.9  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.360418  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3147  NusB antitermination factor  37.78 
 
 		 135 aa  70.9  0.00000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.511001  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1059  transcription antitermination protein NusB  31.72 
 
 		 142 aa  70.5  0.00000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5015  transcription antitermination protein NusB  33.54 
 
 		 166 aa  70.9  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.395212 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004261  transcription termination protein NusB  31.85 
 
 		 155 aa  70.9  0.00000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00012061  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04396  transcription antitermination protein NusB  34.31 
 
 		 156 aa  70.9  0.00000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.371265  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4255  transcription antitermination protein NusB  31.91 
 
 		 130 aa  70.1  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4086  transcription antitermination protein NusB  31.91 
 
 		 130 aa  70.1  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0398427  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3924  transcription antitermination protein NusB  31.91 
 
 		 130 aa  70.1  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3935  transcription antitermination protein NusB  31.91 
 
 		 130 aa  70.1  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0242683  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4458  transcription antitermination protein NusB  33.96 
 
 		 165 aa  69.7  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4406  transcription antitermination protein NusB  31.91 
 
 		 130 aa  70.1  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4312  transcription antitermination protein NusB  31.91 
 
 		 130 aa  70.1  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1792  transcription antitermination protein NusB  27.66 
 
 		 135 aa  70.1  0.00000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0152981  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4202  transcription antitermination protein NusB  31.91 
 
 		 130 aa  70.1  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000627912 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3088  transcription antitermination protein NusB  34.81 
 
 		 139 aa  69.3  0.00000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0694  N utilization substance protein B  33.96 
 
 		 165 aa  68.9  0.00000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>