More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3429 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3429  general secretion pathway protein F  100 
 
 		 405 aa  788    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000239637 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3138  general secretory pathway protein F  80 
 
 		 404 aa  604  9.999999999999999e-173  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000899303 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5703  general secretion pathway protein F  71.32 
 
 		 408 aa  559  1e-158  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0555477  normal  0.0587373 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1071  general secretion pathway protein F  70.22 
 
 		 411 aa  546  1e-154  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.299024  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0544  general secretion pathway protein F  68.61 
 
 		 411 aa  538  9.999999999999999e-153  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1331  general secretion pathway protein F  70.49 
 
 		 410 aa  538  9.999999999999999e-153  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.466659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0754  general secretion pathway protein F  67.96 
 
 		 412 aa  530  1e-149  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0769832 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3974  general secretion pathway protein F  70.07 
 
 		 411 aa  527  1e-148  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0642  general secretion pathway protein F  71.64 
 
 		 409 aa  527  1e-148  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.662272  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0663  general secretion pathway protein F  71.64 
 
 		 409 aa  527  1e-148  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.7077 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1631  general secretion pathway protein F  66.91 
 
 		 412 aa  501  1e-140  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0009  general secretion pathway protein F  50.37 
 
 		 405 aa  375  1e-103  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4499  putative general secretory pathway protein F  50 
 
 		 405 aa  376  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.151931 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0009  general secretion pathway protein F  50.37 
 
 		 405 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3938  general secretion pathway protein F  49.51 
 
 		 405 aa  374  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.147565 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0009  general secretion pathway protein F  50.37 
 
 		 405 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2784  general secretion pathway protein F  50.37 
 
 		 405 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3231  general secretion pathway protein F  52.96 
 
 		 405 aa  375  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0101612  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0222  general secretion pathway protein F  50.37 
 
 		 405 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1888  general secretion pathway protein F  50.37 
 
 		 405 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.266018  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3516  general secretion pathway protein F  50.37 
 
 		 405 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.632046  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2664  general secretion pathway protein F  50.37 
 
 		 405 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3072  general secretion pathway protein F  49.63 
 
 		 405 aa  369  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000734436 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0061  general secretion pathway protein F  50.12 
 
 		 405 aa  367  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3242  general secretion pathway protein F  50.12 
 
 		 405 aa  365  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.458785 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0079  general secretion pathway protein F  50.37 
 
 		 405 aa  366  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0010  general secretion pathway protein F  50.37 
 
 		 405 aa  366  1e-100  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0060  general secretion pathway protein F  50.37 
 
 		 405 aa  366  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.211909  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3401  general secretion pathway protein F  51.36 
 
 		 403 aa  364  2e-99  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.54461 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3394  general secretion pathway protein F  50.74 
 
 		 405 aa  363  2e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.955056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0060  general secretion pathway protein F  49.63 
 
 		 405 aa  363  4e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3116  general secretory pathway F transmembrane protein  51.36 
 
 		 403 aa  362  5.0000000000000005e-99  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.205783  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0050  general secretion pathway protein F  49.63 
 
 		 405 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.899692  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1071  general secretion pathway protein F  50.62 
 
 		 405 aa  359  4e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.545064 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3054  general secretion pathway protein F  50.86 
 
 		 403 aa  359  6e-98  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3173  general secretion pathway protein F  48.15 
 
 		 403 aa  350  2e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.131882  normal  0.0228377 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4823  putative type II secretion system protein  48.15 
 
 		 404 aa  330  3e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0274243  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2209  general secretion pathway protein F  46.42 
 
 		 399 aa  327  2.0000000000000001e-88  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.616736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55430  putative type II secretion system protein  47.65 
 
 		 404 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000716105  normal  0.0429131 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4732  general secretion pathway protein F  40.69 
 
 		 407 aa  301  1e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0181431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0107  general secretion pathway protein F  39.85 
 
 		 410 aa  298  1e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0233  general secretion pathway protein F  37.78 
 
 		 406 aa  294  2e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3617  general secretion pathway protein F  39.36 
 
 		 406 aa  293  3e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4356  general secretion pathway protein F  39.26 
 
 		 407 aa  293  3e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24010  general secretion pathway protein F  41.34 
 
 		 405 aa  290  3e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4204  general secretion pathway protein F  38.77 
 
 		 407 aa  289  7e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0155  general secretion pathway protein F  38.77 
 
 		 407 aa  289  7e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0573694 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0155  general secretion pathway protein F  38.77 
 
 		 407 aa  289  7e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0151  general secretion pathway protein F  38.77 
 
 		 407 aa  289  7e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0146  general secretion pathway protein F  39.36 
 
 		 407 aa  288  9e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3565  general secretion pathway protein F  38.67 
 
 		 407 aa  287  2e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0123  general secretion pathway protein F  39.36 
 
 		 407 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2031  general secretion pathway protein F  40.84 
 
 		 405 aa  286  5.999999999999999e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00603  general secretion pathway protein F  37.31 
 
 		 406 aa  285  7e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1350  general secretion pathway protein F  39.85 
 
 		 403 aa  284  2.0000000000000002e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0227  general secretion pathway protein F  42.3 
 
 		 404 aa  282  6.000000000000001e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0143  general secretion pathway protein F  43.38 
 
 		 407 aa  280  4e-74  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2304  general secretion pathway protein F  38.06 
 
 		 406 aa  278  9e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001890  general secretion pathway protein F  39.05 
 
 		 405 aa  278  2e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2922  general secretion pathway protein F  36.63 
 
 		 405 aa  275  1.0000000000000001e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4589  general secretion pathway protein F  36.74 
 
 		 413 aa  274  2.0000000000000002e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0153  general secretion pathway protein F  38.27 
 
 		 407 aa  273  3e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0158  general secretion pathway protein F  38.02 
 
 		 407 aa  270  2e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0153  general secretion pathway protein F  38.02 
 
 		 407 aa  270  2e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2392  general secretion pathway protein F  42.01 
 
 		 404 aa  271  2e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000517266 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1301  general secretion pathway protein F  40.1 
 
 		 408 aa  270  5e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0005  general secretion pathway protein F  39.22 
 
 		 407 aa  269  8e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.138499 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2371  general secretion pathway protein F  41.69 
 
 		 410 aa  268  8.999999999999999e-71  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.371859  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1414  general secretion pathway protein F  41.98 
 
 		 405 aa  268  1e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0648646  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0168  general secretion pathway protein F  39.41 
 
 		 407 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03958  general secretion pathway protein F  38.24 
 
 		 408 aa  267  2.9999999999999995e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1414  general secretion pathway protein F  41.48 
 
 		 408 aa  264  2e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2858  general secretion pathway protein F  40.84 
 
 		 408 aa  264  3e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2924  general secretion pathway protein F  42.22 
 
 		 405 aa  259  4e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.646431  normal  0.200315 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0171  general secretion pathway protein F  37.04 
 
 		 407 aa  259  7e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0099  general secretion pathway protein F  36.36 
 
 		 396 aa  259  7e-68  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1904  general secretion pathway protein F  43.24 
 
 		 401 aa  258  2e-67  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2531  general secretion pathway protein F  42.93 
 
 		 410 aa  252  8.000000000000001e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.356657  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3136  general secretion pathway protein F  37.84 
 
 		 407 aa  252  1e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1472  general secretion pathway protein F  38.78 
 
 		 408 aa  251  2e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.655662  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02836  hypothetical type II secretion protein GspF  37.25 
 
 		 407 aa  248  1e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000156909  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02786  hypothetical protein  37.25 
 
 		 407 aa  248  1e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000209561  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3245  general secretion pathway protein GspF  37.5 
 
 		 407 aa  248  1e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.750263 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0256  general secretion pathway protein F  38.65 
 
 		 400 aa  248  2e-64  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.726784 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3425  general secretion pathway protein F  37.35 
 
 		 407 aa  248  2e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3410  general secretion pathway protein GspF  36.76 
 
 		 407 aa  245  9.999999999999999e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0252  general secretion pathway protein F  34.07 
 
 		 404 aa  243  3e-63  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03178  general secretory pathway component, cryptic  35.89 
 
 		 398 aa  240  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0386  general secretion pathway protein F  35.89 
 
 		 398 aa  240  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03129  hypothetical protein  35.89 
 
 		 398 aa  240  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3521  general secretion pathway protein F  35.89 
 
 		 398 aa  240  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.373913  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0386  general secretion pathway protein F  35.89 
 
 		 398 aa  240  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.120721 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1317  type II secretory pathway protein LspF  33.5 
 
 		 399 aa  239  9e-62  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1314  type II secretory pathway protein LspF  33.5 
 
 		 399 aa  236  5.0000000000000005e-61  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1279  general secretion pathway protein F  35.31 
 
 		 403 aa  236  6e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0728  general secretion pathway protein F  36.45 
 
 		 409 aa  229  4e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.164597  normal  0.206561 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3578  TonB-dependent siderophore receptor  35.99 
 
 		 411 aa  229  9e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.477901 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0684  general secretion pathway protein F  38.08 
 
 		 409 aa  226  6e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02677  general secretion pathway protein F  35.24 
 
 		 405 aa  224  2e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4249  general secretion pathway protein F  35.8 
 
 		 403 aa  222  8e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0204352 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>