More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_0770 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_0770  transcriptional regulator, RpiR family  100 
 
 		 296 aa  548  1e-155  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000975666  hitchhiker  0.00454433 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  47.5 
 
 		 299 aa  231  9e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  41.54 
 
 		 315 aa  207  2e-52  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  44.1 
 
 		 304 aa  204  2e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  43.35 
 
 		 333 aa  199  5e-50  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  39.78 
 
 		 320 aa  185  6e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  42.86 
 
 		 304 aa  185  9e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4516  transcriptional regulator, RpiR family  42.91 
 
 		 322 aa  181  2e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  40.51 
 
 		 327 aa  177  3e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0151  transcriptional regulator, RpiR family  41.82 
 
 		 299 aa  157  2e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.15102  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1394  transcriptional regulator, RpiR family  39.78 
 
 		 285 aa  155  1e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0784467  normal  0.640102 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 320 aa  149  6e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  37.93 
 
 		 298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1192  transcriptional regulator, RpiR family  32.2 
 
 		 293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.760306 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1202  RpiR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 293 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.658823 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1222  RpiR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 293 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.514843 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1237  RpiR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 293 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.676137 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 280 aa  144  2e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3507  transcriptional regulator, RpiR family  36.97 
 
 		 342 aa  142  6e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0619346 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2045  putative transcriptional regulator, RpiR family  41.67 
 
 		 291 aa  141  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5676  RpiR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 323 aa  139  4.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.321786 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2984  sugar isomerase (SIS)  38.38 
 
 		 319 aa  139  4.999999999999999e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.389067 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1348  transcriptional regulator, RpiR family  38.76 
 
 		 307 aa  139  7.999999999999999e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.478547  normal  0.506779 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2753  transcriptional regulator, RpiR family  38.2 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0750  RpiR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 281 aa  137  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.414867  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2853  transcriptional regulator, RpiR family  40.52 
 
 		 316 aa  135  6.0000000000000005e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.543302 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  34.25 
 
 		 287 aa  134  9.999999999999999e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  30.59 
 
 		 292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1778  RpiR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 281 aa  134  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.141472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0652  RpiR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 281 aa  132  6e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  0.0629992 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0672  transcriptional regulator, RpiR family  35.74 
 
 		 281 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.654483  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  30.89 
 
 		 281 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  24.21 
 
 		 279 aa  131  1.0000000000000001e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0694  RpiR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 281 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00592918 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 279 aa  129  5.0000000000000004e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1547  RpiR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 296 aa  129  7.000000000000001e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1970  RpiR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 299 aa  129  8.000000000000001e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7367  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  32.59 
 
 		 291 aa  127  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276033  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  30.45 
 
 		 280 aa  127  3e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 284 aa  125  6e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 284 aa  124  2e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  32.65 
 
 		 284 aa  124  3e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0941  RpiR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 281 aa  124  3e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0472093  normal  0.387072 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3388  RpiR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 284 aa  123  4e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  32.65 
 
 		 284 aa  123  4e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 289 aa  123  4e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1373  hypothetical protein  34.02 
 
 		 278 aa  122  6e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 284 aa  122  8e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3841  transcriptional regulator, RpiR family  28.69 
 
 		 283 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.412935  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  33.85 
 
 		 274 aa  121  1.9999999999999998e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1124  RpiR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 282 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.673079  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2822  RpiR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 290 aa  119  4.9999999999999996e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3902  transcriptional regulator, RpiR family  29.07 
 
 		 296 aa  115  6e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4555  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  29.07 
 
 		 296 aa  115  6e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3937  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  29.07 
 
 		 296 aa  115  6e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03961  DNA-binding transcriptional repressor  29.07 
 
 		 296 aa  115  8.999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03921  hypothetical protein  29.07 
 
 		 296 aa  115  8.999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2083  RpiR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 285 aa  114  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0788875 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1162  RpiR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 270 aa  114  3e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.164823  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1050  transcriptional regulator, RpiR family  24.69 
 
 		 272 aa  113  3e-24  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 282 aa  114  3e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02030  transcriptional regulatory protein HexR  33.94 
 
 		 288 aa  113  4.0000000000000004e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  33.47 
 
 		 279 aa  112  6e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1468  transcriptional regulator, RpiR family  31.8 
 
 		 286 aa  112  8.000000000000001e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000610661  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3802  RpiR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 306 aa  111  2.0000000000000002e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0439738  decreased coverage  0.00014335 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3272  RpiR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 289 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.854433  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3036  RpiR family transcriptional regulator  37.6 
 
 		 293 aa  109  4.0000000000000004e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.627986 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5258  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 288 aa  109  6e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658899 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5350  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 288 aa  109  6e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4653  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 280 aa  109  6e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.562293  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5515  transcriptional regulator, RpiR family  33.33 
 
 		 288 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5399  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 288 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0126961 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5127  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 288 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.334763 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5064  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  33.33 
 
 		 288 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 278 aa  108  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1082  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.58 
 
 		 288 aa  108  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000474941  unclonable  0.00000000000467577 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4485  RpiR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 288 aa  107  3e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1524  transcriptional regulator  24.81 
 
 		 282 aa  106  4e-22  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0593  RpiR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 280 aa  106  5e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000590128  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0607  RpiR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 280 aa  106  5e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173614  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1142  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.92 
 
 		 279 aa  106  6e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1248  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.92 
 
 		 279 aa  106  6e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.964935  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  21.45 
 
 		 282 aa  106  6e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3618  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.92 
 
 		 279 aa  106  6e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1122  RpiR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 285 aa  105  7e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001002  transcriptional regulator RpiR family  30.4 
 
 		 283 aa  105  8e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3998  transcriptional regulator, RpiR family  35.07 
 
 		 312 aa  105  1e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5642  RpiR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 288 aa  104  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.118263 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 273 aa  104  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2814  transcriptional regulator, RpiR family  34.5 
 
 		 285 aa  105  1e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0668  RpiR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 287 aa  104  2e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0731  RpiR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 287 aa  104  2e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0550  transcriptional regulator  26.35 
 
 		 284 aa  104  2e-21  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00967802  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6227  putative transcriptional regulator  31.48 
 
 		 293 aa  103  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1528  transcriptional regulator, RpiR family  30.51 
 
 		 320 aa  103  4e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2838  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.28 
 
 		 282 aa  103  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 318 aa  102  5e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>