More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_1973 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_1973  HhH-GPD  100 
 
 		 218 aa  453  1.0000000000000001e-126  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  1.75329e-18  normal  0.0273848 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1450  endonuclease III, putative  80.38 
 
 		 209 aa  351  5e-96  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2806  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  74.31 
 
 		 218 aa  338  2.9999999999999998e-92  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000001485  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2309  HhH-GPD family protein  67.73 
 
 		 220 aa  307  1.0000000000000001e-82  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000091499  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1914  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  67.27 
 
 		 220 aa  306  2.0000000000000002e-82  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0663  HhH-GPD family protein  62.39 
 
 		 218 aa  288  4e-77  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0113206  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1327  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  56.42 
 
 		 218 aa  261  4e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000159505  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2765  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  57.08 
 
 		 219 aa  257  1e-67  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.361393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2523  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  57.08 
 
 		 219 aa  256  2e-67  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.181892 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1407  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  56.34 
 
 		 220 aa  251  5.000000000000001e-66  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1273  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  55.12 
 
 		 215 aa  242  3e-63  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0873  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  53.52 
 
 		 227 aa  241  7e-63  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00263227  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2166  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  49.53 
 
 		 220 aa  214  9.999999999999999e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0297232  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0888  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  44.04 
 
 		 225 aa  197  1.0000000000000001e-49  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1071  hypothetical protein  48 
 
 		 356 aa  189  2e-47  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.661198  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1691  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  46.08 
 
 		 356 aa  189  4e-47  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1555  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  46.86 
 
 		 356 aa  185  4e-46  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.272014 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0356  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  46.86 
 
 		 356 aa  185  4e-46  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0334689  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0936  endonuclease III  47.12 
 
 		 204 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.324146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0628  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  46.75 
 
 		 357 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0438  endonuclease III  47.03 
 
 		 203 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0343367  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0552  endonuclease III  46.23 
 
 		 213 aa  183  2.0000000000000003e-45  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000152359  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0566  endonuclease III  46.23 
 
 		 213 aa  183  2.0000000000000003e-45  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000803822  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1388  endonuclease III  45.31 
 
 		 210 aa  181  8.000000000000001e-45  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.212617  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0366  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  45.45 
 
 		 211 aa  172  5e-42  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1101  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  47.54 
 
 		 204 aa  169  3e-41  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00131579  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4204  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  39.53 
 
 		 220 aa  166  2e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0399  endonuclease III  44.69 
 
 		 221 aa  166  2.9999999999999998e-40  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00555795  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0052  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  40.67 
 
 		 218 aa  163  2.0000000000000002e-39  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0961  endonuclease III  35.05 
 
 		 207 aa  149  3e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000122491  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3441  endonuclease III  39.89 
 
 		 260 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0339  endonuclease III  39.2 
 
 		 256 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0510  endonuclease III  37.2 
 
 		 223 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0826  endonuclease III  37.62 
 
 		 212 aa  147  1.0000000000000001e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.377332 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1299  endonuclease III  39.77 
 
 		 213 aa  146  2.0000000000000003e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000804758  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2607  endonuclease III  40 
 
 		 217 aa  145  4.0000000000000006e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1169  endonuclease III/Nth  35 
 
 		 236 aa  144  9e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1999  endonuclease III  37.31 
 
 		 285 aa  144  1e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.71433  normal  0.505258 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2571  endonuclease III  38.2 
 
 		 215 aa  143  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.563306  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3741  endonuclease III  38.64 
 
 		 260 aa  142  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1270  endonuclease III  38.34 
 
 		 215 aa  142  3e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0166  endonuclease III  39.77 
 
 		 248 aa  142  4e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0439  endonuclease III  38.07 
 
 		 254 aa  142  4e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.45571  normal  0.92859 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0851  endonuclease III  36.46 
 
 		 219 aa  141  6e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0611639  normal  0.050138 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0995  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  36.46 
 
 		 219 aa  141  6e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00575071  normal  0.104115 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0159  endonuclease III  39.2 
 
 		 260 aa  142  6e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.939047  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2109  endonuclease III  37.63 
 
 		 223 aa  141  6e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.171881  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0176  endonuclease III  39.2 
 
 		 249 aa  141  6e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.809108  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1446  endonuclease III  37.38 
 
 		 217 aa  141  7e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1065  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  36.93 
 
 		 211 aa  141  8e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0698164  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3289  endonuclease III  38.42 
 
 		 240 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0133312 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3567  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  39.77 
 
 		 268 aa  140  9.999999999999999e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2899  endonuclease III  34.38 
 
 		 213 aa  139  1.9999999999999998e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.786495  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0205  endonuclease III/Nth  38.07 
 
 		 252 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.911472  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2824  endonuclease III  35.71 
 
 		 250 aa  140  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.105195 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0162  endonuclease III  37.5 
 
 		 262 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.562877  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2160  endonuclease III  34.83 
 
 		 211 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.615191  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2297  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  35.24 
 
 		 212 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0789  endonuclease III  36.72 
 
 		 212 aa  139  3.9999999999999997e-32  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.584526  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3170  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  36.67 
 
 		 216 aa  139  3.9999999999999997e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.999623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2517  endonuclease III  36.67 
 
 		 216 aa  139  3.9999999999999997e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1886  endonuclease III  38.29 
 
 		 218 aa  139  3.9999999999999997e-32  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0305  endonuclease III  38.29 
 
 		 218 aa  139  3.9999999999999997e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3375  endonuclease III  38.64 
 
 		 236 aa  139  4.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1005  endonuclease III protein  39.2 
 
 		 214 aa  137  7.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.248668  normal  0.180711 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0724  endonuclease III  35.41 
 
 		 213 aa  138  7.999999999999999e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.155914  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2793  endonuclease III  36.93 
 
 		 211 aa  137  8.999999999999999e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3106  endonuclease III  37.5 
 
 		 252 aa  137  8.999999999999999e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1676  endonuclease III  38.98 
 
 		 215 aa  137  1e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1930  endonuclease III  38.86 
 
 		 216 aa  137  1e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.491388  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1155  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  35.81 
 
 		 210 aa  137  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2534  endonuclease III  38.02 
 
 		 210 aa  137  2e-31  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0635036  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1456  endonuclease III  38.98 
 
 		 215 aa  136  2e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1428  endonuclease III  38.98 
 
 		 215 aa  136  2e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0645154  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1429  endonuclease III  38.98 
 
 		 215 aa  136  2e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.965291  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2939  endonuclease III  36.36 
 
 		 211 aa  136  2e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1570  endonuclease III  38.98 
 
 		 215 aa  136  2e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0201  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  36.36 
 
 		 274 aa  136  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0532  endonuclease III  34.27 
 
 		 213 aa  136  2e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000213835  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1714  endonuclease III  38.98 
 
 		 215 aa  136  2e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.147583  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1641  endonuclease III  38.98 
 
 		 215 aa  136  2e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00426336 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0437  endonuclease III  37.1 
 
 		 246 aa  136  2e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.186096 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2655  endonuclease III  37.71 
 
 		 212 aa  137  2e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1891  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  40 
 
 		 233 aa  136  3.0000000000000003e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0346  endonuclease III  33.98 
 
 		 261 aa  135  4e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0360921  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3742  endonuclease III  38.98 
 
 		 215 aa  135  5e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.941778  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0936  endonuclease III  37.5 
 
 		 214 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0591838 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0153  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  38.82 
 
 		 237 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2747  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  38.29 
 
 		 212 aa  135  6.0000000000000005e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.81262  normal  0.488762 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0381  endonuclease III  36.93 
 
 		 258 aa  134  7.000000000000001e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2331  endonuclease III  38.29 
 
 		 211 aa  134  8e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3842  endonuclease III  37.5 
 
 		 254 aa  134  9e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.561189  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1901  endonuclease III  34.74 
 
 		 213 aa  134  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000183349  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2704  endonuclease III  35.39 
 
 		 215 aa  134  9.999999999999999e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2359  endonuclease III  35.96 
 
 		 213 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2247  endonuclease III  34.74 
 
 		 213 aa  134  9.999999999999999e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000650328  normal  0.36112 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1472  endonuclease III  38.42 
 
 		 215 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.822891  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1562  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  37.14 
 
 		 226 aa  134  9.999999999999999e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.888667 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2013  endonuclease III  34.74 
 
 		 213 aa  134  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000346358  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1610  endonuclease III  35.41 
 
 		 228 aa  134  9.999999999999999e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>