More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0162 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_0162  endonuclease III  100 
 
 		 262 aa  530  1e-150  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.562877  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0205  endonuclease III/Nth  81.96 
 
 		 252 aa  410  1e-114  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.911472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0201  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  85.71 
 
 		 274 aa  386  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0339  endonuclease III  76.95 
 
 		 256 aa  384  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0381  endonuclease III  74.7 
 
 		 258 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0439  endonuclease III  72.2 
 
 		 254 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.45571  normal  0.92859 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0346  endonuclease III  72.33 
 
 		 261 aa  374  1e-103  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0360921  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3842  endonuclease III  68.9 
 
 		 254 aa  311  4.999999999999999e-84  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.561189  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3375  endonuclease III  69.86 
 
 		 236 aa  311  5.999999999999999e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0159  endonuclease III  70.81 
 
 		 260 aa  309  2.9999999999999997e-83  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.939047  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0166  endonuclease III  71.29 
 
 		 248 aa  309  2.9999999999999997e-83  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0176  endonuclease III  65.25 
 
 		 249 aa  309  2.9999999999999997e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.809108  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3441  endonuclease III  61.44 
 
 		 260 aa  299  4e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3741  endonuclease III  65.55 
 
 		 260 aa  297  1e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3567  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  62.07 
 
 		 268 aa  296  2e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0153  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  66.02 
 
 		 237 aa  291  8e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3289  endonuclease III  67.16 
 
 		 240 aa  291  1e-77  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0133312 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3023  endonuclease III  66.67 
 
 		 214 aa  285  4e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.296739  normal  0.295544 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2451  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  65.85 
 
 		 247 aa  283  2.0000000000000002e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.452204  normal  0.144793 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3106  endonuclease III  56.11 
 
 		 252 aa  281  5.000000000000001e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1031  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  67.16 
 
 		 214 aa  282  5.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.474778  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1669  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  61.5 
 
 		 240 aa  282  5.000000000000001e-75  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.544383  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0197  endonuclease III  66.67 
 
 		 214 aa  281  5.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2692  endonuclease III  67.16 
 
 		 214 aa  281  6.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.841587  normal  0.269141 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1632  endonuclease III  67.31 
 
 		 359 aa  279  3e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.43019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4758  endonuclease III  57.68 
 
 		 248 aa  278  8e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0812049  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4249  endonuclease III  64.29 
 
 		 249 aa  275  5e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.884041  normal  0.624306 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3568  endonuclease III  62.56 
 
 		 214 aa  275  7e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1314  endonuclease III  59.92 
 
 		 230 aa  272  3e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0570319  normal  0.296572 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2021  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  63.73 
 
 		 229 aa  270  2e-71  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0724  endonuclease III  64.68 
 
 		 213 aa  269  2.9999999999999997e-71  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.155914  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2991  endonuclease III  57.64 
 
 		 233 aa  268  5.9999999999999995e-71  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1169  endonuclease III/Nth  60.98 
 
 		 236 aa  268  1e-70  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2655  endonuclease III  62.93 
 
 		 212 aa  267  2e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3486  endonuclease III  55.69 
 
 		 287 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.607527  normal  0.202788 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2704  endonuclease III  60.78 
 
 		 215 aa  264  1e-69  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2571  endonuclease III  63 
 
 		 215 aa  263  2e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.563306  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1005  endonuclease III protein  62.62 
 
 		 214 aa  261  6.999999999999999e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.248668  normal  0.180711 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1665  endonuclease III  57.46 
 
 		 228 aa  259  3e-68  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.628404  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0809  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  61.84 
 
 		 211 aa  259  4e-68  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.631495 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1155  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  60.39 
 
 		 210 aa  258  5.0000000000000005e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1610  endonuclease III  57.01 
 
 		 228 aa  258  7e-68  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2633  endonuclease III  63.05 
 
 		 225 aa  258  7e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.232895  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0305  endonuclease III  56.59 
 
 		 218 aa  258  9e-68  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1886  endonuclease III  56.59 
 
 		 218 aa  258  9e-68  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2873  endonuclease III  58.11 
 
 		 222 aa  258  9e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0936  endonuclease III  62 
 
 		 214 aa  257  1e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0591838 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0871  endonuclease III  62 
 
 		 214 aa  257  1e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.348794 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0586  endonuclease III  53.26 
 
 		 270 aa  256  3e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  0.224481 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0006  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  60.68 
 
 		 231 aa  255  4e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.179819  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0203  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  60.19 
 
 		 218 aa  255  5e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.419558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4513  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  59.9 
 
 		 212 aa  255  7e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00739094 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00782  endonuclease III  58.26 
 
 		 236 aa  253  2.0000000000000002e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0572206  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1931  endonuclease III  59.61 
 
 		 214 aa  252  4.0000000000000004e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.514789  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1175  endonuclease III  59.61 
 
 		 214 aa  252  4.0000000000000004e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1336  endonuclease III  59.61 
 
 		 214 aa  252  4.0000000000000004e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.70217  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1183  endonuclease III  59.61 
 
 		 214 aa  252  4.0000000000000004e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.123601  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0843  endonuclease III  59.61 
 
 		 214 aa  252  4.0000000000000004e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.667209  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1022  endonuclease III  59.61 
 
 		 214 aa  252  4.0000000000000004e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.99743  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0305  endonuclease III  59.61 
 
 		 214 aa  252  4.0000000000000004e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.77155  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0561  endonuclease III  58.77 
 
 		 233 aa  252  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.1956 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1563  endonuclease III  60.2 
 
 		 211 aa  252  5.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0700228  normal  0.157438 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2745  endonuclease III  60.19 
 
 		 222 aa  252  5.000000000000001e-66  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0932  endonuclease III  58.71 
 
 		 212 aa  251  6e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.577405  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0851  endonuclease III  59.61 
 
 		 219 aa  251  6e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0611639  normal  0.050138 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0995  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  59.61 
 
 		 219 aa  251  6e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00575071  normal  0.104115 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1889  endonuclease III  59.7 
 
 		 211 aa  251  7e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0970  endonuclease III  59.11 
 
 		 214 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.99745  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1844  endonuclease III  58.42 
 
 		 213 aa  251  8.000000000000001e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000031535  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2899  endonuclease III  61.08 
 
 		 213 aa  251  1e-65  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.786495  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1551  endonuclease III  60.2 
 
 		 211 aa  251  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.651941  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1721  endonuclease III  60.2 
 
 		 211 aa  251  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.161227  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1065  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  57.92 
 
 		 211 aa  251  1e-65  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0698164  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1623  endonuclease III  60.2 
 
 		 211 aa  251  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.475261  normal  0.347988 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01603  DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase (endonuclease III)  60.7 
 
 		 211 aa  250  2e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00133572  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2008  endonuclease III  60.7 
 
 		 211 aa  250  2e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00632932  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1709  endonuclease III  60.7 
 
 		 211 aa  250  2e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00510464  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01593  hypothetical protein  60.7 
 
 		 211 aa  250  2e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0014654  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1121  endonuclease III  59.9 
 
 		 212 aa  250  2e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1566  endonuclease III  60.7 
 
 		 211 aa  250  2e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.263059  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3238  endonuclease III  60.29 
 
 		 213 aa  250  2e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.27706  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1842  endonuclease III  60.7 
 
 		 211 aa  250  2e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000960215  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1822  endonuclease III  60.7 
 
 		 211 aa  250  2e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.692656  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1014  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  58.25 
 
 		 214 aa  250  2e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0604012  normal  0.969692 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1539  endonuclease III  57.43 
 
 		 211 aa  249  2e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.154844 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1996  endonuclease III  60.7 
 
 		 211 aa  250  2e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0209025  normal  0.0823674 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2097  endonuclease III  59.11 
 
 		 214 aa  249  3e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.161318 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2747  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  58.82 
 
 		 212 aa  249  3e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.81262  normal  0.488762 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2122  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  60.4 
 
 		 212 aa  249  3e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.134945  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2279  endonuclease III  58.21 
 
 		 213 aa  248  5e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0342815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0597  endonuclease III  59.52 
 
 		 233 aa  248  6e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.326491 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2345  endonuclease III  60.2 
 
 		 211 aa  248  7e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0106344  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2019  endonuclease III  59.2 
 
 		 211 aa  248  8e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.734703  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2246  endonuclease III  58.62 
 
 		 214 aa  248  9e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.769441 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2070  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  58.42 
 
 		 213 aa  248  9e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.027671  normal  0.855553 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1316  endonuclease III  57.56 
 
 		 252 aa  247  1e-64  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2059  endonuclease III  58.21 
 
 		 213 aa  248  1e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000403968  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4320  endonuclease III  58.42 
 
 		 212 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2366  endonuclease III  58.62 
 
 		 214 aa  247  1e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.249238  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1905  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  57.92 
 
 		 213 aa  246  2e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>